Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HHAADYVLYKDATKPVEDRVADLLGRMTLAEKIGQMTQIERLVATPDVLRDNFIGSLLSGGGSVPRKGATAKEWQDMVDG
FQKACMSTRLGIPMIYGIDAVHGQNNVYGATIFPHNVGLGATRDPYLVKRIGEATALEVRATGIQYAFAPCIAVCRDPRW
GRCYESYSEDRRIVQSMTELIPGLQGDVPKDFTSGMPFVAGKNKVAACAKHFVGDGGTVDGINENNTIINREGLMNIHMP
AYKNAMDKGVSTVMISYSSWNGVKMHANQDLVTGYLKDTLKFKGFVISDWEGIDRITTPAGSDYSYSVKASILAGLDMIM
VPNKYQQFISILTGHVNGGVIPMSRIDDAVTRILRVKFTMGLFENPYADPAMAEQLGKQEHRDLAREAARKSLVLLKNGK
TSTDAPLLPLPKKAPKILVAGSHADNLGYQCGGWTIEAQGDTGRTTVGTTILEAVKAAVDPSTVVVFAENPDAEFVKSGG
FSYAIVAVGEHPYTETKGDNLNLTIPEPGLSTVQAVCGGVRCATVLISGRPVVVQPLLAASDALVAAWLPGSEGQGVTDA
LFGDFGFTGRLPRTWFKSVDQLPMNVGDAHYDPLFRLGYGLTTNAT

The query sequence (length=606) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6jg1:A 606 606 0.9983 0.9983 0.9983 0.0 1ex1:A, 1ieq:A, 1iev:A, 1iew:A, 1iex:A, 1j8v:A, 6jg2:A, 6jg6:A, 6jg7:A, 6jga:A, 6jgb:A, 6jgc:A, 6jgd:A, 6jge:A, 6jgg:A, 6jgk:A, 6jgl:A, 6jgn:A, 6jgo:A, 6jgp:A, 6jgq:A, 6jgr:A, 6jgs:A, 6jgt:A, 6k6v:A, 6kuf:A, 6l1j:A, 6lbb:A, 6lbv:A, 6lc5:A, 1lq2:A, 6md6:A, 6mi1:A, 3wlh:A, 3wlj:A, 3wlk:X, 3wll:A, 3wlo:A, 3wlp:A, 1x38:A, 1x39:A
2 5m6g:A 579 597 0.4736 0.4957 0.4807 3.43e-173
3 3ut0:A 804 614 0.4373 0.3296 0.4316 1.06e-148 3rrx:A, 3usz:A, 3ut0:B, 3ut0:C, 3ut0:D
4 5jp0:A 745 605 0.3135 0.2550 0.3140 2.66e-83 5jp0:B
5 7zgz:X 753 640 0.3152 0.2537 0.2984 3.31e-68 8c7f:B
6 5z9s:A 765 668 0.3267 0.2588 0.2964 5.30e-68 5z9s:B
7 8c7f:A 772 658 0.3267 0.2565 0.3009 3.13e-67 7zb3:A, 7zb3:B, 7zdy:W, 7zdy:Y, 7zgz:Y
8 5tf0:A 733 652 0.3003 0.2483 0.2791 3.67e-65 5tf0:B
9 8xrt:F 751 663 0.3267 0.2636 0.2986 1.57e-64 8xrt:E, 8xrt:A, 8xrt:B, 8xrt:C, 8xrt:D, 8xru:A, 8xru:B, 8xrv:A, 8xrv:B, 8xrv:C, 8xrv:F, 8xrv:D, 8xrv:E, 8xrx:A, 8xrx:D, 8xrx:F, 8xrx:B, 8xrx:C
10 3u48:B 742 650 0.3152 0.2574 0.2938 1.34e-63 3u48:A, 3u4a:B, 3u4a:A
11 5xxm:A 749 655 0.2954 0.2390 0.2733 4.31e-59 5xxl:A, 5xxl:B, 5xxm:B, 5xxn:A, 5xxn:B, 5xxo:B, 5xxo:A
12 4zo6:B 724 627 0.2987 0.2500 0.2887 2.27e-57 4zo6:A, 4zo7:B, 4zo7:A, 4zo8:A, 4zo8:B, 4zo9:A, 4zo9:B, 4zoa:A, 4zoa:B, 4zob:A, 4zob:B, 4zoc:A, 4zoc:B, 4zod:A, 4zod:B, 4zoe:A, 4zoe:B
