Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HMNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPL

The query sequence (length=76) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6sdw:A 177 76 0.9868 0.4237 0.9868 5.70e-46 6htu:A, 6htu:B, 6htu:C, 6sdy:A
2 6sdw:A 177 48 0.2632 0.1130 0.4167 3.00e-05 6htu:A, 6htu:B, 6htu:C, 6sdy:A
3 1ekz:A 76 70 0.5658 0.5658 0.6143 3.75e-23
4 1di2:A 69 62 0.3289 0.3623 0.4032 5.01e-08
5 7zpk:C 233 52 0.2763 0.0901 0.4038 9.49e-07 3adl:A, 5n8l:A, 5n8m:A
6 7zpk:C 233 68 0.2895 0.0944 0.3235 1.3 3adl:A, 5n8l:A, 5n8m:A
7 7v6c:B 260 68 0.2632 0.0769 0.2941 2.21e-04
8 7v6c:B 260 54 0.2237 0.0654 0.3148 9.4
9 7zlq:B 82 71 0.2895 0.2683 0.3099 2.63e-04 7zlq:A
10 8dfv:K 253 59 0.2763 0.0830 0.3559 4.08e-04 8dg5:K
11 8dfv:K 253 71 0.2763 0.0830 0.2958 0.037 8dg5:K
12 1yyk:A 221 43 0.2500 0.0860 0.4419 0.001 2ez6:A, 2ez6:B, 1jfz:A, 1jfz:B, 1jfz:C, 1jfz:D, 4m2z:A, 4m2z:B, 4m30:A, 4m30:B, 2nue:A, 2nuf:A, 2nuf:B, 2nug:A, 2nug:B, 1rc5:A, 1rc5:B, 1rc5:C, 1rc5:D, 1rc7:A, 1yyo:A, 1yyw:A, 1yyw:C, 1yz9:A
13 2l3j:A 236 46 0.2632 0.0847 0.4348 0.004 2l3c:A
14 2l3j:A 236 54 0.2368 0.0763 0.3333 0.083 2l3c:A
15 8dga:K 182 71 0.2763 0.1154 0.2958 0.024 8dg7:K
16 8e0f:B 454 40 0.2237 0.0374 0.4250 0.035 6d06:A, 6d06:D, 8e0f:A, 8e4x:A, 8e4x:B, 5ed1:A, 5ed1:D, 5ed2:A, 5ed2:D, 5hp2:A, 5hp2:D, 5hp3:A, 5hp3:D, 7kfn:A, 7kfn:D, 2l2k:B, 6vff:A, 6vff:B, 1zy7:A, 1zy7:B
17 5ztm:A 168 58 0.2105 0.0952 0.2759 0.060 5ztm:B
18 5dv7:C 137 50 0.1974 0.1095 0.3000 0.14
19 1h88:B 71 68 0.2632 0.2817 0.2941 0.24 2e42:A, 2e42:B, 2e43:A, 2e43:B, 1gtw:A, 1gtw:B, 1gu4:A, 1gu4:B, 1gu5:A, 1gu5:B, 1h88:A, 1h89:A, 1h89:B, 1h8a:A, 1h8a:B, 1hjb:A, 1hjb:B, 1hjb:D, 1hjb:E, 1io4:A, 1io4:B, 8k8d:A, 8k8d:B, 7l4v:A, 7l4v:B, 6mg1:A, 6mg1:B, 6mg2:A, 6mg2:B, 6mg3:A, 6mg3:B, 7upz:A, 7upz:B
20 3htx:D 795 53 0.2237 0.0214 0.3208 0.37 3htx:A
21 1taq:A 807 56 0.2237 0.0211 0.3036 3.7 4bwj:A, 4bwm:A, 4c8k:A, 4c8l:A, 4c8m:A, 4c8n:A, 4c8o:A, 4cch:A, 4df4:A, 4df8:A, 4dfj:A, 4dfk:A, 4dfm:A, 4dfp:A, 4dle:A, 4dlg:A, 5e41:A, 4elt:A, 4elu:A, 4elv:A, 6fbc:A, 6fbd:A, 6fbe:A, 6fbf:A, 6fbg:A, 6fbh:A, 6fbi:A, 2ktq:A, 3ktq:A, 4ktq:A, 5ktq:A, 3lwl:A, 3lwm:A, 3m8r:A, 3m8s:A, 4n5s:A, 5nkl:A, 5o7t:A, 3ojs:A, 3oju:A, 7owf:A, 5oxj:A, 3po4:A, 3po5:A, 3py8:A, 6q4u:A, 6q4v:A, 1qss:A, 1qsy:A, 1qtm:A, 3rr7:A, 3rr8:A, 3rrg:A, 3rrh:A, 3rtv:A, 3sv3:A, 3sv4:A, 3syz:A, 3sz2:A, 5szt:A, 3t3f:A, 1tau:A, 5w6k:A, 5w6q:C, 5w6q:G, 4xiu:A, 5ytc:A, 5ytd:A, 5yte:A, 5ytf:A, 5ytg:A, 5yth:A, 5z3n:A
22 4n56:A 494 56 0.2237 0.0344 0.3036 4.9
23 8bd3:1 214 40 0.1579 0.0561 0.3000 5.4 8bd3:7
24 9asp:C 92 75 0.3553 0.2935 0.3600 6.5
25 6ks6:h 527 39 0.2237 0.0323 0.4359 8.8 6ks6:H, 4v81:G, 4v81:g, 4v8r:AH, 4v8r:Ah, 4v8r:BH, 4v8r:Bh, 4v94:G, 4v94:O, 4v94:g, 4v94:o, 7ylw:H, 7ylw:h, 7ylx:H, 7ylx:h, 7yly:H, 7yly:h
26 7vrj:C 313 42 0.1711 0.0415 0.3095 9.0 8wdu:C, 8wdv:C
27 6v5b:C 217 73 0.3421 0.1198 0.3562 9.2 6v5b:B, 6v5c:C, 6v5c:B
28 9asp:B 250 73 0.3421 0.1040 0.3562 9.9 9asm:B, 9asn:B, 9asq:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218