Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KHNMKAFLDELKAENIKKFLYNFTQIPHLAGTEQNFQLAKQIQSQWKEFGLDSVELAHYDVLLSYPNKTHPNYISIINED
GNEIFNTSLFEPPPPGYENVSDIVPPFSAFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDMKINCSGKIVIARYGKVFRGNKV
KNAQLAGAKGVILYSDPADYFAPGVKSYPDGWNLPGGGVQRGNILNLNGAGDPLTPGYPANEYAYRRGIAEAVGLPSIPV
HPIGYYDAQKLLEKMGGSAPPDSSWRGSLKVPYNVGPGFTGNFSTQKVKMHIHSTNEVTRIYNVIGTLRGAVEPDRYVIL
GGHRDSWVFGGIDPQSGAAVVHEIVRSFGTLKKEGWRPRRTILFASWDAEEFGLLGSTEWAEENSRLLQERGVAYINADS
SIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHNLTKELKSPDEGFEGKSLYESWTKKSPSPEFSGMPRISKLGSGNDFEVFFQRLGIASGR
ARYTKNKFSGYPLYHSVYETYELVEKFYDPMFKYHLTVAQVRGGMVFELANSIVLPFDCRDYAVVLRKYADKIYSISMKH
PQEMKTYSVSFDSLFSAVKNFTEIASKFSERLQDFDSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLPDRPFYRHVIYAPSSHNK
YAGESFPGIYDALFDIESKVDPSKAWGEVKRQIYVAAFTVQAAAETLSEVA

The query sequence (length=691) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ety:A 696 696 1.0000 0.9928 0.9928 0.0 7bfz:A, 3bhx:A, 3bi0:A, 3bi1:A, 8bo8:A, 8bol:A, 8bow:A, 3bxm:A, 2c6c:A, 2c6g:A, 2c6p:A, 2cij:A, 5d29:A, 3d7d:A, 3d7f:A, 3d7g:A, 3d7h:A, 5ely:A, 6ez9:A, 5f09:A, 6f5l:A, 6fe5:A, 6h7y:A, 6h7z:A, 6hkj:A, 6hkz:A, 3iww:A, 2jbj:A, 2jbk:A, 4jyw:A, 4jz0:A, 4lqg:A, 4mcp:A, 4mcq:A, 4mcr:A, 4mcs:A, 4ngm:A, 4ngn:A, 4ngp:A, 4ngq:A, 4ngr:A, 4ngs:A, 4ngt:A, 5o5r:A, 5o5t:A, 5o5u:A, 4oc0:A, 4oc1:A, 4oc2:A, 4oc3:A, 4oc4:A, 4oc5:A, 5of0:A, 4ome:A, 2oot:A, 2or4:A, 4p44:A, 4p45:A, 4p4b:A, 4p4d:A, 4p4e:A, 4p4f:A, 4p4i:A, 4p4j:A, 2pvv:A, 2pvw:A, 3rbu:A, 6rbc:A, 6rti:A, 6s1x:A, 6sgp:A, 3sje:A, 3sjf:A, 3sjg:A, 3sjx:A, 6skh:A, 4w9y:A, 4x3r:A, 2xef:A, 2xeg:A, 2xei:A, 2xej:A, 1z8l:A, 1z8l:B, 1z8l:C, 1z8l:D
2 3fed:A 690 689 0.7106 0.7116 0.7126 0.0 3fec:A, 3fee:A, 3ff3:A
3 4twe:A 706 706 0.4038 0.3952 0.3952 9.95e-168 4twe:B
4 6d03:A 641 695 0.2663 0.2871 0.2647 2.39e-64 6d03:B, 6d04:A, 6d04:B, 6d05:A, 6d05:B, 1de4:C, 1de4:F, 1de4:I, 3s9l:A, 3s9l:B, 3s9m:A, 3s9m:B, 3s9n:A, 3s9n:B, 6wrv:A, 6wrv:B, 6wrv:E, 6wrw:A, 6wrw:B, 6wrx:A, 6wrx:B, 7zqs:B, 7zqs:D
