Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LGCNVSAPSGVLERVKELMEDYSRAPDAKFQQQFRHLLSVNFEEFVAETKERNADLDWVNPKLDERLQLELGQRQLEENA
KKRLEARKKLPTMKYADDIIQAVRENQVILIVGSTGCGKTTQVPQILLDDAISRGCASSCRIICTQPRRISAIAIAEWVS
YERCESLGNSVGYQIRLESRKARERASITYCTTGVLLQQLQSDPLMHNLSVLILDEIHERSVETDLLMGLLKVILPHRPD
LKVILMSATVREQDFCDYFNNCPMFRIEGVMFPVKMLYLEDVLSKTNYEFQPPERRMKHEAMIEPYLRRIRNSYDSRVLD
KLRLPESEGCEDIDFIADLVYYICENEPEGAILVFLPGYDKISQLYNILDKPKTSKGQRWRDHMAVFPLHSLMQSGEQQA
VFRRPPAGQRKVIISTIIAETSVTIDDVVYVINSGRTKATNYDIETNIQSLDEVWVTKANTQQRRGRAGRVRPGICYNLF
SRAREDRMDDIPTPEILRSKLESIILSLKLLHIDDPYRFLQTLINAPNPEAIKMGVELLKRIEALDQTGTLTPLGMHLAK
LPIDPQMGKMILMSALFCCLDPITSAAAALSFKSPFYSPLGKESRVDEIKRRMARNMRSDHLMVHNTIIAYRDSRYSHAE
RDFCYKNFLSSMTLQQLERMKNQFSELLYNYKFLASSNCKDAASNKNSEKIPLLRAIIGAGLYPNMAHLRKSRQRAIHTM
ATDDGRRVNFHPSSVNSGESGFDSAYFVYFQRQKSTDLFLLDSTMVFPMALIIFGDGVEAGVTQNTPYLCVAKTYYFKCN
RETADVVIQLRSNLEKLLLKKALYPAPIEENGYEKQLIKAIELLLSLDERL

The query sequence (length=851) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5n9d:B 866 866 1.0000 0.9827 0.9827 0.0 5n8r:A, 5n8r:B, 5n8s:A, 5n8s:B, 5n8u:A, 5n8u:B, 5n8z:A, 5n8z:B, 5n90:A, 5n90:B, 5n94:A, 5n94:B, 5n96:A, 5n96:B, 5n98:A, 5n98:B, 5n9a:A, 5n9a:B, 5n9d:A, 5n9e:A, 5n9e:B, 5n9f:A, 5n9f:B
2 5vhe:A 871 815 0.3995 0.3904 0.4172 0.0 6up3:A, 6up4:A, 5vhc:D, 5vhd:D
3 8szq:A 861 765 0.3208 0.3171 0.3569 4.97e-146 3llm:A, 3llm:B, 8szp:A, 8szp:B, 8szr:A, 8szs:A
4 8pjb:A 962 714 0.2949 0.2609 0.3515 9.45e-127 8b9g:A, 8b9k:A, 8pjj:A
5 5aor:A 1009 727 0.2938 0.2478 0.3439 1.11e-124 5aor:B, 8b9i:A, 8b9j:A
6 6sh6:A 681 663 0.2691 0.3363 0.3454 4.42e-108 8ejm:A, 8ro2:DX, 5xdr:A
7 8ro1:DX 682 663 0.2632 0.3284 0.3379 6.18e-107
8 3kx2:B 755 745 0.2785 0.3139 0.3181 1.91e-103 5i8q:A, 5i8q:B, 5jpt:A, 5jpt:B, 3kx2:A, 2xau:A, 2xau:B, 5y88:W
9 6i3p:C 630 689 0.2620 0.3540 0.3237 3.48e-101 6i3p:A, 6i3p:B, 6i3p:D, 6qic:A, 6qic:B, 6qic:C, 6qic:D
10 8c6j:V 934 693 0.2609 0.2377 0.3203 1.56e-99 6hys:A, 6hys:B, 6hys:C, 6hys:D, 6hyt:A, 6hyt:B, 6hyt:C, 6hyt:D, 6hyu:A
11 6rm8:A 655 673 0.2538 0.3298 0.3210 3.31e-97 6fa5:A, 6faa:A, 6fac:A, 6rm9:A, 6rma:A, 6rmb:A, 6rmc:A, 6rmc:B, 6zm2:A
12 8i0s:X 786 653 0.2456 0.2659 0.3201 1.50e-96 8i0t:X, 8i0u:X, 8i0v:X
13 5d0u:A 705 676 0.2632 0.3177 0.3314 1.01e-95 5lta:A, 5ltj:A, 5ltk:A, 6qid:A, 6qie:A
14 7qtt:N 792 674 0.2479 0.2664 0.3131 2.84e-94 8ch6:N
15 8cnt:A 620 697 0.2503 0.3435 0.3056 1.83e-92
