Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KTIKVFTTVDNTNLHTQLVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHVNHEGKTFFVLPSDDTLRSEAFEYYHTLDESFLGR
YMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNCYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRARAGDAANFCALILAYSNKTVGEL
GDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLTGVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFV
MMSAPPAEYKLQQGTFLCANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTI

The query sequence (length=312) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3e9s:A 317 312 1.0000 0.9842 1.0000 0.0 2fe8:A, 2fe8:B, 2fe8:C, 7lfu:D, 7lfv:A, 7lfv:B, 4m0w:A, 3mj5:A, 3mj5:B, 4mm3:B, 4ovz:A, 4ovz:B, 4ow0:A, 4ow0:B, 7skq:A, 7skq:B, 7skr:A, 5tl6:B, 5tl6:D, 5tl7:B, 5tl7:D, 5y3e:A, 5y3q:A
2 6wuu:B 321 312 0.8269 0.8037 0.8269 0.0 9brv:A, 9brv:B, 9brw:A, 9brw:B, 9brw:C, 9brw:D, 9brx:AA, 7cjd:D, 7cjd:A, 7cjd:B, 7cjd:C, 7cjm:B, 7cmd:A, 7cmd:B, 7cmd:C, 7cmd:D, 8cx9:B, 8cx9:A, 8cx9:C, 8cx9:D, 7d47:A, 7d47:B, 7d6h:A, 7d7k:A, 7d7k:B, 7d7l:A, 7d7l:B, 7e35:B, 7e35:A, 8eua:A, 8fwn:A, 8fwo:A, 8g62:A, 8g62:B, 8g62:C, 8iho:A, 8iho:C, 7jir:A, 7jit:A, 7jiv:A, 7jiw:A, 7jn2:A, 7jrn:A, 7jrn:J, 8jux:A, 8jux:B, 7koj:A, 7kok:A, 7kol:A, 7krx:A, 7lbr:A, 7lbr:B, 7lbs:A, 7lbs:B, 7llf:A, 7llf:B, 7llz:A, 7llz:B, 7los:A, 7los:B, 7m1y:A, 7m1y:B, 7nfv:AAA, 7nt4:A, 7nt4:B, 7ofs:A, 7oft:A, 7ofu:AAA, 7qcg:A, 7qch:A, 7qci:A, 7qcj:A, 7qck:A, 7qcm:A, 7rbr:A, 7rbs:A, 7rbs:C, 7rbs:E, 7rbs:G, 7rbs:I, 7rzc:A, 7rzc:B, 7rzc:C, 7sdr:A, 7sdr:B, 7sdr:C, 7sgu:A, 7sgv:A, 7sgw:A, 7sqe:A, 7sqe:B, 7sqe:C, 7tzj:A, 7tzj:B, 8uob:A, 8uuf:A, 8uug:A, 8uuh:A, 8uuu:A, 8uuv:A, 8uuw:A, 8uuy:A, 7uv5:A, 8uvm:A, 8uvm:B, 8uvm:C, 8uvm:D, 8vec:A, 6w9c:A, 6w9c:C, 6wrh:A, 6wuu:A, 6wuu:C, 6wuu:D, 6wx4:D, 6wzu:A, 6xa9:A, 6xa9:C, 6xa9:E, 6xaa:A, 6xg3:A, 7ybg:A
3 5v69:A 322 319 0.3269 0.3168 0.3197 2.54e-48 6bi8:A, 6bi8:B, 5ko3:A, 4p16:A, 4pt5:A, 4r3d:B, 4r3d:A, 4rez:A, 4rf0:A, 4rf1:A, 4rna:A, 5v6a:A, 5w8t:A, 5w8t:C, 5w8u:A, 5w8u:C, 4wur:A
4 4ypt:A 378 305 0.3237 0.2672 0.3311 2.24e-41 5wfi:A, 5wfi:B
5 7wfc:A 309 302 0.2853 0.2880 0.2947 4.79e-30
6 4x2z:A 301 199 0.1667 0.1728 0.2613 5.69e-12 5bz0:A
7 6ln0:A 425 95 0.0897 0.0659 0.2947 5.33e-07
8 6l5t:A 234 123 0.1058 0.1410 0.2683 1.71e-06
9 3mp2:A 211 205 0.1699 0.2512 0.2585 3.98e-05
10 6noz:A 248 233 0.1923 0.2419 0.2575 0.003 7f0u:A, 7f0u:B, 7mc9:A, 7mc9:C, 7mc9:E, 7mc9:G, 7mc9:I, 7mc9:K, 7mc9:M, 7mc9:O
11 4o5t:B 326 59 0.0609 0.0583 0.3220 0.35 4o5t:A, 7zp7:A, 7zp7:B
12 3o4p:A 314 59 0.0577 0.0573 0.3051 0.77 3byc:A, 1e1a:A, 2gvu:A, 2gvv:A, 2gvw:A, 2gvx:A, 3hlh:A, 3hlh:B, 3hlh:C, 3hlh:D, 3hli:A, 3hli:B, 3hli:C, 3hli:D, 2iao:A, 2iap:A, 2iaq:A, 2iar:A, 2ias:A, 2iat:A, 2iau:A, 2iav:A, 2iaw:A, 2iax:A, 3kgg:A, 3li3:A, 3li4:A, 3li5:A, 1pjx:A
13 1dy1:A 183 140 0.1026 0.1749 0.2286 2.4 1dy0:A
14 3r3s:A 292 64 0.0577 0.0616 0.2812 3.2 3r3s:B, 3r3s:C, 3r3s:D
15 6pb0:R 281 33 0.0385 0.0427 0.3636 4.5 8gtg:A, 8gti:A, 8gtm:A, 4k5y:C
16 2con:A 79 33 0.0385 0.1519 0.3636 5.3
17 6i3d:B 218 35 0.0449 0.0642 0.4000 5.5 3a7e:A, 3bwm:A, 3bwy:A, 6i3c:A, 6i3d:A, 5lsa:A, 4pyj:A, 4pyk:A, 4xuc:A, 4xud:A, 4xue:B, 4xue:A
18 5hfk:A 207 105 0.0865 0.1304 0.2571 6.0 3gx0:A, 5hfk:B
19 6rie:A 1285 34 0.0385 0.0093 0.3529 6.4 7amv:A, 7aof:A, 7aoh:A, 7aoz:A, 7ap8:A, 7ap9:A, 8c8h:A, 8p0j:A, 8p0k:A, 8p0n:A, 6rfl:A, 6ric:A, 6rid:A
20 1kwg:A 644 43 0.0449 0.0217 0.3256 7.0 1kwk:A
21 6pb1:P 281 33 0.0385 0.0427 0.3636 9.6
22 8t85:A 335 27 0.0385 0.0358 0.4444 9.7 7lcm:A
23 6rm3:SO0 131 42 0.0481 0.1145 0.3571 9.7
24 8hio:A 567 36 0.0417 0.0229 0.3611 10.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218