Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KYVDKIHIGNYEIDAWYFSPFPEDYGKQPKLWLCEYCLKYMKYEKSYRFHLGQCQWRQPPGKEIYRKSNISVHEVDGKDH
KIYCQNLCLLAKLFLDHKTLYFDVEPFVFYILTEVDRQGAHIVGYFSKEKESPDGNNVSCIMILPPYQRRGYGRFLIAFS
YELSKLESTVGSPEKPLSDLGKLSYRSYWSSVLLENLRDLSIKDLSQMTSITQNDIISTLQSLNMVKYWKGQHVICVTPK
LVEEHLKSAQYKKPPITVDSVCLKWAPP

The query sequence (length=268) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5wci:A 284 271 0.9776 0.9225 0.9668 0.0 6ba2:A, 6ba4:A, 7cmr:A, 6ct2:A, 4dnc:A, 4dnc:B, 2giv:A, 5j8c:A, 5j8f:A, 6oin:A, 6oio:A, 6oip:A, 6oiq:A, 6oir:A, 6owh:A, 6owi:A, 6pd8:A, 6pd9:A, 6pda:A, 6pdb:A, 6pdc:A, 6pdd:A, 6pde:A, 6pdf:A, 6pdg:A, 2pq8:A, 3qah:A, 3toa:A, 3tob:A, 8w13:A, 2y0m:A
2 7d0p:A 276 272 0.5784 0.5616 0.5699 2.68e-114 7d0o:A, 7d0q:A, 7d0r:A, 7d0s:A, 5gk9:A, 6maj:A, 6mak:A
3 8dd5:A 272 267 0.5821 0.5735 0.5843 1.17e-109 1m36:A, 2ozu:A, 2rc4:A
4 2ou2:A 246 267 0.5299 0.5772 0.5318 4.11e-101
5 5j9q:E 293 270 0.4925 0.4505 0.4889 2.23e-95 1fy7:A, 5j9q:I, 5j9q:A, 5j9w:E, 5j9w:I, 1mj9:A, 1mja:A, 1mjb:A, 3to6:A, 3to7:A, 3to9:A, 7vvu:P, 7vvz:P
6 2pr1:A 152 18 0.0410 0.0724 0.6111 0.67 2pr1:B
7 3dxt:A 331 95 0.1007 0.0816 0.2842 1.9 4d6q:A, 4d6r:A, 4d6s:A, 3dxu:A, 7dyg:A, 7dyq:A, 6ete:A, 6etg:A, 6ets:A, 6ett:A, 6etu:A, 6etv:A, 6etw:A, 5f5a:A, 5f5c:A, 6f5q:A, 6f5r:A, 6f5s:A, 6f5t:A, 5fp4:A, 5fp7:A, 5fp8:A, 5fp9:A, 5fpa:A, 5fpb:A, 6h0w:A, 6h0x:A, 6h0y:A, 6h0z:A, 6h10:A, 6h11:A, 4hon:A, 4hon:B, 4hoo:A, 4hoo:B, 5ph0:A, 5ph1:A, 5ph2:A, 5ph3:A, 5ph4:A, 5ph5:A, 5ph6:A, 5ph7:A, 5ph8:A, 5ph9:A, 5pha:A, 5phb:A, 5phc:A, 5phd:A, 5phe:A, 5phf:A, 5phg:A, 5phh:A, 5phi:A, 5phj:A, 5phk:A, 5phl:A, 5phm:A, 5phn:A, 5pho:A, 5php:A, 5phq:A, 5phr:A, 5phs:A, 5pht:A, 5phu:A, 5phv:A, 5phw:A, 5phx:A, 5phy:A, 5phz:A, 5pi0:A, 5pi1:A, 5pi2:A, 5pi3:A, 5pi4:A, 5pi5:A, 5pi6:A, 5pi7:A, 5pi8:A, 5pi9:A, 5pia:A, 5pib:A, 5pic:A, 5pid:A, 5pie:A, 5pif:A, 5pig:A, 5pih:A, 5pii:A, 5pij:A, 5pik:A, 5pil:A, 5pim:A, 5pin:A, 5pio:A, 5pip:A, 5piq:A, 5pir:A, 5pis:A, 5pit:A, 5piu:A, 5piv:A, 5piw:A, 5pix:A, 5piy:A, 5piz:A, 5pj0:A, 5pj1:A, 5pj2:A, 5pj3:A, 