5 3iib:A 442 115 0.0564 0.0882 0.3391 8.16e-10
6 1amp:A 291 91 0.0449 0.1065 0.3407 4.54e-09 2anp:A, 3b35:A, 3b3c:A, 3b3s:A, 3b3t:A, 3b3v:A, 3b3w:A, 3b7i:A, 1cp6:A, 2dea:A, 3fh4:A, 1ft7:A, 1igb:A, 2iq6:A, 1lok:A, 2nyq:A, 2prq:A, 1rtq:A, 1txr:A, 3vh9:A, 1xry:A
7 2ek8:A 412 370 0.1187 0.1990 0.2216 2.54e-05 2ek9:A, 5ib9:A
8 1f2o:A 277 100 0.0478 0.1191 0.3300 2.77e-05 1cp7:A, 1f2p:A, 1qq9:A, 1tf8:A, 1tf9:A, 1tkf:A, 1tkh:A, 1tkj:A, 1xbu:A, 1xjo:A
9 6hc6:C 408 269 0.0912 0.1544 0.2342 7.48e-04 6hc6:A, 6hc6:B, 6hc7:A, 6hc7:B, 6hc7:C
10 8acr:A 486 122 0.0564 0.0802 0.3197 0.001 8ac7:B, 8ac7:A, 8ac9:A, 8ac9:B, 8acg:F, 8acg:D, 8acg:A, 8acg:E, 8acg:B, 8acg:C, 8ack:B, 8ack:A
11 7bj3:A 936 58 0.0289 0.0214 0.3448 0.12 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
12 5gne:A 366 76 0.0362 0.0683 0.3289 0.19 5gne:B
13 4pxb:A 423 114 0.0478 0.0780 0.2895 0.23 4pxb:B, 4pxc:A, 4pxc:B, 4pxe:A, 4pxe:B
14 4n09:A 345 165 0.0579 0.1159 0.2424 0.46 4n09:B, 4n09:C, 4n09:D, 3otx:A, 3otx:B, 2xtb:A
15 6zep:A 341 132 0.0521 0.1056 0.2727 0.62 7oez:A, 6zeq:A
16 5fkv:A 1145 63 0.0289 0.0175 0.3175 0.98 5fkw:A, 4jom:A, 5m1s:A
17 4r12:A 573 48 0.0217 0.0262 0.3125 1.1
18 8acb:A 220 41 0.0246 0.0773 0.4146 3.2
19 5wml:A 404 30 0.0159 0.0272 0.3667 4.2 6f5v:A, 6f5v:B, 6f5v:C, 6f5v:D, 5wmh:A, 5wmh:B, 5wmh:C, 5wmh:D, 5wmh:E, 5wmh:F, 5wmi:A, 5wml:B
20 2yqc:A 480 42 0.0232 0.0333 0.3810 6.8 2yqh:A, 2yqh:B, 2yqj:A, 2yqj:B, 2yqs:A
21 7d3e:C 1380 125 0.0420 0.0210 0.2320 6.8 7d3e:A, 7d3f:C, 7d3f:A
22 8qbb:A 271 69 0.0304 0.0775 0.3043 7.8 8qbb:J, 8qbb:F, 8qbb:B, 8qbb:C, 8qbb:I, 8qbb:D, 8qbb:E, 8qbb:K, 8qbb:L, 8qbb:G, 8qbb:M, 8qbb:H, 8qbb:N, 8qbd:A, 8qbd:B, 8qbd:C, 8qbd:I, 8qbd:D, 8qbd:J, 8qbd:E, 8qbd:K, 8qbd:F, 8qbd:L, 8qbd:G, 8qbd:M, 8qbd:H, 8qbd:N, 8qbf:A, 8qbf:B
23 1jkn:A 165 33 0.0159 0.0667 0.3333 9.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218