Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
HMKQLEDKVEELLSKVYHLENEVARLKKLMATKDDMKQLEDKVEELLSKVYHLENEVARLKKLV

The query sequence (length=64) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5apw:B 64 64 1.0000 1.0000 1.0000 6.04e-38
2 1ysa:C 57 29 0.4375 0.4912 0.9655 3.42e-12 1dgc:A, 2dgc:A, 1ysa:D
3 1ysa:C 57 33 0.4219 0.4737 0.8182 7.52e-12 1dgc:A, 2dgc:A, 1ysa:D
4 3i5c:B 198 29 0.4375 0.1414 0.9655 3.06e-11 3i5c:A, 1ij0:A, 1ij0:B, 1ij0:C, 1ij1:A, 1ij1:B, 1ij1:C, 3k7z:A, 3k7z:B, 1rb4:A, 1rb4:B, 1swi:C, 6xne:C
5 3i5c:B 198 41 0.4531 0.1465 0.7073 3.58e-11 3i5c:A, 1ij0:A, 1ij0:B, 1ij0:C, 1ij1:A, 1ij1:B, 1ij1:C, 3k7z:A, 3k7z:B, 1rb4:A, 1rb4:B, 1swi:C, 6xne:C
6 1uo4:B 31 30 0.3281 0.6774 0.7000 9.94e-10 1uo5:A
7 1uo4:B 31 29 0.3281 0.6774 0.7241 3.04e-09 1uo5:A
8 1llm:C 87 26 0.3906 0.2874 0.9615 1.68e-09 1llm:D
9 1llm:C 87 27 0.3750 0.2759 0.8889 3.06e-09 1llm:D
10 1fav:A 78 55 0.3594 0.2949 0.4182 3.43e-09 6j5e:G, 6tvq:AaA, 6tvu:AaA, 6tvw:CCC, 3vgx:C, 3vu5:A, 3vu6:A, 3w19:C, 5yb4:E, 5yb4:F, 5yb4:D
11 1fav:A 78 26 0.2812 0.2308 0.6923 8.13e-09 6j5e:G, 6tvq:AaA, 6tvu:AaA, 6tvw:CCC, 3vgx:C, 3vu5:A, 3vu6:A, 3w19:C, 5yb4:E, 5yb4:F, 5yb4:D
12 1uny:B 30 29 0.3281 0.7000 0.7241 5.48e-09
13 1uny:B 30 29 0.3281 0.7000 0.7241 7.53e-09
14 3crp:B 34 29 0.3750 0.7059 0.8276 5.62e-09 2b1f:A, 2b1f:C, 3crp:C
15 3crp:B 34 32 0.3594 0.6765 0.7188 1.01e-08 2b1f:A, 2b1f:C, 3crp:C
16 2bni:C 34 32 0.2969 0.5588 0.5938 6.75e-08 2bni:D, 1u9h:A
17 2bni:C 34 29 0.2969 0.5588 0.6552 2.09e-07 2bni:D, 1u9h:A
18 1czq:A 45 44 0.3438 0.4889 0.5000 2.97e-07 1gzl:A, 1gzl:B, 3l35:A, 3l35:C, 3l35:B, 3l36:A, 3l37:A, 3mgn:D, 3mgn:F, 3mgn:A, 3mgn:C, 3mgn:E, 3mgn:B, 6psa:A, 2q3i:A, 2r3c:A, 2r3c:B, 2r5b:A, 2r5b:C, 2r5b:B, 2r5d:A, 2r5d:C, 2r5d:B
19 1czq:A 45 29 0.2812 0.4000 0.6207 6.02e-06 1gzl:A, 1gzl:B, 3l35:A, 3l35:C, 3l35:B, 3l36:A, 3l37:A, 3mgn:D, 3mgn:F, 3mgn:A, 3mgn:C, 3mgn:E, 3mgn:B, 6psa:A, 2q3i:A, 2r3c:A, 2r3c:B, 2r5b:A, 2r5b:C, 2r5b:B, 2r5d:A, 2r5d:C, 2r5d:B
20 2r2v:C 33 30 0.2500 0.4848 0.5333 4.98e-05 2r2v:D
21 2r2v:C 33 29 0.2500 0.4848 0.5517 1.19e-04 2r2v:D
