Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LLPVKEAEDKLSINDPLFERQWHLVNPSFPGSDINVLDLWYNNITGAGVVAAIVDDGLDYENEDLKDNFCAEGSWDFNDN
TNLPKPRLSDDYHGTRCAGEIAAKKGNNFCGVGVGYNAKISGIRILSGDITTEDEAASLIYGLDVNDIYSCSWGPADDGR
HLQGPSDLVKKALVKGVTEGRDSKGAIYVFASGNGGTRGDNCNYDGYTNSIYSITIGAIDHKDLHPPYSEGCSAVMAVTY
SSGSGEYIHSSDINGRCSNSHGGTSAAAPLAAGVYTLLLEANPNLTWRDVQYLSILSAVGLEKNADGDWRDSAMGKKYSH
RYGFGKIDAHKLIEMSKTWENVNAQTWFYLPTLYVSQSTNSTEETLESVITISEKSLQDANFKRIEHVTVTVDIDTEIRG
TTTVDLISPAGIISNLGVVRPRDVSSEGFKDWTFMSVAHWGENGVGDWKIKVKTTENGHRIDFHSWRLKLFGESIDSSKT
E

The query sequence (length=481) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1r64:A 481 481 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2id4:A, 2id4:B, 1ot5:A, 1ot5:B, 1r64:B
2 8b4x:A 473 468 0.3950 0.4017 0.4060 4.20e-116 8b4v:A, 8b4w:A, 6eqv:A, 6eqw:A, 6eqx:A, 6hlb:A, 6hld:A, 6hle:A, 6hza:A, 6hzb:A, 6hzc:A, 6hzd:A, 5jmo:A, 5jmo:B, 5jxg:A, 5jxh:A, 5jxi:A, 5jxj:A, 7lcu:A, 5mim:A, 7o1u:A, 7o1w:A, 7o1y:A, 7o20:A, 7o22:A, 4omc:A, 4omc:B, 4omc:C, 4omc:D, 4omc:E, 4omc:F, 4omd:A, 4omd:B, 4omd:C, 4omd:D, 4omd:E, 4omd:F, 8oyh:A, 1p8j:A, 1p8j:D, 1p8j:B, 1p8j:C, 1p8j:E, 1p8j:F, 1p8j:G, 1p8j:H, 7qxy:A, 7qxz:A, 7qy0:A, 7qy1:A, 7qy2:A, 4ryd:A, 4ryd:B, 4ryd:C, 4ryd:D, 4ryd:E, 4ryd:F, 6yd2:A, 6yd3:A, 6yd4:A, 6yd7:A, 4z2a:A
3 3wqb:A 597 553 0.2786 0.2245 0.2423 1.03e-20 3hjr:A
4 8ehe:A 353 371 0.2141 0.2918 0.2776 4.72e-16
5 3ti9:A 341 310 0.1746 0.2463 0.2710 9.67e-10 3ti7:A
6 7y6m:C 290 271 0.1559 0.2586 0.2768 1.35e-08 7y6m:D
7 3whi:A 355 267 0.1518 0.2056 0.2734 1.92e-08 4dww:A, 5gl8:B, 1mee:A, 6o44:A, 6o44:B, 6pak:A, 6pak:B, 1scj:A, 3vyv:A, 3vyv:B, 3whi:B
8 8pol:B 479 319 0.1559 0.1566 0.2351 4.00e-07 4lvn:A, 4lvo:A, 8pol:A
9 3vv3:A 329 305 0.1705 0.2492 0.2689 1.10e-06 3vv3:B
10 1tec:E 279 134 0.0936 0.1613 0.3358 1.51e-06 2tec:E, 3tec:E, 1thm:A
11 2b6n:A 278 266 0.1538 0.2662 0.2782 4.25e-06
12 1dbi:A 271 237 0.1518 0.2694 0.3080 2.24e-05
13 5yl7:A 339 322 0.1726 0.2448 0.2578 2.65e-05
14 1r6v:A 671 322 0.1622 0.1162 0.2422 4.22e-05
15 3d43:B 310 318 0.1684 0.2613 0.2547 8.70e-05 3d43:A, 1ea7:A, 2ixt:A, 2ixt:B
16 5aqe:A 269 263 0.1538 0.2751 0.2814 1.26e-04 5arb:A, 5arc:A, 5ard:A, 3bx1:A, 3bx1:B, 1c9j:A, 1c9m:A, 1c9n:A, 4cfy:A, 4cfz:A, 4cg0:A, 1gci:A, 1iav:A, 1jea:A, 1mpt:A, 1ndq:A, 1ndu:A, 1q5p:A, 1st3:A, 1svn:A, 1tk2:A, 1wsd:A, 6y5s:A, 6y5t:A
17 3lpa:A 340 142 0.0811 0.1147 0.2746 2.69e-04 3lpc:A, 3lpd:A
