Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LLARRPFPQRLGPRWTLLYKLVTTTDHKLIGMMYVVACFIFFFIGGLMALLLRTELAVPGLQFLSNEQYNQLFTMHGTVM
LLFYATPIVFGFANLVVPLQIGAPDVAFPRLNALSFWLFLFGASIALGGFLAPGGPADFGWTAYTPLSNAMHSPGAGGDL
WIFGLIVGGLGTILGAVNMITTVVCMRAPGMIMFRMPIFTWNILVTSVIVLVAFPLLTSALFGLAADRNLGAHVFDPANG
GTMLWEHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVTEIFPVFSRKPVFGYTTLVYATISIGALSIAVWAHHLYATGAVLLPFFSFMT
FMIAVPTGIKFVNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFLVTFLLGGLTGVILASPPLDFHVTDSYFVVAHFHYVLFGTIVFAT
YAGVYFWFPKMTGRLLDDRLGKLHFWLTLIGFHTTFLVHHWLGAEGMPRRYADYLPTDGFTTLNIVSTIGSFILGVSMLP
FVWNVFKSWRYGEPVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMIERLRAESHP

The query sequence (length=550) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6hwh:V 550 550 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6hwh:Q
2 6adq:F 552 549 0.8709 0.8678 0.8725 0.0 6adq:R, 7e1v:F, 7e1v:R, 7e1w:F, 7e1w:R, 7e1x:F, 7e1x:R, 8hcr:F, 8hcr:R, 8ovc:R, 8ovc:L, 8ovd:R, 8ovd:L, 7rh5:R, 7rh5:L, 7rh6:R, 7rh6:L, 7rh7:R, 7rh7:L
3 7qhm:D 576 546 0.7055 0.6736 0.7106 0.0 7q21:D, 7q21:d, 7qhm:Q, 7qho:D, 7qho:Q
4 6kob:A 607 543 0.4473 0.4053 0.4530 7.30e-162 6kob:E, 6koc:A, 6koc:E, 6koe:A, 6koe:E
5 1m56:A 547 545 0.4291 0.4314 0.4330 9.10e-144 6ci0:A, 6ci0:C, 3dtu:A, 3dtu:C, 3fye:A, 3fye:C, 3fyi:A, 3fyi:C, 2gsm:A, 2gsm:C, 1m56:G, 1m57:A, 1m57:G, 3om3:A, 3om3:C, 3oma:A, 3oma:C, 3omi:A, 3omi:C, 3omn:A, 3omn:C, 6pw0:A, 6pw0:C, 6pw1:A, 6pw1:C, 5weh:A, 5weh:G
6 2yev:A 780 530 0.4436 0.3128 0.4604 2.12e-143 2yev:D
7 1qle:A 538 528 0.4218 0.4312 0.4394 2.35e-143 1ar1:A, 7ate:A, 7atn:A, 7au3:A, 7au6:A, 3ehb:A, 3hb3:A
8 8qqk:A 661 546 0.4291 0.3570 0.4322 3.67e-139 7cub:A, 7cuq:A, 7cuw:A, 8f68:A, 8f6c:A, 8f6c:E, 1fft:A, 1fft:F, 8go3:A, 7n9z:F, 6wti:A, 7xmc:A, 7xmd:A
9 7jro:a 524 517 0.4291 0.4504 0.4565 9.30e-135 7jrp:a
10 3abk:A 514 507 0.3927 0.4202 0.4260 7.62e-123 3abk:N, 3abl:A, 3abl:N, 3abm:A, 3abm:N, 3ag1:A, 3ag1:N, 3ag2:A, 3ag2:N, 3ag3:A, 3ag3:N, 3ag4:A, 3ag4:N, 3asn:A, 3asn:N, 3aso:A, 3aso:N, 5b1a:A, 5b1a:N, 5b1b:A, 5b1b:N, 5b3s:A, 5b3s:N, 7coh:A, 7coh:N, 7cp5:A, 7cp5:N, 8d4t:N, 7d5w:A, 7d5w:N, 7d5x:A, 7d5x:N, 7dgq:C3, 7dgr:A9, 7dgs:A9, 7dkf:A3, 2dyr:A, 2dyr:N, 2dys:A, 2dys:N, 2eij:A, 2eij:N, 2eik:A, 2eik:N, 2eil:A, 2eil:N, 2eim:A, 2eim:N, 2ein:A, 2ein:N, 7ev7:A, 7ev7:N, 8gbt:A, 8gbt:N, 8gcq:A, 8gcq:N, 5gpn:y, 5gup:Ak, 8gvm:A, 8gvm:N, 8h8r:A, 8h8r:N, 8h8s:A, 8h8s:N, 8ijn:A, 8ijn:N, 5iy5:A, 5iy5:N, 5j4z:BN, 5j7y:BN, 