Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
HHTDPALRALIRVEIPIDAPGIDALLRRSFESDAEAKLVHDLREDGFLTLGLVATDDEGQVIGYVAFSPVDVQGEDLQWV
GMAPLAVDEKYRGQGLARQLVYEGLDSLNEFGYAAVVTLGDPALYSRFGFELAAHHDLRCRWPGTESAFQVHRLADDALN
GVTGLVEYHEHFNRFGLCGR

The query sequence (length=180) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4rs2:B 183 180 1.0000 0.9836 1.0000 6.30e-131 4rs2:A
2 4zbg:A 154 126 0.2778 0.3247 0.3968 6.86e-20
3 5kf2:A 317 118 0.1611 0.0915 0.2458 0.002 5kf1:A, 5kf1:B, 5kf8:A, 5kf9:A, 5kga:A, 5kga:B, 5kgh:A, 5kgh:B, 5kgj:A, 5kgp:A, 5kgp:B
4 1wwz:A 157 63 0.0944 0.1083 0.2698 0.024 1wwz:B
5 6ao7:A 153 96 0.1444 0.1699 0.2708 0.026
6 2cy2:A 174 90 0.1333 0.1379 0.2667 0.043
7 6c95:B 160 70 0.1111 0.1250 0.2857 0.056 6ppl:C, 6pw9:C
8 4qb9:A 402 61 0.1167 0.0522 0.3443 0.076 4qb9:B, 4qb9:C, 4qb9:D, 4qb9:E, 4qb9:F, 3sxn:A, 3sxn:B, 3sxn:C, 3sxn:D, 3sxn:E, 3sxn:F
9 4kvm:E 153 70 0.1111 0.1307 0.2857 0.13 4kvm:F, 4kvm:G, 4kvm:H, 4kvo:E, 4kvo:F, 4kvo:G, 4kvo:H, 4kvx:A, 4kvx:B
10 5wph:A 179 136 0.2278 0.2291 0.3015 0.14 6m7g:A, 6m7g:C, 6m7g:B, 6m7g:D, 6m7g:E, 6m7g:F, 6m7g:L, 5wph:B
11 6ytt:A 708 47 0.0833 0.0212 0.3191 0.22 6ytt:D
12 7l1k:A 149 55 0.1000 0.1208 0.3273 0.28
13 5wje:A 159 104 0.1167 0.1321 0.2019 0.34 5wjd:A
14 3d36:B 221 61 0.1000 0.0814 0.2951 0.50 3d36:A
15 6ygb:A 159 30 0.0722 0.0818 0.4333 0.89 6ygc:A, 6ygd:A
16 2f1c:X 252 42 0.0833 0.0595 0.3571 1.5 4ctd:A
17 2iwv:A 277 42 0.0833 0.0542 0.3571 1.6 2iwv:B, 2iwv:C, 2iwv:D, 2iww:A, 2iww:B, 2wvp:A
18 4zm6:A 844 76 0.1333 0.0284 0.3158 1.8 4zm6:B
19 2ozg:A 388 98 0.1389 0.0644 0.2551 1.9
20 7dnz:A 591 33 0.0722 0.0220 0.3939 2.3 7dny:A, 7dny:B, 7dnz:B, 7ekl:A, 7ekl:B, 8k7b:A, 8k7b:B, 8k7c:A, 8k7c:B, 3nh9:A, 3nha:A, 3nhb:A, 8yr3:A, 8yr3:B, 8yr4:B, 8yr4:A
