Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KETAAAKFERQHMDSSTSAASSSNYCNQMMKSRNLTKDRCKPVNTFVHESLADVQAVCSQKNVACKNGQTNCYQSYSTMS
ITDCRETGSSKYPNCAYKTTQANKHIIVACEGNPYVPVHFDASV

The query sequence (length=124) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1kh8:A 125 124 0.9919 0.9840 0.9919 1.06e-89 1afk:A, 1afk:B, 1afl:A, 1afl:B, 1aqp:A, 1bel:A, 8c3b:BBB, 1cjq:B, 1cjr:B, 1d5d:B, 1d5e:B, 1d5h:B, 3d6o:A, 3d6p:A, 3d6q:A, 3d7b:A, 3d8y:A, 3d8z:A, 3dxg:A, 3dxg:B, 3dxh:A, 3dxh:B, 1eos:A, 1eow:A, 9eo8:BBB, 5et4:A, 5et4:B, 5et4:C, 5et4:D, 3euz:A, 3ev4:A, 3ev4:B, 3ev5:A, 3ev6:A, 3ev6:B, 1f0v:A, 1f0v:B, 1f0v:C, 1f0v:D, 6f60:A, 6f60:B, 1fev:B, 8fhm:A, 8fhm:B, 3fl0:A, 3fl0:B, 3fl1:A, 3fl1:B, 3fl3:A, 2g4w:A, 2g4w:B, 2g8r:A, 4g8v:A, 4g8y:A, 4g90:A, 8gc9:A, 8gc9:B, 8ggg:A, 8ggg:B, 6gok:A, 6gok:B, 4j60:A, 4j61:A, 4j62:A, 4j63:A, 4j69:A, 1j7z:B, 1j80:B, 1j81:B, 1j82:B, 5jlg:A, 5jlg:B, 1jn4:A, 1jvu:A, 3jw1:A, 3jw1:B, 4k7l:B, 1kf2:A, 1kf3:A, 1kf4:A, 3lxo:A, 5na9:A, 5nj7:A, 5nj7:B, 1o0f:A, 1o0f:B, 1o0h:A, 1o0h:B, 1o0m:A, 1o0m:B, 1o0n:A, 1o0n:B, 1o0o:A, 1o0o:B, 4o36:B, 4o37:B, 5obc:B, 5obd:B, 5obe:B, 5ogh:A, 4okf:B, 3oqy:B, 3oqy:A, 3oqz:A, 3oqz:B, 8oqc:A, 8oqd:A, 8oqe:A, 8oqf:A, 8oqg:A, 3or0:A, 3or0:B, 4ot4:A, 4ot4:B, 2p46:A, 2p46:C, 7p4r:AAA, 7p8r:A, 6pvu:A, 6pvu:B, 6pvv:A, 6pvv:B, 6pvw:A, 6pvw:B, 6pvx:A, 6pvx:B, 8px0:A, 2qca:A, 6qe9:B, 1qhc:A, 1qhc:B, 4qh3:A, 4qh3:B, 7qhr:A, 7qhr:B, 7qpw:AAA, 7qpw:BBB, 7qpy:A, 7qpy:B, 7qpz:A, 7qpz:B, 7qq0:BBB, 7qwh:AAA, 8r5v:A, 8r5v:B, 1rar:A, 1ras:A, 1rbc:A, 1rbd:A, 1rbe:A, 1rbf:A, 1rbg:A, 1rbh:A, 1rbi:A, 1rbj:A, 1rbn:A, 1rca:A, 1rcn:E, 3rid:A, 3rid:B, 3rid:C, 3rid:D, 2rln:E, 1rnc:A, 1rnd:A, 1rnm:E, 1rnn:E, 1rno:A, 1rnu:A, 1rnv:A, 1rnw:A, 2rns:A, 3rn3:A, 1rob:A, 1rpf:A, 1rpg:A, 1rsm:A, 4rsk:A, 6rsa:A, 8rsa:A, 8rsa:B, 9rsa:B, 1rta:E, 4rte:A, 1ruv:A, 4s18:A, 4s18:B, 8s96:A, 8s96:B, 1srn:A, 3srn:A, 4srn:A, 1ssa:A, 1ssb:A, 1ssc:A, 1u1b:A, 1u1b:B, 