Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HLVQFNGMIRCTIPGSIPWWDYSDYGCYCGSGGSGTPVDELDRCCQVHDNCYTQAQQLTECSPYSKRYSYDCSEGTLTCK
ADNDECAAFVCDCDRVAAICFAGAPYNKENINIDTTTRC

The query sequence (length=119) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1m8t:A 119 119 1.0000 1.0000 1.0000 7.43e-87 1m8t:B, 1m8t:C, 1m8t:D, 1m8t:E, 1m8t:F
2 1gp7:A 124 124 0.7647 0.7339 0.7339 1.13e-64 1gp7:B, 1gp7:C
3 2wq5:A 119 119 0.6807 0.6807 0.6807 1.92e-58 1poa:A, 1pob:A, 1pob:B
4 1yxh:A 119 119 0.6891 0.6891 0.6891 4.57e-58
5 3gci:A 119 119 0.6639 0.6639 0.6639 8.91e-56 3jq5:A, 3jql:A, 3jti:A, 1ln8:A, 1mf4:A, 3nju:A, 3osh:A, 1oxr:A, 1psh:A, 1psh:B, 1psh:C, 3q4y:A, 1sz8:A, 1t37:A, 1td7:A, 1yxl:A, 1zm6:A
6 2rd4:B 119 116 0.6471 0.6471 0.6638 1.57e-54 1s6b:B
7 2b96:A 123 121 0.5966 0.5772 0.5868 4.36e-50 2bax:A, 2bch:A, 2bd1:A, 2bd1:B, 1bp2:A, 1bpq:A, 2bpp:A, 3bp2:A, 4bp2:A, 1c74:A, 1ceh:A, 1fdk:A, 1g4i:A, 1gh4:A, 1irb:A, 1kvw:A, 1kvx:A, 1kvy:A, 1mks:A, 1mkt:A, 1mku:A, 1mkv:A, 1o2e:A, 1o3w:A, 1une:A, 1vkq:A, 1vl9:A, 2zp4:A
8 1mh2:A 119 116 0.5882 0.5882 0.6034 3.08e-48 2rd4:A, 1s6b:A, 1xxw:A
9 1y6o:A 131 123 0.5882 0.5344 0.5691 2.41e-47 2azy:A, 2azz:A, 2b00:A, 2b01:A, 2b03:A, 2b04:A, 4dbk:A, 3fvi:A, 3fvi:B, 3fvi:C, 3fvi:D, 3fvj:A, 1fx9:A, 1fx9:B, 1fxf:A, 1fxf:B, 4g5i:A, 1hn4:A, 1hn4:B, 3hsw:A, 3l30:A, 1l8s:A, 1l8s:B, 4o1y:A, 3o4m:A, 1p2p:A, 3p2p:A, 3p2p:B, 4p2p:A, 5p2p:A, 5p2p:B, 2phi:A, 2phi:B, 1pir:A, 1pis:A, 3qlm:A, 1sfv:A, 1sfw:A, 1y6o:B, 1y6p:A, 1y6p:B
10 1fe5:A 118 119 0.5798 0.5847 0.5798 3.48e-47 1dpy:A
11 1po8:A 118 119 0.5546 0.5593 0.5546 1.42e-43 1tc8:A
12 3v9m:A 118 119 0.5966 0.6017 0.5966 8.45e-34 3v9m:B
13 1u4j:A 118 119 0.5630 0.5678 0.5630 1.01e-32 1u4j:B
14 1b4w:A 122 101 0.4202 0.4098 0.4950 4.41e-25 1b4w:D, 4hg9:A, 4hg9:B, 4hg9:C, 4hg9:D, 1jia:A, 1jia:B
15 2i0u:E 122 121 0.4370 0.4262 0.4298 7.55e-23 2i0u:A, 1rgb:A, 1rgb:B, 1rgb:K, 1rgb:L
16 3jr8:A 122 100 0.3866 0.3770 0.4600 6.21e-22 3jr8:B
17 1oz6:A 120 112 0.4286 0.4250 0.4554 1.00e-21
18 1ijl:A 123 117 0.4370 0.4228 0.4444 1.30e-21 1ijl:B
19 1bk9:A 124 100 0.3950 0.3790 0.4700 1.38e-21 1m8r:A, 1m8s:A, 1psj:A
20 1bjj:A 122 102 0.4202 0.4098 0.4902 1.96e-21 1bjj:E, 1bjj:B, 1bjj:C, 1bjj:D, 1bjj:F
