Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LPPGWEKAMSRSSGRVYYFNHITNASQWERPSEPARVRCSHLLVKHSQSRRPSSWRQEKITRTKEEALELINGYIQKIKS
GEEDFESLASQFSDCSSAKARGDLGAFSRGQMQKPFEDASFALRTGEMSGPVFTDSGIHIILRTE

The query sequence (length=145) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8sg2:A 163 157 0.9931 0.8834 0.9172 5.78e-103 6dun:A, 6dun:B, 7efj:A, 7efx:A, 7ekv:A, 7f0m:A, 7f0m:C, 7f0m:B, 7f0m:D, 1f8a:B, 4gwv:A, 3i6c:A, 3i6c:B, 1i8g:B, 1i8h:B, 3ikd:A, 3ikd:B, 3ikg:A, 3ikg:B, 9inr:A, 9inr:B, 2itk:A, 3jyj:A, 3jyj:B, 3kab:A, 3kac:A, 3kac:B, 3kad:A, 3kaf:A, 3kag:A, 3kah:A, 3kai:A, 3kce:A, 2lb3:A, 2n1o:A, 1nmw:A, 3ntp:A, 6o33:A, 6o34:A, 3odk:A, 3oob:A, 1pin:A, 2q5a:A, 3tc5:A, 3tcz:A, 3tdb:A, 4tns:A, 4tyo:A, 4tyo:B, 5uy9:A, 6vaj:A, 3wh0:A, 2xp3:A, 2xp4:A, 2xp5:A, 2xp6:A, 2xp7:A, 2xp8:A, 2xp9:A, 2xpa:A, 2xpb:A
2 2nc3:A 33 32 0.1724 0.7576 0.7812 5.26e-11 2nc4:A, 2nc5:A, 2nc6:A
3 6vj6:A 258 111 0.2483 0.1395 0.3243 1.40e-10 6vj6:B
4 5cq2:A 76 31 0.1310 0.2500 0.6129 2.57e-06 5dws:A, 5dws:E, 5dws:G, 5dzd:A, 5dzd:B, 2jo9:A, 4rof:A, 4rof:B
5 5dws:C 40 31 0.1310 0.4750 0.6129 2.72e-06
6 7lp3:A 37 32 0.1172 0.4595 0.5312 8.17e-06 7lp3:C
7 5ez1:B 232 87 0.2069 0.1293 0.3448 8.31e-06 5ez1:A
8 1i5h:W 50 31 0.1034 0.3000 0.4839 8.53e-05
9 2ltv:A 36 31 0.0966 0.3889 0.4516 7.18e-04 2law:A
10 2laj:A 40 31 0.0897 0.3250 0.4194 0.003
11 2n8t:A 39 32 0.0897 0.3333 0.4062 0.003
12 1jmq:A 46 31 0.1034 0.3261 0.4839 0.004 1k5r:A, 1k9q:A, 1k9r:A, 2lax:A, 2lay:A, 2ltw:A
13 6jjy:A 128 78 0.1586 0.1797 0.2949 0.005 6j68:A, 6j68:B, 6j69:A, 6jjw:A, 6jjx:B, 6jjx:A
14 6jjy:A 128 33 0.0897 0.1016 0.3939 0.21 6j68:A, 6j68:B, 6j69:A, 6jjw:A, 6jjx:B, 6jjx:A
15 2lb1:A 35 31 0.0966 0.4000 0.4516 0.006 2ltx:A
16 4lcd:A 419 35 0.0897 0.0310 0.3714 0.012 4lcd:B
17 7lp2:E 37 31 0.0966 0.3784 0.4516 0.012 2lb2:A, 7lp2:A, 7lp2:C, 2lty:A
18 2djy:A 42 31 0.0897 0.3095 0.4194 0.022
19 8pxx:A 99 76 0.1793 0.2626 0.3421 0.030 2dyf:A
20 8pxx:A 99 27 0.0759 0.1111 0.4074 1.6 2dyf:A
