Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LAEAMVDLGAIEHNVRVLREHAGHAQLMAVVKADGYGHGATRVAQTALGAGAAELGVATVDEALALRADGITAPVLAWLH
PPGIDFGPALLADVQVAVSSLRQLDELLHAVRRTGRTATVTVKVDTGLNRNGVGPAQFPAMLTALRQAMAEDAVRLRGLM
SHMVYADKPDDSINDVQAQRFTAFLAQAREQGVRFEVAHLSNSSATMARPDLTFDLVRPGIAVYGLSPVPALGDMGLVPA
MTVKCAVALVKSIRAGEGVSYGHTWIAPRDTNLALLPIGYADGVFRSLGGRLEVLINGRRCPGVGRICMNQFMVDLGPGP
LDVAEGDEAILFGPGIRGEPTAQDWADLVGTIHYEVVTSPRGRITRTYREA

The query sequence (length=371) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6scz:A 373 371 0.9973 0.9920 0.9973 0.0 8b8h:A, 8b8h:B, 6scz:B, 1xfc:A, 1xfc:B
2 1vfs:A 383 369 0.4825 0.4674 0.4851 1.32e-96 1vfh:A, 1vfs:B, 1vft:A, 1vft:B
3 5fag:A 390 378 0.4825 0.4590 0.4735 4.32e-95 5fac:A, 5fac:B, 5fac:C, 5fac:D, 5fag:B, 5fag:C, 5fag:D, 5faj:A, 5faj:B, 5faj:C, 5faj:D
4 2dy3:D 344 363 0.3908 0.4215 0.3994 1.56e-76 2dy3:A, 2dy3:B, 2dy3:C
5 5irp:A 386 371 0.3639 0.3497 0.3639 1.92e-74 5irp:B, 6q70:A, 6q70:B, 6q71:A, 6q71:B, 6q72:A, 6q72:B, 6q72:D, 6q72:E
6 2vd8:A 387 368 0.3612 0.3463 0.3641 1.44e-59 2vd8:B, 2vd9:A, 2vd9:B
7 5yyc:A 368 370 0.3208 0.3234 0.3216 8.02e-57 5yyc:C
8 4lut:A 375 360 0.3315 0.3280 0.3417 1.28e-55 4lus:B, 4lut:B
9 1epv:A 382 371 0.3801 0.3691 0.3801 4.79e-55 1bd0:A, 1bd0:B, 1epv:B, 1ftx:A, 1ftx:B, 1l6f:A, 1l6f:B, 1l6g:A, 1l6g:B, 1niu:A, 1niu:B, 1sft:A, 1sft:B, 2sfp:A, 2sfp:B, 1xqk:A, 1xqk:B, 1xql:A, 1xql:B
10 3e5p:B 371 371 0.3666 0.3666 0.3666 7.90e-55 3e5p:A, 3e5p:C, 3e6e:A, 3e6e:C, 3e6e:B
11 6g59:A 387 370 0.3261 0.3127 0.3270 6.12e-54 6g58:A, 6g58:B, 6g59:B
12 4y2w:A 388 365 0.2965 0.2835 0.3014 1.79e-53 4y2w:B
13 3b8t:A 359 371 0.3531 0.3649 0.3531 5.49e-51 3b8t:B, 3b8t:C, 3b8t:D, 3b8u:A, 3b8u:B, 3b8u:C, 3b8u:D, 3b8v:A, 3b8v:B, 3b8v:C, 3b8v:D, 3b8w:A, 3b8w:B, 3b8w:C, 3b8w:D, 2rjg:A, 2rjg:B, 2rjg:C, 2rjg:D, 2rjh:A, 2rjh:B, 2rjh:C, 2rjh:D, 4wr3:A, 4wr3:B, 4wr3:C, 4wr3:D, 4xbj:A, 4xbj:B, 4xbj:C, 4xbj:D
14 7xll:A 378 374 0.3315 0.3254 0.3289 3.26e-49 7xll:B
15 4fs9:A 384 358 0.3261 0.3151 0.3380 2.05e-43 4fs9:B
16 6a2f:A 358 369 0.3315 0.3436 0.3333 4.48e-42 6a2f:B
17 1rcq:A 357 373 0.3396 0.3529 0.3378 1.53e-41
18 4a3q:A 356 367 0.2911 0.3034 0.2943 1.93e-40 4a3q:B
19 4bf5:A 396 365 0.3100 0.2904 0.3151 1.74e-39 4bf5:B
20 3co8:A 360 372 0.2992 0.3083 0.2984 3.14e-35 3co8:B
21 5zl6:A 372 322 0.2615 0.2608 0.3012 1.98e-34 5zl6:B, 5zl6:C, 5zl6:D
22 4beu:A 392 341 0.2561 0.2423 0.2786 2.02e-30 7agz:A, 7agz:B, 4beq:A
23 4v15:A 373 203 0.1509 0.1501 0.2759 1.56e-04 4v15:B
