Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HMASMKKKGSVVIVGRINLSGDTAYAQQTRGEEGCQETSQTGRDKNQVEGEVQIVSTATQTFLATSINGVLWTVYHGAGT
RTIASPKGPVTQMYTNVDKDLVGWQAPQGSRSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGG
PLLCPAGHAVGIFRAAVSTRGVAKAVAFIPVESLETTMR

The query sequence (length=199) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6bqj:C 207 191 0.9497 0.9130 0.9895 3.70e-139 1a1r:A, 1a1r:B, 2a4g:A, 2a4g:C, 2a4q:A, 2a4q:C, 2a4r:A, 2a4r:C, 6bqj:A, 6bqj:B, 6bqk:A, 6bqk:B, 6c2m:A, 6c2m:B, 6c2m:C, 6c2m:D, 6c2n:A, 6c2o:A, 6cvw:A, 6cvx:A, 6cvy:A, 7d5l:A, 7d5l:B, 7d5l:D, 7d5l:E, 6diq:A, 6dir:A, 6dis:A, 6dit:A, 6diu:A, 6div:A, 6diw:A, 5epn:A, 5epy:A, 5eqq:A, 5eqr:A, 5eqs:A, 5esb:A, 5etx:A, 5etx:B, 5etx:C, 5etx:D, 3eyd:A, 3eyd:C, 2f9u:A, 2f9u:C, 2f9v:A, 2f9v:C, 2fm2:A, 2fm2:C, 2gvf:A, 2gvf:C, 3kf2:A, 3kf2:B, 3kn2:A, 3kn2:C, 3knx:A, 3knx:C, 7l7l:A, 7l7n:A, 7l7o:A, 7l7p:A, 3lon:A, 3lon:C, 3lox:A, 3lox:C, 3m5l:A, 3m5m:B, 3m5m:A, 3m5n:B, 3m5n:C, 3m5n:D, 3m5n:A, 3m5o:A, 3m5o:B, 7mm2:A, 7mm3:A, 7mm4:A, 7mm5:A, 7mm6:A, 7mm7:A, 7mm8:A, 7mm9:A, 7mma:A, 7mmb:A, 7mmc:A, 7mmd:A, 7mme:A, 7mmf:A, 7mmg:A, 7mmg:B, 7mmh:A, 7mmi:A, 7mmj:A, 7mmk:A, 7mml:A, 1n1l:A, 1n1l:B, 6n4n:A, 6n4n:B, 4nwk:A, 4nwl:A, 4nwl:B, 6nzt:A, 6nzv:A, 2o8m:B, 2obo:A, 2obo:C, 2obq:A, 2obq:C, 2oc0:A, 2oc0:C, 2oc1:A, 2oc1:C, 2oc7:A, 2oc7:C, 2oc8:A, 2oc8:C, 2oin:A, 2oin:B, 2p59:A, 2p59:B, 6p6l:A, 6p6m:A, 6p6o:A, 6p6q:A, 6p6q:B, 6p6r:A, 6piu:A, 6piv:A, 6piw:A, 6pix:A, 6piy:A, 6piz:A, 6pj0:A, 6pj1:A, 6pj2:A, 2qv1:A, 2qv1:B, 3rc4:A, 3rc5:A, 3rc6:A, 1rgq:A, 1rtl:A, 1rtl:B, 3su0:A, 3su1:A, 3su2:A, 3su3:A, 3su4:A, 3su4:B, 3su5:A, 3su6:A, 3sud:A, 3sud:B, 3sud:C, 3sud:D, 3sue:A, 3sue:B, 3sue:C, 3sue:D, 3suf:A, 3suf:B, 3suf:C, 3suf:D, 3sug:A, 3sv6:A, 3sv7:A, 3sv8:A, 3sv9:A, 6ue3:A, 6vdl:A, 6vdm:A, 6vdn:A, 6vdo:A, 5voj:A, 5vp9:A, 4wf8:A, 4wh6:A, 4wh8:A, 4wh8:B, 2xcf:A, 2xcf:B, 2xcn:A, 2xcn:B, 2xni:A, 2xni:B
