Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LEEAPWPPPEGAFVGFVLSRKEPMWADLLALAAARGGRVHRAPEPYKALRDLKEARGLLAKDLSVLALREGLGLPPGDDP
MLLAYLLDPSNTTPEGVARRYGGEWTEEAGERAALSERLFANLWGRLEGEERLLWLYREVERPLSAVLAHMEATGVRLDV
AYLRALSLEVAEEIARLEAEVFRLAGHPFNLNSRDQLERVLFDELGLPAIGKTEKTGKRSTSAAVLEALREAHPIVEKIL
QYRELTKLKSTYIDPLPDLIHPRTGRLHTRFNQTATATGRLSSSDPNLQNIPVRTPLGQRIRRAFIAEEGWLLVALDYSQ
IELRVLAHLSGDENLIRVFQEGRDIHTETASWMFGVPREAVDPLMRRAAKTINFGVLYGMSAHRLSQELAIPYEEAQAFI
ERYFQSFPKVRAWIEKTLEEGRRRGYVETLFGRRRYVPDLEARVKSVREAAERMAFNMPVQGTAADLMKLAMVKLFPRLE
EMGARMLLQVHDELVLEAPKERAEAVARLAKEVMEGVYPLAVPLEVEVGIGEDWLSAK

The query sequence (length=538) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1taq:A 807 538 0.9926 0.6617 0.9926 0.0 4bwj:A, 4bwm:A, 4c8k:A, 4c8l:A, 4c8m:A, 4c8n:A, 4c8o:A, 4cch:A, 4df4:A, 4df8:A, 4dfj:A, 4dfk:A, 4dfm:A, 4dfp:A, 4dle:A, 4dlg:A, 5e41:A, 4elt:A, 4elu:A, 4elv:A, 6fbc:A, 6fbd:A, 6fbe:A, 6fbf:A, 6fbg:A, 6fbh:A, 6fbi:A, 2ktq:A, 3ktq:A, 4ktq:A, 5ktq:A, 3lwl:A, 3lwm:A, 3m8r:A, 3m8s:A, 4n5s:A, 5nkl:A, 5o7t:A, 3ojs:A, 3oju:A, 7owf:A, 5oxj:A, 3po4:A, 3po5:A, 3py8:A, 6q4u:A, 6q4v:A, 1qss:A, 1qsy:A, 1qtm:A, 3rr7:A, 3rr8:A, 3rrg:A, 3rrh:A, 3rtv:A, 3sv3:A, 3sv4:A, 3syz:A, 3sz2:A, 5szt:A, 3t3f:A, 1tau:A, 5w6k:A, 5w6q:C, 5w6q:G, 4xiu:A, 5ytc:A, 5ytd:A, 5yte:A, 5ytf:A, 5ytg:A, 5yth:A, 5z3n:A
2 5w6q:A 515 536 0.9517 0.9942 0.9552 0.0
3 4n56:A 494 538 0.9145 0.9960 0.9145 0.0
4 4dqq:D 584 425 0.4033 0.3716 0.5106 2.34e-135 4b9l:A, 4b9m:A, 4b9n:A, 4b9s:A, 4b9t:A, 4b9u:A, 4b9v:A, 2bdp:A, 3bdp:A, 4bdp:A, 4dqi:A, 4dqi:D, 4dqp:A, 4dqp:D, 4dqq:A, 4dqr:A, 4dqr:D, 4dqs:A, 4ds4:A, 4ds5:A, 4dse:D, 4dsf:D, 4dsi:A, 4dsj:A, 4dsj:B, 4dsk:A, 4dsl:A, 6dsu:A, 6dsv:A, 6dsw:A, 6dsx:A, 6dsy:A, 4dwi:A, 4e0d:A, 3eyz:A, 3ez5:A, 3ez5:D, 4ez6:D, 4ez9:A, 4ez9:D, 4f2r:A, 