Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KTFKQRRTFEQRVEDVRLIREQHPTKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELIKIIRRRLQLNANQAFFLLVN
GHSMVSVSTPISEVYESEKDEDGFLYMVYASQETF

The query sequence (length=115) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7elg:A 122 115 1.0000 0.9426 1.0000 4.12e-82 5d94:A, 7ga8:A, 7ga9:A, 7gaa:A, 7gab:A, 7gac:A, 7gad:A, 7gae:A, 7gaf:A, 7gag:A, 7gah:A, 7gai:A, 7gaj:A, 7gak:A, 7gal:A, 7gam:A, 7gan:A, 7gao:A, 7gaq:A, 7gar:A, 7gas:A, 5gmv:B, 5gmv:A, 2k6q:A, 2lue:A, 2n9x:A, 8q7k:A, 8q7k:B, 5wrd:A, 5wrd:B, 5xad:A, 5xad:B, 5yiq:A, 5yis:B, 5yis:A, 2zjd:A, 2zjd:C
2 5cx3:A 119 115 0.8261 0.7983 0.8261 1.33e-68 5cx3:B, 5cx3:C, 5cx3:D, 7r9w:A, 7r9z:A, 7ra0:A, 6tbe:A
3 5dpw:A 115 115 0.5478 0.5478 0.5478 1.65e-41 5dpw:C, 5dpw:E, 5dpw:G, 5dpw:I, 5dpw:K, 5dpw:M, 5dpw:O
4 5e6o:A 117 114 0.5739 0.5641 0.5789 4.74e-41 5e6o:B, 5e6o:C, 5e6o:D
5 3h9d:B 116 114 0.3739 0.3707 0.3772 1.42e-25
6 6h8c:A 116 113 0.3826 0.3793 0.3894 3.31e-25
7 5l83:B 112 111 0.3478 0.3571 0.3604 1.13e-22 5l83:A
8 7brn:A 133 115 0.3739 0.3233 0.3739 1.16e-21 3vxw:A, 6wy6:A, 6wy6:B, 2zpn:A, 2zpn:D, 2zpn:B, 2zpn:C
9 6aaf:A 112 110 0.3217 0.3304 0.3364 4.89e-20
10 5yip:A 123 113 0.3130 0.2927 0.3186 2.45e-18 7aa7:A, 7aa7:B, 7aa9:A, 7aa9:E, 7aa9:C, 7aa9:I, 7aa9:G, 7aa9:K, 7cdb:A, 7cdb:B, 6hoi:B, 6hoi:A, 6hol:A, 6hol:B, 7jhx:A, 7jhx:B, 2l8j:A, 5lxh:A, 5lxh:B, 5lxh:C, 5lxi:D, 5lxi:B, 8x8a:A, 6yoo:A
11 5azf:A 119 114 0.3304 0.3193 0.3333 2.59e-17 5azf:B, 5azg:A, 5azg:B, 8tgf:A
12 3dow:A 119 114 0.3043 0.2941 0.3070 3.86e-17 6a9x:D, 8afi:E, 8afi:G, 8afi:A, 8afi:I, 8afi:M, 8afi:O, 8afi:C, 8afi:K, 7bv4:A, 7bv4:E, 7bv4:B, 7bv4:G, 3d32:A, 3d32:B, 7ea7:B, 7fb5:A, 8t2n:A, 8t2n:C, 8t31:A, 8t31:C, 8t31:E, 8t31:G, 8t31:I, 8t32:A, 8t33:A, 7vec:A, 7vec:B, 7vec:C, 7vec:D, 7vec:E, 7vec:F, 7vec:G, 7vec:H, 7vec:I, 7vec:J, 7vec:L, 8w6a:A, 8w6a:G, 8w6a:B, 8w6a:D, 3wim:A, 4xc2:A, 4xc2:B, 4xc2:C, 4xc2:D, 5yir:D, 5yir:A, 5yir:B, 7zkr:A, 7zl7:C, 7zl7:A
13 4eoy:A 124 123 0.3478 0.3226 0.3252 6.35e-16 4eoy:B, 4eoy:C
14 4zb8:A 220 62 0.1826 0.0955 0.3387 0.58 4zbd:A, 4zbd:B
15 2gie:A 257 33 0.1130 0.0506 0.3939 0.83 3e3y:A, 3e3y:B, 3e40:A, 3e40:B, 3e41:A, 3e41:B, 3e42:A, 3e42:B, 3e43:A, 3e43:B, 3e44:A, 3e44:B, 3e45:A, 3e45:B, 3ebc:A, 3ebc:B, 2gie:B, 2gie:C, 2gie:D, 2gig:A, 2gig:B, 2gih:A, 2gih:B, 2gii:A, 2gii:B, 2gij:A, 2gij:B, 1kc6:A, 1kc6:B, 1kc6:C, 1kc6:D, 1tw8:A, 1tw8:B, 1tw8:C, 1tw8:D, 1tx3:A, 1tx3:B, 1tx3:C, 1tx3:D, 1xhu:A, 1xhu:B, 1xhu:C, 1xhu:D, 1xhv:A, 1xhv:B, 1xhv:C, 1xhv:D
16 7eu4:C 94 62 0.1217 0.1489 0.2258 1.6 7eu4:A, 7eu4:E, 7eu4:G
17 4zb6:D 220 26 0.1217 0.0636 0.5385 1.8 4zb6:A, 4zb6:B, 4zb6:C
18 7sze:B 329 28 0.0957 0.0334 0.3929 3.7 7sze:A, 7sze:C, 7szf:A, 7szf:B, 7szf:C, 7szg:A, 7szg:B, 7szg:C, 6wnc:A, 6wnc:B, 6wnc:C, 6wnd:A, 6wnd:B, 6wnd:C
19 4kd5:C 229 26 0.1130 0.0568 0.5000 3.9
20 3ea1:A 296 25 0.0783 0.0304 0.3600 6.8 3ea1:B, 3ea2:A, 3ea2:B, 3ea3:A, 3ea3:B, 1gym:A, 1ptg:A, 6s2a:A, 6s2a:B, 6s2a:C, 1t6m:A, 1t6m:B
21 4yan:A 252 48 0.1304 0.0595 0.3125 7.1 4yan:B, 4yan:C, 4yan:D
22 4cc9:A 307 34 0.1043 0.0391 0.3529 7.7 9bhr:A, 9bhr:B, 9bhs:A, 9bhs:B, 9c1q:A, 8f8e:A, 8f8e:B, 8og5:A, 8og6:A, 8og7:A, 8og8:A, 8og9:A, 8oga:P, 8ogb:A, 8ogc:A, 8oo5:P, 8ood:A, 7sse:A, 7ufv:A, 7ufv:B
23 5el0:A 223 58 0.1478 0.0762 0.2931 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218