2 6p6v:A 193 191 0.7839 0.8083 0.8168 1.37e-118
3 1rgq:B 186 177 0.8141 0.8710 0.9153 7.05e-117 2o8m:A
4 6p6s:A 192 191 0.7437 0.7708 0.7749 7.78e-110
5 4b6f:A 645 177 0.7638 0.2357 0.8588 6.01e-108 1a1v:A, 4a1t:A, 4a1t:B, 4a1v:A, 4a1v:B, 4a1x:A, 4a1x:B, 4a92:A, 4a92:B, 4b6e:B, 4b6f:B, 4b71:A, 4b71:B, 4b73:A, 4b73:B, 4b74:A, 4b74:B, 4b75:A, 4b75:B, 4b76:A, 4b76:B, 1bt7:A, 1cu1:A, 1cu1:B, 1dxp:A, 1dxp:B, 1dxw:A, 1dy8:A, 1dy8:B, 1dy9:A, 1dy9:B, 5e4f:A, 5e4f:B, 2f55:A, 2f55:B, 2f55:C, 6fe6:A, 5fps:A, 5fps:B, 5fpt:A, 5fpt:B, 5fpy:A, 5fpy:B, 1hei:A, 4i31:A, 4i31:B, 4i32:A, 4i32:B, 4i33:A, 4i33:B, 4jmy:A, 4jmy:B, 1jxp:A, 1jxp:B, 2k1q:A, 4k8b:A, 4k8b:B, 3kee:A, 3kee:B, 3kee:C, 3kee:D, 3kqh:B, 3kqh:A, 3kqk:B, 3kqk:A, 3kql:A, 3kql:B, 3kqn:A, 3kqu:A, 3kqu:B, 3kqu:C, 3kqu:D, 3kqu:E, 3kqu:F, 4ktc:A, 4ktc:C, 1ns3:A, 1ns3:B, 3o8b:A, 3o8b:B, 3o8c:A, 3o8c:B, 3o8d:A, 3o8d:B, 3o8r:A, 3o8r:B, 4ojq:A, 4ok3:A, 4ok5:A, 4ok6:A, 4oks:A, 4oks:B, 3oyp:A, 3oyp:B, 3p8n:A, 3p8n:B, 3p8o:A, 3p8o:B, 3rvb:A, 4tyd:A, 4tyd:D, 4tyd:B, 4tyd:E, 4tyd:C, 4tyd:F, 4tyd:G, 4tyd:M, 4tyd:H, 4tyd:J, 4tyd:L, 4tyd:K, 4u01:A, 4u01:B, 4u01:C, 4u01:D, 4u01:E, 4u01:F, 4u01:G, 4u01:H, 4u01:J, 1w3c:A, 1w3c:B, 4wxp:A, 4wxr:A, 4wxr:B, 2zjo:A
6 6p6t:A 159 150 0.5980 0.7484 0.7933 7.39e-89 6p6z:A
7 5wdx:A 642 194 0.6231 0.1931 0.6392 1.95e-83
8 7m1v:A 166 129 0.1508 0.1807 0.2326 0.005
9 3qo6:B 328 40 0.0905 0.0549 0.4500 0.16 3qo6:A, 3qo6:C
