Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LIMTTEDESVIRSAIQTDGVWKEYHAIMIEEADNILGKPNCQRVILGRRLLEVSRECLRRTLLLGYAYRMTGEVKYAKRA
ESELDNAADFVDWNPSHFLDVAEMTTAMAIGYDWLYNFISDQTKLKIEKAIETKGLNPSLDSQYNSWLYRNNNWNQVCNG
GITLGALAIYDKIPTLADELINRAVQSVKLPMSVYAPDGAYAEGYSYWGYGTTYNLLLIDALENVMGTDYNLSQEPGFLN
TGKFIQNMLLSDGKSFNYGDCSSSGRVSPAMFWFANRTADKDILWSEKYQFSLSSKKSIRSYRYAVLALIWGASTSMDNL
PKPTQRMWVSSKTTTPVALMRTTWDYQQGLSIALKGGTAQSGHTHLDAGSFIFISKDTRWSTDLGPQDYNSLESKGIDLW
NKSQESDRWKVFRYNNLAHNTLSFDNKYQNVNGYATITDFSDNENYMYAIADLTKIYEGQAKEVKRGVAIVDSHYAAVRD
EVKTLGQPTVIRWNMVTEAQPAIIGEHTIQLSQNGEKLLLEVESPAKVRMKTWSATSPNSWDAKNPGVTFVGFEAELRPN
TTEVLQVKLIPEGNFDSNKEIM

The query sequence (length=582) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8khw:A 582 582 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 8khv:A 579 571 0.4433 0.4456 0.4518 0.0
3 3afl:A 766 236 0.0979 0.0744 0.2415 3.28e-07
4 6jp4:A 770 179 0.0790 0.0597 0.2570 0.013 6jp4:B, 6jp4:C, 6jph:A, 6jpn:A
5 3e80:C 747 518 0.1890 0.1473 0.2124 0.021 3e7j:A, 3e7j:B, 3e80:A, 3e80:B, 2fuq:B, 2fuq:A, 2fut:A, 2fut:B
6 7bjt:A 727 366 0.1443 0.1155 0.2295 0.023 7bjt:B, 7bm6:A, 7bm6:B
7 2fja:B 149 44 0.0223 0.0872 0.2955 1.1 2fja:D, 2fjb:B, 2fjb:D, 2fjd:B, 2fjd:D, 2fje:B, 2fje:D, 1jnr:B, 1jnr:D, 1jnz:B, 1jnz:D
8 7wjn:A 808 62 0.0326 0.0235 0.3065 5.4 7wjn:B, 7wjo:A, 7wjo:B, 7x05:A, 7x05:B, 7x06:A, 7x06:B
9 6jt5:A 409 105 0.0447 0.0636 0.2476 6.1 6jwf:A, 6jwf:B
10 3w8w:B 461 78 0.0344 0.0434 0.2564 7.4 6foq:A, 6foq:B, 6foq:C, 6foq:D, 6fow:A, 6fow:B, 6fow:C, 6fow:D, 6fp3:A, 6fp3:B, 6fp3:C, 6fp3:D, 6fy8:A, 6fy9:A, 6fya:A, 6fya:B, 6fyb:A, 6fyb:B, 6fyb:C, 6fyb:D, 6fyc:A, 6fyc:B, 6fyd:A, 6fyd:B, 6fyd:C, 6fyd:D, 6fye:A, 6fye:B, 6fyf:A, 6fyf:B, 6fyf:C, 6fyf:D, 6fyg:A, 6fyg:B, 6fyg:C, 6fyg:D, 3w8w:A, 3w8x:A, 3w8x:B, 3w8z:A, 3w8z:B, 4xlo:A, 4xlo:B, 4xlo:C, 4xlo:D
