Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
KEFFPGIEKIKFEGKDSKNPMAFRYYDAEKVINGKKMKDWLRFAMAWWHTLCAEGGDQFGGGTKQFPWNGNADAIQAAKD
KMDAGFEFMQKMGIEYYCFHDVDLVSEGASVEEYEANLKEIVAYAKQKQAETGIKLLWGTANVFGHARYMNGAATNPDFD
VVARAAVQIKNAIDATIELGGENYVFWGGREGYMSLLNTDQKREKEHLAQMLTIARDYARARGFKGTFLIEPKPMEPTKH
QYDVDTETVIGFLKAHGLDKDFKVNIEVNHATLAGHTFEHELAVAVDNGMLGSIDANRGDYQNGWDTDQFPIDNYELTQA
MMQIIRNGGLGTGGTNFDAKTRRNSTDLEDIFIAHIAGMDAMARALESAAALLDESPYKKMLADRYASFDGGKGKEFEDG
KLTLEDVVAYAKTKGEPKQTSGKQELYEAILNMYC

The query sequence (length=435) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4xkm:A 435 435 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4xkm:B, 4xkm:C, 4xkm:D, 4xkm:E, 4xkm:F, 4xkm:G, 4xkm:H
2 5nh4:A 436 434 0.8345 0.8326 0.8364 0.0 5nh4:B, 5nh4:C, 5nh4:D, 5nh5:A, 5nh5:B, 5nh5:C, 5nh5:D, 5nh6:A, 5nh6:B, 5nh6:C, 5nh6:D, 5nh7:A, 5nh7:B, 5nh7:C, 5nh7:D, 5nh8:A, 5nh8:B, 5nh8:C, 5nh8:D, 5nh9:A, 5nh9:C, 5nh9:B, 5nh9:D, 5nha:A, 5nha:B, 5nha:C, 5nha:D, 5nhb:A, 5nhb:B, 5nhb:C, 5nhb:D, 5nhc:A, 5nhc:B, 5nhc:C, 5nhc:D, 5nhd:A, 5nhd:B, 5nhd:D, 5nhd:C, 5nhe:A, 5nhe:B, 5nhe:C, 5nhe:D, 6t8e:A, 6t8e:B, 6t8e:C, 6t8e:D, 6t8f:A, 6t8f:B, 6t8f:C, 6t8f:D, 5yn3:A, 5yn3:B, 5yn3:C, 5yn3:D
3 1a0e:A 443 434 0.5241 0.5147 0.5253 2.76e-163 1a0e:D
4 1a0c:A 437 434 0.5034 0.5011 0.5046 6.41e-157 1a0c:B, 1a0c:C, 1a0c:D
5 1a0d:A 437 433 0.4920 0.4897 0.4942 3.88e-144 1a0d:B, 1a0d:C, 1a0d:D
6 6int:A 413 434 0.4782 0.5036 0.4793 4.33e-140 6int:B, 6int:C, 6int:D, 6int:E, 6int:F, 6int:G, 6int:H
7 4duo:A 388 309 0.2138 0.2397 0.3010 1.53e-27 4a8i:A, 4a8l:A, 4a8n:A, 4a8r:A, 5avn:A, 5avn:B, 8aw8:A, 8aw8:B, 8aw9:A, 8aw9:B, 8awb:A, 8awc:A, 8awd:A, 8awe:A, 8awf:A, 8awf:B, 8aws:A, 8awu:A, 8awv:A, 8awx:A, 8awy:A, 7bjz:A, 7bjz:B, 7bvl:A, 7bvn:A, 7cjo:A, 7cjo:B, 7ck0:A, 1clk:A, 7cvk:A, 7cvm:A, 3cwh:A, 7dfj:A, 7dfk:A, 7dmm:A, 4dvo:A, 1dxi:A, 1dxi:B, 7e03:A, 4e3v:A, 2g4j:A, 2glk:A, 3gnx:A, 3gnx:E, 2gve:A, 1gw9:A, 2gyi:A, 2gyi:B, 4hhl:A, 4hhl:B, 4hhm:A, 4hhm:B, 4hhm:C, 4hhm:D, 4hhm:E, 4hhm:F, 4hhm:G, 4hhm:H, 6irk:A, 4j4k:A, 3kbm:A, 3kbn:A, 3kbs:A, 3kbv:A, 3kbw:A, 3kcl:A, 3kco:A, 6kca:A, 6kcc:A, 6kd2:A, 6ll2:A, 4lnc:A, 1mnz:A, 1muw:A, 3n4a:A, 6n99:A, 6n99:B, 6n99:C, 6n99:D, 7njg:A, 1o1h:A, 1o1h:B, 1oad:A, 1oad:B, 6oqz:A, 4qdp:A, 4qdw:A, 4qe1:A, 4qe4:A, 4qe5:A, 4qee:A, 4qeh:A, 6qnc:A, 6qnd:A, 6qnh:A, 6qni:A, 6qnj:A, 6qrr:A, 6qrs:A, 6qrt:A, 6qru:A, 6qrv:A, 6qrw:A, 6qrx:A, 6qry:A, 