10 5lc0:A 193 130 0.1407 0.1451 0.2154 0.51 8a15:B, 8aqa:A, 8aqa:B, 8aqb:A, 8aqb:B, 8aqk:A, 8aqk:B, 7doc:A, 7doc:B, 7h1h:B, 7h1i:B, 7h1j:B, 7h1k:B, 7h1l:B, 7h1m:B, 7h1n:B, 7h1o:B, 7h1p:A, 7h1p:B, 7h1q:B, 7h1r:B, 7h1s:B, 7h1t:B, 7h1u:B, 7h1v:B, 7h1w:B, 7h1x:B, 7h1y:B, 7h1z:B, 7h20:B, 7h21:B, 7h22:A, 7h22:B, 7h23:B, 7h24:B, 7h25:B, 7h27:B, 7h28:B, 7h29:B, 7h2a:B, 7h2b:B, 7h2c:B, 7h2c:A, 7h2d:B, 7h2e:B, 7h2f:B, 7h2g:B, 7h2h:B, 7h2i:B, 7h2j:B, 7h2k:B, 7h2l:B, 7h2m:B, 7h2n:B, 7h2o:B, 7h2p:A, 7h2p:B, 7h2q:B, 7h2r:B, 7h2s:B, 5h4i:B, 5h6v:A, 5h6v:B, 6jpw:C, 6jpw:D, 6jpw:E, 6jpw:F, 6jpw:G, 6jpw:H, 6kk2:A, 6kk2:B, 6kk3:A, 6kk3:B, 6kk4:A, 6kk4:B, 6kk5:A, 6kk5:B, 6kk6:A, 6kk6:B, 6kpq:B, 6l4z:H, 6l50:H, 5lc0:B, 7o2m:A, 7o2m:B, 7o55:A, 7o55:B, 7obv:A, 7obv:B, 7oc2:A, 7oc2:B, 7pfq:A, 7pfq:B, 7pfy:A, 7pfy:B, 7pfz:A, 7pfz:B, 7pg1:A, 7pg1:B, 7pgc:A, 7pgc:B, 7vlg:A, 7vlg:B, 7vlh:A, 7vlh:B, 7vli:A, 7vli:B, 7vxx:D, 7vxy:C, 7vxy:D, 6y3b:A, 6y3b:B, 8y9v:C, 8y9v:D, 5yof:A, 5yof:B, 7zlc:A, 7zlc:B, 7zld:A, 7zld:B, 5zmq:C, 5zmq:D, 5zmq:G, 5zmq:H, 5zms:A, 5zms:B, 5zms:D, 5zms:E, 7zmi:A, 7zmi:B, 7zno:A, 7zno:B, 5zob:A, 5zob:B, 5zob:C, 5zob:D, 7zpd:A, 7zpd:B, 7zq1:B, 7zqf:B, 7ztm:B, 7zum:A, 7zum:B, 7zv4:A, 7zv4:B, 7zvv:B, 7zvv:A, 7zw5:A, 7zw5:B, 7zwk:A, 7zwk:B, 7zys:A, 7zys:B
11 3iib:A 442 34 0.0704 0.0317 0.4118 0.86
12 4q7f:A 510 85 0.1256 0.0490 0.2941 1.4 3qfk:A
13 4apy:A 414 21 0.0653 0.0314 0.6190 2.7 5dqn:A
14 3s6h:A 436 107 0.1558 0.0711 0.2897 3.4 4kzt:A, 4kzt:B, 4kzt:X, 4kzt:Y, 3s6g:B, 3s6g:Y, 3s6h:X, 3s6h:B, 3s6h:Y
15 1pyt:C 248 46 0.0804 0.0645 0.3478 5.2
16 4o6r:A 489 78 0.1106 0.0450 0.2821 5.7 4o6r:B, 4o6r:C, 4o6r:D
17 4oev:A 494 67 0.0955 0.0385 0.2836 7.5 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
18 4afs:A 226 21 0.0754 0.0664 0.7143 8.2 2hvx:A, 4k2y:A, 4k5z:A, 4k60:A, 4k69:A, 4kp0:A, 3n7o:A, 1pjp:A, 3s0n:A, 1t31:A, 5yjm:A, 5yjp:A
19 3oa8:A 229 25 0.0503 0.0437 0.4000 8.6 3oa8:C, 3oa8:E, 3ocd:A, 3ocd:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218