6j8m:A, 6j8m:N, 6juw:A, 6juw:N, 6jy3:A, 6jy4:A, 5luf:x, 6nkn:A, 6nkn:N, 6nmf:A, 6nmf:N, 6nmp:A, 6nmp:N, 7o37:a, 7o3c:a, 7o3e:a, 1occ:A, 1occ:N, 1oco:A, 1oco:N, 1ocr:A, 1ocr:N, 1ocz:A, 1ocz:N, 2occ:A, 2occ:N, 8pw5:n, 8pw5:a, 8pw6:n, 8pw7:n, 7thu:A, 7thu:N, 7tie:A, 7tie:N, 7tih:A, 7tih:N, 7tii:A, 7tii:N, 8ugh:4A, 8ugi:4A, 8ugj:4A, 8ugj:8A, 8ugl:4A, 8ugn:4A, 8ugn:8A, 8ugr:4A, 8ugr:8A, 1v54:A, 1v54:N, 1v55:A, 1v55:N, 7vuw:A, 7vuw:N, 7vvr:A, 7vvr:N, 7w3e:A, 7w3e:N, 5w97:A, 5w97:a, 5wau:A, 5wau:a, 3wg7:A, 3wg7:N, 5x19:A, 5x19:N, 5x1b:A, 5x1b:N, 5x1f:A, 5x1f:N, 3x2q:A, 3x2q:N, 5xdq:A, 5xdq:N, 5xdx:A, 5xdx:N, 7xma:A, 7xma:N, 7xmb:A, 7xmb:N, 5xth:x, 5xti:x, 5xti:Bx, 7y44:A, 7y44:N, 2y69:A, 2y69:N, 2ybb:L, 7ypy:A, 7ypy:N, 5z62:A, 5z84:A, 5z84:N, 5z85:A, 5z85:N, 5z86:A, 5z86:N, 5zco:A, 5zco:N, 5zcp:A, 5zcp:N, 5zcq:A, 5zcq:N, 2zxw:A, 2zxw:N
11 8c8q:A 537 533 0.3855 0.3948 0.3977 8.18e-122 8q1b:a
12 8dh6:a 534 531 0.3709 0.3820 0.3842 5.43e-115 8e7s:K, 8e7s:k, 8ec0:K, 6giq:a, 6hu9:a, 6hu9:m, 6t0b:a, 6t0b:n, 6t15:a, 6ymx:a, 6ymy:a, 7z10:a
13 8iuf:C1 495 483 0.3036 0.3374 0.3458 2.47e-79 8iuj:c1, 8iuj:C1
14 8gym:c1 674 355 0.2164 0.1766 0.3352 1.74e-48 8b6h:DA, 8b6h:Da, 8bqs:DA, 8bqs:Da, 8gym:C1, 8gzu:26, 8gzu:81, 8gzu:c1, 8gzu:C1, 7w5z:C1, 7w5z:c1
15 8gym:c1 674 124 0.0891 0.0727 0.3952 1.56e-16 8b6h:DA, 8b6h:Da, 8bqs:DA, 8bqs:Da, 8gym:C1, 8gzu:26, 8gzu:81, 8gzu:c1, 8gzu:C1, 7w5z:C1, 7w5z:c1
16 3eh3:A 557 310 0.1418 0.1400 0.2516 3.08e-11 8ajz:A, 3bvd:A, 1ehk:A, 3eh4:A, 3eh5:A, 4fa7:A, 4faa:A, 4g70:A, 4g71:A, 4g72:A, 4g7q:A, 4g7r:A, 4g7s:A, 4gp4:A, 4gp5:A, 4gp8:A, 8hua:A, 8k65:A, 8k6y:A, 4n4y:A, 5ndc:A, 3qjq:A, 3qjr:A, 3qjs:A, 3qjt:A, 3qju:A, 3qjv:A, 2qpd:A, 2qpe:A, 3s33:A, 3s38:A, 3s39:A, 3s3a:A, 3s3b:A, 3s3c:A, 3s3d:A, 3s8f:A, 3s8g:A, 1xme:A
17 7deg:A 581 400 0.1709 0.1618 0.2350 5.14e-07 7deg:D
18 5djq:A 466 278 0.1164 0.1373 0.2302 2.33e-04 5djq:D, 5djq:G, 5djq:K, 3mk7:A, 3mk7:D, 3mk7:G, 3mk7:K
19 6xkw:n 471 237 0.1091 0.1274 0.2532 0.002 6xkx:n, 6xkz:n
20 8smr:E 468 195 0.0855 0.1004 0.2410 0.21 8snh:E
21 5guw:B 449 106 0.0382 0.0468 0.1981 2.0 5guw:D, 5gux:B, 3o0r:B, 3wfb:B, 3wfc:B, 3wfd:B, 3wfe:B
22 6sl5:O 86 43 0.0291 0.1860 0.3721 5.3
23 4lcd:A 419 55 0.0291 0.0382 0.2909 5.9 4lcd:B
24 8c5s:A 924 54 0.0309 0.0184 0.3148 6.5 8ap1:A, 8att:A, 8atv:A, 8atw:A, 8c5u:A, 8q63:A, 6ymw:A
25 8wko:A 425 48 0.0327 0.0424 0.3750 6.9 8wko:B, 8wkr:A, 8wkr:B, 8wkr:C, 8wkr:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218