Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ISAATIMAATAEYFDTTVEELRGPGKTRALAQSRQIAMYLCRELTDLSLPKIGQAFGRDHTTVMYAQRKILSEMAERREV
FDHVKELTTRIRQRS

The query sequence (length=95) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3pvp:A 96 95 1.0000 0.9896 1.0000 1.05e-66 3pvp:B, 3pvv:A, 3pvv:B
2 8btg:B 335 93 0.4105 0.1164 0.4194 1.26e-18 8btg:A, 8btg:C, 8btg:D, 8btg:E, 8btg:F, 8btg:G, 8bv3:A, 8bv3:B, 8bv3:C, 8bv3:D, 8bv3:E
3 1j1v:A 94 71 0.3579 0.3617 0.4789 1.16e-16
4 1l8q:A 321 80 0.3053 0.0903 0.3625 1.97e-09 2hcb:A, 2hcb:B, 2hcb:C, 2hcb:D, 3r8f:A, 3r8f:B, 3r8f:C, 3r8f:D
5 7mq8:LL 510 67 0.1789 0.0333 0.2537 0.25 7mq9:LL
6 6pxs:A 370 38 0.1684 0.0432 0.4211 1.0 6pxs:B, 6pxs:C, 6pxs:D
7 8qp8:A 1918 40 0.1158 0.0057 0.2750 2.4
8 8q7x:A 1914 40 0.1158 0.0057 0.2750 2.5
9 7abg:A 2174 40 0.1158 0.0051 0.2750 2.5 7abi:A, 8q91:A, 8rc0:A
10 8i0p:A 2149 40 0.1158 0.0051 0.2750 2.6 8q7q:A, 8q7v:A, 8q7w:A
11 8c6j:A 2261 40 0.1158 0.0049 0.2750 2.6 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
12 8y6o:C 2227 40 0.1158 0.0049 0.2750 2.6 8h6e:5B, 8h6j:5B, 8qp9:A, 6qw6:5A, 6qx9:5A, 8qxd:A, 8r08:A
13 5z56:A 2232 40 0.1158 0.0049 0.2750 2.6 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
14 5z57:A 1978 40 0.1158 0.0056 0.2750 2.7
15 8h6k:5B 2253 40 0.1158 0.0049 0.2750 2.7 8h6l:5B, 8i0u:A, 8i0v:A, 8q7n:A, 8qo9:A, 8qpe:A, 7qtt:a, 8qzs:A
16 5hzg:A 257 46 0.1895 0.0700 0.3913 3.3 5hzg:E
17 5lqw:A 2130 40 0.1263 0.0056 0.3000 6.2
18 7dco:A 2205 40 0.1263 0.0054 0.3000 6.2 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
19 5nrl:A 2216 40 0.1263 0.0054 0.3000 6.2 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
20 5gan:A 2196 40 0.1263 0.0055 0.3000 6.4 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
21 6j6g:A 1913 40 0.1263 0.0063 0.3000 6.5 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
22 3jb9:A 1964 40 0.1158 0.0056 0.2750 7.1
23 6hyp:A 2272 60 0.1684 0.0070 0.2667 7.4
24 6kji:A 351 42 0.1474 0.0399 0.3333 8.6 6kji:B, 6kji:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218