Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LFPWAQIRLPTAVVPLRYELSLHPNLTSMTFRGSVTISVQALQVTWNIILHSTGHNISRVTFMSAEKQAEILEYAYHGQI
AIVAPEALLAGHNYTLKIEYSANISSSYYGFYGFSYTDESNEKKYFAATQFEPLAARSAFPCFDEPAFKATFIIKIIRDE
QYTALSNMPKKSSVVLDDGLVQDEFSESVKMSTYLVAFIVGEMKNLSQDVNGTLVSIYAVPEKIGQVHYALETTVKLLEF
FQNYFEIQYPLKKLDLVAIPDFEAGAMENWGLLTFREETLLYDSNTSSMADRKLVTKIIAHELAHQWFGNLVTMKWWNDL
WLNEGFATFMEYFSLEKIFKELSSYEDFLDARFKTMKKDSLNSSHPISSSVQSSEQIEEMFDSLSYFKGSSLLLMLKTYL
SEDVFQHAVVLYLHNHSYASIQSDDLWDSFNEVTNQTLDVKRMMKTWTLQKGFPLVTVQKKGKELFIQQERFFLNTSYLW
HIPLSYVTENYSKYQSVSLLDKKSGVINLTEEVLWVKVNINMNGYYIVHYADDDWEALIHQLKINPYVLSDKDRANLINN
IFELAGLGKVPLKRAFDLINYLGNENHTAPITEALFQTDLIYNLLEKLGYMDLASRLVTRVFKLLQNQIQQQTWTDEGTP
SMRELRSALLEFACTHNLGNCSTTAMKLFDDWMASNGTQSLPTDVMTTVFKVGAKTDKGWSFLLGKYISIGSEAEKNKIL
EALASSEDVRKLYWLMKSSLNGDNFRTQKLSFIIRTVGRHFPGHLLAWDFVKENWNKLVQKFPLGSYTIQNIVAGSTYLF
STKTHLSEVQAFFENQSEATFRLRCVQEALEVIQLNIQWMEKNLKSLTWWL

The query sequence (length=851) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5mj6:A 870 857 0.9988 0.9770 0.9918 0.0 5c97:A, 5c97:B, 8cgp:A, 8cgp:B, 8cgw:A, 8cgw:B, 5mj6:B, 8p0i:A, 8p0i:B, 4p8q:A, 4p8q:B, 4pj6:A, 4pj6:B, 6ydx:A, 6ydx:B, 4z7i:A, 4z7i:B, 7zyf:A, 7zyf:B
2 6rqx:A 862 861 0.4818 0.4756 0.4762 0.0 6m8p:A, 6m8p:B, 6m8p:C, 6m8p:D, 6m8p:E, 6m8p:F, 6m8p:G, 6m8p:H, 6m8p:I, 6m8p:J, 6m8p:K, 6m8p:L, 6m8p:M, 6m8p:N, 6m8p:O, 6m8p:P, 6m8p:Q, 6m8p:R, 6m8p:S, 6m8p:T, 6m8p:U, 6m8p:V, 3mdj:B, 6mgq:A, 6mgq:B, 6mgq:C, 6q4r:A, 3qnf:A, 3qnf:B, 3qnf:C, 6ryf:A, 6t6r:A, 2yd0:A, 7z28:A
3 7nup:D 884 871 0.4642 0.4468 0.4535 0.0 5ab0:C, 5ab2:B, 4e36:A, 4e36:B, 6ea4:A, 6ea4:B, 5j6s:B, 4jbs:A, 4jbs:B, 7nsk:B, 7nup:C, 7p7p:B, 7pfs:B, 3se6:A, 3se6:B
4 3mdj:C 819 857 0.4618 0.4799 0.4586 0.0 3mdj:A
5 7pfs:A 916 896 0.4653 0.4323 0.4420 0.0 5ab0:A, 5ab2:A, 5j6s:A, 5k1v:A, 7nsk:A, 7nup:A, 7nup:B, 7p7p:A, 7sh0:A
6 5k1v:B 849 859 0.4583 0.4594 0.4540 0.0 7sh0:B
7 7vpp:A 904 909 0.3702 0.3485 0.3465 1.55e-158 6buy:A, 6bv0:A, 6bv1:A, 6bv2:A, 6bv3:A, 6bv4:A, 4f5c:A, 4f5c:B, 4fke:A, 4fkh:A, 4fkk:A, 4hom:A, 5lds:D, 5lds:A, 5lds:B, 5lds:C, 5lg6:A, 5lg6:B, 4naq:A, 4nz8:A, 4ou3:A, 7vpp:C, 5z65:A
8 5lhd:C 905 915 0.3596 0.3381 0.3344 1.14e-148 6atk:C, 6atk:A, 6atk:B, 4fyq:A, 4fyr:A, 4fys:A, 4fyt:A, 5lhd:D, 5lhd:A, 5lhd:B, 6u7e:A, 6u7e:B, 6u7f:A, 6u7f:B, 6u7g:A, 6u7g:B, 7vpq:A, 7vpq:C, 7vpq:E
9 4kx7:A 875 876 0.3337 0.3246 0.3242 5.08e-146 4kx8:A, 4kx9:A, 4kxa:A, 4kxb:A, 4kxc:A, 4kxd:A
10 7u0l:A 904 907 0.3584 0.3374 0.3363 5.17e-146
11 8sw0:A 864 873 0.3267 0.3218 0.3184 2.00e-135 8sw1:A
