Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ILSPMERFHLKYLYVTDLATQNWCELQTAYGKELPGFLVPVTTKEDAWAIKFLNILLLIPTLQSEGHIREFPVFGEVEGV
LLVGVIDELHYTAKGELELAELKTRRRPMLPLEAQKKKDCFQVSLYKYIFDAMVQGKVTPASLIHHTKLCLEKPLGPSVL
RHAQQGGFSVKSLGDLMELVFLSLTLSDLPVIDILKIEYIHQETATVLGTEIVAFKEKEVRAKVQHYMAYWMGHREPQGV
DVEEAWKCRTCTYADICEWR

The query sequence (length=260) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7lw7:A 277 274 1.0000 0.9386 0.9489 0.0 7lw8:A, 7lw9:A, 7lwa:A
2 5cqx:B 116 82 0.0808 0.1810 0.2561 1.0 5cqx:A, 5cqy:A, 5cqy:B, 5cr2:A, 5cr2:B, 5cr2:C
3 4w9w:A 306 121 0.1231 0.1046 0.2645 2.0 5i3o:A, 5i3o:B, 5i3r:A, 5i3r:B, 5ikw:A, 4w9x:A
4 6ppu:A 601 65 0.0808 0.0349 0.3231 3.2
5 7sjr:A 911 61 0.0769 0.0220 0.3279 5.0 6ppj:A
6 5mji:A 252 29 0.0385 0.0397 0.3448 5.1 5mld:A, 5mld:B, 5mld:C, 5mld:D, 5mld:E, 5mld:F, 5mld:G, 5mld:H
7 2yt5:A 66 21 0.0308 0.1212 0.3810 6.3
8 5gan:A 2196 103 0.1038 0.0123 0.2621 6.9 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
9 5nrl:A 2216 103 0.1038 0.0122 0.2621 7.6 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
10 5lqw:A 2130 103 0.1038 0.0127 0.2621 7.8
11 7dco:A 2205 102 0.1077 0.0127 0.2745 7.9 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
12 3vc6:A 420 43 0.0500 0.0310 0.3023 8.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218