Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KSFVSSPIVRDSTLLVPKSLIAKPYVLPFFPLYATFAQLYFEWTFVYLGTLVSLNILVMLMPAWNVKIKAKFNYSTTKNV
NEATHILIYTTPNNGSDGIVEIQRVTEAGSLQTFFQFQKKRFLWHENEQVFSSPKFLVDESPKIGDFQKCKGHSGDLTHL
KRLYGENSFDIPIPTFMELFKEHAVAPLFVFQVFCVALWLLDEFWYYSLFNLFMIISMEAAAVFQRLTALKEFRTMGIKP
YTINVFRNKKWVALQTNELLPMDLVSITRTAEESAIPCDLILLDGSAIVNEAMLSGESTPLLKESIKLRPSEDNLQLDGV
DKIAVLHGGTKALQVTPPEHKSDIPPPPDGGALAIVTKTGFETSQGSLVRVMIYSAERVSVDNKEALMFILFLLIFAVIA
SWYVWVEGTKMGRIQSKLILDCILIITSVVPPELPMELTMAVNSSLAALAKFYVYCTEPFRIPFAGRIDVCCFDKTGTLT
GEDLVFEGLAGISADSENIRHLYSAAEAPESTILVIGAAHALVKLEDGDIVGDPMEKATLKAVGWAVERKNSNYREGTGK
LDIIRRFQFSSALKRSASIASHNDALFAAVKGAPETIRERLSDIPKNYDEIYKSFTRSGSRVLALASKSLPKDLNRDDVE
SELTFNGFLIFHCPLKDDAIETIKMLNESSHRSIMITGDNPLTAVHVAKEVGIVFGETLILDRAGKSDDNQLLFRDVEET
VSIPFDPSKDTFDHSKLFDRYDIAVTGYALNALEGHSQLRDLLRHTWVYARVSPSQKEFLLNTLKDMGYQTLMCGDGTND
VGALKQAHVGIALLNGTEEGLKKLGEQRRLEALKLGDASCAAPFTSKLANVSAVTNIIRQGRCALVNTIQMYKILALNCL
ISAYSLSIIYMAGVKFGDGQATVSGLLLSVCFLSISRGKPLEKLSKQRPQSGIFNVYIMGSILSQFAVHIATLVYITTEI
YKLEPREPQVDLEKEFAPSLLNTGIFIIQLVQQVSTFAVNYQGEPFRENIRSNKGMYYGLLGVTGLALASATEFLPELNE
AMKFVPMTDDFKIKLTLTLLLDFFGSWGVEHFFKFFFMDDKPSDISVQQVK

The query sequence (length=1091) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6xmt:A 1092 1096 0.9963 0.9954 0.9918 0.0 6xmq:A, 6xms:A, 6xmu:A
2 7op8:A 1118 987 0.2676 0.2612 0.2958 1.15e-103 7op1:A, 7op3:A, 7op5:A
3 7vpk:A 1055 990 0.2566 0.2654 0.2828 8.25e-101 8iek:P, 8ies:P, 7m5v:A, 7n70:A, 7n72:A, 7n73:A, 7n74:A, 7n77:A, 7n78:A, 7vpi:A, 7vpj:A, 7vpl:A
4 8ieo:P 1031 931 0.2438 0.2580 0.2857 1.05e-95 8iem:P
5 7m5x:A 1000 936 0.2429 0.2650 0.2831 1.28e-95 7fjp:B, 7fjq:A, 8ien:P, 7m5y:A
6 6zhh:A 883 705 0.1558 0.1925 0.2411 1.52e-25 6zhf:A, 6zhg:A, 6zhh:B, 6zhh:C, 6zhh:D, 6zhh:E, 6zhh:F, 6zhh:G, 6zhh:H
7 8k1l:A 979 725 0.1503 0.1675 0.2262 2.31e-23