5pj4:A, 5pj5:A, 5pj6:A, 5pj7:A, 5pj8:A, 5pj9:A, 5pja:A, 5pjb:A, 5pjc:A, 5pjd:A, 5pje:A, 5pjf:A, 5pjg:A, 5pjh:A, 5pji:A, 5pjj:A, 5pjk:A, 5pjl:A, 5pjm:A, 5pjn:A, 5pjo:A, 5pjp:A, 5pjq:A, 5pjr:A, 5pjs:A, 5pjt:A, 5pju:A, 5pjv:A, 5pjw:A, 5pjx:A, 5pjy:A, 5pjz:A, 5pk0:A, 5pk1:A, 5pk2:A, 5pk3:A, 5pk4:A, 5pk5:A, 5pk6:A, 5pk7:A, 5pk8:A, 5pk9:A, 5pka:A, 5pkb:A, 5pkc:A, 5pkd:A, 5pke:A, 5pkf:A, 5pkg:A, 5pkh:A, 5pki:A, 5pkj:A, 5pkk:A, 5pkl:A, 5pkm:A, 5pkn:A, 5pko:A, 5pkp:A, 5pkq:A, 5pkr:A, 5pks:A, 5pkt:A, 5pku:A, 5pkv:A, 5pkw:A, 5pkx:A, 5pky:A, 5pkz:A, 5pl0:A, 5pl1:A, 5pl2:A, 5pl3:A, 5pl4:A, 5pl5:A, 5pl6:A, 5pl7:A, 5pl8:A, 5pl9:A, 5pla:A, 5plb:A, 5plc:A, 5pld:A, 5ple:A, 5plf:A, 5plg:A, 5plh:A, 5pli:A, 5plj:A, 5plk:A, 5pll:A, 5plm:A, 5pln:A, 5plo:A, 5plp:A, 5plq:A, 5plr:A, 5pls:A, 5plt:A, 5plu:A, 5plv:A, 5plw:A, 5plx:A, 5ply:A, 5plz:A, 5pm0:A, 5pm1:A, 5pm2:A, 5pm3:A, 5pm4:A, 5pm5:A, 5pm6:A, 5pm7:A, 5pm8:A, 5pm9:A, 5pma:A, 5pmb:A, 5pmc:A, 5pmd:A, 5pme:A, 5pmf:A, 5pmg:A, 5pmh:A, 5pmi:A, 5pmj:A, 5pmk:A, 5pml:A, 5pmm:A, 5pmn:A, 5pmo:A, 5pmp:A, 5pmq:A, 5pmr:A, 5pms:A, 5pmt:A, 5pmu:A, 5pmv:A, 5pmw:A, 5pmx:A, 5pmy:A, 5pmz:A, 5pn0:A, 5pn1:A, 5pn2:A, 5pn3:A, 5pn4:A, 5pn5:A, 5pn6:A, 5pn7:A, 5pn8:A, 5pn9:A, 5pna:A, 5pnb:A, 5pnc:A, 5pnd:A, 5pne:A, 5pnf:A, 5png:A, 5pnh:A, 5pni:A, 5pnj:A, 5pnk:A, 5pnl:A, 5pnm:A, 5pnn:A, 5pno:A, 5pnp:A, 5pnq:A, 5pnr:A, 5pns:A, 5pnu:A, 5pnv:A, 5pnw:A, 8wug:A
8 6vr7:A 485 30 0.0410 0.0227 0.3667 3.5
9 2rsj:A 92 26 0.0410 0.1196 0.4231 4.3 2els:A, 2rut:A, 2rv6:A
10 4psw:A 316 48 0.0560 0.0475 0.3125 5.8 1bob:A, 4psx:A, 4psx:D, 7xay:A
11 2gys:B 406 42 0.0560 0.0369 0.3571 8.4
12 7aor:w 175 55 0.0522 0.0800 0.2545 8.8
13 7apn:A 269 90 0.0896 0.0892 0.2667 9.3 7apn:B, 4flf:A, 4gi1:A, 4gi1:B, 4glb:A, 4glb:B, 1gt6:A, 1gt6:B, 6hw1:B, 4kjx:B, 4n8s:A, 4n8s:B, 6o8v:A, 6o9f:A, 6o9f:F, 6o9f:B, 6o9f:C, 6o9f:E, 6o9f:D, 6osz:A, 6osz:F, 6osz:B, 6osz:C, 6osz:E, 6osz:D, 4s0x:B, 6xok:A, 6xrv:A, 6xrv:F, 6xrv:B, 6xrv:C, 6xrv:E, 6xrv:D, 6xs3:A, 6xs3:F, 6xs3:B, 6xs3:C, 6xs3:E, 6xs3:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218