Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
IREILKMGDERLLRIAQPVPSELLGSEELQRLIDDMFETMHHVGGVGLAAPQIGVDLQLVIFGFEPAVPPTILLNPRITP
LDDEMEEGWEGCLSVPGLRGAVSRHRRIRYQGLDPQGQPIDRSVEGFHARVVQHECDHLIGRLYPSRITDFSKFGFTEVL
F

The query sequence (length=161) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6jfc:B 161 161 1.0000 1.0000 1.0000 1.29e-115 6jfa:A, 6jfc:A, 6jfd:C, 6jfe:B, 6jff:B, 6jfn:B
2 5kob:A 171 169 0.7205 0.6784 0.6864 1.97e-78 5kob:B, 5kob:C, 5kob:D, 5vcp:A, 5vcp:B, 5vcp:C, 5vcp:D
3 5cy7:A 171 168 0.6584 0.6199 0.6310 5.17e-71 5cp0:A, 5cpd:A, 5cvk:A, 5cvp:A, 5cvq:A, 5cwx:A, 5cwy:A, 5cx0:A, 5cxj:A, 5cy8:A, 6ikt:A, 6iky:A, 6il0:A, 6il2:A, 4nt8:A
4 5hgw:A 174 169 0.6522 0.6034 0.6213 1.35e-65 5hgw:B, 5i2b:A, 5t8z:A
5 1y6h:A 177 168 0.5155 0.4689 0.4940 1.66e-52 1sv2:A, 1sv2:B, 1szz:A, 1szz:B, 1szz:C, 1szz:D, 1szz:E, 1szz:F, 1szz:G, 1szz:H, 1vev:A, 1vev:B, 1vey:A, 1vey:B, 1vez:A, 1vez:B, 1y6h:B
6 1ix1:A 169 154 0.3789 0.3609 0.3961 4.02e-34 1ix1:B, 1lry:A, 1n5n:A, 1n5n:B, 1s17:A, 1s17:B
7 6ck7:A 172 145 0.4099 0.3837 0.4552 1.26e-30 6ck7:B, 6ck7:C, 6ck7:D
8 6jex:A 172 142 0.3416 0.3198 0.3873 2.75e-29 6jer:A, 6jer:B, 6jet:A, 6jet:B, 6jeu:A, 6jeu:B, 6jev:A, 6jev:B, 6jew:A, 6jew:B, 6jex:B
9 6jes:A 159 154 0.3665 0.3711 0.3831 1.92e-28 6jes:B, 6jf3:A, 6jf3:B, 6jf4:B, 6jf4:A, 6jf5:B, 6jf5:A, 6jf6:C, 6jf6:A, 6jf6:B, 6jf6:D, 6jf7:A, 6jf7:B, 6jf8:A, 6jf8:B, 6jf8:C, 6jf8:D
10 1bs4:A 168 144 0.3354 0.3214 0.3750 8.05e-27 2ai8:A, 2ai8:B, 2ai8:C, 4al2:B, 4al3:A, 4az4:A, 1bs4:B, 1bs4:C, 1bs5:A, 1bs5:B, 1bs5:C, 1bs6:A, 1bs6:B, 1bs6:C, 1bs8:A, 1bs8:B, 1bs8:C, 1bsj:A, 1bsk:A, 1bsz:A, 1bsz:B, 1bsz:C, 7d6z:g, 1def:A, 2def:A, 1dff:A, 1g27:A, 1g27:B, 1g27:C, 1g2a:A, 1g2a:B, 1g2a:C, 3k6l:A, 3k6l:B, 2kmn:A, 1lru:A, 1lru:B, 1lru:C, 8ofe:A, 8rhr:A, 2w3t:A, 2w3u:A, 1xem:A, 1xen:A, 1xeo:A
11 4je6:A 193 164 0.3602 0.3005 0.3537 3.99e-26 4je6:B, 4je7:A, 4je7:B, 4je8:A, 4je8:B, 1zxz:A, 1zxz:B, 1zy0:A, 1zy0:B, 1zy1:A, 1zy1:B
12 4dr8:A 188 161 0.3602 0.3085 0.3602 9.19e-26 4dr8:B, 4dr8:C, 4dr8:D, 4dr9:A, 4dr9:B, 4dr9:C, 4dr9:D
