Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
HMSKKISGGSVVEMQGDEMTRIIWELIKEKLIFPYVELDLHSYDLGIENRDATNDQVTKDAAEAIKKHNVGVKCATITPD
EKRVEEFKLKQMWKSPNGTIRNILGGTVFREAIICKNIPRLVSGWVKPIIIGQHAYGDQYRATDFVVPGPGKVEITYTPS
DGTQKVTYLVHNFEEGGGVAMGMYNQDKSIEDFAHSSFQMALSKGWPLYLSTKNTILKKYDGRFKDIFQEIYDKQYKSQF
EAQKIWYEHRLIDDMVAQAMKSEGGFIWACKNYDGDVQSDSVAQGYGSLGMMTSVLVCPDGKTVEAEAAHGTVTRHYRMY
QKGQETSTNPIASIFAWTRGLAHRAKLDNNKELAFFANALEEVSIETIEAGFMTKDLAACIKGLPNVQRSDYLNTFEFMD
KLGENLKIKLAQAK

The query sequence (length=414) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 8vhe:B 421 413 0.9976 0.9810 1.0000 0.0 6adg:A, 6adg:B, 6b0z:A, 6b0z:C, 6b0z:B, 6b0z:D, 8bay:A, 8bay:B, 8bay:C, 6bkx:C, 6bkx:B, 6bkx:A, 6bky:D, 6bky:C, 6bky:E, 6bky:A, 6bky:B, 6bky:F, 6bkz:A, 6bkz:B, 6bl0:A, 6bl0:B, 6bl0:C, 6bl1:B, 6bl1:A, 6bl1:C, 6bl2:C, 6bl2:A, 6bl2:B, 5de1:A, 5de1:B, 8hb9:AAA, 8hb9:BBB, 8hb9:CCC, 8hb9:DDD, 3inm:A, 3inm:B, 3inm:C, 6io0:A, 6io0:B, 5k10:A, 5k10:B, 5k11:A, 5k11:B, 8kib:A, 8kib:B, 8kib:C, 8kib:D, 4kzo:A, 4kzo:B, 4kzo:C, 4l03:A, 4l03:B, 4l03:C, 4l04:A, 4l04:B, 4l04:C, 4l04:D, 4l04:E, 4l04:F, 4l06:A, 4l06:B, 4l06:C, 4l06:D, 4l06:E, 4l06:F, 5l57:A, 5lge:A, 5lge:B, 5lge:C, 5lge:D, 3map:A, 3map:B, 3mar:B, 3mas:A, 3mas:B, 6o2y:A, 6o2y:B, 6o2y:C, 6o2z:A, 6o2z:B, 6pay:A, 6pay:D, 6pay:C, 7pjm:A, 7pjm:B, 7pjm:C, 7pjn:A, 7pjn:B, 7pjn:C, 7pjn:D, 6q6f:A, 6q6f:B, 5svf:A, 5svf:C, 5svf:B, 5svf:D, 1t09:A, 1t09:B, 1t0l:A, 1t0l:B, 1t0l:C, 1t0l:D, 8t7d:A, 8t7n:A, 8t7n:B, 8t7o:A, 8t7o:B, 5tqh:A, 5tqh:B, 5tqh:C, 5tqh:D, 6u4j:A, 6u4j:B, 4umx:A, 4umx:B, 6vei:A, 6vei:B, 6vg0:A, 6vg0:B, 6vg0:C, 8vh9:A, 8vh9:B, 8vha:A, 8vha:B, 8vha:C, 8vha:D, 8vhb:A, 8vhb:B, 8vhb:C, 8vhb:D, 8vhc:A, 8vhc:B, 8vhd:A, 8vhd:B, 8vhd:C, 8vhd:D, 8vhe:A, 8vhe:C, 8vhe:D, 8w49:A, 8w49:B, 8w49:C, 8w49:D, 5yfm:A, 5yfm:B, 5yfm:C, 5yfn:A, 5yzh:A, 5yzh:B, 5yzi:A, 5yzi:B
2 6adg:C 390 411 0.9396 0.9974 0.9465 0.0