4f2r:D, 4f2s:A, 4f2s:D, 4f3o:A, 4f3o:D, 4f4k:A, 4f4k:D, 4f8r:A, 2hhq:A, 2hhs:A, 2hht:A, 2hhu:A, 2hhv:A, 2hhw:D, 2hhw:A, 2hhx:A, 3hp6:A, 3hp6:D, 3hpo:A, 3ht3:A, 3ht3:D, 2hvh:A, 2hvh:D, 2hvi:A, 2hvi:D, 2hw3:A, 7k5o:A, 7k5p:A, 7k5q:A, 7k5r:A, 7k5s:A, 7k5t:A, 7k5u:A, 1l3s:A, 1l3t:A, 1l3u:A, 1l3v:A, 1l5u:A, 1lv5:A, 1lv5:B, 6mu4:A, 6mu5:A, 1njw:A, 1njx:A, 1njy:A, 1njz:A, 1nk0:A, 1nk4:A, 1nk5:A, 1nk6:A, 1nk7:A, 1nk8:A, 1nk9:A, 1nkb:A, 1nkc:A, 1nke:A, 4o0i:A, 6p5c:A, 3pv8:A, 3pv8:D, 3px0:D, 3px4:D, 3px6:A, 3px6:D, 8scg:A, 8scg:D, 8sci:A, 8sci:D, 8scj:A, 8scj:D, 8sck:A, 8sck:D, 8scl:A, 8scl:D, 8scm:A, 8scm:D, 8scn:A, 8scn:D, 8sco:A, 8sco:D, 8scp:A, 8scp:D, 8scq:A, 8scq:D, 8scr:A, 8scr:D, 8scs:A, 8scs:D, 8sct:A, 8sct:D, 8scu:A, 8scu:D, 3tan:A, 3tap:A, 3taq:A, 3tar:A, 3thv:A, 3thv:D, 3ti0:A, 3ti0:D, 1u45:A, 1u47:A, 1u48:A, 1u49:A, 1u4b:A, 1ua0:A, 1ua1:A, 6ueu:A, 6ueu:D, 4uqg:A, 6ur2:A, 6ur4:A, 6ur9:A, 6ur9:D, 6us5:A, 6us5:D, 1xc9:A, 2xo7:A, 2xy5:A, 2xy6:A, 2xy7:A, 2y1i:A, 2y1j:A, 4yfu:A, 4yfu:D
5 4ds4:D 561 412 0.3792 0.3636 0.4951 1.42e-126 4ds5:D, 4dse:A, 4dsf:A, 4ez6:A, 4f8r:D, 3px0:A, 3px4:A
6 8oo6:A 604 437 0.3866 0.3444 0.4760 6.55e-124 1d8y:A, 1d9d:A, 1d9f:A, 1kfs:A, 2kfn:A, 2kfz:A, 1kln:A, 1krp:A, 1ksp:A, 2kzm:A, 2kzz:A, 8ooy:A, 1qsl:A
7 1kfd:A 560 437 0.3532 0.3393 0.4348 7.14e-106
8 6vdd:A 567 409 0.3327 0.3157 0.4377 1.20e-105 6vdd:D
9 6vde:A 860 409 0.3327 0.2081 0.4377 3.18e-102 6vde:B
10 4xvi:A 647 502 0.3160 0.2628 0.3386 1.34e-79 4xvk:A, 4xvl:A, 4xvm:A
11 6vdc:A 497 314 0.2565 0.2777 0.4395 1.60e-79
12 8ef9:A 599 508 0.3141 0.2821 0.3327 2.95e-79 8efc:A, 8efk:A
13 7zus:CCC 650 528 0.3048 0.2523 0.3106 6.75e-73 8e23:A, 8e24:A, 8e24:D, 8gd7:A, 4x0p:A, 4x0p:B, 4x0p:C, 4x0p:D, 4x0q:A, 4x0q:B, 7zus:AAA, 7zus:BBB, 7zx0:AAA, 7zx0:BBB, 7zx0:CCC, 7zx0:DDD, 7zx0:EEE, 7zx0:FFF, 7zx1:AAA, 7zx1:BBB, 7zx1:CCC, 7zx1:DDD, 7zx1:EEE, 7zx1:FFF