21 2kxq:A 90 31 0.0897 0.1444 0.4194 0.077 2laz:A, 2lb0:A, 2ltz:A
22 2kxq:A 90 45 0.0966 0.1556 0.3111 4.1 2laz:A, 2lb0:A, 2ltz:A
23 2m3o:W 43 31 0.0828 0.2791 0.3871 0.40 2kpz:A, 2kq0:A, 2mpt:A, 4n7h:A
24 4bay:A 670 62 0.1310 0.0284 0.3065 0.54 3abt:A, 3abu:A, 8bop:A, 8box:A, 7cdc:A, 7cdd:A, 7cde:A, 7cdf:A, 7cdg:A, 4czz:A, 7e0g:A, 2ejr:A, 8f2z:A, 8f30:A, 8f59:A, 8f6s:A, 8fdv:A, 8fj4:A, 8fj6:A, 8fj7:A, 8fqj:A, 8fri:A, 8frq:A, 8frv:A, 8fsk:A, 9fwg:A, 5h6q:A, 5h6r:A, 2h94:A, 2hko:A, 8inl:A, 2iw5:A, 8jf5:A, 6k3e:A, 6kgk:A, 6kgl:A, 6kgm:A, 6kgn:A, 6kgo:A, 6kgp:A, 6kgq:A, 6kgr:A, 4kum:A, 5l3b:A, 5l3c:A, 5l3d:A, 5l3e:A, 5l3f:A, 5l3g:A, 5lbq:A, 5lgn:A, 5lgt:A, 5lgu:A, 5lhg:A, 5lhh:A, 5lhi:A, 6nqm:A, 6nqu:A, 6nr5:A, 8q1g:A, 8q1h:A, 8q1j:A, 6s35:A, 6te1:A, 6tuy:A, 4uv8:A, 4uv9:A, 4uva:A, 4uvb:A, 4uvc:A, 2uxn:A, 2uxx:A, 4uxn:A, 2v1d:A, 7vqs:A, 7vqt:A, 7vqu:A, 6vyp:k, 6vyp:m, 6vyp:M, 6vyp:K, 7w3l:A, 6w4k:A, 6wc6:A, 2x0l:A, 5x60:A, 2xaf:A, 2xag:A, 2xah:A, 2xaj:A, 2xaq:A, 2xas:A, 4xbf:A, 7xw8:A, 2y48:A, 5yjb:A, 8ym7:A, 2z3y:A, 2z5u:A, 3zms:A, 3zmt:A, 3zmu:A, 3zmv:A, 3zmz:A, 3zn0:A, 3zn1:A, 7zry:A
25 6jjz:B 96 31 0.0966 0.1458 0.4516 0.73 6jjz:A, 6kkg:A, 6kkg:B
26 6jjz:B 96 31 0.0828 0.1250 0.3871 1.1 6jjz:A, 6kkg:A, 6kkg:B
27 2jup:W 37 22 0.0690 0.2703 0.4545 0.88 2rly:W, 2rm0:W
28 3ecq:B 1347 40 0.0897 0.0097 0.3250 2.1 5a55:A, 5a56:A, 5a57:A, 5a58:A, 5a59:A, 5a5a:A, 3ecq:A
29 2jmf:A 43 36 0.0897 0.3023 0.3611 3.2
30 2oei:A 37 31 0.0828 0.3243 0.3871 3.4 2ho2:A
31 6bve:A 242 85 0.1793 0.1074 0.3059 3.4 6bve:B
32 7nyx:A 1467 45 0.1103 0.0109 0.3556 5.2 7nyx:B, 7nyz:A, 7nyz:B, 7nz0:B, 7nz0:A, 7nz2:A3, 7nz2:B3, 7nz2:A4, 7nz2:B4, 7nz2:A1, 7nz2:B1, 7nz2:A2, 7nz2:B2, 7nz3:A1, 7nz3:B1, 7nz3:A2, 7nz3:B2
33 2ako:A 241 59 0.1586 0.0954 0.3898 6.9 2ako:B, 2ako:C, 2ako:D
34 1eg4:A 260 27 0.0759 0.0423 0.4074 7.8
35 4cej:B 1156 45 0.1103 0.0138 0.3556 8.7 4ceh:B, 4cei:B, 3u44:B, 3u4q:B
36 7d98:Q 288 54 0.1310 0.0660 0.3519 9.6 7d98:A, 7d98:B, 7d98:P, 5xxp:A, 5xxp:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218