Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
HCPIKSRKGDVLHMHYTGKLEDGTEFDSSLPQNQPFVFSLGTGQVIKGWDQGLLGMCEGEKRKLVIPSELGYGERGAPPK
IPGGATLVFEVELLKIERRTEL

The query sequence (length=102) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4nnr:A 102 102 1.0000 1.0000 1.0000 4.87e-72 4nnr:B
2 7u0s:A 124 93 0.5000 0.4113 0.5484 5.71e-32 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
3 8p3c:B 126 92 0.5196 0.4206 0.5761 4.18e-31
4 4giv:A 192 92 0.5098 0.2708 0.5652 3.77e-29 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
5 5hua:A 113 91 0.4608 0.4159 0.5165 6.74e-29 1yat:A
6 6vrx:A 108 91 0.4608 0.4352 0.5165 1.39e-27 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
7 6tz8:C 111 95 0.4608 0.4234 0.4947 1.95e-27 6tz8:F
8 6mke:A 117 86 0.4412 0.3846 0.5233 2.33e-27 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
9 5njx:A 413 86 0.4706 0.1162 0.5581 2.17e-26 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
10 5njx:A 413 98 0.2745 0.0678 0.2857 0.81 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
11 5d75:A 120 99 0.4608 0.3917 0.4747 9.26e-26 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
12 8xi9:A 201 91 0.4510 0.2289 0.5055 1.11e-25 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
13 4msp:A 189 98 0.5000 0.2698 0.5204 1.63e-25 4msp:B
14 4lax:A 237 89 0.4510 0.1941 0.5169 7.41e-24 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
15 1c9h:A 107 91 0.4020 0.3832 0.4505 3.22e-23 5hkg:A
16 3pa7:A 124 89 0.4216 0.3468 0.4831 3.66e-23 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
17 5hw8:B 122 103 0.4510 0.3770 0.4466 5.05e-22 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
18 7f2j:A 117 94 0.4216 0.3675 0.4574 5.57e-22 7f2j:B, 6j2m:A
19 4qt3:A 125 89 0.4216 0.3440 0.4831 5.42e-21 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
20 8bk4:A 163 88 0.3824 0.2393 0.4432 4.87e-17 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
21 5b8i:C 119 104 0.4412 0.3782 0.4327 8.40e-17
22 8z38:B 113 96 0.3824 0.3451 0.4062 6.28e-16 8z38:A
23 1q6i:A 210 91 0.4118 0.2000 0.4615 1.06e-15 1q6i:B
24 8bjd:A 208 97 0.3333 0.1635 0.3505 1.03e-13 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
25 5mgx:G 266 87 0.3137 0.1203 0.3678 1.29e-07 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 4odq:A 106 60 0.2255 0.2170 0.3833 3.09e-05 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
27 7d80:5 432 90 0.2451 0.0579 0.2778 0.034 7d6z:h, 1w2b:5
28 3l2p:A 535 38 0.1078 0.0206 0.2895 1.1
29 6xyw:Ay 111 93 0.2353 0.2162 0.2581 2.0
30 5ldt:A 403 45 0.1373 0.0347 0.3111 3.4 5ldt:B, 5ldt:C, 5ldv:A
31 6idy:A 421 23 0.1176 0.0285 0.5217 4.1 6idy:B, 6idy:C
32 7f4v:aB 725 47 0.1373 0.0193 0.2979 5.0 7f4v:bB, 7f4v:cB
33 8wt1:C 651 61 0.1863 0.0292 0.3115 5.0 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
34 2rpc:A 155 40 0.1471 0.0968 0.3750 6.1 2ej4:A
35 6pxs:A 370 46 0.1176 0.0324 0.2609 6.3 6pxs:B, 6pxs:C, 6pxs:D
36 7oxj:A 156 48 0.1569 0.1026 0.3333 7.5 3luo:A, 4odk:A, 4odl:B, 4odl:A, 4odm:A, 4odm:B, 4odm:C, 4odm:D, 4odn:A, 4odo:A, 4odo:C, 4odo:B, 7oxh:A, 7oxi:A, 7oxk:A
37 5vm9:C 785 34 0.1275 0.0166 0.3824 8.1 5vm9:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218