Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KLKLSDWFNPFKRPEVVTMTKWKAPVVWEGTYNRAVLDNYYAKQKITVGLTVFAVGRYIEHYLEEFLTSANKHFMVGHPV
IFYIMVDDVSRMPLIELGPLRSFKVFKIKPEKRWQDISMMRMKTIGEHIVAHIQHEVDFLFCMDVDQVFQDKFGVETLGE
SVAQLQAWWYKADPNDFTYERRKESAAYIPFGEGDFYYHAAIFGGTPTQVLNITQECFKGILKDKKNDIEAQYHDESHLN
KYFLLNKPTKILSPEYCWDYHIGLPADIKLVKMSWQTKEYNVVRNNV

The query sequence (length=287) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2vs4:A 288 287 0.9930 0.9896 0.9930 0.0 1g8o:A, 1g93:A, 1gwv:A, 1gwv:B, 1gww:A, 1gww:B, 1gx0:A, 1gx0:B, 1gx4:A, 1gx4:B, 2jcj:A, 2jck:A, 1k4v:A, 1k4v:B, 5nrb:A, 5nrb:B, 5nrd:A, 5nrd:B, 5nre:A, 1o7o:A, 1o7o:B, 1o7q:A, 1o7q:B, 2vfz:A, 2vfz:B, 2vs3:A, 2vs3:B, 2vs4:B, 2vs5:A, 2vs5:B, 2vxl:A, 1vzt:A, 1vzt:B, 1vzu:A, 1vzu:B, 1vzx:A, 1vzx:B, 2wgz:A, 2wgz:B
2 5bxc:A 297 274 0.4286 0.4141 0.4489 2.80e-83 5c1g:A, 5c1h:A, 5c1l:A, 4c2s:A, 4c2s:B, 5c36:A, 5c38:A, 5c3a:A, 5c3b:A, 5c3d:A, 5c47:A, 5c48:A, 5c49:A, 5c4b:A, 5c4c:A, 5c4d:A, 5c4e:A, 5c4f:A, 5c8r:A, 4fqw:A, 4fra:A, 4frb:A, 4frd:A, 4fre:A, 4frh:A, 4frl:A, 4frm:A, 4fro:A, 4frp:A, 4frq:A, 4gbp:A, 6gx0:A, 6gx1:A, 6gx2:A, 3i0d:A, 3i0e:A, 3i0f:A, 3i0g:A, 3i0i:X, 3i0j:A, 3i0k:A, 3i0l:A, 3ioi:A, 3ioj:A, 3ioj:B, 4kc1:A, 4kc2:A, 4kc4:A, 1lzi:A, 5m79:A, 5m7a:A, 5m7b:A, 5m7c:A, 5m7c:B, 5m7d:A, 2pgv:A, 1r7u:A, 1r7y:A, 1r80:A, 1r81:A, 2rix:A, 2riy:A, 2rj0:A, 2rj1:A, 2rj4:A, 2rj5:A, 2rj6:A, 2rj7:A, 2rj8:A, 2rj9:A, 3sx3:A, 3sx5:A, 3sx7:A, 3sx8:A, 3sxa:A, 3sxb:A, 3sxc:A, 3sxd:A, 3sxe:A, 3sxg:A, 3u0x:A, 3u0x:B, 3u0y:A, 3u0y:B, 3v0l:A, 3v0m:A, 3v0m:B, 3v0n:A, 3v0n:B, 3v0o:A, 3v0o:B, 3v0p:A, 3v0p:B, 3v0q:A, 3v0q:B, 4y62:A, 4y63:A, 4y64:A, 2y7a:A, 3zgf:A, 3zgf:B, 3zgg:A, 1zhj:A, 1zj0:A
3 1zi4:A 264 263 0.3868 0.4205 0.4221 5.92e-69 2a8u:A, 2a8w:A, 1lzj:A, 2o1h:A, 1r7t:A, 1r7v:A, 1r7x:A, 1r82:A, 5tjo:A, 1wt1:A, 1wt2:A, 1wt3:A, 1zi1:A, 1zi3:A, 1zi5:A, 1ziz:A, 1zj1:A, 1zj2:A, 1zj3:A, 1zjo:A, 1zjp:A
4 4cj8:H 247 220 0.2265 0.2632 0.2955 3.90e-22 4ayj:B, 4ayj:A, 4ayj:C, 4ayj:D, 4cj8:A, 4cj8:B, 4cj8:C, 4cj8:D, 4cj8:E, 4cj8:F, 4cj8:G, 4cj8:I, 4cj8:J, 4cj8:K, 4cj8:L, 4cj8:M, 4cj8:N, 4cj8:O, 4cj8:P, 4cjc:A, 4cjc:B, 4cjc:C, 4cjc:D
5 4ayl:A 210 215 0.1882 0.2571 0.2512 5.41e-09
6 7ns9:A 178 50 0.0697 0.1124 0.4000 0.35 7nsa:A, 7nsd:A, 7nsf:A, 7oa2:A
7 3g2s:A 146 93 0.0732 0.1438 0.2258 0.54 3g2s:B, 3g2t:A, 3g2t:B, 3g2u:A, 3g2u:B, 3g2v:A, 3g2v:B, 3g2w:A, 3g2w:B, 1jwg:A, 1jwg:B, 1py1:A, 1py1:B, 1py1:C, 1py1:D, 1ujj:A, 1ujk:A, 1ujk:B
8 8ooo:A 447 145 0.1359 0.0872 0.2690 0.58 8ooo:L, 8ooo:B, 8ooo:H, 8ooo:C, 8ooo:J, 8ooo:D, 8ooo:F, 8ooo:E, 8ooo:G, 8ooo:I, 8ooo:K, 8ooq:A, 8ooq:L, 8ooq:B, 8ooq:H, 8ooq:C, 8ooq:J, 8ooq:D, 8ooq:F, 8ooq:E, 8ooq:G, 8ooq:I, 8ooq:K, 8ooq:P, 8ooq:c, 8ooq:Q, 8ooq:Y, 8ooq:S, 8ooq:a, 8ooq:T, 8ooq:V, 8ooq:U, 8ooq:X, 8ooq:Z, 8ooq:b
9 5m63:M 226 14 0.0314 0.0398 0.6429 2.5 5m63:H
10 4l82:B 167 45 0.0557 0.0958 0.3556 3.3 4l82:A
11 6kif:B 733 58 0.0592 0.0232 0.2931 4.0 6kif:H, 6kif:f, 6kig:B, 6kig:H, 6kig:f
12 7d3t:D 62 24 0.0453 0.2097 0.5417 4.7 7d3t:A, 7d3t:B, 7d3t:C
13 8hfa:A 212 48 0.0523 0.0708 0.3125 4.7 8hfa:B, 8hfa:C, 8hfa:D, 8hfa:E
14 8ouw:K 656 49 0.0418 0.0183 0.2449 6.9
15 7blz:B 731 86 0.0836 0.0328 0.2791 7.7 6fos:B, 8wey:B, 5zgb:B, 5zgh:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218