3 3mar:A 393 412 0.9444 0.9949 0.9490 0.0 5sun:A, 5sun:B, 8t7d:B, 8t7d:C, 8t7d:D, 4umy:A, 4umy:B, 4xrx:A, 4xrx:B, 4xs3:A, 4xs3:B
4 4i3k:A 367 408 0.8841 0.9973 0.8971 0.0 4i3k:B, 4i3l:A, 4i3l:B
5 5l58:A 376 411 0.8913 0.9814 0.8978 0.0
6 6ajc:A 413 413 0.6908 0.6925 0.6925 0.0 6ajc:B, 6ajc:C, 6ajc:D, 6ajc:E, 6ajc:F, 6ajc:G, 6ajc:H
7 6adi:A 418 403 0.6763 0.6699 0.6948 0.0 6adi:B, 5h3e:B, 5h3f:A, 5h3f:B, 5i95:A, 5i96:A, 5i96:B, 4ja8:A, 4ja8:B, 5svn:A, 5svn:B, 5svo:A, 5svo:B, 6vfz:A, 6vfz:B
8 6aj6:A 413 413 0.6618 0.6634 0.6634 0.0 6aj6:C, 6aj8:A, 6aj8:B, 6aja:A, 6aja:B, 6aja:C, 6aja:D, 6ajb:A, 6ajb:B, 6ajb:C, 6ajb:D, 7e3n:A
9 4hcx:A 402 399 0.6329 0.6517 0.6566 0.0 4hcx:B
10 2qfy:A 411 401 0.6473 0.6521 0.6683 0.0 2qfv:A, 2qfv:B, 2qfv:C, 2qfv:D, 2qfx:A, 2qfx:B, 2qfx:C, 2qfx:D, 2qfx:E, 2qfx:F, 2qfy:B, 2qfy:C, 2qfy:D, 2qfy:E, 2qfy:F
11 4aou:A 401 392 0.5507 0.5686 0.5816 2.76e-159
12 2uxq:A 402 398 0.4879 0.5025 0.5075 1.15e-137 4aov:A, 2uxr:B
13 6ixn:A 405 418 0.3116 0.3185 0.3086 4.23e-46 7e2w:A, 6ixn:B, 6ixn:C, 6ixn:D, 6ixt:A, 6ixt:C
14 3vmk:A 369 163 0.1039 0.1165 0.2638 2.15e-05 3vmk:B, 3vml:A
15 6xxy:A 358 209 0.1329 0.1536 0.2632 2.31e-05 6xxy:B
16 1cnz:A 363 131 0.0990 0.1129 0.3130 8.56e-05 1cnz:B
17 3vkz:A 364 164 0.1039 0.1181 0.2622 1.16e-04 3vl2:A, 3vl3:A, 3vl4:A, 3vl6:A, 3vl7:A, 3vmj:A, 3wzv:A, 3wzw:A, 3wzx:A, 3wzy:A
18 4iwh:A 358 197 0.1135 0.1313 0.2386 0.001 4iwh:B, 4xxv:A, 4xxv:B
19 1a05:A 357 198 0.1111 0.1289 0.2323 0.001 1a05:B
20 2d1c:A 495 202 0.1184 0.0990 0.2426 0.003 2d1c:B
21 6lky:A 339 173 0.1232 0.1504 0.2948 0.004 6lky:B
22 2d4v:A 427 230 0.1280 0.1241 0.2304 0.006 2d4v:B, 2d4v:C, 2d4v:D
23 1tyo:A 427 169 0.0990 0.0960 0.2426 0.032 1xkd:A, 1xkd:B
24 2e5m:A 403 281 0.1546 0.1588 0.2278 0.047 2e5m:B
25 2iv0:A 412 215 0.1280 0.1286 0.2465 0.050 2iv0:B
26 6m3s:B 338 193 0.1135 0.1391 0.2435 0.092 6m3s:A
27 3ty3:A 358 103 0.0676 0.0782 0.2718 0.11 3ty3:B