13 3cpm:A 184 129 0.3106 0.2717 0.3876 2.44e-25 3m6o:A, 3m6o:B, 3m6p:A, 3m6p:B, 3m6q:A, 3m6r:A, 3m6r:B, 3m6r:C, 3m6r:D, 3o3j:A, 3pn2:A, 3pn3:A, 3pn3:B, 3pn4:A, 3pn5:A, 3pn6:A, 3pn6:B
14 3fwx:A 165 160 0.3540 0.3455 0.3563 7.02e-25 3fwx:B
15 3oca:A 179 162 0.3416 0.3073 0.3395 7.51e-25 3oca:B, 3u04:A
16 5j46:A 169 142 0.3230 0.3077 0.3662 9.39e-24
17 1ws1:A 151 151 0.3665 0.3907 0.3907 1.19e-23
18 3g5k:A 183 175 0.3540 0.3115 0.3257 3.05e-22 3g5k:B, 3g5k:C, 3g5k:D, 3g5p:A, 3g5p:B, 3g5p:C, 3g5p:D
19 4wxl:C 165 155 0.3168 0.3091 0.3290 1.53e-21 4wxl:A, 4wxl:B, 4wxl:D
20 3qu1:A 168 146 0.3230 0.3095 0.3562 1.97e-21 3qu1:B
21 3uwb:A 149 145 0.3106 0.3356 0.3448 1.76e-19 3uwa:A
22 3e3u:A 196 156 0.3478 0.2857 0.3590 4.16e-18
23 5mtc:A 137 139 0.3230 0.3796 0.3741 1.72e-16 5mtc:B, 5mtd:A, 5mtd:B, 5mte:A, 5mte:B
24 1jym:A 179 131 0.2484 0.2235 0.3053 1.82e-15 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
25 3cmd:B 188 170 0.3416 0.2926 0.3235 3.10e-15 3cmd:A, 3g6n:A, 3g6n:B
26 5jex:A 203 187 0.3416 0.2709 0.2941 9.43e-15 5jez:A, 5jf0:A, 5jf1:A, 5jf2:A, 5jf3:A, 5jf4:A, 5jf5:A, 5jf6:A, 5jf7:A, 5jf8:A
27 6ow7:P 196 182 0.3416 0.2806 0.3022 9.72e-15 2ai7:A, 2aia:A, 2aie:P, 4eox:P, 1lm6:A, 6ow2:P, 6ow7:Q, 3str:P, 3svj:P, 3sw8:P
28 2os1:A 179 174 0.3354 0.3017 0.3103 2.38e-14
29 3l87:A 200 182 0.3540 0.2850 0.3132 2.39e-14
30 2os3:A 205 185 0.3789 0.2976 0.3297 6.65e-14
31 2ew5:A 166 156 0.2857 0.2771 0.2949 1.52e-13 4e9a:A, 4e9b:A, 2ew6:A, 2ew7:A
32 2okl:A 185 171 0.3168 0.2757 0.2982 8.86e-13 2okl:B
33 1lqy:A 184 174 0.3230 0.2826 0.2989 1.08e-12
34 1lm4:A 190 114 0.2484 0.2105 0.3509 1.45e-11 6jfg:A, 6jfo:A, 6jfq:A, 6jfr:A, 6jfs:A, 1lm4:B, 1lmh:A, 1lqw:A, 1lqw:B, 1q1y:A, 3u7k:A, 3u7l:A, 3u7m:A, 3u7n:A
35 2jg1:A 318 111 0.1925 0.0975 0.2793 0.15 2jg1:B, 2jg1:C, 2jg1:D, 2jgv:B, 2jgv:D
36 5b5x:A 225 82 0.1242 0.0889 0.2439 0.71
37 7qep:O4 100 51 0.0870 0.1400 0.2745 0.95
38 4wai:A 91 44 0.0683 0.1209 0.2500 1.0 4wai:C, 4wai:B, 4wai:D
39 3d2y:A 257 48 0.1118 0.0700 0.3750 2.7 2bh7:A, 3d2z:A, 2wkx:A
40 2epn:A 623 48 0.0994 0.0257 0.3333 5.8 2epn:B
41 6hzf:A 860 36 0.0807 0.0151 0.3611 6.8 6hze:A, 6hze:B, 6hzf:B, 6hzg:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218