24 6qkb:A 384 197 0.1348 0.1302 0.2538 0.12 6qkb:B
25 8qpl:A 331 88 0.0755 0.0846 0.3182 0.91 8qpl:B
26 6pop:A 475 120 0.0782 0.0611 0.2417 1.4 6pop:B, 6pop:C, 6pop:D, 6pop:E, 6pop:F
27 4pb3:B 389 71 0.0512 0.0488 0.2676 1.9 4pb3:A, 4pb4:A, 4pb4:B, 4pb5:A, 4pb5:B, 3wqc:A, 3wqc:B, 3wqd:A, 3wqd:B, 3wqe:A, 3wqe:B, 3wqf:A, 3wqf:B, 3wqg:A, 3wqg:B
28 1s24:A 56 24 0.0350 0.2321 0.5417 2.2
29 8bmw:H 275 38 0.0377 0.0509 0.3684 5.5 8bmw:I
30 3efw:B 242 43 0.0377 0.0579 0.3256 6.1 3efw:A, 3w18:A, 3w18:B, 2wqe:A
31 6vph:A 284 43 0.0377 0.0493 0.3256 6.9 5aad:A, 5aae:A, 5aaf:A, 5aag:A, 7ayh:A, 7ayi:A, 4b0g:A, 2bmc:A, 2bmc:B, 2bmc:C, 2bmc:D, 2bmc:E, 2bmc:F, 4bn1:A, 4byi:A, 4byj:A, 8c14:A, 8c15:A, 8c1d:A, 8c1e:A, 8c1f:A, 8c1g:A, 8c1h:A, 8c1i:A, 8c1k:A, 8c1m:A, 6c2r:A, 6c2t:A, 4c3p:A, 4c3p:D, 4c3r:A, 2c6d:A, 2c6e:A, 2c6e:B, 6c83:A, 6c83:B, 4ceg:A, 3coh:A, 3coh:B, 6cpf:A, 6cpg:A, 6cpg:D, 3d14:A, 3d15:A, 3d2i:A, 3d2k:A, 3daj:A, 4dea:A, 4deb:A, 4ded:A, 4dee:A, 4dhf:A, 4dhf:B, 3dj5:A, 3dj6:A, 3dj7:A, 5dn3:A, 5dnr:A, 5dos:A, 5dpv:A, 5dr2:A, 5dr6:A, 5dr9:A, 5drd:A, 5dt0:A, 5dt3:A, 5dt4:A, 2dwb:A, 3e5a:A, 5ew9:A, 3fdn:A, 7fic:A, 5g15:A, 5g1x:A, 6gra:A, 8guw:A, 8guw:B, 8guw:C, 3h0y:A, 3h0z:A, 3h0z:B, 3h0z:C, 3h10:A, 3h10:B, 3h10:D, 3ha6:A, 6hjj:A, 6hjk:A, 6i2u:A, 2j4z:A, 2j4z:B, 2j50:A, 2j50:B, 4j8m:A, 4jai:A, 4jaj:A, 4jbo:A, 4jbp:A, 4jbq:A, 8jf4:A, 8jg8:A, 8jmx:A, 3k5u:A, 5l8j:A, 5l8k:A, 5l8l:A, 3lau:A, 5lxm:A, 3m11:A, 1mq4:A, 1muo:A, 3myg:A, 2np8:A, 3nrm:A, 4o0s:A, 4o0u:A, 4o0w:A, 7o2v:A, 3o50:A, 3o50:B, 3o51:A, 5obj:A, 5obr:A, 5odt:A, 8of5:A, 1ol5:A, 1ol6:A, 1ol7:A, 5one:A, 5orl:A, 5orn:A, 5oro:A, 5orp:A, 5orr:A, 5ors:A, 5ort:A, 5orv:A, 5orw:A, 5orx:A, 5ory:A, 5orz:A, 5os0:A, 5os1:A, 5os2:A, 5os3:A, 5os4:A, 5os5:A, 5os6:A, 5osd:A, 5ose:A, 5osf:A, 3p9j:A, 4prj:A, 8pr7:D, 8pr7:A, 3qbn:A, 3r21:A, 3r22:A, 6r49:A, 6r4a:A, 6r4b:A, 6r4c:A, 6r4d:A, 8sso:A, 8sso:D, 8ssp:A, 3unz:A, 3unz:B, 3uo4:A, 3uo5:A, 3uo6:A, 3uo6:B, 3uod:A, 3uoh:A, 3uoh:B, 3uoj:A, 3uoj:B, 3uok:A, 3uok:B, 3uol:A, 3uol:B, 3up2:A, 3up7:A, 4uyn:A, 4uzd:A, 4uzd:B, 4uzh:A, 3vap:A, 6vpg:A, 6vpi:A, 6vpj:A, 6vpl:B, 6vpl:A, 6vpm:B, 6vpm:A, 2w1c:A, 2w1d:A, 2w1e:A, 2w1f:A, 2w1g:A, 3w10:A, 3w16:A, 2wtv:A, 2wtv:B, 2wtv:C, 2wtv:D, 2wtw:A, 2x6d:A, 2x6e:A, 2x81:A, 2xne:A, 2xng:A, 2xru:A, 6z4y:A, 5zan:A, 4zs0:A, 4ztq:A, 4ztr:A, 4zts:A, 7ztl:A
32 7r86:B 285 36 0.0377 0.0491 0.3889 9.2 7r86:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218