Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ISSETGEMGILWEFDPIINKWIRLSMKLKVERKPFAEGALREAYHTVSLGVGTDENYPLGTTKLFPPIEMISPISKNNEA
MTQLKNGTKFVLKLYKKEAEQQASRELYFEDVKMQMVCRDWGNKFNQKKPPKKIEFLMSWVVELIDRSPSSNGQPILCSI
EPLLVGEFKKNNSNYGAVLTNRSTPQAFSHFTYELSNKQMIVVDIQGVDDLYTDPQIHTPDGKGFGLGNLGKAGINKFIT
THKCNAVCALLDLDVKLGGVL

The query sequence (length=261) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4zme:A 262 262 0.9885 0.9847 0.9847 0.0 5dyj:A, 5dyj:B, 5e4h:A, 5e4h:B, 5e4h:C, 5e4h:D, 5e4h:E, 5e4h:F, 5e4h:G, 5e4h:H, 5e9e:A, 5e9e:B, 3lkm:A, 3lla:A, 3lla:B, 3lmh:A, 3lmh:B, 3lmi:A, 3lmi:B, 3lmi:C, 3lmi:D, 3pdt:A, 4zme:B, 4zmf:A, 4zmf:B, 4zs4:A, 4zs4:B
2 8gm4:A 462 241 0.3487 0.1970 0.3776 5.31e-48
3 8fny:A 497 242 0.3448 0.1811 0.3719 5.94e-47 8fny:C, 8fo6:A, 8gm5:A, 7shq:A
4 4kuj:B 268 276 0.2605 0.2537 0.2464 2.18e-16 4kuj:A, 4nl0:A, 4nl0:B
5 1ia9:B 280 191 0.2299 0.2143 0.3141 2.74e-16 1ia9:A, 1iah:A, 1iah:B, 1iaj:B
6 1iaj:A 253 179 0.1954 0.2016 0.2849 1.35e-11
7 6h6c:A 151 90 0.0958 0.1656 0.2778 0.35 5eet:A, 5eoh:A, 5eqm:A, 5eu2:A, 5ev5:A, 5eyj:A, 5eys:A, 6eye:A, 5f0b:A, 5f2a:A, 3gk9:A, 3gkt:A, 3gln:A, 8grz:A, 6h5z:A, 6h6i:A, 6h6j:A, 6i3t:A, 6i40:A, 5mjc:A, 5mjd:A, 4mpm:A, 4mpm:B, 4mu5:A, 5nvi:A, 5nw6:A, 4nzi:A, 4o1t:A, 5o17:A, 5o18:A, 5o1k:A, 4o2g:A, 5o27:A, 4o35:A, 4o4t:A, 4o4z:A, 7ohd:A, 1oj6:A, 1oj6:B, 1oj6:C, 1oj6:D, 1q1f:A, 6r1q:A, 6ra6:A, 7vqg:A, 2vry:A, 1w92:A
8 3gon:A 329 53 0.0651 0.0517 0.3208 1.4
9 3fvb:A 161 103 0.1111 0.1801 0.2816 3.4 3fvb:B, 8sqo:A, 8sqp:A, 8sqq:A, 8sqr:A, 8sqt:A
10 4ew2:A 205 116 0.1073 0.1366 0.2414 6.5 4ew3:A, 8fdx:A, 8fdy:A, 8fdz:A, 8fe0:A, 8fjv:A, 8fjw:A, 8fjx:A, 8fjy:A, 5j9f:A, 7jg0:A, 7jg3:A, 7jg4:A, 1men:A, 1men:B, 1men:C, 1njs:A, 1njs:B, 1rbm:A, 1rbm:B, 1rbq:A, 1rbq:B, 1rbq:C, 1rbq:D, 1rby:A, 1rby:B, 1rby:C, 1rby:D, 1rbz:A, 1rbz:B, 1rc0:A, 1rc0:B, 1rc1:A, 1rc1:B, 1zly:A, 4zyt:A, 4zyu:A, 4zyv:A, 4zyw:A, 4zyx:A, 4zyy:A, 4zyz:A, 4zz0:A, 4zz1:A, 4zz2:A, 4zz3:A
11 7d6v:C 264 32 0.0498 0.0492 0.4062 6.5 7d6x:C
12 4lqf:A 78 30 0.0268 0.0897 0.2333 8.3
13 6gy5:A 285 62 0.0690 0.0632 0.2903 8.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218