Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HMERLLDELTLEGVARYMQSERCRRVICLVGAGISTSAGIPDFRSPSTGLYDNLEKYHLPYPEAIFEISYFKKHPEPFFA
LAKELYPGQFKPTICHYFMRLLKDKGLLLRCYTQNIDTLERIAGLEQEDLVEAHGTFYTSHCVSASCRHEYPLSWMKEKI
FSEVTPKCEDCQSLVKPDIVFFGESLPARFFSCMQSDFLKVDLLLVMGTSLQVQPFASLISKAPLSTPRLLINKEKAGQS
DPFLGMIMGLGGGMDFDSKKAYRDVAWLGECDQGCLALAELLGWKKELEDLVRREHASIDAQ

The query sequence (length=302) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3zgo:A 318 300 0.9901 0.9403 0.9967 0.0 7bos:A, 5d7o:A, 5d7o:B, 5d7p:A, 5d7p:B, 5d7q:A, 5d7q:B, 5dy4:A, 5dy5:A, 5fyq:A, 5g4c:B, 5g4c:A, 1j8f:A, 1j8f:B, 1j8f:C, 4l3o:A, 4l3o:B, 4l3o:C, 4l3o:D, 6l65:A, 6l66:A, 6l71:A, 6l72:A, 5mar:A, 5mar:B, 5mat:A, 5mat:C, 6nr0:A, 6nr0:B, 8owz:A, 8py3:A, 6qcn:A, 6qcn:B, 4r8m:A, 4r8m:B, 4rmg:A, 4rmh:A, 4rmj:A, 4rmj:B, 7t1d:A, 7t1d:B, 4x3o:A, 4x3p:A, 8xe7:A, 5y0z:A, 5y0z:B, 4y6q:A, 4y6q:B, 4y6q:C, 5yql:A, 5yqm:A, 5yqn:A, 5yqo:A, 3zgo:B, 3zgo:C, 3zgv:A, 3zgv:B
2 5y5n:A 288 300 0.8775 0.9201 0.8833 0.0 7bot:A, 5fyq:B, 4rmi:A, 8tgp:A, 4y6l:A, 4y6l:B, 4y6o:A, 4y6o:B, 4y6q:D
3 8bbk:A 274 292 0.4868 0.5365 0.5034 5.58e-100 8bbk:B, 8bbk:C, 8bbk:D, 8bbk:E, 8bbk:F, 4bn4:A, 4bn5:A, 4bn5:B, 4bn5:C, 4bn5:D, 4bn5:E, 4bn5:F, 4bn5:G, 4bn5:H, 4bn5:I, 4bn5:J, 4bn5:K, 4bn5:L, 4bv3:A, 4bvb:A, 4bve:A, 4bvf:A, 4bvg:A, 4bvh:A, 4bvh:B, 4bvh:C, 5bwn:A, 5bwo:A, 4c78:A, 4c7b:A, 9cbt:A, 9cbt:B, 8ccw:A, 8ccz:A, 8ccz:B, 5d7n:A, 5d7n:B, 5d7n:C, 5d7n:D, 5d7n:E, 5d7n:F, 4fvt:A, 4fz3:A, 3glr:A, 3gls:A, 3gls:B, 3gls:C, 3gls:D, 3gls:E, 3gls:F, 3glt:A, 3glu:A, 5h4d:H, 5h4d:A, 4hd8:A, 8hlw:A, 8hly:A, 8hn9:A, 8hn9:B, 6iso:A, 6iso:B, 6iso:E, 6iso:G, 4jsr:A, 4jt8:A, 4jt9:A, 4o8z:A, 8v15:A, 8v15:C, 8v2n:A, 5y4h:A, 5ytk:A, 5ytk:D, 5ytk:E, 5ytk:F, 5ytk:B, 5ytk:C, 5z93:A, 5z94:A, 5z94:B, 5zgc:A, 5zgc:B, 5zgc:C, 5zgc:E, 5zgc:D
4 5ol0:A 283 295 0.4172 0.4452 0.4271 2.74e-80
5 6iso:I 248 288 0.4338 0.5282 0.4549 9.56e-79
6 1q17:C 295 297 0.4172 0.4271 0.4242 3.40e-73 7f4e:A, 7f51:A, 2od2:A, 2od7:A, 2od9:A, 1q14:A, 1q17:A, 1q17:B, 1q1a:A, 2qqf:A, 2qqg:A, 1szc:A, 1szd:A
7 5ol0:B 263 295 0.3742 0.4297 0.3831 1.04e-66
8 5btr:A 370 233 0.3444 0.2811 0.4464 6.43e-64 5btr:B, 4i5i:A, 4i5i:B, 4if6:A, 4ig9:A, 4ig9:E, 4ig9:C, 4ig9:G, 4kxq:A, 4zzh:A, 4zzi:A, 4zzj:A
9 5zgc:F 212 292 0.3974 0.5660 0.4110 1.22e-62 6iso:K
10 5btr:C 322 274 0.3377 0.3168 0.3723 1.97e-52
11 4iao:B 429 331 0.3477 0.2448 0.3172 1.33e-45 2hjh:A, 2hjh:B, 4iao:A
12 2h59:A 246 208 0.2682 0.3293 0.3894 7.44e-38 4buz:A, 4bv2:A, 4bv2:B, 3d4b:A, 3d81:A, 2h2d:A, 2h2f:A, 2h2g:A, 2h2h:A, 2h2i:A, 2h4f:A, 2h4h:A, 2h4j:A, 2h59:B, 3jr3:A, 3pdh:A, 1yc5:A
