Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KYRCKVCDYIYDPEVGDPTSGIKPGTPFQELPEDWLCPVCNVGKDQFEPLPEDIDMFCYQCSQTVRGRACTVKGVCGKEA
TVARLQDNLLFAIKGISAYLYHARELGYTDEVVDAFLERGFYSTLTNVNFDAEEFVSLALEAGEMNLRTMKLLKKAHMDT
YGEPEPAEVRVGALDGPAIIATGHSLKALEELLKQTEGSGVNVYTHSELLPAHGYPGLRKYPHLAGQLGGPWFDQRETFS
RYSAAVLGTSNCVLLPRDSYRDRMFTCGVARLPGVEHVDGYDFSPVIEKALELPPLKEEDSATLTTGFGLSTILSLADKI
KELVEEGKIRRFFLVGGCDSPLPQAKYYTEFVRKLPEDTVVLTLACGKYRFNSMDLGDIDGIPRLIDLGQCNDSIVAVEL
VEALSNLFSMDVNELPLSIVLSWMEQKAAAILWSLLSLNLRGMYIGPILPGWANDDIINVLVDKYELTPIGDPEEDIKKM
MEVD

The query sequence (length=484) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7e0l:A 491 490 0.9959 0.9817 0.9837 0.0 7e0l:B, 7e0l:K, 7e0l:M, 7wsx:A, 7wsx:B
2 8cnr:A 548 406 0.3574 0.3157 0.4261 2.08e-116 8cns:A
3 8cnr:A 548 198 0.1302 0.1150 0.3182 1.01e-16 8cns:A
4 1gn9:A 543 417 0.3492 0.3112 0.4053 1.89e-114 1gn9:B, 1gnl:A, 1gnl:B, 1oa0:A, 1oa0:B, 1upx:A, 1upx:B
5 1gn9:A 543 77 0.0661 0.0589 0.4156 2.89e-12 1gn9:B, 1gnl:A, 1gnl:B, 1oa0:A, 1oa0:B, 1upx:A, 1upx:B
6 7de4:A 550 395 0.3533 0.3109 0.4329 1.79e-111
7 7de4:A 550 91 0.0930 0.0818 0.4945 1.35e-18
8 1e1d:A 553 449 0.3698 0.3237 0.3987 3.23e-109 1e2u:A, 1e9v:A, 1gnt:A, 1oa1:A, 1w9m:A
9 1e1d:A 553 115 0.0909 0.0796 0.3826 1.79e-17 1e2u:A, 1e9v:A, 1gnt:A, 1oa1:A, 1w9m:A
10 6bd4:A 379 53 0.0682 0.0871 0.6226 1.86e-18
11 2pvx:B 54 50 0.0682 0.6111 0.6600 2.78e-18 2pvx:A, 2pvx:C, 2pvx:D, 2pvx:E, 2pvx:F, 2pvx:G, 2pvx:H
12 6gps:A 330 53 0.0661 0.0970 0.6038 1.08e-17 6gpx:A
13 5xpd:A 269 48 0.0640 0.1152 0.6458 1.24e-17
14 6iiv:A 461 87 0.0785 0.0824 0.4368 2.44e-17 1b13:A, 1b2j:A, 1b2o:A, 1b2o:B, 1be7:A, 1bfy:A, 1c09:A, 1c09:B, 1c09:C, 1fhh:A, 1fhm:A, 6iiu:A, 1irn:A, 1iro:A, 1r0h:A, 4rxn:A, 5rxn:A, 1smm:A, 1smu:A, 1smw:A, 1t9o:A, 1t9o:B, 1t9o:C, 1t9p:A, 1t9p:B, 1t9p:C, 1t9q:A
15 5vbl:B 353 52 0.0661 0.0907 0.6154 2.51e-17 6knm:B, 7sus:A
16 4xnw:C 350 52 0.0661 0.0914 0.6154 2.53e-17 4xnv:A, 4xnw:A
17 6ln2:A 437 57 0.0682 0.0755 0.5789 3.32e-17 3c59:A, 3c5t:A, 3iol:A, 5otu:A, 5otu:C, 5otv:C, 5otv:A, 5otw:C, 5otw:A, 5otx:A, 5otx:C, 4zgm:A
18 6me8:A 449 61 0.0702 0.0757 0.5574 4.88e-17 6me6:A, 6me7:A, 6me9:A