16 6bk8:P 653 653 0.2503 0.3262 0.3262 2.19e-88 6exn:V, 5mq0:V
17 7dcp:x 670 699 0.2432 0.3090 0.2961 3.36e-86 7dco:x, 7dd3:x
18 7aju:JD 811 644 0.2432 0.2552 0.3214 1.17e-82 6zqd:JD, 6zqe:JD, 6zqf:JD
19 7b9v:Q 624 693 0.2362 0.3221 0.2900 5.20e-81
20 6zww:C 749 603 0.2139 0.2430 0.3018 5.93e-81 8po7:B, 8po8:A, 8po8:B, 6zww:A, 6zww:E, 6zww:G
21 6hyu:C 585 683 0.2456 0.3573 0.3060 9.88e-81
22 6h57:A 795 669 0.2409 0.2579 0.3064 6.59e-80
23 5gm6:Y 598 492 0.1927 0.2742 0.3333 2.53e-79
24 6zqg:JD 829 720 0.2573 0.2642 0.3042 5.51e-79
25 8po7:A 594 524 0.1962 0.2811 0.3187 3.53e-78
26 7d63:RZ 839 694 0.2515 0.2551 0.3084 1.82e-76 7d4i:RZ, 7d5t:RZ, 7mqj:A
27 7mqa:NS 914 702 0.2468 0.2298 0.2991 3.27e-66 6o16:A, 6o16:B
28 6heg:A 783 485 0.1528 0.1660 0.2680 1.34e-36
29 6ro1:A 919 171 0.0517 0.0479 0.2573 0.096
30 6ieh:B 929 171 0.0517 0.0474 0.2573 0.11 6ieg:B, 7s7b:A, 7s7b:E, 7s7c:A
31 6c90:A 694 171 0.0517 0.0634 0.2573 0.13
32 6d6q:M 709 171 0.0517 0.0621 0.2573 0.13 6d6r:M, 7z52:B
33 9c4g:s 95 66 0.0212 0.1895 0.2727 0.19 8crx:s, 8cvm:s
34 8r9r:A 255 81 0.0294 0.0980 0.3086 0.36
35 7f0d:T 98 69 0.0247 0.2143 0.3043 0.42 7kgb:T, 7msc:T, 7msh:T, 7msm:T, 7msz:T, 7mt2:T, 7mt3:T, 7mt7:T, 7sfr:T, 5v7q:T, 5v93:T
36 7of4:C 422 64 0.0270 0.0545 0.3594 0.61 7of2:C, 7of6:C
37 6dzi:U 97 70 0.0259 0.2268 0.3143 0.81 6dzp:U, 8fr8:Z, 8kab:U, 5o60:U, 5o61:U, 7s0s:V, 8v9j:V, 8v9k:V, 8v9l:V, 8whx:W, 8why:W, 8wi7:W, 8wi8:W, 8wib:W, 8wic:W, 7xam:U, 5xym:T, 8xz3:U, 7y41:U, 5zeb:U, 5zep:U, 5zet:U
38 8t3k:C 541 30 0.0176 0.0277 0.5000 1.1
39 8fhk:C 574 30 0.0176 0.0261 0.5000 1.1 8fmv:C, 8fpf:C, 7m33:C, 8szc:C, 8t1p:C
40 6ysy:A 767 95 0.0329 0.0365 0.2947 1.4
41 6due:A 737 51 0.0200 0.0231 0.3333 1.5
42 4pa0:A 974 51 0.0223 0.0195 0.3725 1.9 4db1:A, 4db1:B, 8efe:A, 8efh:A, 9f6c:A, 6fsa:A, 6fsa:B, 5n69:A, 5n69:B, 5n6a:A, 8qyu:A
43 4pa0:B 920 51 0.0223 0.0207 0.3725 1.9 8qyu:B
44 8act:A 873 51 0.0223 0.0218 0.3725 2.1 8act:B, 9f6c:B, 8qyp:A, 8qyq:A, 8qyq:B, 8qyr:B
45 7r89:B 529 46 0.0223 0.0359 0.4130 2.2
46 6ieg:A 872 170 0.0505 0.0493 0.2529 2.2
47 7v4r:A 437 59 0.0235 0.0458 0.3390 2.4
48 7nad:X 98 66 0.0270 0.2347 0.3485 2.6 7r72:X
49 8e2l:C 461 64 0.0200 0.0369 0.2656 2.8 8e2l:A, 8e2l:B, 8e2l:D, 8e2l:E, 8e2l:F
50 7qkr:A 1199 107 0.0317 0.0225 0.2523 2.9 7qks:A
51 7bm0:A 427 58 0.0235 0.0468 0.3448 3.2 7blv:A, 7nxu:A