1qt1:A, 1qt1:B, 6quf:A, 6quk:A, 6quk:B, 3qza:A, 6rnd:A, 6rnf:A, 1s5m:A, 1s5n:A, 3u3h:A, 4us6:A, 4us6:B, 5vr0:A, 6vrs:A, 6vrs:B, 6vrs:C, 6vrs:D, 4w4q:A, 8wdg:A, 8wdh:A, 1xib:A, 1xic:A, 1xid:A, 1xie:A, 1xif:A, 1xig:A, 1xih:A, 1xii:A, 1xij:A, 1xis:A, 2xis:A, 3xis:A, 4xis:A, 8xia:A, 9xia:A, 1xya:A, 1xya:B, 1xyb:A, 1xyb:B, 1xyc:A, 1xyc:B, 1xyl:A, 1xyl:B, 1xym:A, 1xym:B, 5y4i:A, 5y4j:A, 6ybo:A, 6ybr:A, 8yud:A, 8yud:B, 8yud:C, 8yud:D, 8yud:E, 8yud:F, 4zb0:A, 4zb0:B, 4zb2:A, 4zb5:A, 4zbc:A, 4zbc:B, 5zyc:A, 5zyd:A, 5zye:A
8 6n98:A 379 324 0.2046 0.2348 0.2747 8.86e-22
9 1did:A 393 314 0.2023 0.2239 0.2803 8.74e-20 1did:B, 1die:A, 1die:B, 4xia:A, 4xia:B, 5xia:A, 5xia:B, 1xlb:A, 1xlb:B, 1xlc:A, 1xlc:B, 1xld:A, 1xld:B, 1xle:A, 1xle:B, 1xlf:A, 1xlf:B, 1xlg:A, 1xlg:B, 1xli:A, 1xli:B, 1xlj:A, 1xlj:B, 1xlk:A, 1xlk:B, 1xll:A, 1xll:B, 1xlm:A, 1xlm:B
10 1xim:A 392 297 0.1885 0.2092 0.2761 2.82e-18 1xim:B, 1xim:C, 1xim:D, 1xin:A, 1xin:B, 1xin:C, 1xin:D, 2xim:A, 2xim:B, 2xim:C, 2xim:D, 2xin:A, 2xin:B, 2xin:C, 2xin:D, 3xim:A, 3xim:B, 3xim:C, 3xim:D, 4xim:A, 4xim:B, 4xim:C, 4xim:D, 5xim:A, 5xim:B, 5xim:C, 5xim:D, 5xin:A, 5xin:B, 5xin:C, 5xin:D, 6xim:A, 6xim:B, 6xim:C, 6xim:D, 8xim:A, 8xim:B, 8xim:C, 8xim:D, 9xim:A, 9xim:B, 9xim:C, 9xim:D
11 3ktc:A 330 185 0.1172 0.1545 0.2757 3.59e-05 3ktc:B
12 8rw1:k 470 121 0.0690 0.0638 0.2479 1.1 6fyx:k, 6gsm:k, 6gsn:k, 6qg0:M, 6qg0:N, 6qg1:M, 6qg1:N, 6qg2:M, 6qg3:M, 6qg5:M, 6qg6:M, 6qg6:N, 8s8d:k, 8s8e:k, 8s8g:k, 8s8h:k, 8s8i:k, 8s8j:k
13 7oe2:A 266 91 0.0598 0.0977 0.2857 2.0 7oe2:B, 7oe2:C, 7oe2:D, 7oe2:E, 7oeu:A, 7oeu:B, 7oeu:C, 7oeu:D, 7oeu:E
14 1wzc:B 244 55 0.0414 0.0738 0.3273 2.2 1wzc:A
15 7dz4:C 286 76 0.0575 0.0874 0.3289 3.1 7dz2:A, 7dz2:B, 7dz2:C, 7dz2:D, 7dz3:A, 7dz3:B, 7dz3:C, 7dz3:D, 7dz4:A, 7dz4:B, 7dz4:D, 7dz5:A, 7dz5:B, 7dz5:C, 7dz5:D, 7dz6:A, 7dz6:B, 7dz6:C, 7dz6:D
16 1dpg:A 485 78 0.0552 0.0495 0.3077 3.2 1dpg:B, 2dpg:A, 1e77:A, 1e7y:A, 1h94:A, 1h9a:A
17 4m28:A 483 78 0.0621 0.0559 0.3462 3.3 4m2a:A, 4m2b:A, 5nzg:A, 5nzi:A, 5nzj:A, 5nzk:A, 5nzl:A, 5nzm:A, 2oeg:A
18 6zu5:SF0 186 41 0.0322 0.0753 0.3415 3.5
19 8g3h:A 841 30 0.0299 0.0155 0.4333 5.2
20 8ij1:D 627 69 0.0437 0.0303 0.2754 6.2 8ij1:I, 8je1:I, 8je2:D, 7roy:A, 7roy:C, 8wqa:B, 8wqa:D, 8wqb:J, 8wqd:D, 8wqe:B, 8wqf:J, 8wqh:D, 8wqh:H, 8wqi:D
21 6zu5:SU0 99 32 0.0322 0.1414 0.4375 7.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218