Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KLQFSVGTTFRTLLKRDTDWDVIPTPRVEPNVPRIEGRRWTQMKKLPLLKEKEGPPSPWRALLLGADSEYIVCPPGTDQE
AISWIHSQSEIECIRESKSTPASVITCLTSSLQSFAEGNPVRSRIHEDIIAFGINKKQEKKQSASSSASGEWKRAEYQVE
EMSLPPWVEEEMVLLRSDQEDNWIELEKNAIYTEVDGVAEGLVDKYIEIVGRTKVASVIEKWQIAATRTFSQLHTDRSRI
TACPIITRDPSGNCQFWGMVLLGPHHVKRDTDNAPLLIAEIMGEDTEEKYPKHSVFSLKVEGKQFLLSLKITSFSRNKLY
TFSNIRRVLIQPASIYSQVVLSRAAENNSLNLEVNPEIQLYLEGAQRGMTLYQWVRMILCLEFLMAIYNNPQMEGFLANM
RRLHMSRHAMMERRQVFLPFGSRPEDKVNECIINNPIVAYLAKGWNSMPNVYY

The query sequence (length=453) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8p0u:A 621 453 1.0000 0.7295 1.0000 0.0 8p0b:A, 8p0g:A, 8z85:A, 8z8j:A, 8z8n:A, 8z8x:A, 8z90:A, 8z97:A, 8z98:A, 8z9h:A, 8z9h:H, 8z9q:A, 8z9r:A, 8z9r:H
2 6kut:A 688 343 0.1832 0.1206 0.2420 9.60e-16 6kuj:A, 6kuk:A, 6kup:A, 6kur:A, 6kuu:A, 6kuv:A
3 6f5p:A 708 326 0.1700 0.1088 0.2362 1.10e-10 5d98:A, 5d98:D, 6f5p:D, 6xzd:AP1, 6xzg:AP1, 6xzp:AP1, 6xzq:A, 6xzr:AP1, 6y0c:A
4 8bdr:A 722 313 0.1545 0.0970 0.2236 1.07e-08 8be0:A, 8bf5:A, 5epi:A, 5epi:E, 5epi:I, 5epi:M, 5epi:Q, 5epi:U, 6f5o:A, 5fml:B, 5fmz:D, 5fmz:A, 6fs8:B, 6fs8:A, 6fs9:A, 6fsb:A, 6fsb:B, 5m3j:A, 5msg:A, 6qcs:A, 6qct:A, 6qcv:A, 6qcw:A, 6qcx:A, 6qwl:E, 7r1f:A, 8rn1:A, 8rn3:A, 8rn4:A, 8rn4:D, 8rn5:A, 8rn7:A, 8rn9:A, 8rnc:A, 6t0w:A, 4wrt:A, 4wsa:A, 7z42:A, 7z42:D, 7z43:AAA
5 6evj:A 709 314 0.1611 0.1030 0.2325 1.39e-07 6evj:D, 6evk:A, 9f2r:A, 9f37:A, 6fhh:A, 6fhi:A, 5m3h:A, 4nfz:A, 4nfz:B, 4nfz:C, 6szu:A, 6szv:A, 6t0n:A, 6t0r:A, 6t0s:A, 6t0u:A, 6t0v:A, 6t2c:A, 6tw1:A, 4wsb:A
6 7zpy:A 438 312 0.1457 0.1507 0.2115 1.26e-05 5ieq:A, 5if2:A, 5if5:A, 5if7:A, 5ifc:A, 5ifd:A, 6syi:A, 5v0u:A, 2znl:A
7 5ifb:A 404 305 0.1369 0.1535 0.2033 6.54e-05 6cfp:A, 5if8:A