14 8e23:D 603 526 0.3048 0.2720 0.3118 2.33e-64
15 6xbu:A 605 526 0.2900 0.2579 0.2966 7.43e-63
16 6n9u:H 645 447 0.2119 0.1767 0.2550 7.95e-22 6n9v:H, 6n9w:H, 6n9x:H, 6p7e:D
17 1sks:A 681 384 0.1859 0.1468 0.2604 1.42e-20 1skr:A, 1skw:A, 1sl1:A, 1sl2:A, 1t7p:A, 1tk5:A, 1x9m:A, 1x9s:A, 1x9w:A, 1zyq:A
18 6p7e:C 672 384 0.1859 0.1488 0.2604 2.28e-20 1sl0:A, 1sl0:C
19 2ajq:A 704 385 0.1859 0.1420 0.2597 3.82e-20 2ajq:F, 6n7w:H, 6p7e:A, 6p7e:B, 1t8e:A, 1tk0:A, 1tk8:A, 1tkd:A
20 8y9c:B 1609 49 0.0316 0.0106 0.3469 0.75
21 4kdx:A 207 140 0.0706 0.1836 0.2714 2.0 4kdx:B
22 5k16:B 328 45 0.0279 0.0457 0.3333 2.3 5cvm:A, 5k16:A, 5k1c:A, 5l8h:A, 5l8w:A
23 3ogd:A 288 32 0.0260 0.0486 0.4375 2.3 3cvs:A, 3cvs:B, 3cvs:C, 3cvs:D, 3cvt:A, 3cvt:B, 3cvt:C, 3cvt:D, 3cw7:A, 3cw7:B, 3cw7:C, 3cw7:D, 3cwa:A, 3cwa:B, 3cwa:C, 3cwa:D, 3cws:A, 3cws:B, 3cws:C, 3cws:D, 3cwt:A, 3cwt:B, 3cwt:C, 3cwt:D, 3cwu:A, 3cwu:B, 3cwu:C, 3cwu:D, 3d4v:A, 3d4v:B, 3d4v:C, 3d4v:D, 1diz:B, 1diz:A, 3oh6:A, 3oh9:A, 1pvs:A, 1pvs:B
24 8y9b:B 1607 49 0.0297 0.0100 0.3265 3.5
25 6oq5:A 2346 36 0.0279 0.0064 0.4167 3.7 6oq7:A, 7s0z:B, 7s0z:A
26 1qd1:B 325 102 0.0576 0.0954 0.3039 3.8 1qd1:A
27 7ml7:A 1216 49 0.0297 0.0132 0.3265 3.9
28 5hss:A 366 88 0.0409 0.0601 0.2500 5.2 5g1u:A, 5g1u:B, 5g1u:C, 5g1u:D, 5g1u:E, 5g1w:A, 5g1w:B, 5hss:B, 5hss:E, 5hss:C, 5hss:D, 6tfn:A, 6tfn:D, 6tfn:F, 6tfn:G, 6tfn:H, 6tfn:I, 6tfn:J
29 1ued:A 391 146 0.0669 0.0921 0.2466 6.5 1ued:B
30 8xon:O 593 163 0.0781 0.0708 0.2577 7.2 8xon:S, 8xon:R, 8xon:Q, 8xon:P, 8xon:T, 8xoo:R, 8xoo:Q, 8xoo:P, 8xoo:T, 8xoo:S
31 2yfb:B 238 59 0.0428 0.0966 0.3898 8.8 2yfa:A, 2yfa:B, 2yfb:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218