18 8h7o:A 281 274 0.1705 0.2918 0.2993 2.97e-04 1a2q:A, 1ak9:A, 7am6:C, 7am7:C, 7am8:A, 1aqn:A, 1au9:A, 3bgo:S, 3cnq:S, 1dui:A, 8h7p:A, 1lw6:E, 5ox2:A, 1s01:A, 1s02:A, 1sbh:A, 1sbi:A, 1sbn:E, 1sib:E, 2sic:E, 3sic:E, 5sic:E, 2sni:E, 1st2:A, 2st1:A, 1sua:A, 1sub:A, 1sud:A, 1sue:A, 1sup:A, 1tm1:E, 1tm3:E, 1tm4:E, 1tm5:E, 1tm7:E, 1tmg:E, 1to1:E, 1to2:E, 1ubn:A, 1v5i:A, 1y1k:E, 1y33:E, 1y34:E, 1y3b:E, 1y3c:E, 1y3d:E, 1y3f:E, 1y48:E, 1y4a:E, 1y4d:E, 1yja:A, 1yjb:A, 1yjc:A
19 1bh6:A 274 255 0.1455 0.2555 0.2745 5.75e-04
20 1s2n:A 281 254 0.1476 0.2527 0.2795 0.001 1s2n:B, 1sh7:A, 1sh7:B
21 2xrm:A 301 288 0.1435 0.2292 0.2396 0.009
22 8uw8:A 738 263 0.1435 0.0935 0.2624 0.010
23 3f7o:A 284 104 0.0561 0.0951 0.2596 0.052 3f7o:B
24 5ffn:A 311 271 0.1372 0.2122 0.2435 0.064
25 3t41:A 423 384 0.1830 0.2080 0.2292 0.067 3t41:B
26 4tr2:B 474 291 0.1289 0.1308 0.2131 0.11 8coy:A, 8coy:B, 8coz:A, 8coz:B, 8cp0:A, 8qke:A, 8qke:B, 8qkg:A, 8qkg:B, 8qkj:A, 8qkj:B, 4tr2:A
27 5wsl:A 282 256 0.1393 0.2376 0.2617 0.24 5wsl:B, 5wsl:C
28 3wiv:C 397 79 0.0520 0.0630 0.3165 0.32 3a3n:A, 3a3n:B, 3a3o:A, 3a3o:B, 3a3p:A, 3a3p:B, 2e1p:A, 4jp8:A, 3vhq:A, 3vv2:A, 3vv2:B, 3wiu:A, 3wiu:B, 3wiu:C, 3wiv:A, 3wiv:B, 2z2x:A, 2z2y:A, 2z2y:B, 2z2y:C, 2z2y:D, 2z2z:A, 2z30:A, 2z30:B, 2z56:A, 2z56:B, 2z57:A, 2z57:B, 2z58:A, 2z58:B, 2zrq:A, 2zwo:A, 2zwo:B, 2zwo:C, 2zwp:A, 2zwp:B
29 2gko:A 309 85 0.0561 0.0874 0.3176 0.32
30 3afg:B 507 289 0.1476 0.1400 0.2457 0.55 3afg:A
31 4hvl:A 369 132 0.0707 0.0921 0.2576 1.2
32 5mgz:A 230 40 0.0270 0.0565 0.3250 1.9 5mgz:B
33 6h70:A 290 114 0.0665 0.1103 0.2807 3.1 6h70:B, 6h72:A, 6h72:B, 5kw9:A, 5n7m:A, 5n7m:B, 2zl5:A, 2zl5:B, 2zl6:B, 2zl6:A, 2zl7:A, 2zl7:B
34 6u26:B 479 229 0.1206 0.1211 0.2533 3.4 7kev:B, 7kfa:B, 6u2n:B
35 1af4:A 274 257 0.1331 0.2336 0.2490 3.6 1be6:A, 1be8:A, 1bfk:A, 1bfu:A, 1c3l:A, 4c3u:A, 4c3v:A, 1cse:E, 6dwq:A, 4hx2:A, 4hx2:C, 1oyv:A, 1oyv:B, 1r0r:E, 1sbc:A, 1sca:A, 1scb:A, 1scd:A, 1scn:E, 1sel:A, 1sel:B, 2sec:E, 3unx:A, 2wuv:A, 2wuw:E, 1yu6:A, 1yu6:B
36 3k6j:A 430 63 0.0374 0.0419 0.2857 3.6
37 7a9f:A 279 259 0.1164 0.2007 0.2162 4.0 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
38 4kxf:K 904 63 0.0416 0.0221 0.3175 5.5 4kxf:B, 4kxf:D, 4kxf:F, 4kxf:H, 4kxf:L, 4kxf:N
39 4kxf:P 866 63 0.0416 0.0231 0.3175 5.6
40 7mqa:SP 2485 85 0.0541 0.0105 0.3059 5.9
41 4dzt:A 276 91 0.0644 0.1123 0.3407 6.3
42 7w2a:A 354 225 0.1227 0.1667 0.2622 6.8 7w2a:B
43 6uai:S 266 85 0.0582 0.1053 0.3294 7.0 6uao:S, 6ube:S
44 5xya:A 1358 216 0.0977 0.0346 0.2176 7.5 5xxz:A
45 8c4z:B 282 250 0.1372 0.2340 0.2640 8.5
46 7edd:A 1394 214 0.0956 0.0330 0.2150 9.6 5xyr:A
47 6m4f:C 543 76 0.0416 0.0368 0.2632 10.0 6m4e:A, 6m4f:E, 6m55:A, 6m55:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218