Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KPQVTILATGGTIAGSSAGAVTVDKLLAAVPAINDLATIKGEQISSIGSQEMTGKVWLKLAKRVNELLAQKETEAVIITH
GTDTMEETAFFLNLTVKSQKPVVLVGAMRPGSSMSADGPMNLYNAVNVAINKASTNKGVVIVMNDEIHAAREATKLNTTA
VNAFASPNTGKIGTVYYGKVEYFTQSVRPHTLASEFDISKIEELPRVDILYAHPDDTDVLVNAALQAGAKGIIHAGMGNG
NPFPLTQNALEKAAKSGVVVARSSRVGSGSTTQEAEVDDKKLGFVATESLNPQKARVLLMLALTKTSDREAIQKIFSTY

The query sequence (length=319) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5k3o:A 328 328 1.0000 0.9726 0.9726 0.0 5k3o:B, 5k3o:C, 5k3o:D, 5k45:A, 5k45:B, 5k45:C, 5k45:D, 5k4g:A, 5k4g:B, 5k4g:C, 5k4g:D, 5k4h:A, 5k4h:B, 5k4h:C, 5k4h:D, 5k4h:E, 5k4h:F, 5k4h:G, 5k4h:H, 6rue:A, 6rue:B, 6rue:C, 6rue:D, 6ruf:A, 6ruf:B, 6ruf:C, 6ruf:D
2 2wlt:A 326 326 0.5423 0.5307 0.5307 4.73e-121 2wt4:A
3 6pa3:A 334 327 0.5298 0.5060 0.5168 3.03e-108 3eca:A, 3eca:B, 3eca:C, 3eca:D, 8ecd:A, 8ecd:B, 8ecd:C, 8ecd:D, 8ece:A, 8ece:B, 8ece:C, 8ece:D, 6eok:B, 6eok:C, 6eok:D, 1ho3:A, 1ho3:B, 1jaz:A, 1jaz:B, 7m11:A, 7m11:B, 7m11:C, 7m11:D, 5mq5:A, 5mq5:C, 5mq5:B, 5mq5:D, 1nns:A, 1nns:B, 6pa2:A, 6pa2:C, 6pa2:B, 6pa2:D, 6pa3:B, 6pa3:C, 6pa3:D, 6pa4:A, 6pa4:B, 6pa4:C, 6pa4:D, 6pa5:A, 6pa5:B, 6pa5:C, 6pa5:D, 6pa5:E, 6pa5:F, 6pa5:G, 6pa5:H, 6pa6:A, 6pa6:B, 6pa6:C, 6pa6:D, 6pa8:A, 6pa8:B, 6pa8:C, 6pa8:D, 6pa9:A, 6pa9:B, 6paa:A, 6paa:B, 6paa:C, 6paa:D, 6pab:A, 6pab:B, 6pab:C, 6pab:D, 6pac:A, 6pac:B, 6pac:C, 6pac:D, 7r5q:A, 7r5q:B, 7r5q:C, 7r5q:D, 6uog:A, 6uog:B, 6uog:C, 6uog:D, 6uog:E, 6uog:F, 6uog:G, 6uog:H, 6uoh:A, 6uoh:B, 6v24:A, 6v24:D, 6v25:A, 6v25:B, 6v26:A, 6v26:B, 6v26:C, 6v26:D, 6v29:A, 6v29:B, 6v29:C, 6v29:D, 6v2a:A, 6v2a:B, 6v2a:C, 6v2a:D, 6v2b:A, 6v2b:B, 6v2b:C, 6v2b:D, 6v5f:A, 6v5f:D