19 6li2:A 347 52 0.0661 0.0922 0.6154 4.96e-17
20 5ai2:A 54 50 0.0599 0.5370 0.5800 4.46e-16 5ai3:A, 4ar3:A, 4ar4:A, 4ar5:A, 4ar6:A, 9bkl:A, 9bkp:A, 9bkt:A, 1bq8:A, 1bq9:A, 1brf:A, 1caa:A, 1cad:A, 1iu5:A, 1iu6:A, 4k9f:A, 3kyu:A, 3kyv:A, 3kyw:A, 3kyx:A, 3kyy:A, 5nw3:A, 5ome:A, 3ryg:A, 3rz6:A, 3rzt:A, 3ss2:A, 1vcx:A, 1zrp:A
21 2dsx:A 52 47 0.0640 0.5962 0.6596 5.48e-16 1rdg:A
22 2pve:A 52 48 0.0558 0.5192 0.5625 7.50e-16 2pve:B, 2pve:C
23 1yk5:A 53 48 0.0579 0.5283 0.5833 8.47e-16 2pya:A, 1yk4:A, 1yk5:B, 1yk5:C, 1yk5:D
24 7f1t:A 423 53 0.0640 0.0733 0.5849 2.89e-15 6akx:A, 6akx:B, 6aky:A, 5d65:B, 5d65:A, 5d65:D, 4mbs:A, 4mbs:B, 5uiw:A
25 2kkd:A 52 48 0.0599 0.5577 0.6042 6.69e-15 2ql0:A, 1rb9:A, 1rdv:A, 2rdv:A, 2rdv:B, 2rdv:C, 7rxn:A, 8rxn:A
26 1dx8:A 70 57 0.0558 0.3857 0.4737 1.17e-13 1h7v:A
27 2ms3:A 57 50 0.0517 0.4386 0.5000 9.25e-13
28 6rxn:A 45 49 0.0537 0.5778 0.5306 1.57e-11
29 2v3b:B 53 48 0.0496 0.4528 0.5000 7.52e-11
30 8ito:B 74 51 0.0475 0.3108 0.4510 4.35e-10 8ito:A
31 8f6t:A 428 52 0.0517 0.0584 0.4808 3.33e-09
32 1s24:A 56 47 0.0413 0.3571 0.4255 4.52e-09
33 2kn9:A 81 47 0.0413 0.2469 0.4255 4.28e-08 7a9a:A, 7a9a:B, 7a9a:C, 7a9a:D, 7a9a:E, 7a9a:F, 7a9a:G, 7a9a:H
34 6ytt:C 630 177 0.0826 0.0635 0.2260 5.09e-05 6ytt:B, 6yu9:A, 6yu9:B, 6yu9:C, 6yu9:D, 6yua:B, 6yua:C
35 3i39:X 635 181 0.1033 0.0787 0.2762 1.08e-04 3b51:X, 3b52:X, 3b53:X, 7err:A, 5fle:X, 8omx:X, 8omy:X, 8on0:X, 8on1:X, 8on2:X, 8on3:X, 1su6:A, 1su7:A, 1su8:A, 1suf:A, 4udx:X, 4udy:X, 8x9d:A, 8x9e:A, 8x9f:A, 8x9g:A, 8x9h:A, 7xdm:A, 7xdn:A, 7xdp:A, 2yiv:X, 7zx3:X, 7zx5:X, 7zx6:X, 7zxc:X, 7zxj:X, 7zxl:X, 7zxx:X, 7zy1:X
36 7b7q:A 629 200 0.1033 0.0795 0.2500 1.11e-04 7b7q:B, 7b7t:A, 7b7t:B, 7b95:A, 7b95:B, 7b97:A, 7b97:B, 7b9a:A, 7b9a:B, 7b9a:C, 7b9a:D
37 7b7q:A 629 87 0.0517 0.0397 0.2874 0.84 7b7q:B, 7b7t:A, 7b7t:B, 7b95:A, 7b95:B, 7b97:A, 7b97:B, 7b9a:A, 7b9a:B, 7b9a:C, 7b9a:D
38 1jqk:A 610 164 0.0868 0.0689 0.2561 0.010 1jqk:B, 1jqk:C, 1jqk:D, 1jqk:E, 1jqk:F
39 4unm:B 609 116 0.0661 0.0525 0.2759 0.053 5lxz:B, 4unm:A