11 3gpb:A 833 53 0.0326 0.0228 0.3585 8.5 1a8i:A, 1abb:A, 1abb:B, 1abb:C, 1abb:D, 2amv:A, 3amv:A, 1axr:A, 1b4d:A, 3bcr:A, 3bcs:A, 3bd6:A, 3bd7:A, 3bd8:A, 3bda:A, 8bzs:A, 1c50:A, 1c8k:A, 1c8l:A, 4ctm:A, 4ctn:A, 4cto:A, 3cut:A, 3cuu:A, 3cuv:A, 3cuw:A, 3e3n:A, 3e3n:B, 3e3n:D, 3e3n:F, 3e3n:G, 3e3n:H, 3e3o:B, 3ebo:A, 3ebp:A, 4ej2:A, 4eke:A, 4eky:A, 4el0:A, 4el5:A, 2f3p:A, 2f3q:A, 2f3s:A, 2f3u:A, 6f3j:A, 6f3l:A, 6f3r:A, 6f3s:A, 6f3u:A, 2fet:A, 2ff5:A, 2ffr:A, 1fs4:A, 1ftq:A, 1ftw:A, 1fty:A, 1fu4:A, 1fu7:A, 1fu8:A, 3g2h:A, 3g2i:A, 3g2j:A, 3g2k:A, 3g2l:A, 3g2n:A, 2g9r:A, 2g9v:A, 1gfz:A, 1gg8:A, 1ggn:A, 1gpa:A, 1gpa:B, 1gpa:C, 1gpa:D, 1gpb:A, 1gpy:A, 2gpb:A, 4gpb:A, 5gpb:A, 6gpb:A, 7gpb:A, 7gpb:B, 7gpb:C, 7gpb:D, 8gpb:A, 9gpb:A, 9gpb:B, 9gpb:C, 9gpb:D, 1h5u:A, 1hlf:A, 5jtt:A, 5jtu:A, 1k06:A, 1k08:A, 1kti:A, 3l79:A, 3l7a:A, 3l7b:A, 3l7c:A, 3l7d:A, 5lrc:A, 5lrd:A, 5lre:A, 5lrf:A, 1lwn:A, 1lwo:A, 5mcb:A, 5mem:A, 4mho:A, 4mhs:A, 4mi3:A, 4mi6:A, 4mi9:A, 4mic:A, 3mqf:A, 3mrt:A, 3mrv:A, 3mrx:A, 4mra:A, 3ms2:A, 3ms4:A, 3ms7:A, 3msc:A, 3mt7:A, 3mt8:A, 3mt9:A, 3mta:A, 3mtb:A, 3mtd:A, 3nc4:A, 1noi:A, 1noi:B, 1noi:C, 1noi:D, 1noj:A, 1nok:A, 3np7:A, 3np9:A, 3npa:A, 5o50:A, 5o52:A, 5o54:A, 5o56:A, 2off:A, 7onf:A, 5owy:A, 5owz:A, 5ox0:A, 5ox1:A, 5ox3:A, 5ox4:A, 1p29:A, 1p2b:A, 1p2d:A, 1p2g:A, 1p4g:A, 1p4h:A, 1p4j:A, 2pri:A, 2prj:A, 2pyd:A, 2pyi:A, 7q5i:AAA, 6qa6:A, 6qa7:A, 6qa8:A, 2qlm:A, 2qln:A, 2qn1:A, 2qn2:A, 2qn3:A, 2qn7:A, 2qn8:A, 2qn9:A, 2qnb:A, 2qrg:A, 2qrh:A, 2qrm:A, 2qrp:A, 2qrq:A, 6r0h:A, 6r0i:A, 3s0j:A, 6s4h:A, 6s4k:A, 6s4o:A, 6s4p:A, 6s4r:A, 6s51:A, 6s52:A, 2skc:A, 2skd:A, 2ske:A, 3sym:A, 3syr:A, 3t3d:A, 3t3e:A, 3t3g:A, 3t3h:A, 3t3i:A, 1uzu:A, 1wut:A, 1wuy:A, 1wv0:A, 1wv1:A, 1ww2:A, 1ww3:A, 1xc7:A, 1xkx:A, 1xl0:A, 1xl1:A, 6y55:A, 6y5c:A, 6y5o:A, 4yi3:A, 4yi5:A, 4yua:A, 6yve:AAA, 4z5x:A, 1z62:A, 1z6p:A, 1z6q:A, 1z8d:A, 3zcp:A, 3zcq:A, 3zcr:A, 3zcs:A, 3zct:A, 3zcu:A, 3zcv:A
12 6n7f:A 451 65 0.0292 0.0377 0.2615 9.5 6n7f:B, 6n7f:C, 6n7f:D
13 3ijh:B 221 73 0.0412 0.1086 0.3288 9.8 3ijh:D, 3ijs:B, 3ijs:D, 3ijy:B, 3ijy:D, 3ikc:B, 3ikc:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218