Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KQFTKCELSQLLKDIDGYGGIALPELICTMFHTSGYDTQAIVENNESTEYGLFQISNKLWCKSSQVPQSRNICDISCDKF
LDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWLAHKALCTEKLEQWLCEKL

The query sequence (length=123) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1a4v:A 123 123 1.0000 1.0000 1.0000 2.10e-88 1alc:A, 3b0i:A, 3b0o:A, 3b0o:B, 1b9o:A, 1hml:A, 4l41:A, 4l41:B
2 1fkq:A 124 123 0.7561 0.7500 0.7561 1.87e-68 3b0k:A, 3b0k:B, 7eka:A, 1f6s:A, 1f6s:B, 1f6s:C, 1f6s:D, 1f6s:E, 1f6s:F, 1fkv:A, 2g4n:A, 2g4n:B, 2g4n:C, 2g4n:D, 2g4n:E, 2g4n:F, 1hfy:A, 1hfy:B, 1hfz:A, 1hfz:B, 1hfz:C, 1hfz:D, 1hmk:A, 6ip9:A, 7wqg:A, 7wqg:B, 7wqg:C, 7wqg:D, 7wqg:E, 7wqg:F
3 2fyc:A 123 121 0.6748 0.6748 0.6860 1.05e-52 2fyc:C, 2fyd:A, 2fyd:C, 1nf5:A, 1nf5:C, 1nhe:A, 1nhe:C, 1nkh:A, 1nkh:C, 1nmm:A, 1nmm:C, 1nqi:A, 1nqi:C, 1nwg:A, 1nwg:C, 1o23:A, 1o23:C, 1oqm:A, 1oqm:C, 1pzy:A, 1pzy:C, 1yro:A, 1yro:C
4 1hfx:A 123 121 0.6992 0.6992 0.7107 1.09e-50
5 1bb6:A 129 118 0.3902 0.3721 0.4068 1.29e-27 1bb7:A, 1lmc:A
6 1el1:A 130 119 0.4146 0.3923 0.4286 3.42e-26 1el1:B
7 207l:A 130 119 0.3740 0.3538 0.3866 5.12e-26 208l:A, 1d6q:A, 1hnl:A, 1i22:A, 1i22:B, 1i22:C, 1i22:D, 3lhm:A, 5lsh:A, 1re2:A, 1rem:A, 1rez:A, 1ubz:A
8 193l:A 129 115 0.3659 0.3488 0.3913 2.14e-25 194l:A, 3a34:A, 6a4n:A, 6a4o:A, 6a4p:A, 6a4q:A, 3a91:A, 3a92:A, 3a93:A, 3a94:A, 3a95:A, 8a9e:AAA, 8aaz:A, 6ad5:A, 6adf:A, 6aea:A, 3agi:A, 6agn:A, 6agr:A, 6ahh:A, 6ahl:A, 3ajn:A, 8aj3:A, 8aj4:AAA, 8aj5:AAA, 3ato:A, 1azf:A, 1b0d:A, 2b5z:A, 5b59:A, 5b5j:A, 3b6l:A, 3b72:A, 4bad:A, 4baf:A, 4bap:A, 7bcu:A, 7bcx:A, 7bd0:A, 7bdz:AAA, 7be0:AAA, 7be1:AAA, 7be2:AAA, 7beb:AAA, 7bec:AAA, 7bmo:A, 7bmp:A, 7bmq:A, 7bms:A, 7bmt:A, 6bo1:A, 6bo2:A, 8bov:AAA, 8boy:AAA, 8bph:AAA, 8bpj:AAA, 8bpu:AAA, 8bqm:AAA, 8bqp:A, 8bqq:A, 8bqr:A, 8bqt:A, 1c10:A, 4c3w:A, 5c6i:A, 5c6j:A, 5c6l:A, 6ciw:A, 8cl5:A, 8cl6:A, 7cqo:A, 2d4i:A, 2d4i:B, 2d4k:A, 2d4k:N, 2d6b:A, 6d6f:A, 4dd0:A, 4dd1:A, 4dd1:B, 4dd2:A, 4dd3:A, 4dd7:A, 4dd9:A, 4ddb:A, 4ddc:A, 4ddc:B, 1dpw:A, 1dpx:A, 3e3d:A, 4e3u:A, 5e9r:A, 3ems:A, 9enz:AAA, 4eof:A, 9ex0:A, 9ex1:A, 9ex2:A, 5f14:A, 5f16:A, 6f1p:A, 6f1r:A, 6f2i:A, 6f2j:A, 2f30:A, 2f4a:A, 2f4g:A, 5f9u:A, 5f9x:A, 6f9x:A, 2fbb:A, 5fcp:A, 5fhw:A, 4fjr:A, 6fro:A, 2g4p:A, 2g4q:A, 4g49:A, 4g4b:A, 4g4c:A, 4g4h:A, 6g5c:A, 6g5v:A, 6g5y:A, 4gcb:A, 4gcc:A, 4gcd:A, 4gce:A, 6gnl:A, 6gob:A, 6goh:A, 1gwd:A, 4h1p:A, 