Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
IVEKSKICSSRYEPTVRIGGRDGMCVDVYDNGYHNGNRIIMWKCKDRLEENQLWTLKSDKTIRSNGKCLTTYGYAPGSYV
MIYDCTSAVAEATYWEIWDNGTIINPKSALVLSAESSSMGGTLTVQTNEYLMRQGWRTGNNTSPFVTSISGYSDLCMQAQ
GSNVWMADCDSNKKEQQWALYTDGSIRSVQNTNNCLTSKDHKQGSTILLMGCSNGWASQRWVFKNDGSIYSLYDDMVMDV
KGSDPSLKQIILWPYTGKPNQIWLTLF

The query sequence (length=267) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1abr:B 267 267 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 2aai:B 262 255 0.5880 0.5992 0.6157 8.11e-117 7kd0:B, 3rti:B, 3rtj:B
3 1onk:B 263 261 0.5393 0.5475 0.5517 1.88e-104 3d7w:B, 1oql:B, 1pum:B, 1puu:B, 2r9k:B, 2rg9:B, 1sz6:B, 1tfm:B, 1yf8:B
4 1rzo:B 262 255 0.5243 0.5344 0.5490 6.30e-101 1rzo:D
5 1hwm:B 264 263 0.4494 0.4545 0.4563 3.39e-74 1hwn:B, 1hwo:B, 1hwp:B
6 3ca1:A 257 254 0.4120 0.4280 0.4331 6.91e-69 3ca4:A, 3ca5:A, 3cah:A
7 4hr6:C 264 259 0.3970 0.4015 0.4093 1.32e-58 5y97:C
8 4zbv:B 261 263 0.3858 0.3946 0.3916 2.23e-52 4zfw:B, 4zfy:B, 4zgr:B, 4zlb:B
9 8r8a:A 127 126 0.1685 0.3543 0.3571 4.86e-23
10 3a22:A 614 103 0.1348 0.0586 0.3495 1.81e-07 3a22:B, 3a23:A, 3a23:B
11 3a22:A 614 34 0.0449 0.0195 0.3529 0.21 3a22:B, 3a23:A, 3a23:B
12 3a22:A 614 74 0.0712 0.0309 0.2568 4.5 3a22:B, 3a23:A, 3a23:B
13 1knm:A 129 93 0.1086 0.2248 0.3118 1.89e-06 1mc9:A
14 1knm:A 129 106 0.1049 0.2171 0.2642 0.003 1mc9:A
15 1knm:A 129 38 0.0524 0.1085 0.3684 1.2 1mc9:A
16 1isv:A 436 93 0.1049 0.0642 0.3011 2.10e-04 2d20:A, 2d20:B, 2d22:A, 2d22:B, 2d23:A, 2d23:B, 2d24:A, 2d24:B, 1e0v:A, 1e0x:A, 1e0x:B, 2g3j:A, 5gqd:A, 5gqd:B, 5gqe:A, 5gqe:B, 1isv:B, 1isw:A, 1isw:B, 1isx:A, 1isx:B, 1isy:A, 1isy:B, 1isz:A, 1isz:B, 1it0:A, 1it0:B, 1od8:A, 1v0k:A, 1v0l:A, 1v0m:A, 1v0n:A, 1v6u:A, 1v6u:B, 1v6v:A, 1v6v:B, 1v6w:A, 1v6w:B, 1v6x:A, 1v6x:B
17 1isv:A 436 104 0.1049 0.0642 0.2692 0.014 2d20:A, 2d20:B, 2d22:A, 2d22:B, 2d23:A, 2d23:B, 2d24:A, 2d24:B, 1e0v:A, 1e0x:A, 1e0x:B, 2g3j:A, 5gqd:A, 5gqd:B, 5gqe:A, 5gqe:B, 1isv:B, 1isw:A, 1isw:B, 1isx:A, 1isx:B, 1isy:A, 1isy:B, 1isz:A, 1isz:B, 1it0:A, 1it0:B, 1od8:A, 1v0k:A, 1v0l:A, 1v0m:A, 1v0n:A, 1v6u:A, 1v6u:B, 1v6v:A, 1v6v:B, 1v6w:A, 1v6w:B, 1v6x:A, 1v6x:B
18 1isv:A 436 38 0.0487 0.0298 0.3421 7.3 2d20:A, 2d20:B, 2d22:A, 2d22:B, 2d23:A, 2d23:B, 2d24:A, 2d24:B, 1e0v:A, 1e0x:A, 1e0x:B, 2g3j:A, 5gqd:A, 5gqd:B, 5gqe:A, 5gqe:B, 1isv:B, 1isw:A, 1isw:B, 1isx:A, 1isx:B, 1isy:A, 1isy:B, 1isz:A, 1isz:B, 1it0:A, 1it0:B, 1od8:A, 1v0k:A, 1v0l:A, 1v0m:A, 1v0n:A, 1v6u:A, 1v6u:B, 1v6v:A, 1v6v:B, 1v6w:A, 1v6w:B, 1v6x:A, 1v6x:B