13 1s7g:A 252 234 0.2483 0.2976 0.3205 8.46e-26 1ma3:A, 1s7g:B, 1s7g:C, 1s7g:D, 1s7g:E, 4twj:A, 1yc2:A, 1yc2:B, 1yc2:C, 1yc2:D, 1yc2:E
14 1ici:A 256 216 0.2219 0.2617 0.3102 2.00e-21 1ici:B, 1m2g:A, 1m2h:A, 1m2j:A, 1m2k:A, 1m2n:A, 1m2n:B, 4twi:A
15 3u31:A 263 216 0.1854 0.2129 0.2593 3.20e-18 3jwp:A, 3u3d:A
16 6eo0:B 275 220 0.1954 0.2145 0.2682 1.16e-17 6enx:A, 6eo0:A, 6eo0:C, 6eo0:D, 6fky:A, 6fky:B, 6fkz:A, 6fkz:B, 6flg:A, 6flg:B, 5ojo:A, 5ojo:B, 4utn:A, 4utn:B, 4utr:A, 4utr:B, 4utv:A, 4utv:B, 4utx:A, 4utx:B, 4utz:A, 4utz:B, 4uu7:A, 4uu7:B, 4uu8:A, 4uu8:B, 4uua:A, 4uua:B, 4uub:A, 4uub:B
17 5y2f:A 297 213 0.1954 0.1987 0.2770 1.78e-16 8ak5:A, 8ak5:B, 8ak6:A, 8ak6:B, 8ak7:A, 8ak7:B, 8ak8:A, 8ak8:B, 8ak9:A, 8ak9:B, 8aka:A, 8aka:B, 8akb:A, 8akb:B, 8akc:A, 8akc:B, 8akd:A, 8akd:B, 8ake:A, 8ake:B, 8akf:A, 8akf:B, 8akg:A, 8akg:B, 8bl0:A, 8bl0:B, 8bl1:A, 8bl1:B, 7cl0:A, 7cl1:A, 8cnm:A, 8cnm:B, 8cno:A, 8cno:B, 8f86:K, 8g57:K, 9g7h:A, 9g7h:B, 6hoy:A, 6hoy:B, 8i2b:A, 8i2b:B, 3k35:A, 3k35:B, 3k35:C, 3k35:D, 3k35:E, 3k35:F, 5mf6:A, 5mf6:B, 5mfp:A, 5mfp:B, 5mfz:A, 5mfz:B, 5mgn:A, 5mgn:B, 3pki:A, 3pki:B, 3pki:C, 3pki:D, 3pki:E, 3pki:F, 3pkj:A, 3pkj:B, 3pkj:C, 3pkj:D, 3pkj:E, 3pkj:F, 6qcd:A, 6qcd:B, 6qce:A, 6qce:B, 6qch:A, 6qch:B, 6qcj:A, 6qcj:B, 5x16:A, 6xuy:A, 6xuy:B, 6xv1:A, 6xv1:B, 6xv6:A, 6xv6:B, 6xv6:C, 6xv6:D, 6xv6:E, 6xv6:F, 6xvg:A, 6xvg:B, 6xvg:C, 6xvg:D, 6xvg:E, 6xvg:F, 3zg6:A, 6zu4:A, 6zu4:B
18 5oj7:A 286 217 0.1921 0.2028 0.2673 2.08e-15 5ojn:A
19 6eqs:D 275 247 0.2152 0.2364 0.2632 5.41e-15 6ace:A, 6acl:A, 6aco:A, 6acp:A, 2b4y:A, 2b4y:B, 2b4y:C, 2b4y:D, 5bwl:A, 6eqs:A, 6eqs:B, 6eqs:C, 4f4u:A, 4f4u:B, 4f56:A, 4f56:B, 4g1c:A, 4g1c:B, 8gbl:A, 8gbl:B, 8gbn:A, 8gbn:B, 4hda:A, 4hda:B, 6ljk:A, 6ljm:A, 6ljn:A, 2nyr:A, 2nyr:B, 3rig:A, 3rig:B, 3riy:B, 3riy:A, 7x3p:A, 5xhs:A
20 6rxj:A 235 210 0.2020 0.2596 0.2905 8.54e-13 6rxj:B, 6rxk:A, 6rxl:A, 6rxm:A, 6rxm:B, 6rxm:C, 6rxm:D, 6rxm:E, 6rxm:F, 6rxo:A, 6rxo:B, 6rxp:A, 6rxp:B, 6rxq:A, 6rxq:B, 6rxq:C, 6rxq:D, 6rxr:A, 6rxr:B, 6rxr:C, 6rxr:D, 1s5p:A
21 8of4:L 237 187 0.1490 0.1899 0.2406 2.60e-10
22 6rxs:A 218 206 0.1788 0.2477 0.2621 1.89e-08
23 8zc9:B 971 101 0.0861 0.0268 0.2574 3.0 8wyb:A, 8wyb:B, 8wyb:C, 8wyb:D, 8wyc:A, 8wyc:B, 8wyf:A, 8wyf:B, 8zc9:E
24 8zc9:A 1000 101 0.0861 0.0260 0.2574 3.1 8wyc:C, 8wyc:D, 8wyf:C, 8wyf:D, 8ylt:A, 8ylt:B, 8ylt:C, 8ylt:D, 8zc9:D
25 1lpm:A 534 34 0.0430 0.0243 0.3824 4.7 1lpn:A, 1lpo:A, 1lpp:A, 1lps:A, 3rar:A
26 1cle:A 534 34 0.0430 0.0243 0.3824 7.1 1cle:B, 1llf:A, 1llf:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218