Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HRALQTDIVAVQSQVVYGSVGNSIAVPAIKAQGLRVTAVPTVLFSNTPHYKTFYGGIIPAEWFAGYLTALNERDALRELK
AITTGYMGSADQIVLLSKWLMAIRASHPEVCILVDPVIGDTDSGMYVQAEIPQAYRTHLLPQAQGLTPNVFELEMLSGKP
CRTLEEAVAAAQSLLSDTLKWVVITSAPGESLETITVAVVTAQVVEVFAHPRTELKGTGDLFCAELVSGIVQGKKLTTAA
KDAAQRVLEVMTWTQQCGCDELILPP

The query sequence (length=266) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5zwb:A 271 268 1.0000 0.9815 0.9925 0.0 5zw9:A, 5zwa:A, 5zwa:B
2 2ddo:A 263 267 0.6767 0.6844 0.6742 7.45e-131 2ddw:A, 2ddw:B
3 1td2:A 287 259 0.2782 0.2578 0.2857 3.23e-28 1td2:B
4 5b6a:A 288 264 0.2895 0.2674 0.2917 1.67e-26
5 1rfu:A 312 245 0.2632 0.2244 0.2857 3.83e-22 1lhr:A, 1lhr:B, 1rft:A, 1rfu:B, 1rfu:C, 1rfu:D, 1rfu:E, 1rfu:F, 1rfu:G, 1rfu:H, 1rfv:A, 1rfv:B, 1ygj:A, 1ygk:A, 1yhj:A
6 4en4:A 310 268 0.2669 0.2290 0.2649 5.55e-21 2ajp:A, 2ajp:B, 4en4:B, 4eoh:A, 4eoh:B, 3fhx:A, 3fhx:B, 3fhy:A, 3fhy:B, 3keu:A, 3keu:B, 8wr2:A, 8wr2:B, 2yxt:A, 2yxt:B, 2yxu:A, 2yxu:B
7 6yk0:A 309 238 0.2556 0.2201 0.2857 9.06e-21 6yk0:B, 6yk0:C, 6yk0:D, 6yk1:A, 6yk1:B, 6yk1:C, 6yk1:D
8 6k8z:B 298 234 0.2556 0.2282 0.2906 3.08e-20 6k8z:A, 6k90:A, 6k90:B, 6k91:A, 6k91:B, 6k92:A, 6k92:B
9 3mbh:A 290 267 0.2707 0.2483 0.2697 3.01e-16 3mbh:B, 3mbh:C, 3mbh:D, 3mbh:E, 3mbh:F, 3mbj:A
10 3zs7:A 277 231 0.2293 0.2202 0.2641 5.42e-14
11 4s1h:A 287 261 0.2256 0.2091 0.2299 1.40e-11 4s1h:B, 4s1i:A, 4s1i:B
12 6su9:A 295 251 0.2256 0.2034 0.2390 1.81e-11 6su9:B
13 2i5b:A 269 168 0.1767 0.1747 0.2798 9.46e-06 2i5b:C, 2i5b:D, 2i5b:B, 2i5b:E
14 4ywr:A 228 81 0.0977 0.1140 0.3210 2.10e-05
15 7r8y:A 228 129 0.1504 0.1754 0.3101 6.55e-05
16 4c5k:D 276 114 0.1203 0.1159 0.2807 0.060 4c5k:A, 4c5k:B, 4c5k:C, 4c5l:A, 4c5l:B, 4c5l:C, 4c5l:D, 4c5m:A, 4c5m:B, 4c5m:C, 4c5m:D, 4c5n:A, 4c5n:B, 4c5n:C, 4c5n:D
17 3kzh:A 316 161 0.1353 0.1139 0.2236 0.079 3kzh:B
18 7l07:A 214 213 0.1955 0.2430 0.2441 0.11
19 3hyo:A 273 148 0.1579 0.1538 0.2838 0.15 3ibq:A
20 3in1:A 312 96 0.1090 0.0929 0.3021 0.44 3in1:B