21 2arm:A 121 111 0.4034 0.3967 0.4324 3.71e-21 2b17:A, 3cbi:A, 3cbi:B, 3cbi:C, 3cbi:D, 2do2:A, 2dpz:A, 4eix:A, 3fg5:A, 4fga:A, 2fnx:A, 3fo7:A, 1fv0:A, 2g58:A, 3g8f:A, 4gfy:A, 4gld:A, 2gns:A, 3h1x:A, 4hmb:A, 1jq8:A, 1jq8:B, 1jq9:A, 1jq9:B, 1kpm:A, 1kpm:B, 2o1n:A, 2oli:A, 2otf:A, 2oth:A, 2oub:A, 1oxl:A, 1oyf:A, 1oyf:B, 2oyf:A, 2pb8:A, 2pmj:A, 2pws:A, 1q7a:A, 4qer:A, 4qf7:A, 4qf8:A, 4qgd:A, 2qhw:A, 4qmc:A, 2qu9:A, 2que:A, 2qvd:A, 1skg:A, 1sqz:A, 1sv3:A, 1sv9:A, 1sxk:A, 1tdv:A, 1tg1:A, 1tg4:A, 1tgm:A, 1th6:A, 1tj9:A, 1tjk:A, 1tk4:A, 1tp2:A, 1tp2:B, 1y38:A, 1y38:B, 2zbh:A, 1zr8:A, 1zwp:A, 1zyx:A
22 5g3m:A 123 110 0.3361 0.3252 0.3636 8.04e-20 5g3m:B, 6g5j:A, 6g5j:B, 1le6:A, 1le6:B, 1le6:C, 1le7:A, 1le7:B, 5ow8:A, 5ow8:B, 5owc:A, 5owc:B, 4uy1:A, 4uy1:B
23 2qog:B 122 102 0.3950 0.3852 0.4608 1.99e-19 2qog:C, 3r0l:D
24 1umv:X 122 100 0.3782 0.3689 0.4500 2.17e-19 1z76:A, 1z76:B, 1zl7:A
25 5wzo:A 123 101 0.3697 0.3577 0.4356 3.01e-19 6kqu:A, 5wzm:A, 5wzs:A, 5wzt:A, 5wzu:A, 5wzv:A, 5wzw:A, 5y5e:A
26 6ce2:A 121 110 0.3866 0.3802 0.4182 1.03e-18 6ce2:B
27 7lye:A 122 100 0.3529 0.3443 0.4200 1.41e-18 7lye:B, 7lye:C, 7lye:D
28 6b81:B 122 100 0.3529 0.3443 0.4200 2.09e-18 6b81:A, 6b83:B, 3cxi:A, 3cxi:B, 3cyl:A, 3cyl:B, 4dcf:A, 4dcf:B, 6dik:A, 8dnd:B, 8dnd:A, 3hzw:A, 3hzw:B, 3i03:A, 3mlm:A, 3mlm:B, 6mqd:A, 6mqd:B, 6mqf:A, 6mqf:B, 2ok9:A, 2ok9:B, 6pwh:A, 6pwh:B, 1qll:A, 1qll:B, 3qnl:A, 7rox:A, 5vfj:A, 5vfn:A, 1xxs:A, 1xxs:B, 1y4l:A, 1y4l:B, 4yu7:B, 4yu7:A, 4yv5:B, 4yv5:A, 4yz7:A, 4yz7:B
29 5g3n:A 127 110 0.3697 0.3465 0.4000 2.31e-18 1ayp:A, 1ayp:B, 1ayp:C, 1ayp:D, 1ayp:E, 1ayp:F, 1db4:A, 1db5:A, 1dcy:A, 5g3n:B, 1j1a:A, 1j1a:B, 1kqu:A, 1kvo:A, 1kvo:B, 1kvo:C, 1kvo:D, 1kvo:E, 1kvo:F, 1n28:B, 1n28:A, 1n29:A, 1pod:A, 1poe:A, 1poe:B, 3u8b:A, 3u8d:A, 3u8d:B, 3u8h:A, 3u8h:B, 3u8i:A, 3u8i:B
30 3bjw:A 122 100 0.3109 0.3033 0.3700 3.95e-17 3bjw:E, 3bjw:G, 3bjw:B, 3bjw:F, 3bjw:C, 3bjw:D, 3bjw:H, 2qhd:A, 2qhd:B
31 6al3:B 122 100 0.3277 0.3197 0.3900 1.58e-14 6al3:C
32 1ppa:A 121 80 0.2857 0.2810 0.4250 4.74e-14
33 3r0l:A 33 29 0.1513 0.5455 0.6207 1.08e-05
34 2wg7:A 121 31 0.1429 0.1405 0.5484 0.18 2wg7:B, 2wg8:A, 2wg8:B, 2wg8:C, 2wg9:A, 2wg9:B
35 7zol:B 1702 53 0.1429 0.0100 0.3208 1.9 7zoq:B
36 3qe6:B 286 56 0.1261 0.0524 0.2679 1.9 3qe6:A
37 4ov1:A 66 41 0.1092 0.1970 0.3171 2.8 4id8:A
38 7rbq:A 614 35 0.1092 0.0212 0.3714 4.3 7t39:A
39 5szq:A 422 23 0.0756 0.0213 0.3913 6.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218