1h6m:A, 1h87:A, 2h9j:A, 2h9k:A, 1hf4:A, 1hf4:B, 5hmj:A, 4hp0:A, 4hpi:A, 4hsf:A, 2htx:A, 2hu1:A, 6hy4:A, 6hy6:B, 6hy8:A, 6hyb:A, 5i4x:A, 5i53:A, 5i54:A, 1iee:A, 5iel:A, 4ii8:A, 5ii3:A, 4j7v:A, 1jj0:A, 7jmu:A, 7jmu:B, 1jse:A, 6k5q:A, 7kh5:A, 4kxi:A, 1lcn:A, 1lcn:B, 4lgk:A, 1lks:A, 1lpi:A, 1lsz:A, 4lt0:A, 4lt2:A, 4lt3:A, 2lyo:A, 3lyo:A, 9lyz:A, 1lz9:A, 2lzt:A, 3lzt:A, 4lzt:A, 4m4o:A, 4m6d:A, 4m6d:C, 4m6d:E, 4m6d:G, 4m6d:I, 4m6d:K, 4mr1:A, 6mx9:A, 4n0j:A, 4n0j:B, 1n4f:A, 5nbj:A, 4ng8:A, 4ngj:A, 4ngw:A, 4ngy:A, 4ngz:A, 4nhp:A, 4nhq:A, 4nhs:A, 4nht:A, 4nij:A, 5nj1:A, 4nsg:A, 4nsh:A, 4nsi:A, 4nwh:A, 5ob6:A, 5ob7:A, 5ob8:A, 5ob9:A, 5oer:A, 8om8:AAA, 8oms:AAA, 8omt:AAA, 4ooo:A, 4owb:A, 4owh:A, 8owc:A, 8p1c:A, 8p1d:A, 8p2q:A, 3p64:A, 3p65:A, 3p66:A, 3p68:A, 6pbb:A, 2pc2:A, 8pfv:AAA, 8pfw:A, 8pfx:A, 4phi:A, 4phi:B, 4phi:C, 4phi:D, 8ph5:AAA, 8ph6:A, 8ph7:A, 8ph8:AAA, 8piw:A, 6pl9:A, 6pla:A, 6plb:A, 8pob:A, 4prq:A, 4prq:C, 4prq:D, 4prq:B, 4pru:A, 4pru:B, 8pte:AAA, 2q0m:X, 7q0t:A, 7q0u:A, 7q0v:A, 6q8r:A, 8qcu:A, 3qe8:A, 3qe8:B, 6qea:A, 3qng:A, 1qtk:A, 6qww:A, 4qy9:A, 4r6c:A, 6ro3:A, 6ro5:A, 6ro5:B, 3rt5:X, 6rt9:A, 8rt2:A, 8rt3:A, 3ru5:A, 7rxy:AAA, 7rxy:BBB, 7ryd:AAA, 7ryd:BBB, 7ryk:AAA, 7ryk:BBB, 7rz0:AAA, 7rz1:A, 7rz2:AAA, 6seu:A, 6sew:A, 6sex:A, 6sez:A, 3sp3:A, 6sr0:A, 6sr1:A, 6sr2:A, 6sr3:A, 6sr4:A, 6sr5:A, 6syc:A, 6syc:B, 6syd:A, 6sye:A, 1t3p:A, 5t3f:A, 3t6u:A, 5tk0:A, 3tmu:A, 3tmv:A, 3tmw:A, 3tmx:A, 4tun:A, 4tun:B, 6tvl:A, 6tvy:A, 4tws:A, 3txe:A, 3txg:A, 3txh:A, 3txi:A, 3txk:A, 1uc0:A, 1uib:A, 1uih:A, 5v4g:A, 5v4h:A, 5v4i:A, 1v7s:A, 1v7t:A, 1v7t:B, 2vb1:A, 1w6z:A, 3w6a:A, 6w7p:A, 4w94:A, 4w96:A, 8wzf:A, 8wzg:A, 8wzr:A, 8wzt:A, 8wzv:A, 4xad:A, 2xjw:A, 2xth:A, 4xyy:A, 2ybh:A, 2ybi:A, 2ybj:A, 2ybl:A, 2ybm:A, 2ybn:A, 2ydg:A, 1yik:A, 1yil:A, 6yjx:A, 1yky:X, 1ykz:X, 7yrk:A, 2z12:A, 2z18:A, 2z19:A, 4z3m:A, 4z41:A, 4z46:A, 4zee:A, 4zfp:A, 6zs8:AAA, 7zu6:AAA, 2zyp:A
9 1jug:A 125 103 0.3984 0.3920 0.4757 8.71e-23
10 2fbd:A 122 110 0.3252 0.3279 0.3636 3.83e-19
11 5xuw:A 129 119 0.4146 0.3953 0.4286 4.92e-19 5xuw:B
12 3cb7:A 126 110 0.3008 0.2937 0.3364 7.98e-15
13 7orl:A 2183 55 0.1463 0.0082 0.3273 1.6 7oa4:AAA, 7oa4:BBB, 7oa4:DDD, 7oa4:GGG, 7ork:A, 7plr:AAA, 7plr:BBB, 7plr:DDD, 7plr:GGG, 2xi5:A, 2xi5:B, 2xi5:C, 2xi5:D, 2xi7:A, 2xi7:B, 2xi7:C, 2xi7:D
14 6iqj:B 131 27 0.0813 0.0763 0.3704 7.7 6iqj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218