Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ITDEQIAEWNSKQEELRDKIIRSDGDFSLSKVKYVGGFDVSYSKINHELAVSCMVVLSYPEMKQVYMNTTKVKLSCPYKS
SYLAFREIEPFQQELQLLKAKKPNLEPQVFLLDGNGFFHIRRCGAASHLGVLSNTRTIGVAKSLIEIPEDGVKKTEVISQ
FKRLRKTGGNELDIISTEKNEVLAKAVLYAPKVEKPIFVSAGHKCSLETAAKIVKGCTKTRIPEPIKMADKWSRKELKKI
E

The query sequence (length=241) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ozi:A 244 241 0.9959 0.9836 0.9959 2.06e-180 6ozh:A, 6ozh:C, 6ozh:B, 6ozh:D, 6ozi:B
2 6ozj:B 250 243 0.4066 0.3920 0.4033 1.94e-53 6ozj:A, 6ozk:A, 6ozk:B, 6ozl:A, 6ozl:B, 6ozm:A, 6ozm:B, 6ozn:A, 6ozn:B, 6ozo:A, 6ozo:B, 6ozp:A, 6ozp:B, 6ozq:A, 6ozq:B, 6ozr:A, 6ozr:B, 6ozs:A, 6ozs:B
3 6ozf:B 225 233 0.3071 0.3289 0.3176 6.92e-22 4b20:A, 4b20:B, 6ozf:A, 6ozg:A, 6ozg:B, 2w35:A, 2w35:B, 2w36:A, 2w36:B
4 3goc:A 228 235 0.3071 0.3246 0.3149 9.38e-17 3goc:B
5 6gfm:A 440 94 0.0996 0.0545 0.2553 0.69
6 9bh5:AN 151 82 0.0913 0.1457 0.2683 1.1 9cai:AN
7 4laf:A 207 86 0.0830 0.0966 0.2326 1.1 4laf:B, 4laf:C, 4laf:D
8 2nyk:A 237 73 0.0871 0.0886 0.2877 1.2
9 6l4m:A 357 143 0.1452 0.0980 0.2448 2.0
10 4dve:A 189 31 0.0539 0.0688 0.4194 4.0 4dve:B, 4dve:C
11 5hzw:A 668 96 0.1037 0.0374 0.2604 6.2 5i04:A
12 5u7g:A 547 43 0.0581 0.0256 0.3256 7.9 4a9k:A, 4a9k:B, 6alc:B, 6axq:A, 6axq:B, 6axq:C, 6axq:D, 6ay3:A, 6ay3:B, 6ay5:A, 5cgp:A, 8cmz:A, 8cn0:A, 8cna:A, 8cnb:A, 8cnd:A, 2d82:A, 5dbm:A, 5dbm:B, 5dbm:C, 6dmk:A, 5eic:B, 5eng:A, 5ep7:A, 7evj:A, 6fqo:A, 6fqo:B, 6fqt:A, 6fqu:A, 6fr0:A, 6fr0:B, 6frf:A, 6frf:B, 6frf:C, 6frf:D, 8fup:A, 8fup:B, 8fv2:A, 8fv2:B, 8fv2:C, 8fv2:D, 8fvs:A, 8fvs:B, 8fxa:A, 8fxa:B, 8fxe:A, 8fxn:A, 8fxo:A, 8g6t:A, 8g6t:B, 8g6t:C, 8g6t:D, 8ga2:A, 8ga2:D, 8ga2:C, 8ga2:B, 5gh9:A, 5h85:A, 5i83:A, 5i86:A, 5i86:B, 5i89:A, 5j0d:A, 1jsp:B, 7juo:A, 7juo:B, 7juo:D, 7juo:C, 7juo:F, 7juo:E, 7juo:G, 7juo:H, 7kpy:A, 7kpy:B, 5ktu:A, 5ktu:B, 5ktw:A, 5ktw:B, 5ktw:C, 5ktx:A, 2l84:A, 2l85:A, 5lpj:A, 5lpl:A, 6lqx:B, 5mme:A, 5mme:B, 5mmg:A, 5mpk:A, 5mpk:B, 5mpn:A, 5mpz:A, 5mqe:A, 5mqe:B, 5mqg:A, 5mqg:B, 5mqk:A, 5mqk:B, 2n1a:B, 4n3w:A, 5nlk:A, 4nr4:A, 4nr4:B, 4nr5:A, 4nr6:A, 4nr7:A, 5nrw:A, 5nu3:A, 4nyv:A, 4nyv:B, 4nyv:C, 4nyv:D, 4nyw:A, 4nyx:A, 8og2:A, 5owk:A, 3p1c:A, 3p1d:A, 3p1f:A, 3p1f:B, 6qst:A, 6qst:B, 6qst:C, 6qst:D, 2rny:A, 6sqe:A, 6sqf:A, 6sqm:A, 6sqm:B, 6sqm:C, 3svh:A, 3svh:B, 6sxx:A, 6sxx:B, 5tb6:A, 1tot:A, 4tqn:A, 4ts8:A, 5u7g:B, 7uge:A, 7uge:B, 7ugl:A, 7ugl:B, 5w0e:A, 5w0f:A, 5w0i:A, 5w0l:A, 5w0l:B, 5w0q:A, 4whu:A, 7wx2:A, 7xh6:A, 7xh6:B, 7xhe:A, 7xhe:B, 7xi0:A, 7xi0:B, 7xm7:A, 7xm7:D, 7xm7:C, 7xne:A, 7xne:B, 7xng:A, 7xng:B, 5xxh:A, 6yij:A, 6yij:B, 6yij:C, 6yij:D, 6yij:E, 6yij:F, 6yij:G, 6yik:A, 6yik:C, 6yik:B, 6yil:A, 6yim:A, 4yk0:A, 4yk0:B, 4yk0:C, 4yk0:D
13 4hlu:C 249 59 0.0622 0.0602 0.2542 9.3 4hlu:D, 4zir:B
14 6alm:A 338 85 0.0788 0.0562 0.2235 9.5 6aln:A, 6alo:A, 6alp:A, 6alq:A, 6alr:A, 6dax:A, 6daz:A, 6db2:A, 9eqf:A, 6mp9:A, 2wbo:A, 2wbp:A, 2wbq:A, 6y0n:A, 6y12:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218