Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KMPAYEFWFVVGSQHLYGDEALAQVEAHAREMVPALQAAVGNAHVLRWKGVLKDADEIRRLCLEASADDVCAGVIAWMHT
FSPAKMWIRGLLALRKPLLHLHTQFNRDIPWDTIDMDFMNLNQSAHGDREYGFIGARMGVARKVVVGHWEDPEVRERLAK
WMRTAVAFAESRNLKVARFGDNMREVAVTEGDKVGAQIQFGWSVNGYGIGDLVQYIRDVSEQKVNELLDEYEELYDIVPA
SIREQARIELGLKAFLQDGNFTAFTTTFEDLHGLKQLPGLAVQRLMQQGYGFAGEGDWKTAALLRIMKVMSTGLQGGTSF
MEDYTYHFEKGNDLVLGSHMLEVCPSIAAEEKPILDVQHLGIGGKDDPARLVFDGGEGAAVNASLIDLGHRFRLIVNEVD
AVKPEHDMPKLPVARILWKPRPSLRDSAEAWILAGGAHHTCFSFAVTTEQLQDFAEMAGIECVVINEHTSVSSFKNELKW
NEVFWR

The query sequence (length=486) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7chl:A 498 495 1.0000 0.9759 0.9818 0.0 7chl:B, 7chl:C, 7chl:D, 7chl:E, 7chl:F, 7chl:G, 7chl:H, 7chl:I, 7chl:J, 7chl:K, 7chl:L, 7cxo:A, 7cxo:B, 7cxo:C, 7cxo:D, 7cxo:E, 7cxo:F
2 4r1q:E 496 491 0.8621 0.8448 0.8534 0.0 4r1p:A, 4r1p:B, 4r1p:C, 4r1p:D, 4r1p:E, 4r1p:F, 4r1q:A, 4r1q:D, 4r1q:B, 4r1q:F, 4r1q:C
3 7cyy:C 497 491 0.7551 0.7384 0.7475 0.0 7cx7:A, 7cx7:B, 7cx7:C, 7cx7:D, 7cx7:E, 7cx7:F, 7cyy:A, 7cyy:B, 7cyy:D, 7cyy:E, 7cyy:F
4 4f2d:A 498 490 0.6564 0.6406 0.6510 0.0 4f2d:B, 4f2d:C, 2hxg:A, 2hxg:B, 2hxg:C
5 7ch3:B 495 487 0.6173 0.6061 0.6160 0.0 7ch3:C, 7ch3:D, 7ch3:E, 7ch3:I, 7ch3:F, 7ch3:G, 7ch3:H, 7ch3:J, 7ch3:K, 7ch3:L, 7cwv:A, 7cwv:B, 7cwv:C, 7cwv:D, 7cwv:E, 7cwv:F, 7cwv:G, 7cwv:H, 7cwv:I, 7cwv:J, 7cwv:K, 7cwv:L
6 7ch3:A 469 481 0.5926 0.6141 0.5988 0.0
7 3las:A 166 99 0.0535 0.1566 0.2626 0.75 3las:B
8 8qp8:A 1918 115 0.0597 0.0151 0.2522 2.7
9 8q7x:A 1914 115 0.0597 0.0152 0.2522 2.8
10 6l4t:7 188 78 0.0473 0.1223 0.2949 2.8 6l4u:7, 6ly5:E
11 8i0p:A 2149 115 0.0597 0.0135 0.2522 2.9 8q7q:A, 8q7v:A, 8q7w:A
12 7abg:A 2174 115 0.0597 0.0133 0.2522 2.9 7abi:A, 8q91:A, 8rc0:A
13 5z57:A 1978 115 0.0597 0.0147 0.2522 3.1
14 5z56:A 2232 115 0.0597 0.0130 0.2522 3.1 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
15 8y6o:C 2227 115 0.0597 0.0130 0.2522 3.2 8h6e:5B, 8h6j:5B, 8qp9:A, 6qw6:5A, 6qx9:5A, 8qxd:A, 8r08:A
16 8c6j:A 2261 115 0.0597 0.0128 0.2522 3.2 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
17 8h6k:5B 2253 115 0.0597 0.0129 0.2522 3.4 8h6l:5B, 8i0u:A, 8i0v:A, 8q7n:A, 8qo9:A, 8qpe:A, 7qtt:a, 8qzs:A
18 8ro0:A 2231 92 0.0473 0.0103 0.2500 3.9 8ro1:A
19 4ppr:A 300 56 0.0350 0.0567 0.3036 4.3
20 6z1h:A 382 81 0.0453 0.0576 0.2716 4.6
21 5yj7:C 490 48 0.0288 0.0286 0.2917 4.9
22 6ltb:A 928 103 0.0535 0.0280 0.2524 5.1 6ltc:A, 6ltd:A, 6ltd:B
23 3jb9:A 1964 115 0.0556 0.0137 0.2348 5.2
24 6z1m:A 423 81 0.0453 0.0520 0.2716 5.7 6z1m:B, 6z1m:C
25 5lqw:A 2130 113 0.0576 0.0131 0.2478 6.9
26 6j6g:A 1913 113 0.0576 0.0146 0.2478 6.9 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
27 8t9g:C 536 41 0.0288 0.0261 0.3415 6.9 8fyh:A, 8fyh:G
28 8tas:E 570 41 0.0288 0.0246 0.3415 7.1 8tb9:E
29 2hwg:A 572 44 0.0288 0.0245 0.3182 7.1 2hwg:B, 6v9k:A, 6v9k:B
30 5gan:A 2196 113 0.0576 0.0128 0.2478 7.1 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
31 5nrl:A 2216 113 0.0576 0.0126 0.2478 7.3 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
32 7dco:A 2205 113 0.0576 0.0127 0.2478 7.5 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218