13 5z87:A 756 579 0.2937 0.2354 0.3074 1.08e-55 5z87:B
14 7eap:A 755 641 0.3135 0.2517 0.2964 1.11e-54 5yot:A, 5yot:B, 5yqs:A, 5yqs:B
15 6r5i:A 733 649 0.3053 0.2524 0.2851 2.56e-53 6r5i:B, 6r5n:B, 6r5n:A, 6r5o:B, 6r5o:A, 6r5p:B, 6r5p:A, 6r5r:B, 6r5r:A, 6r5t:B, 6r5t:A, 6r5u:B, 6r5u:A, 6r5v:B, 6r5v:A
16 7qg4:A 746 519 0.2393 0.1944 0.2794 3.61e-34 7qe1:A, 7qe1:B, 7qe2:A, 7qe2:B, 7qea:A, 7qea:B, 7qee:A, 7qee:B, 7qef:A, 7qef:B, 7qg4:B
17 8j9f:D 749 580 0.2525 0.2043 0.2638 9.02e-32 8j9f:A, 8j9f:B
18 8xrx:E 611 199 0.1056 0.1047 0.3216 4.31e-30
19 8xrx:E 611 295 0.1188 0.1178 0.2441 0.15
20 5wab:A 674 560 0.2409 0.2166 0.2607 6.71e-29
21 6jxg:A 713 568 0.2475 0.2104 0.2641 1.34e-27
22 7vc7:A 743 511 0.2393 0.1952 0.2838 1.71e-26
23 4i8d:B 714 574 0.2393 0.2031 0.2526 4.47e-25 4i8d:A, 3zyz:A
24 6sz6:A 836 566 0.2492 0.1806 0.2668 5.25e-24
25 5nbs:A 842 558 0.2459 0.1770 0.2670 1.30e-23 5nbs:B
26 2x41:A 715 385 0.1700 0.1441 0.2675 1.46e-23 2x42:A
27 2x41:A 715 110 0.0479 0.0406 0.2636 0.33 2x42:A
28 3ac0:A 841 355 0.1634 0.1177 0.2789 6.89e-20 3ac0:B, 3ac0:C, 3ac0:D
29 3ac0:A 841 145 0.0759 0.0547 0.3172 7.76e-05 3ac0:B, 3ac0:C, 3ac0:D
30 4iib:A 834 533 0.2178 0.1583 0.2477 7.34e-20 4iib:B, 4iic:A, 4iic:B, 4iid:A, 4iid:B, 4iie:A, 4iie:B, 4iif:A, 4iif:B, 4iig:A, 4iig:B, 4iih:A, 4iih:B
31 4gyj:A 618 453 0.1733 0.1699 0.2318 3.40e-19 3bmx:A, 3bmx:B, 4gyj:B, 4gyk:A, 3nvd:A, 3nvd:B
32 6q7i:A 770 367 0.1733 0.1364 0.2861 4.08e-19 6q7j:A, 6q7j:B
33 5fjj:A 839 692 0.2690 0.1943 0.2355 5.16e-19 5fjj:B, 5fjj:C, 5fjj:D
34 4i3g:B 780 321 0.1452 0.1128 0.2741 1.08e-18 4i3g:A
35 4i3g:B 780 128 0.0545 0.0423 0.2578 0.19 4i3g:A
36 5ju6:A 835 289 0.1370 0.0994 0.2872 2.13e-17 5ju6:B, 5ju6:C, 5ju6:D
37 6k5j:A 526 446 0.1881 0.2167 0.2556 8.33e-16
38 5fji:A 840 633 0.2426 0.1750 0.2322 9.91e-16 5fji:B
39 5ae6:B 767 396 0.1700 0.1343 0.2601 4.19e-15 5a7m:A, 5a7m:B, 5ae6:A
40 7xtj:B 743 352 0.1634 0.1332 0.2812 1.21e-14 7xtj:A
41 6jbs:A 762 583 0.2228 0.1772 0.2316 2.48e-14 7ey1:B, 7ey1:A, 7ey2:A, 7ey2:B, 7ey2:C, 7ey2:D, 7ey2:E, 7ey2:F, 7f95:A, 7f95:B, 8gyy:B, 8gyy:A, 8gyy:C, 8gyy:D, 6jbs:C, 6jbs:D, 6kj0:A, 6kj0:B, 7yo6:A, 7yo6:B, 7yo7:B, 7yo7:A