19 4d0t:A 496 87 0.0899 0.0484 0.2759 2.92e-04 5ajn:A, 5ajo:A, 5ajp:A, 4d0t:C, 4d0t:F, 4d0t:B, 4d0t:D, 4d0t:E, 4d0z:B, 4d0z:E, 4d0z:A, 4d0z:C, 4d0z:D, 4d0z:F, 4d11:D, 4d11:E, 4d11:B, 4d11:A, 4d11:F, 6e7i:A, 6egs:A, 6egs:B, 2ffu:A, 2ffv:A, 2ffv:B, 5fv9:A, 5fv9:B, 5fv9:C, 5fv9:D, 5fv9:E, 5fv9:F, 5ndf:A, 5ndf:B, 5ndf:C, 5ndf:D, 5ndf:E, 5ndf:F, 6nqt:A, 6nqt:B, 6nqt:C, 6nqt:D, 6nqt:E, 6nqt:F
20 4d0t:A 496 58 0.0749 0.0403 0.3448 0.012 5ajn:A, 5ajo:A, 5ajp:A, 4d0t:C, 4d0t:F, 4d0t:B, 4d0t:D, 4d0t:E, 4d0z:B, 4d0z:E, 4d0z:A, 4d0z:C, 4d0z:D, 4d0z:F, 4d11:D, 4d11:E, 4d11:B, 4d11:A, 4d11:F, 6e7i:A, 6egs:A, 6egs:B, 2ffu:A, 2ffv:A, 2ffv:B, 5fv9:A, 5fv9:B, 5fv9:C, 5fv9:D, 5fv9:E, 5fv9:F, 5ndf:A, 5ndf:B, 5ndf:C, 5ndf:D, 5ndf:E, 5ndf:F, 6nqt:A, 6nqt:B, 6nqt:C, 6nqt:D, 6nqt:E, 6nqt:F
21 4d0t:A 496 76 0.0787 0.0423 0.2763 9.1 5ajn:A, 5ajo:A, 5ajp:A, 4d0t:C, 4d0t:F, 4d0t:B, 4d0t:D, 4d0t:E, 4d0z:B, 4d0z:E, 4d0z:A, 4d0z:C, 4d0z:D, 4d0z:F, 4d11:D, 4d11:E, 4d11:B, 4d11:A, 4d11:F, 6e7i:A, 6egs:A, 6egs:B, 2ffu:A, 2ffv:A, 2ffv:B, 5fv9:A, 5fv9:B, 5fv9:C, 5fv9:D, 5fv9:E, 5fv9:F, 5ndf:A, 5ndf:B, 5ndf:C, 5ndf:D, 5ndf:E, 5ndf:F, 6nqt:A, 6nqt:B, 6nqt:C, 6nqt:D, 6nqt:E, 6nqt:F
22 1vcl:A 432 96 0.0861 0.0532 0.2396 0.062 1vcl:B, 3w9t:A, 3w9t:C, 3w9t:G, 3w9t:B, 3w9t:F, 3w9t:E, 3w9t:D, 2z48:A, 2z48:B, 2z49:A, 2z49:B
23 1cp2:A 269 85 0.1011 0.1004 0.3176 0.087 1cp2:B
24 4end:A 114 64 0.0749 0.1754 0.3125 0.11 4den:A, 4g1r:A, 4g1r:C, 4p6a:A
25 6h0b:B 521 74 0.0861 0.0441 0.3108 0.41
26 6e4q:A 505 125 0.1236 0.0653 0.2640 1.8 6e4q:B, 6e4q:C, 6e4q:D
27 6e4q:A 505 72 0.0637 0.0337 0.2361 2.5 6e4q:B, 6e4q:C, 6e4q:D
28 6e4q:A 505 69 0.0674 0.0356 0.2609 9.7 6e4q:B, 6e4q:C, 6e4q:D
29 6rxt:UU 902 120 0.1161 0.0344 0.2583 4.6 6rxu:UU, 6rxv:UU, 6rxx:UU, 6rxy:UU, 6rxz:UU
30 3v4l:A 386 42 0.0637 0.0440 0.4048 5.5 7a41:B, 6f7i:B, 6h4a:A, 4i1p:A, 4i1p:C, 7pav:B, 7paw:B, 3uo8:B, 3uo8:C, 3uoa:B, 3uoa:C, 3v4o:A, 8v4x:A, 8v4x:B, 8v4x:C, 8v4x:D, 8v4x:E, 8v4x:F, 6yn8:A, 6yn9:A
31 5oql:O 864 120 0.1161 0.0359 0.2583 5.7
32 7ak0:B 363 38 0.0562 0.0413 0.3947 6.7 7a41:A, 7ak0:A, 7ak1:A, 6f7i:A, 4i1r:A
33 7wg3:I 248 80 0.0787 0.0847 0.2625 8.8

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218