8 8h69:A 716 310 0.1391 0.0880 0.2032 1.10e-04 4avg:A, 4avg:B, 4avg:C, 4avg:D, 4avl:A, 4avl:B, 4avl:C, 4avl:D, 4avq:A, 4avq:B, 4avq:C, 4avq:D, 4awf:A, 4awf:B, 4awf:C, 4awf:D, 4awg:A, 4awg:B, 4awg:C, 4awh:A, 4awh:B, 4awh:C, 4awh:D, 4awm:A, 8bek:A, 5ccy:A, 5cgv:A, 5cl0:A, 3cm8:A, 5cxr:A, 5czn:A, 5d2o:A, 5d42:A, 5d4g:A, 5d8u:A, 5d9j:A, 5dbs:A, 6dcz:A, 5deb:A, 5des:A, 8dip:A, 8dpj:A, 8dqs:A, 8dtw:A, 8dvo:A, 8e1q:A, 8e21:A, 8e4s:A, 4e5e:A, 4e5e:B, 4e5e:C, 4e5e:D, 4e5f:A, 4e5f:B, 4e5f:C, 4e5f:D, 4e5g:A, 4e5g:B, 4e5g:C, 4e5g:D, 4e5h:A, 4e5h:B, 4e5h:C, 4e5h:D, 4e5i:A, 4e5i:B, 4e5i:C, 4e5i:D, 4e5j:A, 4e5j:B, 4e5j:C, 4e5j:D, 4e5l:A, 4e5l:B, 4e5l:C, 4e5l:D, 8edz:A, 5ega:A, 7k0w:A, 7k77:A, 7k87:A, 7kaf:A, 7kbc:A, 4kil:A, 7kl3:A, 7knr:A, 7kny:A, 7kop:A, 7lm4:A, 4ln7:A, 7lp7:A, 7lp8:A, 7lw6:A, 7m0n:A, 7m0n:B, 7m0n:C, 7m0n:D, 4m4q:A, 4m5o:A, 4m5q:A, 4m5r:A, 4m5u:A, 4m5v:A, 4mk1:A, 4mk2:A, 4mk5:A, 7ml8:A, 7mpf:A, 7mty:A, 7mx0:A, 7my5:A, 7n47:A, 7n55:A, 7n68:A, 7n8f:A, 6nel:A, 6nem:A, 7nha:A, 7nhc:A, 7nhx:A, 7ni0:A, 7nik:A, 7nil:A, 7nir:A, 7nis:A, 7nj3:A, 7nj4:A, 7nj5:A, 7nj7:A, 7nk1:A, 7nk2:A, 7nk4:A, 7nk6:A, 7nk8:A, 7nka:A, 7nkc:A, 7nki:A, 7nkr:A, 7nug:A, 7nuh:A, 8pm0:A, 8pnp:A, 8pnq:A, 8poh:A, 8poh:E, 7qtl:A, 6qx3:A, 6qx8:A, 6qx8:E, 6qxe:A, 6qxe:E, 7r0e:A, 8r3k:A, 8r3l:A, 8r60:A, 8r65:A, 7rkp:A, 6rr7:A, 7umr:A, 7uuh:A, 6v53:A, 6v56:A, 6vbr:A, 6vg9:A, 6viv:A, 6vjh:A, 6vl3:A, 6vll:A, 5vp8:A, 5vpt:A, 5vpx:A, 5vqn:A, 5vrj:A, 5w44:A, 2w69:A, 2w69:B, 2w69:D, 5w73:A, 6w7a:A, 4w9s:A, 5wa7:A, 5wap:A, 5wb3:A, 5wcs:A, 5wct:A, 5wdn:A, 5wdw:A, 5we7:A, 5we9:A, 5web:A, 5wef:A, 5wei:A, 5wf3:A, 5wfm:A, 5wfw:A, 5wfz:A, 5wg9:A, 6whm:A, 6wij:A, 6wj4:A, 6ws3:A, 6ya5:A, 6yem:A, 7z4o:DDD, 7z4o:AAA, 7zpl:A, 7zpl:D
9 5w3s:A 485 86 0.0574 0.0536 0.3023 3.5 5w3s:B, 5w3s:C, 5w3s:D
10 8cbk:F 343 95 0.0574 0.0758 0.2737 5.1 8cbl:F, 8cbm:F, 8cbo:E, 5nfj:A, 5nfj:B, 5nfj:C, 7onu:F
11 3fz9:A 106 27 0.0287 0.1226 0.4815 5.8 3fza:A
12 7zhh:A 219 75 0.0464 0.0959 0.2800 6.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218