Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LPRNPSMTGYEARLITFGTWMYSVNKEQLARAGFYAIGQEDKVQCFHCGGGLANWKPKEDPWEQHAKWYPGCKYLLEEKG
HEYINNIHLTRSLEGALVQTT

The query sequence (length=101) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1xb0:F 103 101 1.0000 0.9806 1.0000 1.09e-74 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
2 1f9x:A 117 101 0.8218 0.7094 0.8218 2.03e-62 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
3 2i3h:B 95 94 0.5149 0.5474 0.5532 1.59e-32 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
4 2uvl:B 95 87 0.4455 0.4737 0.5172 1.49e-27 2uvl:A
5 3f7g:B 101 93 0.4158 0.4158 0.4516 3.02e-26 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
6 4kmn:A 103 87 0.4158 0.4078 0.4828 5.17e-26 7trl:A
7 3t6p:A 330 85 0.4059 0.1242 0.4824 6.20e-26 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
8 8fvu:A 1361 77 0.3564 0.0265 0.4675 4.97e-21 2vm5:A
9 8fvu:A 1361 79 0.3069 0.0228 0.3924 7.68e-13 2vm5:A
10 8fvu:A 1361 82 0.2772 0.0206 0.3415 1.88e-06 2vm5:A
11 1jd5:A 105 89 0.3663 0.3524 0.4157 6.22e-21 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
12 5yud:A 1238 77 0.3465 0.0283 0.4545 1.82e-20
13 5yud:A 1238 74 0.2673 0.0218 0.3649 1.86e-06
14 7rav:A 773 77 0.3465 0.0453 0.4545 2.50e-20
15 7rav:A 773 49 0.2376 0.0310 0.4898 1.74e-12
16 7rav:A 773 74 0.2673 0.0349 0.3649 2.16e-06
17 7qgj:A 79 75 0.3267 0.4177 0.4400 2.02e-19 7qgj:B
18 1c9q:A 117 77 0.3366 0.2906 0.4416 9.85e-19 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
19 3m0d:D 75 65 0.2970 0.4000 0.4615 2.36e-15 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
20 3m1d:A 78 65 0.2772 0.3590 0.4308 5.71e-14 3m1d:B
21 3sip:F 108 85 0.3069 0.2870 0.3647 3.71e-12 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
22 1m4m:A 112 79 0.2772 0.2500 0.3544 4.65e-10
23 8atu:A 2837 94 0.2871 0.0102 0.3085 1.63e-09 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
24 8auw:A 2900 94 0.2871 0.0100 0.3085 1.63e-09
25 3ued:C 139 80 0.2772 0.2014 0.3500 3.12e-09 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
26 2pop:D 80 65 0.2178 0.2750 0.3385 1.01e-07 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
27 8tcd:D 272 59 0.1782 0.0662 0.3051 0.59 8tcd:B, 8tcd:C, 8tcd:A, 8tcr:C, 8tcr:B, 8tcr:A, 8tcr:D, 8tcs:D, 8tcs:C, 8tcs:A, 8tcs:B
28 3fa3:B 302 32 0.1287 0.0430 0.4062 1.3 3fa3:A, 3fa3:C, 3fa3:D, 3fa3:E, 3fa3:F, 3fa3:G, 3fa3:H, 3fa3:I, 3fa3:J, 3fa3:K, 3fa3:L, 3fa3:M, 3fa3:N, 3fa3:O, 3fa3:P, 3fa4:A, 3fa4:B, 3fa4:C, 3fa4:D, 3fa4:E, 3fa4:F, 3fa4:G, 3fa4:H, 3fa4:I, 3fa4:J, 3fa4:K, 3fa4:L
29 6pjw:A 191 20 0.0891 0.0471 0.4500 5.8 6pjw:B, 6pjw:C, 6pjw:D, 6pjw:E, 6pjw:F, 6pjw:G, 6pjw:H, 6pjw:I, 6pjw:J, 6pjw:K, 6pjw:L, 6psp:A, 6psp:B, 6psp:C, 6psp:D, 6psp:E, 6psp:F
30 7xjg:J 306 27 0.1188 0.0392 0.4444 6.7 8qbk:E, 8qbk:T, 8qbl:E, 8qbl:F, 8qbl:H, 8qbl:T, 8qbm:E, 8qbm:T, 8qbm:F, 8qbm:H
31 6c3o:E 1290 74 0.1584 0.0124 0.2162 7.1 6c3o:H, 6c3o:G, 6c3o:F
32 6c3p:E 1359 74 0.1584 0.0118 0.2162 7.1 6c3p:H, 6c3p:G, 6c3p:F, 5ywb:B, 5ywb:D, 5ywb:F, 5ywb:H, 5ywc:B, 5ywc:D, 5ywc:F, 5ywc:H
33 4qur:A 415 32 0.1089 0.0265 0.3438 8.4 5hl4:A, 4qup:A, 4quq:A, 3vca:A, 3vcp:A
34 7u58:A 651 55 0.1485 0.0230 0.2727 8.5 7u58:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218