4 2gvn:A 325 328 0.4984 0.4892 0.4848 9.87e-104 2gvn:B, 2gvn:C, 2gvn:D, 2gvn:E, 2gvn:F, 2gvn:G, 2gvn:H, 2hln:A, 2hln:B, 2hln:E, 2hln:F, 2hln:C, 2hln:D, 2hln:G, 2hln:H, 2hln:I, 2hln:J, 2hln:K, 2hln:L, 2jk0:A, 2jk0:B, 2jk0:C, 2jk0:D, 2jk0:E, 2jk0:F, 2jk0:G, 2jk0:H
5 7u6m:C 342 328 0.5047 0.4708 0.4909 1.96e-103 5f52:A, 5f52:B, 5f52:C, 5f52:D, 1hfw:A, 1hfw:B, 1hfw:C, 1hfw:D, 1hg0:A, 1hg0:B, 1hg0:C, 1hg0:D, 1hg1:A, 1hg1:B, 1hg1:C, 1hg1:D, 5hw0:A, 5hw0:B, 5hw0:C, 5hw0:D, 5i3z:A, 5i3z:B, 5i3z:C, 5i3z:D, 5i48:A, 5i48:B, 5i48:C, 5i48:D, 5i4b:A, 5i4b:B, 5i4b:C, 1jsl:A, 1jsl:B, 1jsl:C, 1jsl:D, 1jsr:A, 1jsr:B, 1jsr:C, 1jsr:D, 6pae:A, 6pae:B, 6pae:C, 6pae:D, 7u6m:A, 7u6m:B, 7u6m:D
6 1djo:A 330 303 0.4545 0.4394 0.4785 1.88e-91 1djo:B, 1djp:A, 1djp:B, 4pga:A, 4pga:B, 6wyw:A, 6wyw:B, 6wyw:C, 6wyw:D, 6wyx:A, 6wyx:B, 6wyx:C, 6wyx:D, 6wyy:A, 6wyy:B, 6wyy:C, 6wyy:D, 6wyz:A, 6wyz:B, 6wyz:C, 6wyz:D, 6wz4:A, 6wz4:B, 6wz4:C, 6wz4:D, 6wz6:A, 6wz6:B, 6wz6:C, 6wz6:D
7 1zq1:A 437 337 0.3260 0.2380 0.3086 3.38e-35 1zq1:B
8 8h4a:B 328 332 0.2947 0.2866 0.2831 1.95e-32 7c8q:A, 7c8q:B, 7c8x:A, 7c8x:B, 7c91:B, 7c91:A, 7cb4:B, 7cb4:A, 7cbr:A, 7cbr:B, 7cbu:A, 7cbu:B, 7cbw:A, 7cbw:B, 8h44:A, 8h44:B, 8h45:A, 8h45:B, 8h46:A, 8h46:B, 8h47:A, 8h47:B, 8h48:A, 8h48:B, 8h49:A, 8h49:B, 8h4a:A, 8h4b:A, 8h4b:B, 8h4c:A, 8h4c:B, 8h4d:A, 8h4d:B, 8h4e:A, 8h4e:B, 8h4f:A, 8h4f:B, 8h4g:A, 8h4g:B
9 5ot0:A 328 331 0.2947 0.2866 0.2840 4.40e-17 5ot0:B, 5ot0:C, 5ot0:D, 5ot0:E, 5ot0:F
10 5dnd:D 357 303 0.2539 0.2269 0.2673 1.92e-15 5dnc:A, 5dnc:B, 5dnc:C, 5dnc:D, 5dnd:A, 5dnd:B, 5dnd:C, 5dne:A, 5dne:B, 5dne:C, 5dne:D, 4r8l:A, 4r8l:B, 4r8l:C, 4r8l:D
11 4q0m:A 327 327 0.2320 0.2263 0.2263 1.67e-14 5b5u:A, 5b74:B, 4nje:A
12 6nxc:B 336 332 0.2633 0.2500 0.2530 9.13e-14 2him:A, 2him:B, 2him:C, 2him:D, 6nxc:A, 6nxc:C, 6nxc:D, 6nxd:A, 6nxd:B, 6nxd:C, 6nxd:D, 2p2n:A, 2p2n:B, 2p2n:C, 2p2n:D