12 4wz9:B 887 796 0.2679 0.2570 0.2864 4.81e-104 4wz9:A
13 3q7j:A 780 784 0.2679 0.2923 0.2908 1.23e-96 3q7j:B, 1z1w:A, 1z5h:A, 1z5h:B
14 8t41:A 859 443 0.1457 0.1444 0.2799 1.08e-43
15 7v9o:A 860 347 0.1210 0.1198 0.2968 1.69e-43 7v9n:A, 7v9p:A, 7v9p:B, 7v9q:A
16 5dll:A 854 344 0.1116 0.1112 0.2762 2.26e-34
17 6oiu:C 900 340 0.1116 0.1056 0.2794 8.31e-33 6oiu:A, 6oiu:B, 6oiu:D
18 4qpe:A 867 354 0.1093 0.1073 0.2627 7.51e-29 5dyf:A, 2gtq:A, 4pu2:A, 4pvb:A, 4pw4:A, 4qhp:A, 4qir:A, 4qme:A, 4quo:A
19 3b7r:L 610 470 0.1387 0.1934 0.2511 1.59e-26 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
20 6sbq:A 891 461 0.1316 0.1257 0.2430 2.42e-25 6ea1:A, 6ea2:A, 6eaa:A, 6eab:A, 3ebg:A, 3ebh:A, 3ebi:A, 6ee3:A, 6ee4:A, 6ee6:A, 6eed:A, 8ewz:A, 8ex3:A, 8eyd:A, 8eye:A, 8eyf:A, 8ez2:A, 4j3b:A, 4k5l:A, 4k5m:A, 4k5n:A, 4k5o:A, 4k5p:A, 3q43:A, 3q44:A, 4r5t:A, 4r5v:A, 4r5x:A, 6sbr:A, 8slo:A, 8svl:A, 8t6h:A, 8t7p:A, 3t8v:A, 8t83:A, 4x2u:A, 5xm7:A, 5y19:A, 5y1h:A, 5y1k:A, 5y1q:A, 5y1r:A, 5y1s:A, 5y1t:A, 5y1v:A, 5y1w:A, 5y1x:A, 5y3i:A, 4zqt:A, 4zw3:A, 4zw5:A, 4zw6:A, 4zw7:A, 4zw8:A, 4zx3:A, 4zx4:A, 4zx5:A, 4zx6:A
21 4gaa:A 606 437 0.1269 0.1782 0.2471 1.18e-23 4gaa:B
22 4xo4:A 870 376 0.1128 0.1103 0.2553 2.49e-23 3b2p:A, 3b2x:A, 3b34:A, 3b37:A, 3b3b:A, 2dq6:A, 2dqm:A, 6g8b:A, 2hpo:A, 2hpt:A, 3ked:A, 5mfr:A, 5mfs:A, 5mft:A, 3puu:A, 4q4e:A, 4q4i:A, 3qjx:A, 4xmt:A, 4xmu:A, 4xmv:A, 4xmw:A, 4xmx:A, 4xmz:A, 4xn1:A, 4xn2:A, 4xn4:A, 4xn5:A, 4xn7:A, 4xn8:A, 4xn9:A, 4xna:A, 4xnb:A, 4xnd:A, 4xo3:A, 4xo5:A, 5yo1:A, 5yq1:A, 5yq2:A, 5yqb:A, 2zxg:A
23 6koz:A 436 407 0.1210 0.2362 0.2531 1.68e-21 6a8z:A, 6a8z:B, 6iff:A, 6iff:B, 6ifg:A, 6ifg:B, 6koy:A, 6koy:B, 6koz:B, 6kp0:A, 6kp0:B, 6kp1:A, 6kp1:B
24 2xpy:A 628 376 0.1175 0.1592 0.2660 7.74e-21 2xpz:A, 2xq0:A
25 5zi5:A 850 360 0.0975 0.0976 0.2306 1.49e-14 5zi5:B, 5zi7:A, 5zi7:B, 5zie:A, 5zie:B
26 6mzm:B 968 207 0.0482 0.0424 0.1981 0.010 7egd:B, 7egh:B, 5fur:I
27 7obb:B 1130 145 0.0388 0.0292 0.2276 0.18 7ob9:B, 7oba:B, 7vba:B, 7vbb:B, 7vbc:B
28 6rax:3 625 71 0.0235 0.0320 0.2817 0.43
29 6ray:3 600 71 0.0235 0.0333 0.2817 0.44 6raw:3, 6raz:3
30 8bja:A 1563 130 0.0423 0.0230 0.2769 0.50
31 8bja:B 1638 138 0.0435 0.0226 0.2681 2.3
32 2ydp:A 361 44 0.0165 0.0388 0.3182 4.3 5m1z:A, 2w5o:A, 2ydp:B, 2ydp:C, 2ydt:A
33 4v3p:LN 134 79 0.0247 0.1567 0.2658 6.4 8ip8:XA, 8ipa:XA, 8ipb:XA, 8jiv:CM, 4v7e:CM
34 4gfv:B 288 68 0.0223 0.0660 0.2794 6.7 4gfu:A, 4gfv:A, 4nnd:A, 4nnd:B, 4nnd:D, 4nnd:G
35 8p82:A 1596 142 0.0435 0.0232 0.2606 8.8 8p82:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218