28 4aj3:A 416 148 0.0845 0.0841 0.2365 0.15 1ai2:A, 1ai3:A, 4aja:A, 4ajb:A, 4ajc:A, 4ajr:A, 4ajs:A, 1bl5:A, 1cw1:A, 1cw4:A, 1cw7:A, 1gro:A, 1grp:A, 1hj6:A, 9icd:A, 1idc:A, 1ide:A, 1ika:A, 1iso:A
29 6c0e:A 419 148 0.0821 0.0811 0.2297 0.16 6c0e:B
30 8k22:A 929 123 0.0556 0.0248 0.1870 0.54 8k21:a, 8k22:a, 8k23:A, 8k23:a, 8k24:a, 8k24:A, 8k25:A, 8k25:a
31 7olc:Sa 104 43 0.0362 0.1442 0.3488 0.66 7old:Sa, 8oo0:Sa, 7r81:b2, 7z3n:Sa, 7z3o:Sa
32 3blv:C 344 192 0.1135 0.1366 0.2448 0.80 3blv:A, 3blv:E, 3blv:G, 3blw:A, 3blw:C, 3blw:E, 3blw:G, 3blw:I, 3blw:K, 3blw:M, 3blw:O
33 4y1p:B 336 127 0.0676 0.0833 0.2205 0.87 4y1p:A
34 2y42:D 355 100 0.0700 0.0817 0.2900 1.3 4f7i:A, 4f7i:B, 4f7i:C, 4f7i:D, 1hex:A, 4wuo:A, 4wuo:B, 2y40:A, 2y40:B, 2y41:A, 2y41:B, 2y42:A, 2y42:B, 2y42:C, 2ztw:A
35 5j32:A 369 138 0.0845 0.0949 0.2536 1.8 5j32:B, 5j32:C, 5j32:D, 5j33:A, 5j33:B, 5j33:C, 5j33:H, 5j33:D, 5j33:F, 5j33:E, 5j33:G, 5j34:A, 5j34:B, 5j34:C, 5j34:D
36 5ie2:A 506 84 0.0507 0.0415 0.2500 3.3 5ie2:B, 5ie3:A, 5ie3:B
37 8ity:B 1105 84 0.0556 0.0208 0.2738 4.6 7a6h:B, 7ae1:B, 7ae3:B, 7aea:B, 7d58:B, 7d59:B, 7fji:B, 7fjj:B, 8iue:B, 8iuh:B
38 4wyd:A 430 72 0.0435 0.0419 0.2500 4.9 3bv0:A, 3bv0:B, 4cxq:A, 4cxq:B, 4cxr:A, 4cxr:B, 6ge8:A, 6ge8:B, 5kgs:A, 5kgs:B, 5kgt:A, 5kgt:B, 3lv2:A, 3lv2:B, 4mqp:A, 4mqp:B, 4mqq:A, 4mqq:B, 4mqr:A, 4mqr:B, 5te2:B, 5te2:A, 3tft:A, 3tft:B, 3tfu:A, 3tfu:B, 4w1v:A, 4w1v:B, 4w1w:A, 4w1w:B, 4w1x:A, 4w1x:B, 4wya:A, 4wya:B, 4wya:C, 4wya:D, 4wyc:A, 4wyc:B, 4wyd:B, 4wye:A, 4wye:B, 4wyf:A, 4wyf:B, 4wyg:A, 4wyg:B, 4xew:A, 4xew:B, 4xjl:A, 4xjl:B, 4xjm:A, 4xjm:B, 4xjo:A, 4xjo:B, 4xjp:A, 4xjp:B
39 6wxp:F 144 58 0.0459 0.1319 0.3276 6.7
40 4ccz:A 611 77 0.0652 0.0442 0.3506 7.4
41 5cc2:A 256 29 0.0242 0.0391 0.3448 7.9 2v3t:A, 2v3t:B, 2v3u:A
42 2v45:A 723 50 0.0314 0.0180 0.2600 9.0 2jim:A, 2jio:A, 2jip:A, 2jiq:A, 2jir:A, 2nap:A, 2v3v:A
43 6xwb:A 319 101 0.0580 0.0752 0.2376 9.1 6xwb:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218