42 5k6o:A 795 305 0.1221 0.0931 0.2426 2.88e-14 5k6m:A, 5k6n:A
43 4zm6:A 844 420 0.1584 0.1137 0.2286 3.99e-12 4zm6:B
44 5vqe:A 559 347 0.1386 0.1503 0.2421 2.96e-10
45 5wvp:A 924 236 0.0990 0.0649 0.2542 5.59e-10
46 5c0q:B 457 314 0.1254 0.1663 0.2420 9.42e-07 5c0q:A, 5c0q:C, 5c0q:D
47 7vi6:A 342 205 0.0825 0.1462 0.2439 4.45e-05 7vi6:B, 7vi7:A, 7vi7:B
48 2oxn:A 333 182 0.0660 0.1201 0.2198 0.002 3gs6:A, 3gsm:A
49 6jtk:B 346 214 0.0759 0.1329 0.2150 0.054 6jtk:A, 6jtk:C, 6jtk:F, 6jtk:D, 6jtk:E
50 8j5f:A 238 39 0.0297 0.0756 0.4615 2.0 8j5e:A, 8j5g:A, 8j5h:A
51 6bu8:03 134 22 0.0198 0.0896 0.5455 2.5 7jsz:a, 7jt3:a, 7k50:a, 7k51:a, 7k52:a, 7k53:a, 7k54:a, 7k55:a, 7lv0:a, 7n2c:LA, 6ofx:a, 6og7:a, 6ogf:a, 6ogg:a, 6ogi:a, 8peg:a, 8pkl:a, 7qg8:C, 7qgh:C, 7qgn:C, 7qgr:C, 8r3v:a2, 8rcl:a2, 8rcm:a2, 7ss9:a, 7ssd:a, 7ssl:a, 7sso:a, 7ssw:a, 7st2:a, 7st7:a, 7tos:L1, 7ug7:LA, 5uyl:03, 5uym:03, 5uyn:03, 5uyp:03, 5uyq:03, 8vs9:L1, 8vsa:L1, 6wd0:a, 6wd1:a, 6wd2:a, 6wd3:a, 6wd4:a, 6wd5:a, 6wd6:a, 6wd7:a, 6wd8:a, 6wd9:a, 6wda:a, 6wdb:a, 6wdc:a, 6wdd:a, 6wde:a, 6wdf:a, 6wdg:a, 6wdh:a, 6wdi:a, 6wdj:a, 6wdk:a, 6wdl:a, 6wdm:a, 6wnt:a, 6wnv:a, 6wnw:a
52 4gvh:A 341 57 0.0330 0.0587 0.3509 4.8 4gvh:B, 4gvi:B, 4hzm:A, 4hzm:B
53 5ady:5 234 22 0.0198 0.0513 0.5455 4.9 4csu:5, 6dnc:E, 6enj:7, 6enu:7, 3j46:5, 3j5s:F, 3j8g:5, 3j9z:LC, 3ja1:LC, 3jcd:5, 3jce:5, 8rcs:a2, 8rct:a2, 5u9f:03, 5u9g:03, 5uyk:03, 4v4v:B2, 4v4w:B2, 4v5h:B5, 4v69:B5, 4v6k:AC, 4v6l:BC, 4v6m:B5, 4v6n:AC, 4v6o:BC, 4v6p:BC, 4v6q:BC, 4v6r:BC, 4v6s:AC, 4v6v:BC, 4v6y:B5, 4v6z:B5, 4v70:B5, 4v71:B5, 4v72:B5, 4v73:B5, 4v74:B5, 4v75:B5, 4v76:B5, 4v77:B5, 4v78:B5, 4v79:B5, 4v7a:B5, 4v7c:BC, 4v7d:AC, 4v7i:A5
54 6dte:B 340 118 0.0512 0.0912 0.2627 7.1 6dte:A, 4mss:A, 4mss:B, 5utp:A, 5utp:B, 5utq:A, 5utq:B, 5utr:A, 5utr:B
55 4x8b:A 428 57 0.0330 0.0467 0.3509 8.0 4x8b:B, 4x8d:A, 4x8d:B, 4x8e:A, 4x8e:B
56 3t58:B 504 136 0.0512 0.0615 0.2279 9.0 4p2l:A, 4p2l:B, 3t58:A, 3t58:C, 3t58:D, 3t59:A, 3t59:B, 3t59:C, 3t59:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218