8 5zmw:A 1000 698 0.1549 0.1690 0.2421 1.17e-17 5a3q:A, 5a3r:A, 5a3s:A, 5a3s:B, 2agv:A, 2agv:B, 3ar2:A, 3ar3:A, 3ar4:A, 3ar5:A, 3ar6:A, 3ar7:A, 3ar8:A, 3ar9:A, 3b9b:A, 3b9r:A, 3b9r:B, 3ba6:A, 4bew:A, 4bew:B, 2by4:A, 2c88:A, 2c8k:A, 2c8l:A, 2c9m:A, 2c9m:B, 2dqs:A, 2ear:A, 2eat:A, 2eau:A, 3fgo:A, 3fgo:B, 3fpb:A, 3fps:A, 4h1w:A, 6hef:A, 1iwo:A, 1iwo:B, 4j2t:A, 3j7t:A, 4kyt:A, 3n5k:A, 3n5k:B, 3n8g:A, 3nal:A, 3nam:A, 3nan:A, 4nab:A, 5ncq:A, 2o9j:A, 2oa0:A, 8owa:A, 8owl:A, 6rb2:A, 1su4:A, 1t5s:A, 1t5t:A, 3tlm:A, 4uu0:A, 4uu1:A, 1vfp:A, 1vfp:B, 3w5a:A, 3w5a:B, 3w5b:A, 1wpg:A, 1wpg:B, 1wpg:C, 1wpg:D, 5xa7:A, 5xa8:A, 5xa9:A, 5xaa:A, 4xou:A, 1xp5:A, 6yaa:A, 4ycl:A, 4ycm:A, 4ycn:A, 2yfy:A, 6yso:A, 6yso:B, 2zbd:A, 2zbe:A, 2zbe:B, 2zbf:A, 2zbg:A
9 3b8e:A 998 639 0.1329 0.1453 0.2269 3.18e-17 3b8e:C, 7d91:A, 7d92:A, 7d93:A, 7d93:C, 7d94:A, 7d94:C, 7ddf:A, 7ddf:C, 7ddh:A, 7ddh:C, 7ddi:A, 7ddi:C, 7ddk:A, 7ddk:C, 7ddl:A, 7ddl:C, 7e1z:A, 7e20:A, 7e21:A, 4hqj:A, 4hqj:C, 4hyt:A, 4hyt:C, 8jbk:A, 8jbk:C, 8jbl:A, 8jbl:C, 8jbm:A, 8jbm:C, 3kdp:A, 3kdp:C, 1mo8:A, 3n23:A, 3n23:C, 7qtv:A, 7qtv:C, 4res:A, 4res:C, 4ret:A, 4ret:C, 3wgu:A, 3wgu:C, 3wgv:A, 3wgv:C, 7wys:A, 7wys:C, 7wyt:A, 7wyt:C, 4xe5:A, 7yzr:A, 7yzr:C, 7z04:A, 7z04:C
10 7x20:A 986 446 0.1036 0.1146 0.2534 1.32e-16 8ijl:A, 8ijm:A, 7x21:A, 7x22:A, 7x23:A, 7x24:A
11 5ztf:A 972 753 0.1687 0.1893 0.2444 1.34e-16
12 7w7t:A 1021 703 0.1567 0.1675 0.2432 2.36e-16 7bt2:A, 7e7s:A, 6hxb:A, 6jju:A, 6lle:A, 6lly:A, 6ln5:A, 6ln6:A, 6ln7:A, 6ln8:A, 6ln9:A, 5mpm:A, 2voy:B, 2voy:H, 2voy:E, 2voy:K, 7w7u:A, 7w7v:A, 7w7w:A
13 8d3x:A 989 638 0.1265 0.1395 0.2163 3.61e-16 8d3u:A, 8d3w:A
14 7wyu:A 993 473 0.1054 0.1158 0.2431 4.90e-15 3a3y:A, 5avq:A, 5avr:A, 5avs:A, 5avt:A, 5avu:A, 5avv:A, 5avw:A, 5avx:A, 5avy:A, 5avz:A, 5aw0:A, 5aw1:A, 5aw2:A, 5aw3:A, 5aw4:A, 5aw5:A, 5aw6:A, 5aw7:A, 5aw8:A, 5aw9:A, 8jfz:C, 8jfz:A, 7wyu:C, 7wyv:A, 7wyv:C, 7wyw:A, 7wyw:C, 7wyx:A, 7wyx:C, 7wyy:A, 7wyy:C, 7wyz:A, 7wyz:C, 7wz0:A, 7wz0:C, 7y45:C, 7y45:A, 7y46:C, 7y46:A, 2zxe:A
15 7efl:A 987 662 0.1366 0.1510 0.2251 1.39e-14 7efm:A, 7efn:A, 7et1:A, 8ijv:A, 8ijw:A, 8ijx:A, 8jmn:A, 6jxh:A, 6jxi:A, 6jxj:A, 6jxk:A, 6jxk:E, 7w47:A, 7w48:A, 7w49:A, 7w4a:A, 8wa5:A, 5ylu:A, 5ylv:A
16 8iwp:A 896 706 0.1357 0.1652 0.2096 1.37e-13 8iwr:A, 8iws:A, 8iwt:A, 8iwu:A, 8iww:A, 7yag:A, 7yah:A, 7yai:A, 7yaj:A, 7yam:A