21 5g0j:A 756 119 0.1316 0.0463 0.2941 0.95 8a8z:A, 8a8z:B, 8bjk:A, 9cbk:A, 9cbk:B, 6cgp:A, 8cj7:A, 8cj7:B, 6csp:A, 6csp:B, 6csq:A, 6csq:B, 6csr:A, 6csr:B, 6css:A, 6css:B, 6cw8:A, 6cw8:B, 8d98:A, 8d98:B, 8d99:A, 8d99:B, 8d9a:A, 8d9a:B, 8d9b:A, 8d9b:B, 8d9c:A, 8d9c:B, 6dvl:A, 6dvl:B, 6dvm:A, 6dvm:B, 6dvm:C, 6dvm:D, 6dvn:A, 6dvn:B, 6dvn:C, 6dvn:D, 6dvo:A, 5eef:A, 5eef:B, 5eei:A, 5eei:B, 5eek:A, 5eem:B, 5eem:A, 5een:B, 5een:A, 5ef7:A, 5ef7:B, 5ef8:A, 5ef8:B, 5efb:D, 5efg:D, 5efg:A, 5efh:D, 5efh:A, 5efj:D, 5efk:B, 5efn:B, 5efn:A, 8eqi:A, 8eqi:B, 5g0g:A, 5g0h:A, 8g1z:A, 8g20:A, 8g20:B, 8gd4:A, 8gd4:B, 7jom:A, 7jom:B, 6mr5:A, 6mr5:B, 7o2p:A, 7o2p:B, 7o2r:A, 6pye:A, 6pye:B, 6pzo:A, 6pzo:B, 6pzr:A, 6pzr:B, 6pzs:A, 6pzu:A, 6pzu:B, 6q0z:A, 6q0z:B, 8qa7:A, 8qa7:B, 8qh9:A, 7qno:A, 6r0k:A, 6tcy:AAA, 6tcy:BBB, 6thv:A, 8tq0:A, 8tq0:B, 7u8z:A, 7u8z:B, 7u8z:C, 7u8z:D, 7uk2:A, 6uo2:A, 6uo2:B, 6uo3:A, 6uo4:A, 6uo4:B, 6uo5:A, 6uo7:A, 6uob:A, 6uob:B, 6uoc:A, 6v79:A, 6v79:B, 6v7a:A, 6vnr:A, 6vnr:B, 5w5k:A, 5w5k:B, 5w5k:C, 5wgi:A, 5wgk:A, 5wgl:A, 5wgl:B, 5wgm:A, 5wgm:B, 5wgm:C, 6wsj:A, 6wyo:A, 6wyo:B, 6wyp:A, 6wyq:A, 6wyq:B, 6zw1:A
22 5g0i:A 722 119 0.1316 0.0485 0.2941 1.1 5g0i:B
23 6a8a:A 327 108 0.1128 0.0917 0.2778 1.4 6a8a:B, 6a8b:A, 6a8b:B, 6a8c:A, 6a8c:B, 5zwy:A, 5zwy:B
24 6ils:B 313 105 0.1128 0.0958 0.2857 1.6 6ils:A, 6ilt:A, 6ilt:B
25 1gqt:B 307 99 0.1090 0.0945 0.2929 2.8 1gqt:A, 1gqt:C, 1gqt:D, 1rk2:A, 1rk2:B, 1rk2:C, 1rk2:D, 1rkd:A, 1rks:A
26 5fai:A 209 70 0.0677 0.0861 0.2571 3.0 7mq8:SK, 7mq8:SJ, 7mq9:SK, 7mq9:SJ, 7mqa:SK, 7mqa:SJ
27 4xck:A 306 97 0.1090 0.0948 0.2990 3.2 4xck:B, 4xck:C, 4xck:D, 4xda:A, 4xda:B, 4xda:C, 4xda:D
28 1jxi:A 254 45 0.0639 0.0669 0.3778 4.3 1jxi:B
29 6xk2:A 320 32 0.0451 0.0375 0.3750 7.6 6xk2:B, 6xk2:C, 6xk2:D
30 2xno:A 251 51 0.0489 0.0518 0.2549 7.9 5m55:A, 6sgd:A, 6sgh:A, 6sgk:A, 6sk9:A, 2wqo:A, 2xk3:A, 2xk6:A, 2xk7:A, 2xk8:A, 2xkc:A, 2xke:A
31 8ik5:C 67 43 0.0602 0.2388 0.3721 8.2 8ike:C, 8ilw:C
32 2w5b:A 271 51 0.0489 0.0480 0.2549 8.4 4a4x:A, 4afe:A, 2jav:A, 5m51:A, 5m53:A, 5m57:A, 6sgi:A, 2w5a:A, 2xk4:A, 2xkd:A, 2xkf:A, 2xnm:A, 2xnn:A, 2xnp:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218