52 6v42:A 466 142 0.0353 0.0644 0.2113 4.2 6v42:B, 6v43:A, 6v43:B
53 1kwo:A 780 54 0.0212 0.0231 0.3333 4.2 1b7t:A, 1dfl:A, 1kqm:A, 1l2o:A
54 1dfl:B 766 54 0.0212 0.0235 0.3333 4.4
55 3fvq:B 350 25 0.0118 0.0286 0.4000 4.6 3fvq:A
56 1qvi:A 806 54 0.0212 0.0223 0.3333 4.6 1kk7:A, 1kk8:A, 2otg:A, 1s5g:A
57 6z1p:AC 284 93 0.0270 0.0810 0.2473 4.9
58 7niw:A 1140 24 0.0141 0.0105 0.5000 4.9 7niu:A, 7niv:A, 6s7p:A
59 7niw:A 1140 21 0.0129 0.0096 0.5238 7.3 7niu:A, 7niv:A, 6s7p:A
60 7r8b:B 564 33 0.0165 0.0248 0.4242 5.4
61 3i5f:A 810 52 0.0212 0.0222 0.3462 5.6
62 4ai6:A 2650 43 0.0165 0.0053 0.3256 5.6 4ai6:B, 4akg:A, 4akg:B, 4akh:A, 4akh:B, 4aki:A, 4aki:B, 3crt:A, 3cru:A, 3d0z:A, 1dug:A, 1dug:B, 1gne:A, 1gtb:A, 8gyd:A, 8gyd:B, 5gzz:B, 5gzz:C, 5gzz:D, 5gzz:E, 5gzz:F, 5gzz:G, 6ji6:A, 1m99:A, 1m9a:A, 1m9b:A, 7mi3:A, 7mi6:A, 6rwd:A, 6rwd:B, 1u87:A, 1u88:A, 1ua5:A, 4wr4:A, 4wr5:A
63 5wk0:A 156 48 0.0165 0.0897 0.2917 5.6
64 4w8f:B 2609 43 0.0165 0.0054 0.3256 5.7 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A
65 8wm7:D 257 25 0.0129 0.0428 0.4400 5.8 8w9m:D
66 8dzz:A 2363 43 0.0165 0.0059 0.3256 5.9 8dzz:D, 8e00:A
67 8buu:9 573 86 0.0317 0.0471 0.3140 6.2
68 7mgm:A 2274 43 0.0165 0.0062 0.3256 6.3
69 4b3g:A 614 81 0.0247 0.0342 0.2593 6.6 4b3g:B
70 8f4b:A 1182 70 0.0212 0.0152 0.2571 7.0
71 4m54:A 310 51 0.0200 0.0548 0.3333 7.6
72 6qex:A 1182 21 0.0129 0.0093 0.5238 7.8 7a65:A, 7a69:A, 7a6c:A, 7a6e:A, 7a6f:A, 6c0v:A, 7o9w:A
73 4m1m:A 1188 21 0.0129 0.0093 0.5238 7.8 8avy:A, 6fn1:A, 3g60:A, 3g60:B, 3g61:A, 3g61:B, 5koy:A, 5koy:B, 4m1m:B, 4m2s:A, 4m2s:B, 4m2t:A, 4m2t:B, 7otg:A, 8pee:A, 6q81:A, 4q9i:A, 4q9j:A, 4q9k:A, 4q9l:A, 6qee:A, 6ujn:A, 6ujp:A, 6ujr:A, 6ujs:A, 6ujt:A, 6ujw:A, 4xwk:A, 7zk4:A, 7zk5:A, 7zk6:A, 7zk7:A, 7zk8:A, 7zk9:A, 7zka:A, 7zkb:A
74 1xmi:C 270 90 0.0329 0.1037 0.3111 8.0 2bbo:A, 2bbs:A, 2bbt:A, 2bbt:B, 4wz6:A, 1xmi:A, 1xmi:B, 1xmi:E, 1xmi:D, 1xmj:A
75 5l3w:A 297 155 0.0353 0.1010 0.1935 8.1 5l3s:B, 5l3s:D, 5l3s:F, 5l3s:H
76 5jcs:s 2003 49 0.0176 0.0075 0.3061 8.2
77 3e70:C 307 77 0.0247 0.0684 0.2727 8.2
78 8cub:C 588 45 0.0176 0.0255 0.3333 8.4 8cub:A, 7r8a:A, 7r8b:A
79 4mp6:A 334 51 0.0200 0.0509 0.3333 8.7 4mp8:A, 4mpd:A
80 6or5:A 2058 19 0.0165 0.0068 0.7368 8.7
81 8xfc:D 517 26 0.0141 0.0232 0.4615 9.7 8wdb:D
82 1z24:A 189 33 0.0165 0.0741 0.4242 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218