Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KFHCDVCSADCTNRVRVSCAICPEYDLCVPCFSQGSYTGKHRPYHDYRIIETNSYPILADEELQLIKGGLGNWVKEHYLK
YYLESKYYPIPD

The query sequence (length=92) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6cw3:G 92 92 1.0000 1.0000 1.0000 5.33e-66
2 6cw3:E 120 115 1.0000 0.7667 0.8000 1.73e-57 6cw2:C
3 4xi6:A 363 41 0.1630 0.0413 0.3659 7.82e-04 4xi7:A, 4xib:A
4 2e5r:A 63 45 0.1522 0.2222 0.3111 0.028
5 6miu:A 57 36 0.1522 0.2456 0.3889 0.035 6khz:C, 6khz:D, 6miu:B, 6mj7:A, 7r1o:BBB, 7r1o:DDD, 7r1o:AAA, 7r1o:CCC, 5yp7:A, 5yp7:D, 5yp8:A, 5yp8:B, 5ypa:A, 5ypa:B, 5ypb:C, 5ypb:D, 5ype:C, 5ype:D, 5ypf:C, 5ypf:D, 5ypg:A, 5ypg:B, 5yph:A
6 5ypc:B 50 36 0.1522 0.2800 0.3889 0.041 6khz:A, 6khz:B, 5ypb:A, 5ypb:B, 5ypc:A, 5ypc:C, 5ypc:D, 5ype:A, 5ype:B, 5ypf:A, 5ypf:B, 5yph:B
7 5u7g:A 547 26 0.1196 0.0201 0.4231 0.15 4a9k:A, 4a9k:B, 6alc:B, 6axq:A, 6axq:B, 6axq:C, 6axq:D, 6ay3:A, 6ay3:B, 6ay5:A, 5cgp:A, 8cmz:A, 8cn0:A, 8cna:A, 8cnb:A, 8cnd:A, 2d82:A, 5dbm:A, 5dbm:B, 5dbm:C, 6dmk:A, 5eic:B, 5eng:A, 5ep7:A, 7evj:A, 6fqo:A, 6fqo:B, 6fqt:A, 6fqu:A, 6fr0:A, 6fr0:B, 6frf:A, 6frf:B, 6frf:C, 6frf:D, 8fup:A, 8fup:B, 8fv2:A, 8fv2:B, 8fv2:C, 8fv2:D, 8fvs:A, 8fvs:B, 8fxa:A, 8fxa:B, 8fxe:A, 8fxn:A, 8fxo:A, 8g6t:A, 8g6t:B, 8g6t:C, 8g6t:D, 8ga2:A, 8ga2:D, 8ga2:C, 8ga2:B, 5gh9:A, 5h85:A, 5i83:A, 5i86:A, 5i86:B, 5i89:A, 5j0d:A, 1jsp:B, 7juo:A, 7juo:B, 7juo:D, 7juo:C, 7juo:F, 7juo:E, 7juo:G, 7juo:H, 7kpy:A, 7kpy:B, 5ktu:A, 5ktu:B, 5ktw:A, 5ktw:B, 5ktw:C, 5ktx:A, 2l84:A, 2l85:A, 5lpj:A, 5lpl:A, 6lqx:B, 5mme:A, 5mme:B, 5mmg:A, 5mpk:A, 5mpk:B, 5mpn:A, 5mpz:A, 5mqe:A, 5mqe:B, 5mqg:A, 5mqg:B, 5mqk:A, 5mqk:B, 2n1a:B, 4n3w:A, 5nlk:A, 4nr4:A, 4nr4:B, 4nr5:A, 4nr6:A, 4nr7:A, 5nrw:A, 5nu3:A, 4nyv:A, 4nyv:B, 4nyv:C, 4nyv:D, 4nyw:A, 4nyx:A, 8og2:A, 5owk:A, 3p1c:A, 3p1d:A, 3p1f:A, 3p1f:B, 6qst:A, 6qst:B, 6qst:C, 6qst:D, 2rny:A, 6sqe:A, 6sqf:A, 6sqm:A, 6sqm:B, 6sqm:C, 3svh:A, 3svh:B, 6sxx:A, 6sxx:B, 5tb6:A, 1tot:A, 4tqn:A, 4ts8:A, 5u7g:B, 7uge:A, 7uge:B, 7ugl:A, 7ugl:B, 5w0e:A, 5w0f:A, 5w0i:A, 5w0l:A, 5w0l:B, 5w0q:A, 4whu:A, 7wx2:A, 7xh6:A, 7xh6:B, 7xhe:A, 7xhe:B, 7xi0:A, 7xi0:B, 7xm7:A, 7xm7:D, 7xm7:C, 7xne:A, 7xne:B, 7xng:A, 7xng:B, 5xxh:A, 6yij:A, 6yij:B, 6yij:C, 6yij:D, 6yij:E, 6yij:F, 6yij:G, 6yik:A, 6yik:C, 6yik:B, 6yil:A, 6yim:A, 4yk0:A, 4yk0:B, 4yk0:C, 4yk0:D
8 6ds6:A 53 26 0.0978 0.1698 0.3462 0.17
9 6ww3:A 60 49 0.1957 0.3000 0.3673 0.28 6ww3:B
10 6ww4:B 56 48 0.1739 0.2857 0.3333 0.41 6ww4:A
11 7y70:A 77 45 0.1739 0.2078 0.3556 2.0 6lhn:A, 7xwd:A, 7xwe:A, 7xwe:B, 7xwf:A, 7xwg:A, 7xwg:B, 7y6w:A, 7y6x:A, 7y6x:B, 7y6x:D, 7y6x:E, 7y6x:F, 7y6x:G, 7y6x:H, 7y6x:C, 7y6y:A, 7y6y:B, 7y6y:C, 7y6y:D, 7y6z:A
12 6yiz:A 211 52 0.1739 0.0758 0.3077 4.8 6b8a:A, 6b8a:B, 4jvd:A, 4jvi:A, 7nbw:A, 7o2t:AAA, 7o2u:AAA, 7p4u:A, 8q5k:A, 8q5l:A, 6q7u:A, 6q7v:A, 6q7v:B, 6q7w:A, 7qa0:A, 7qa0:B, 7qa3:A, 7qa3:B, 7qav:A, 7qav:B, 6tpr:A, 6yiz:B, 6yz3:AAA, 6z07:AAA, 6z17:AAA, 6z5k:AAA
13 4d6g:A 587 17 0.0978 0.0153 0.5294 5.3 4d6d:A, 4d6e:A, 4d6f:A, 4d6h:A, 4d6i:A, 4d6j:A, 4d71:A, 4d72:A, 2wmi:A, 2wmi:B, 2wmj:A, 2wmj:B, 2wmk:A, 2wmk:B
14 2x1e:A 354 25 0.1196 0.0311 0.4400 5.9
15 7wul:A 70 32 0.1304 0.1714 0.3750 6.4 7wuk:A, 7wum:A, 7wun:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218