13 7r6b:B 301 324 0.2602 0.2757 0.2562 3.76e-12
14 8uou:A 169 85 0.0972 0.1834 0.3647 3.92e-06 8uou:B, 8up3:E, 8up3:F, 8up6:B, 8up6:C, 8up8:A, 8up8:B, 8up8:C
15 2clp:A 323 130 0.0940 0.0929 0.2308 0.63 2clp:B, 2clp:C, 2clp:D, 2clp:E, 2clp:F, 2clp:G, 2clp:H, 2clp:I, 2clp:J, 2clp:K
16 2c91:A 325 44 0.0470 0.0462 0.3409 2.4 2bp1:A, 2bp1:B, 2bp1:C, 2bp1:D, 2c91:B, 2c91:C, 2c91:D, 2c91:E, 2c91:F, 2c91:G, 2c91:H, 2c91:I, 2c91:J
17 3ovg:A 351 85 0.0846 0.0769 0.3176 2.6 3ovg:B, 3ovg:C, 3ovg:D, 3ovg:E, 3ovg:F
18 5ch9:A 328 57 0.0690 0.0671 0.3860 3.1 5ch9:B, 3f4c:A, 3f4c:B, 3f4d:A, 3f4d:B, 4h9t:A, 4h9t:B, 4h9u:A, 4h9u:B, 4h9v:A, 4h9v:B, 4h9x:A, 4h9x:B, 4h9y:A, 4h9y:B, 4h9z:A, 4h9z:B, 4ha0:A, 4ha0:B, 6jss:A, 6jss:B, 6jss:C, 6jss:D, 6jst:A, 6jst:B, 6jst:C, 6jst:D, 6jsu:A, 6jsu:B, 3ojg:A, 3orw:A, 3orw:B, 3tn3:A, 3tn3:B, 3tn4:A, 3tn4:B, 3tn5:A, 3tn5:B, 3tn6:A, 3tn6:B, 3tnb:A, 3tnb:B, 4wvx:A, 4wvx:B
19 8iue:P 303 47 0.0533 0.0561 0.3617 3.9 7a6h:P, 7ae1:P, 7ae3:P, 7aea:P, 7d58:P, 7d59:P, 7dn3:P, 7du2:P, 7fji:P, 7fjj:P, 8ity:P, 8iuh:P
20 1x9l:A 149 27 0.0376 0.0805 0.4444 4.1
21 4v6w:CG 241 50 0.0533 0.0705 0.3400 4.1 6xu6:CG, 6xu7:CG, 6xu8:CG
22 7u5a:A 323 31 0.0470 0.0464 0.4839 7.7 7u1o:A, 7u1o:B, 7u5a:B, 7u91:A, 7u91:B, 7ulc:A, 7ulc:B
23 8a22:Ya 180 55 0.0470 0.0833 0.2727 7.7 8apn:Ya, 8apo:Ya
24 6a08:A 335 56 0.0533 0.0507 0.3036 8.9 6a00:A, 6a01:A, 6a0b:A, 6a0d:A, 6a0g:A, 6a0m:A, 6a0o:A, 6a0v:A, 6a0y:A, 6a11:A, 6a13:A, 6a19:A, 6a1a:A, 6a1b:A, 6a1h:A, 6a1l:A, 6a1m:A, 6a1n:A, 6a1p:A, 6a1r:A, 6a1w:A, 6a21:A, 6a23:A, 6a36:A, 6a39:A, 6a3d:A, 6a3t:A, 6a4g:A, 6a4h:A, 6ai7:A, 7bsr:A, 5zzr:A, 5zzs:A, 5zzt:A, 5zzx:A, 5zzy:A, 5zzz:A
25 5zzq:A 355 56 0.0533 0.0479 0.3036 9.0 6a24:A, 5zzp:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218