40 3i01:A 673 378 0.1508 0.1085 0.1931 0.066 3i01:B, 3i01:C, 3i01:D, 3i04:A, 3i04:B, 3i04:C, 3i04:D, 1mjg:A, 1mjg:B, 1mjg:C, 1mjg:D, 1oao:A, 1oao:B, 6x5k:A, 6x5k:B, 6x5k:C, 6x5k:D, 2z8y:A, 2z8y:B, 2z8y:C, 2z8y:D
41 6b6w:B 628 137 0.0682 0.0525 0.2409 0.20 6b6v:A, 6b6v:B, 6b6w:A, 6b6x:A, 6b6x:B, 6b6y:A, 6b6y:B, 6dc2:A, 6dc2:B, 6dc2:C, 6dc2:D, 6onc:A, 6onc:B, 6onc:C, 6onc:D, 6ond:A, 6ond:B, 6ond:C, 6ond:D, 6ons:A, 7tsj:A, 6vwy:A, 6vwy:B, 6vwz:A, 6vwz:B, 6vx0:A, 6vx0:B, 6vx1:A, 6vx1:B
42 6t7j:B 632 367 0.1467 0.1123 0.1935 0.32 6t7j:A, 6t7j:D
43 6iia:B 1030 143 0.0682 0.0320 0.2308 0.43 6iia:E, 3w9j:B, 3w9j:E
44 5o0j:A 453 50 0.0331 0.0353 0.3200 1.2
45 7w1y:2 706 92 0.0455 0.0312 0.2391 1.2 7pfo:2, 7plo:2, 8q6o:A, 8q6o:2, 8q6p:2, 7w1y:A, 6xtx:2, 6xty:2
46 6elq:X 630 436 0.1736 0.1333 0.1927 1.4 6elq:A, 6elq:B
47 8f2m:D 434 131 0.0682 0.0760 0.2519 5.7
48 6qti:A 1038 95 0.0517 0.0241 0.2632 6.7 1d4o:A, 1djl:A, 1djl:B, 1pt9:A, 1pt9:B, 6qti:B, 6que:A, 6que:B, 1u31:A, 1u31:B
49 5htk:A 425 92 0.0455 0.0518 0.2391 6.9 5hr5:A, 5htk:B
50 7m0d:B 340 52 0.0331 0.0471 0.3077 7.7 2bcq:A, 2bcr:A, 2bcs:A, 2bcu:A, 2bcv:A, 3c5f:A, 3c5f:B, 3c5g:A, 3c5g:B, 5ca7:B, 5ca7:A, 5chg:A, 5chg:B, 5cj7:A, 5cj7:B, 5cp2:B, 5cr0:A, 5cr0:B, 5cwr:A, 5cwr:B, 5ddm:B, 5ddy:A, 5ddy:C, 5ddy:E, 5ddy:G, 5dkw:A, 5dkw:B, 4fo6:A, 2gws:A, 2gws:E, 2gws:I, 2gws:M, 3hw8:A, 3hwt:A, 3hx0:A, 3hx0:F, 3hx0:K, 3hx0:P, 5iii:A, 5iij:A, 5iik:A, 5iil:A, 5iim:A, 5iin:A, 5iio:A, 5iio:M, 5iio:E, 5iio:I, 4k4g:A, 4k4g:M, 4k4g:E, 4k4g:I, 4k4h:A, 4k4h:E, 4k4h:I, 4k4h:M, 4k4i:A, 4k4i:E, 4k4i:I, 4k4i:M, 7m07:A, 7m08:A, 7m09:A, 7m0a:A, 7m0b:A, 7m0c:A, 7m0d:A, 7m0e:A, 7m0e:B, 7m0e:C, 7m0e:D, 7m43:A, 7m44:A, 7m45:A, 7m46:A, 7m47:A, 7m48:A, 7m49:A, 7m4a:A, 7m4b:A, 7m4c:A, 7m4d:A, 7m4e:A, 7m4f:A, 7m4g:A, 7m4h:A, 7m4i:A, 7m4j:A, 7m4k:A, 7m4l:A, 3mda:A, 3mdc:A, 3mgh:A, 3mgh:C, 3mgi:A, 2pfn:A, 2pfo:A, 2pfp:A, 2pfq:A, 3pml:A, 3pml:B, 3pmn:A, 3pnc:A, 1rzt:A, 1rzt:M, 1rzt:E, 1rzt:I, 8u0o:A, 8u0p:A, 7un7:A, 3upq:A, 3uq0:A, 3uq2:A, 4x5v:A, 4xa5:A, 4xq8:B, 4xq8:A, 4xrh:B, 4xrh:A, 1xsl:A, 1xsl:E, 1xsl:I, 1xsl:M, 1xsn:A, 1xsp:A, 4xus:A
51 1hux:A 259 34 0.0310 0.0579 0.4412 8.6 1hux:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218