1w4o:A, 1w4p:A, 1w4p:B, 1w4q:A, 1w4q:B, 2w5g:A, 2w5g:B, 2w5i:A, 2w5i:B, 2w5k:A, 2w5k:B, 2w5l:A, 2w5l:B, 2w5m:A, 2w5m:B, 1wbu:A, 1wbu:B, 4wyp:A, 4wyp:B, 4wyz:A, 4wyz:B, 6xhc:A, 6xhc:B, 6xhd:B, 6xhe:A, 6xhe:B, 6xhf:A, 6xhf:B, 2xog:A, 2xog:B, 2xoi:A, 2xoi:B, 6xw0:AAA, 6xw0:BBB, 4ygw:B, 6yo1:A, 6yo1:B, 1z3l:E, 1z3m:E, 1z3p:E, 1z6d:A, 1z6d:B, 1z6s:A, 1z6s:B, 7z6d:A, 7z6g:A
2 11ba:A 124 124 0.8145 0.8145 0.8145 8.87e-68 11ba:B, 11bg:A, 11bg:B, 1bsr:A, 1bsr:B, 3djo:A, 3djo:B, 3djp:A, 3djp:B, 3djq:A, 3djq:B, 3djv:A, 3djv:B, 3djx:A, 3djx:B, 1n3z:A, 1r5c:A, 1r5c:B, 1tq9:A, 1tq9:B
3 5arl:A 121 115 0.4274 0.4380 0.4609 4.47e-39 5ark:A, 5ark:B, 5ark:C, 5ark:D, 5arl:B, 5arl:C, 5arl:D
4 2rnf:A 120 116 0.4194 0.4333 0.4483 2.44e-38 2rnf:B
5 6mv7:A 128 131 0.4194 0.4062 0.3969 1.22e-21 6mv6:A, 5oab:A, 4x09:A
6 2bwl:A 118 118 0.3468 0.3644 0.3644 3.65e-21 2bwk:A
7 4qfi:B 117 121 0.3629 0.3846 0.3719 1.09e-20 4qfi:A, 4qfj:A, 4qfj:B
8 3zbv:A 118 123 0.3387 0.3559 0.3415 9.49e-18
9 3zbw:B 121 121 0.3548 0.3636 0.3636 3.50e-17 3zbw:A
10 8af0:A 123 117 0.3145 0.3171 0.3333 7.18e-17 8af0:B, 9bdl:ANG, 9bdn:ANG, 9bdp:ANG, 5epz:A, 5eqo:A, 1h52:A, 1h53:A, 1hby:A, 7npm:AAA
11 2bzz:A 135 135 0.3710 0.3407 0.3407 1.93e-13 2c01:X, 2c02:A, 2c05:A, 5e13:A, 8f5x:A, 1hi2:A, 1hi3:A, 1hi4:A, 1hi5:A
12 1h1h:A 134 134 0.2984 0.2761 0.2761 1.91e-10 4a2o:A, 4a2o:B, 2lvz:A, 4oxb:A, 4oxb:B
13 1m07:A 111 117 0.2742 0.3063 0.2906 0.002 1m07:B
14 2m5t:A 142 82 0.1694 0.1479 0.2561 0.013
15 2gmk:A 104 113 0.2581 0.3077 0.2832 0.083 2i5s:X, 1onc:A, 3snf:A
16 4wz9:B 887 65 0.1532 0.0214 0.2923 0.86 4wz9:A
17 1nak:H 214 100 0.1935 0.1121 0.2400 3.3 1nak:I
18 3ei9:A 412 92 0.1774 0.0534 0.2391 6.1 3ei5:A, 3ei5:B, 3ei6:A, 3ei6:B, 3ei8:A, 3ei8:B, 3ei9:B, 3eia:A, 3eia:B, 3eib:A, 3eib:B, 2z1z:A, 2z1z:B, 2z20:A, 2z20:B
19 1igy:B 434 96 0.1774 0.0507 0.2292 9.0 1igy:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218