22 4hjb:C 30 22 0.2344 0.5000 0.6818 1.66e-04 4hjb:D
23 4hjb:C 30 22 0.2344 0.5000 0.6818 1.66e-04 4hjb:D
24 3w8v:A 32 27 0.2812 0.5625 0.6667 0.009 3w8v:B, 3w92:A, 3w92:B, 3w92:C, 3w93:A, 3w93:B, 3w93:C
25 3w8v:A 32 31 0.2656 0.5312 0.5484 0.013 3w8v:B, 3w92:A, 3w92:B, 3w92:C, 3w93:A, 3w93:B, 3w93:C
26 8agd:A 1111 45 0.2188 0.0126 0.3111 0.053 8acq:A, 8acq:C, 8acq:B, 8ae1:A, 8ae1:B, 8ae1:C, 8agd:C, 8agd:B, 7zgy:A, 7zgy:C, 7zgy:B
27 1ca9:A 191 46 0.2969 0.0995 0.4130 3.0 1ca9:E, 1ca9:B, 1czy:A, 1czy:C, 1czz:A, 1czz:B, 1d00:A, 1d00:B, 1d00:F, 1d00:C, 1d00:D, 1d00:E, 1d00:G, 1d00:H, 1d01:D, 1d01:E, 1d01:F, 1d0a:A, 1d0a:B, 1d0a:C, 1d0a:D, 1d0a:E, 1d0a:F, 1d0j:A, 1d0j:C, 1d0j:D, 1d0j:E, 1d0j:F, 1qsc:A, 1qsc:B, 1qsc:C, 8t5q:A, 8t5q:B, 8t5q:D
28 8y7g:B 543 48 0.2812 0.0331 0.3750 3.4 8y7g:A
29 4rdm:A 165 56 0.2500 0.0970 0.2857 4.2 4rd5:A, 4rd5:B, 4rdm:B
30 7zw0:sh 776 41 0.2031 0.0168 0.3171 4.4
31 3v0s:A 287 30 0.1875 0.0418 0.4000 5.5 3v0t:A
32 1krh:A 337 32 0.1562 0.0297 0.3125 6.6 1krh:B
33 4ilo:A 236 31 0.1719 0.0466 0.3548 7.5 4ilo:B
34 4q2d:A 927 32 0.1875 0.0129 0.3750 7.6
35 7c7e:A 142 38 0.1875 0.0845 0.3158 8.6
36 4bay:A 670 40 0.1719 0.0164 0.2750 9.1 3abt:A, 3abu:A, 8bop:A, 8box:A, 7cdc:A, 7cdd:A, 7cde:A, 7cdf:A, 7cdg:A, 4czz:A, 7e0g:A, 2ejr:A, 8f2z:A, 8f30:A, 8f59:A, 8f6s:A, 8fdv:A, 8fj4:A, 8fj6:A, 8fj7:A, 8fqj:A, 8fri:A, 8frq:A, 8frv:A, 8fsk:A, 9fwg:A, 5h6q:A, 5h6r:A, 2h94:A, 2hko:A, 8inl:A, 2iw5:A, 8jf5:A, 6k3e:A, 6kgk:A, 6kgl:A, 6kgm:A, 6kgn:A, 6kgo:A, 6kgp:A, 6kgq:A, 6kgr:A, 4kum:A, 5l3b:A, 5l3c:A, 5l3d:A, 5l3e:A, 5l3f:A, 5l3g:A, 5lbq:A, 5lgn:A, 5lgt:A, 5lgu:A, 5lhg:A, 5lhh:A, 5lhi:A, 6nqm:A, 6nqu:A, 6nr5:A, 8q1g:A, 8q1h:A, 8q1j:A, 6s35:A, 6te1:A, 6tuy:A, 4uv8:A, 4uv9:A, 4uva:A, 4uvb:A, 4uvc:A, 2uxn:A, 2uxx:A, 4uxn:A, 2v1d:A, 7vqs:A, 7vqt:A, 7vqu:A, 6vyp:k, 6vyp:m, 6vyp:M, 6vyp:K, 7w3l:A, 6w4k:A, 6wc6:A, 2x0l:A, 5x60:A, 2xaf:A, 2xag:A, 2xah:A, 2xaj:A, 2xaq:A, 2xas:A, 4xbf:A, 7xw8:A, 2y48:A, 5yjb:A, 8ym7:A, 2z3y:A, 2z5u:A, 3zms:A, 3zmt:A, 3zmu:A, 3zmv:A, 3zmz:A, 3zn0:A, 3zn1:A, 7zry:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218