17 5ksd:A 833 590 0.1311 0.1717 0.2424 1.10e-12 5ksd:B
18 7vh6:A 768 589 0.1164 0.1654 0.2156 7.68e-12 7vh6:B, 7vh6:C, 7vh6:D, 7vh6:E, 7vh6:F
19 6roh:A 1112 693 0.1421 0.1394 0.2237 2.15e-10 7oh4:A, 7oh5:A, 7oh6:A, 7oh7:A, 7pem:A, 6roi:A, 6roj:A
20 6lcp:A 1140 324 0.0724 0.0693 0.2438 6.18e-09 6lcr:A
21 7nxf:A 829 605 0.1219 0.1604 0.2198 8.80e-09 7ny1:A, 7ny1:B, 7ny1:C, 7ny1:D, 7ny1:E, 7ny1:F
22 7kyc:A 1178 319 0.0761 0.0705 0.2602 9.61e-09 7drx:A, 7dsh:A, 7dsi:A, 7f7f:A, 7ky6:A, 7kyb:A, 7whv:A, 7whw:A
23 6k7l:A 992 483 0.1008 0.1109 0.2277 7.26e-08 6k7i:A, 6k7j:A, 6k7k:A, 6k7m:A, 6k7n:A
24 7rd6:A 929 405 0.0834 0.0980 0.2247 5.60e-07 7rd7:A, 7rd8:A
25 7qbz:A 638 531 0.1155 0.1975 0.2373 1.05e-06 7qc0:A
26 7kya:A 1174 316 0.0687 0.0639 0.2373 8.35e-06 7ky5:A, 7ky7:A, 7ky8:A, 7ky9:A
27 7bsp:A 1028 410 0.0752 0.0798 0.2000 8.77e-06 7bsq:A, 7vsh:A
28 7bsp:A 1028 105 0.0275 0.0292 0.2857 0.13 7bsq:A, 7vsh:A
29 8oxa:A 1035 713 0.1467 0.1546 0.2244 2.33e-05 8ox5:A, 8oxb:A, 8oxc:A
30 7r0h:A 654 132 0.0357 0.0596 0.2955 3.01e-05 3a1c:A, 3a1c:B, 3a1d:A, 3a1d:B, 3a1e:A, 3a1e:B
31 7r0h:A 654 51 0.0183 0.0306 0.3922 2.5 3a1c:A, 3a1c:B, 3a1d:A, 3a1d:B, 3a1e:A, 3a1e:B
32 4bbj:A 664 58 0.0211 0.0346 0.3966 3.29e-05 4bev:A, 4byg:A, 3rfu:A, 3rfu:B, 3rfu:C, 3rfu:D
33 4bbj:A 664 46 0.0165 0.0271 0.3913 1.2 4bev:A, 4byg:A, 3rfu:A, 3rfu:B, 3rfu:C, 3rfu:D
34 8ox8:A 1125 251 0.0550 0.0533 0.2390 4.04e-05 8ox7:A, 8ox9:A, 7py4:A, 7vgj:A
35 7nnl:B 682 208 0.0495 0.0792 0.2596 4.97e-05 2a00:A, 2a29:A, 7bgy:B, 7bh1:B, 7bh2:B, 6hra:B, 6hrb:B, 7lc3:B, 7lc6:B, 5mrw:B, 5mrw:F, 5mrw:J, 7nnp:B, 7zrd:B, 7zre:B, 7zrg:B, 7zrh:B, 7zri:B, 7zrj:B, 7zrk:B, 7zrl:B, 7zrm:B
36 7nnl:B 682 49 0.0183 0.0293 0.4082 0.015 2a00:A, 2a29:A, 7bgy:B, 7bh1:B, 7bh2:B, 6hra:B, 6hrb:B, 7lc3:B, 7lc6:B, 5mrw:B, 5mrw:F, 5mrw:J, 7nnp:B, 7zrd:B, 7zre:B, 7zrg:B, 7zrh:B, 7zri:B, 7zrj:B, 7zrk:B, 7zrl:B, 7zrm:B
37 8ox4:A 870 247 0.0577 0.0724 0.2551 1.20e-04
38 6lkn:A 1064 433 0.0761 0.0780 0.1917 1.80e-04 6lkn:E, 6lkn:I, 6lkn:M
39 6lkn:A 1064 105 0.0275 0.0282 0.2857 0.12 6lkn:E, 6lkn:I, 6lkn:M
40 8q74:A 783 71 0.0284 0.0396 0.4366 2.17e-04 8q75:A, 8q76:A