21 7m0d:B 340 30 0.0667 0.0353 0.4000 2.9 2bcq:A, 2bcr:A, 2bcs:A, 2bcu:A, 2bcv:A, 3c5f:A, 3c5f:B, 3c5g:A, 3c5g:B, 5ca7:B, 5ca7:A, 5chg:A, 5chg:B, 5cj7:A, 5cj7:B, 5cp2:B, 5cr0:A, 5cr0:B, 5cwr:A, 5cwr:B, 5ddm:B, 5ddy:A, 5ddy:C, 5ddy:E, 5ddy:G, 5dkw:A, 5dkw:B, 4fo6:A, 2gws:A, 2gws:E, 2gws:I, 2gws:M, 3hw8:A, 3hwt:A, 3hx0:A, 3hx0:F, 3hx0:K, 3hx0:P, 5iii:A, 5iij:A, 5iik:A, 5iil:A, 5iim:A, 5iin:A, 5iio:A, 5iio:M, 5iio:E, 5iio:I, 4k4g:A, 4k4g:M, 4k4g:E, 4k4g:I, 4k4h:A, 4k4h:E, 4k4h:I, 4k4h:M, 4k4i:A, 4k4i:E, 4k4i:I, 4k4i:M, 7m07:A, 7m08:A, 7m09:A, 7m0a:A, 7m0b:A, 7m0c:A, 7m0d:A, 7m0e:A, 7m0e:B, 7m0e:C, 7m0e:D, 7m43:A, 7m44:A, 7m45:A, 7m46:A, 7m47:A, 7m48:A, 7m49:A, 7m4a:A, 7m4b:A, 7m4c:A, 7m4d:A, 7m4e:A, 7m4f:A, 7m4g:A, 7m4h:A, 7m4i:A, 7m4j:A, 7m4k:A, 7m4l:A, 3mda:A, 3mdc:A, 3mgh:A, 3mgh:C, 3mgi:A, 2pfn:A, 2pfo:A, 2pfp:A, 2pfq:A, 3pml:A, 3pml:B, 3pmn:A, 3pnc:A, 1rzt:A, 1rzt:M, 1rzt:E, 1rzt:I, 8u0o:A, 8u0p:A, 7un7:A, 3upq:A, 3uq0:A, 3uq2:A, 4x5v:A, 4xa5:A, 4xq8:B, 4xq8:A, 4xrh:B, 4xrh:A, 1xsl:A, 1xsl:E, 1xsl:I, 1xsl:M, 1xsn:A, 1xsp:A, 4xus:A
22 4jwp:A 165 117 0.1500 0.1636 0.2308 4.6
23 5ib0:A 137 107 0.1944 0.2555 0.3271 5.2 5ib0:B, 5ib0:C, 5ib0:G
24 2ge3:A 164 82 0.1222 0.1341 0.2683 5.9 2ge3:B, 2ge3:C
25 7p3t:B 299 88 0.1444 0.0870 0.2955 6.0 7p3t:A, 7p3t:C, 7p3t:D, 7p3t:E, 7p3t:F
26 3tho:B 366 65 0.0889 0.0437 0.2462 7.0 6asc:A, 6asc:B, 4nzv:A, 4nzv:B, 4o24:A, 4o24:B, 4o43:A, 4o43:B, 4o4k:A, 4o4k:B, 4o5g:A, 4o5g:B, 3thn:A, 6x1y:A, 6x1y:B, 6x1z:A, 6x1z:B
27 7wx5:A 288 31 0.0611 0.0382 0.3548 7.0 7wx6:A, 7wx7:A
28 1ynp:B 298 79 0.1389 0.0839 0.3165 7.3 1ynp:A, 1ynq:A, 1ynq:B
29 7ak7:A 154 56 0.1056 0.1234 0.3393 7.5 7ak7:B
30 5cyo:A 272 53 0.0944 0.0625 0.3208 8.5 5cyo:B, 4yqf:B, 4yqf:A
31 7daj:B 150 48 0.0778 0.0933 0.2917 8.8 7daj:A, 7dak:A, 7dak:B, 7dal:A, 7dal:B
32 2j8m:A 171 93 0.1444 0.1520 0.2796 9.2 2bl1:A, 2j8m:B, 2j8r:A, 2j8r:B
33 1i1d:D 161 57 0.1056 0.1180 0.3333 9.5 1i12:A, 1i12:B, 1i12:C, 1i12:D, 1i1d:A, 1i1d:B, 1i1d:C
34 6k80:A 213 133 0.1667 0.1408 0.2256 9.9 5gi5:A, 5gi6:A, 5gi7:A, 5gi8:A, 5gi9:A, 5gif:A, 5gig:A, 5gih:A, 5gii:A, 3te4:A
35 2qbu:A 228 16 0.0500 0.0395 0.5625 10.0 2qbu:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218