Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KVWYESPSLGSHSTYKPSKLEFLMRSTSKKTRKEDHARLRALNGLLYKALTDLLCTPEVSQELYDLNVELSKVSLTPDFS
ACRAYWKTTLSAEQNAHMEAVLQRSAAHMRHLLMSQQTLRNVPPIVFVQDKGNAALAELDQLLAVADFGPRDTSSSLCGI
DHEALNKQIMEYKRRKDGRKRAKPRLEQDSSLKSYLSGEEVEEYECYAPD

The query sequence (length=210) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7pny:a 211 211 1.0000 0.9953 0.9953 2.30e-156 8csr:6, 8css:6, 8cst:6, 8csu:6, 7pnx:a, 7pnz:a
2 7po0:a 184 210 0.8762 1.0000 0.8762 7.29e-130
3 7pnv:a 191 200 0.6476 0.7120 0.6800 3.93e-91
4 7pnu:a 143 134 0.4762 0.6993 0.7463 8.07e-67 7pnt:a
5 8c0u:A 363 105 0.1429 0.0826 0.2857 0.78 8c0u:B, 8cp9:A, 8cp9:B, 8cpb:A, 8cpb:B, 4mo4:A, 4mo4:B, 4mo4:C, 4mo4:D, 4mo5:B, 4mo5:C, 4mo5:D, 3qbw:A, 3qbw:B, 3qbx:A, 3qbx:B
6 4mo5:A 345 105 0.1429 0.0870 0.2857 0.78
7 4gfr:A 529 91 0.1286 0.0510 0.2967 2.3 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
8 4f94:A 245 58 0.0810 0.0694 0.2931 3.5 6b22:A, 8cul:A, 8cum:A, 8cuo:A, 3fv7:A, 3fyz:A, 3fzc:A, 3mbz:A, 6mpq:A, 3pae:A, 3pae:B, 3pag:A, 3pag:B, 7rp8:A, 7rp9:A, 7rpa:A, 7rpb:A, 7rpc:A, 7rpd:A, 7rpe:A, 7rpf:A, 7rpg:A, 5tg4:A, 5tg5:A, 5tg6:A, 5tg7:A, 5vfd:A, 4wm9:A, 4x53:A, 4x56:A, 3znt:A
9 8sq7:A 241 58 0.0714 0.0622 0.2586 6.7 5l2f:A, 5l2f:B, 5l2f:C, 5l2f:D, 8sq7:B, 8sq7:C, 8sq7:D, 8sq7:E, 8sq7:F, 8sq7:G, 8sq7:H, 8sq8:A, 8sq8:B, 8sq8:C, 8sq8:D
10 8h3v:S 304 34 0.0524 0.0362 0.3235 7.3 8h3v:T, 8h3v:U, 8h3v:V
11 1biy:A 689 93 0.0905 0.0276 0.2043 9.5 2alu:A, 2ays:A, 2b65:A, 1blf:A, 1ce2:A, 3cfl:A, 3ci8:A, 3crb:A, 5cry:A, 5cry:B, 4dig:A, 2doj:A, 2dp8:A, 2dqv:A, 2ds9:A, 2dsf:A, 2dvc:A, 2dwa:A, 2dwh:A, 2dwi:A, 2dwj:A, 2dxr:A, 2dxy:A, 4dxu:A, 2dyx:A, 2e0s:A, 2e1s:A, 3e9x:A, 7enu:A, 7enu:B, 7equ:A, 7equ:B, 7ev0:A, 7ev0:P, 7evq:A, 7evq:B, 2fa7:A, 7fdw:A, 7fdw:B, 4fim:A, 4fjp:A, 4for:A, 4g2z:A, 4g77:A, 4g8h:A, 2g93:A, 4grk:A, 2h4i:A, 5hbc:A, 5hbc:B, 2hca:A, 3iaz:A, 3ib0:A, 3ib1:A, 3ib2:A, 1jw1:A, 3k0v:A, 3kj7:A, 3mjn:A, 4n6p:A, 4ned:A, 1nkx:A, 2nuv:A, 2nwj:A, 2o1l:A, 2o51:A, 3o97:A, 2ocu:A, 2p1s:A, 2px1:A, 2q8j:A, 2qje:A, 2r71:A, 2r9j:A, 3rgy:A, 1sdx:A, 3sdf:A, 3taj:A, 3tod:A, 3ttr:A, 3tus:A, 3u72:A, 3u8q:A, 3ugw:A, 3uk4:A, 3usd:A, 3v5a:A, 3vdf:A, 2zmb:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218