Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LKDPDVCTDPVQLTTYAMGVNIYKEGQDVPLKPDAEYPEWLFEMNLGPPKTLEELDPESREYWRRLRKQNIWRHNRLSKN
KRL

The query sequence (length=83) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8k2a:L4 83 83 1.0000 1.0000 1.0000 3.19e-58 8any:l, 6i9r:l, 8k2b:L4, 7l08:l, 7l20:l, 7o9k:l, 7o9m:l, 7odr:l, 7ods:l, 7odt:l, 7og4:l, 8oir:Bc, 8oit:Bc, 7po4:l, 7qi4:l, 7qi5:l, 7qi6:l, 6vlz:l, 6vmi:l, 8xt0:L4, 8xt1:L4, 8xt2:L4, 8xt3:L4, 6zm5:l, 6zm6:l, 6zs9:l, 6zsa:l, 6zsb:l, 6zsc:l, 6zsd:l, 6zse:l, 6zsg:l
2 6ydp:Bq 85 83 0.8313 0.8118 0.8313 1.95e-49 5aj4:Bq, 6gaw:Bq, 6gb2:Bq, 7nqh:Bq, 7nql:Bq, 7nsh:Bq, 7nsi:Bq, 7nsj:Bq, 8oin:Bc, 8oiq:Bc, 6ydw:Bq
3 8pk0:l 72 18 0.2169 0.2500 1.0000 6.34e-07
4 6ywe:i 124 51 0.2169 0.1452 0.3529 0.35 6yws:i, 6ywv:i, 6ywx:i, 6ywy:i
5 8wm6:A 742 19 0.0964 0.0108 0.4211 3.1 8wmj:A, 8wmv:A, 8wmw:A, 7y7b:A, 7y8a:A
6 6ly5:a 742 19 0.0964 0.0108 0.4211 3.1 6l4u:A
7 5oy0:A 751 19 0.0964 0.0107 0.4211 3.1 8am5:a, 8asl:a, 8asp:a, 6hqb:A, 4kt0:A, 4l6v:A, 4l6v:a, 4l6v:1, 6nwa:A, 6nwa:a, 6nwa:H, 7o1v:A, 5oy0:a, 5oy0:1, 7umh:A, 7umh:H, 7umh:a, 6uzv:A, 6uzv:a, 6uzv:1, 6vpv:A, 6vpv:a, 6vpv:1
8 6kmx:aA 717 18 0.0964 0.0112 0.4444 3.9 6kmx:bA, 6kmx:cA
9 6kmw:aA 721 18 0.0964 0.0111 0.4444 3.9 6kmw:bA, 6kmw:cA
10 7qco:A 728 18 0.0964 0.0110 0.4444 3.9 7qco:E, 7qco:e, 7qco:a
11 7dr0:A 739 18 0.0964 0.0108 0.4444 3.9 7dr1:A, 7dr2:aA, 7dr2:bA, 7dr2:cA, 7dr2:dA
12 7yca:A 742 18 0.0964 0.0108 0.4444 3.9 7a4p:A, 7bgi:A, 7blx:A, 8cmo:A, 7d0j:A, 7dz7:A, 7dz8:A, 8h2u:A, 6ijj:A, 6ijo:A, 6jo5:A, 6jo6:A, 7r3k:A, 7wyi:A, 7wzn:A, 7zq9:A, 7zqc:A, 7zqd:A, 7zqd:A2, 6zzx:A, 6zzy:A
13 6k61:A 742 18 0.0964 0.0108 0.4444 3.9 6jeo:aA, 6jeo:bA, 6jeo:cA, 6jeo:dA, 6k61:a, 6tcl:A1, 6tcl:A2, 6tcl:A, 6tcl:AA, 7y3f:A
14 5l8r:A 743 18 0.0964 0.0108 0.4444 3.9 8bcv:A, 8bcw:A, 7dkz:A, 7ew6:A, 7ewk:A, 7f9o:A, 7f9o:e, 8htu:A, 8j6z:A, 8j7a:A, 8j7b:A, 7ksq:A, 7kux:A, 6l35:A, 3lw5:A, 2o01:A, 4rku:A, 7wfd:AA, 7wfe:BA, 7wg5:AA, 7wg5:BA, 8wgh:A, 2wsc:A, 2wse:A, 2wsf:A, 4xk8:A, 4xk8:a, 7xqp:A, 4y28:A, 6yac:A, 6yez:A, 5zji:A, 6zoo:A, 6zxs:A
15 7blz:A 743 18 0.0964 0.0108 0.4444 3.9 6fos:A, 8wey:A, 5zgb:A, 5zgh:A
16 7y5e:AN 745 18 0.0964 0.0107 0.4444 3.9 7y5e:A2, 7y7a:A7, 7y7a:Ao
17 6tra:A 746 18 0.0964 0.0107 0.4444 3.9 4fe1:A, 7fix:A1, 7fix:A2, 7fix:A3, 1jb0:A, 6k33:aA, 6k33:bA, 6k33:cA, 6lu1:A, 7m75:A, 7m76:A, 7m78:A, 3pcq:A, 6pfy:A, 6pfy:G, 6pfy:Y, 6pgk:A, 6pgk:G, 6pgk:Y, 6trc:A, 6trc:a, 6trc:1, 6trd:A, 6trd:a, 6trd:1, 5zf0:A1, 5zf0:A2, 5zf0:A3, 5zf0:A4, 5zf0:A6, 5zf0:A5
18 7s3d:A 749 18 0.0964 0.0107 0.4444 3.9 7s3d:G, 7s3d:a
19 7lx0:G 751 18 0.0964 0.0107 0.4444 3.9 7lx0:a, 7lx0:A, 6pnj:A, 6pnj:G, 6pnj:a
20 6kif:A 751 18 0.0964 0.0107 0.4444 3.9 6kif:G, 6kif:e, 6kig:A, 6kig:G, 6kig:e
21 7f4v:aA 772 18 0.0964 0.0104 0.4444 3.9 7f4v:bA, 7f4v:cA
22 3fvb:A 161 43 0.1687 0.0870 0.3256 4.2 3fvb:B, 8sqo:A, 8sqp:A, 8sqq:A, 8sqr:A, 8sqt:A
23 5z98:B 182 25 0.1446 0.0659 0.4800 4.7 5z98:A
24 6igz:A 740 18 0.0964 0.0108 0.4444 5.5 6qph:A, 6rhz:A, 6sl5:A, 6yxr:A
25 7uch:A 636 60 0.2048 0.0267 0.2833 6.5 6b39:A, 6b3a:A, 6b3b:A
26 5oql:Z 639 63 0.1807 0.0235 0.2381 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218