41 8q74:A 783 51 0.0183 0.0255 0.3922 0.048 8q75:A, 8q76:A
42 8q74:A 783 29 0.0101 0.0140 0.3793 3.0 8q75:A, 8q76:A
43 8ioy:A 816 55 0.0202 0.0270 0.4000 3.21e-04
44 8ioy:A 816 50 0.0137 0.0184 0.3000 2.6
45 8ioy:A 816 67 0.0192 0.0257 0.3134 8.1
46 8ox6:A 575 176 0.0431 0.0817 0.2670 0.003
47 7si6:A 873 55 0.0202 0.0252 0.4000 0.003 7si3:A, 7si7:A
48 7si6:A 873 461 0.0843 0.1054 0.1996 0.54 7si3:A, 7si7:A
49 3sky:A 261 50 0.0202 0.0843 0.4400 0.006
50 7vgh:B 1183 56 0.0183 0.0169 0.3571 0.007 7vgi:B
51 7bss:A 816 173 0.0394 0.0527 0.2486 0.027 7bsu:A, 7bsv:A, 7bsw:A, 7vsg:A
52 7bss:A 816 105 0.0275 0.0368 0.2857 0.14 7bsu:A, 7bsv:A, 7bsw:A, 7vsg:A
53 4umv:A 605 54 0.0165 0.0298 0.3333 0.040 4umw:A
54 4umv:A 605 30 0.0137 0.0248 0.5000 0.55 4umw:A
55 2yj4:B 252 50 0.0192 0.0833 0.4200 0.16 2iye:A, 2iye:C, 2yj3:A, 2yj4:A, 2yj5:A, 2yj5:B, 2yj6:A, 2yj6:B
56 3r4c:A 268 30 0.0119 0.0485 0.4333 0.18
57 2b1q:A 244 46 0.0147 0.0656 0.3478 2.8 2b1r:A, 2d2v:A, 1s2o:A, 1tj3:A, 1tj4:A, 1tj5:A, 1u2s:A, 1u2t:A
58 3m1y:C 208 23 0.0110 0.0577 0.5217 3.1 3m1y:A, 3m1y:B, 3m1y:D
59 4zo6:B 724 158 0.0348 0.0525 0.2405 6.0 4zo6:A, 4zo7:B, 4zo7:A, 4zo8:A, 4zo8:B, 4zo9:A, 4zo9:B, 4zoa:A, 4zoa:B, 4zob:A, 4zob:B, 4zoc:A, 4zoc:B, 4zod:A, 4zod:B, 4zoe:A, 4zoe:B
60 3k9b:B 499 117 0.0302 0.0661 0.2821 6.8 3k9b:A
61 7tby:A 1788 51 0.0156 0.0095 0.3333 7.1 7tc0:A
62 2rar:A 261 30 0.0101 0.0421 0.3667 7.8 2rav:A, 2rb5:A, 2rbk:A, 1ymq:A
63 1mx9:D 533 117 0.0302 0.0619 0.2821 8.3 2dqy:A, 2dqy:B, 2dqy:C, 2dqz:A, 2dqz:B, 2dqz:C, 2dr0:A, 2dr0:B, 2dr0:C, 2h7c:A, 2h7c:F, 2h7c:B, 2h7c:D, 2h7c:C, 2h7c:E, 2hrq:A, 2hrq:B, 2hrq:C, 2hrq:D, 2hrq:E, 2hrq:F, 2hrr:A, 2hrr:B, 2hrr:C, 1mx1:A, 1mx1:B, 1mx1:C, 1mx1:D, 1mx1:E, 1mx1:F, 1mx5:A, 1mx5:B, 1mx5:C, 1mx5:D, 1mx5:E, 1mx5:F, 1mx9:A, 1mx9:B, 1mx9:C, 1mx9:E, 1mx9:F, 1mx9:G, 1mx9:H, 1mx9:I, 1mx9:J, 1mx9:K, 1mx9:L, 1ya4:A, 1ya4:B, 1ya4:C, 1ya8:A, 1ya8:B, 1ya8:C, 1yah:A, 1yah:B, 1yah:C, 1yaj:A, 1yaj:B, 1yaj:D, 1yaj:E, 1yaj:F, 1yaj:G, 1yaj:H, 1yaj:I, 1yaj:J, 1yaj:K, 1yaj:L

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218