Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KPNITGFDMREFLRHTKTPTYDPWERHEAWRYTGRFSRFNRFKGALPGFGIATVAFTAYCV

The query sequence (length=61) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7zmg:c 61 61 1.0000 1.0000 1.0000 7.57e-42 7zmb:c
2 7a23:t 31 22 0.1803 0.3548 0.5000 0.081
3 8ibw:C 922 28 0.1967 0.0130 0.4286 0.83 8gh6:A, 8ibx:C, 8iby:C, 8ibz:C
4 1o75:B 402 48 0.2459 0.0373 0.3125 1.1 1o75:A
5 5ntt:A 277 24 0.1475 0.0325 0.3750 2.4 5ap0:A, 5ap1:A, 5ap2:A, 5ap3:A, 5ap4:A, 5ap5:A, 5ap6:A, 5ap7:A, 6b4w:A, 4bhz:A, 4bi0:A, 4bi1:A, 4bi2:A, 4c4e:A, 4c4f:A, 4c4g:A, 4c4i:A, 4c4j:A, 7chm:A, 7chn:A, 7cht:A, 7cil:A, 7cja:A, 7clh:A, 4cv8:A, 4cv9:A, 4cva:A, 5eh0:A, 5ehl:A, 5eho:A, 5ehy:A, 5ei2:A, 5ei6:A, 5ei8:A, 3gfw:A, 6h3k:A, 3h9f:A, 3hmn:A, 3hmo:A, 3hmp:A, 4js8:A, 4jt3:A, 5ljj:A, 7lqd:A, 5mrb:A, 6n6o:A, 5n7v:A, 5n84:A, 5n87:A, 5n93:A, 5n9s:A, 5na0:A, 5nad:A, 4o6l:A, 4o6l:B, 5o91:A, 6tn9:A, 6tnb:A, 6tnc:A, 6tnd:A, 3vqu:A, 3w1f:A, 3wyx:A, 3wyy:A, 3wzj:A, 3wzk:A, 2x9e:A, 4zeg:A, 2zmd:A
6 3m4a:A 304 21 0.1639 0.0329 0.4762 2.7
7 6pnx:B 294 19 0.1475 0.0306 0.4737 3.8 9cd7:B, 9cd7:C, 7dhl:A, 4k33:A, 6lvm:A, 6pnx:A, 8udt:A, 8udt:B, 8udt:C, 8udu:A, 8udu:B, 8udv:A, 8udv:B
8 5k5w:A 198 20 0.1639 0.0505 0.5000 4.2
9 7lhd:M 419 46 0.2459 0.0358 0.3261 5.3
10 1f9x:A 117 12 0.1148 0.0598 0.5833 5.9 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218