Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
GYTYEDYKNTAEWLLSHTKHRPQVAIICGSGLGGLTDKLTQAQIFDYGEIPNFPRSTVPGHAGRLVFGFLNGRACVMMQG
RFHMYEGYPLWKVTFPVRVFHLLGVDTLVVTNAAGGLNPKFEVGDIMLIRDHINLPGFSGQNPLRGPNDERFGDRFPAMS
DAYDRTMRQRALSTWKQMGEQRELQEGTYVMVAGPSFETVAECRVLQKLGADAVGMSTVPEVIVARHCGLRVFGFSLITN
KVIMDYESLEKANHEEVLAAGKQAAQKLEQFVSILMASIPL

The query sequence (length=281) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 3d1v:A 288 281 0.9964 0.9722 0.9964 0.0 2a0w:A, 2a0x:A, 2a0y:A, 3bgs:A, 4ear:A, 4ear:B, 4ear:C, 4eb8:A, 4eb8:B, 4eb8:C, 5etj:A, 5etj:B, 5etj:C, 5etj:D, 5etj:E, 5etj:F, 3gb9:A, 3gb9:B, 3gb9:C, 3ggs:A, 3ggs:B, 3ggs:C, 4gka:A, 4gka:B, 4gka:C, 4gka:D, 4gka:E, 4gka:F, 3iny:A, 3k8o:E, 3k8o:Q, 3k8o:S, 3k8o:T, 3k8o:U, 3k8o:Y, 3k8q:A, 2oc4:A, 2oc9:A, 2on6:A, 1pf7:E, 3phb:E, 3phb:Q, 3phb:S, 3phb:T, 3phb:U, 3phb:Y, 1pwy:E, 2q7o:E, 1rct:E, 1rfg:E, 1rr6:A, 1rsz:A, 1rt9:A, 5ugf:A, 5ugf:B, 5ugf:C, 5ugf:D, 5ugf:E, 5ugf:F, 1v2h:E, 1v3q:E, 1v41:E, 1v45:E, 1yry:E, 7zsl:A, 7zsl:B, 7zsl:C, 7zsl:D, 7zsl:E, 7zsl:F, 7zsm:A, 7zsn:A, 7zso:A, 7zso:B, 7zso:C, 7zsp:A
2 1a9o:A 289 281 0.8790 0.8547 0.8790 0.0 1a9p:A, 1a9q:A, 1a9r:A, 1a9s:A, 1a9t:A, 2ai1:A, 2ai2:A, 2ai3:A, 1b8n:A, 1b8o:A, 3fuc:A, 3fuc:B, 3fuc:C, 1fxu:A, 1lv8:A, 1lv8:B, 1lv8:C, 1lv8:D, 1lv8:E, 1lv8:F, 1lvu:A, 1lvu:B, 1lvu:C, 1lvu:D, 1lvu:E, 1lvu:F, 2qpl:A, 1v48:A, 1vfn:A
3 2p4s:A 282 278 0.5516 0.5496 0.5576 3.86e-113 2p4s:B, 2p4s:C
4 3e0q:C 285 276 0.4840 0.4772 0.4928 5.77e-98 3djf:A, 3djf:B, 3djf:C, 3e0q:A, 3e0q:B, 3e9r:B, 3e9z:A, 3e9z:C, 3f8w:A, 3f8w:B, 3f8w:C, 3faz:A, 3faz:B, 3faz:C, 3fb1:A, 3fb1:B, 3fb1:C, 3fnq:A, 3fnq:B, 3fnq:C, 3iex:A, 3iex:C, 1tcu:A, 1tcu:B, 1tcu:C, 1tcv:A, 1tcv:B, 1tcv:C, 1td1:A, 1td1:B, 1td1:C
5 3khs:B 270 276 0.4769 0.4963 0.4855 1.50e-96 3khs:A, 3khs:C, 3khs:D
6 5ko6:A 285 279 0.4520 0.4456 0.4552 3.61e-89 6awe:A, 6axa:A, 6b2l:A, 6b37:A, 6b3l:A, 6b4q:A, 6b4t:A, 6b56:A, 6b6k:A, 6b71:A, 6b7i:A, 6bb7:A, 6bfv:A, 6bhb:A, 6bi1:A, 6bi9:A, 6bif:A, 6bj6:A, 6bj7:A, 5ko5:A, 5tbs:A, 5tbt:A, 5tbu:A, 5tbv:A
7 8swq:A 302 273 0.4555 0.4238 0.4689 4.40e-87 5ifk:A, 5ifk:B, 5ifk:C, 8swp:A, 8swp:D, 8swp:E, 8swq:D, 8swr:A, 8swr:D, 8sws:A, 8sws:D, 8sws:E
8 8swu:A 269 273 0.4733 0.4944 0.4872 4.38e-85 8swu:B, 8swu:C
9 8swt:A 278 264 0.4484 0.4532 0.4773 6.70e-82 8swt:B
10 4lna:A 269 269 0.4591 0.4796 0.4796 8.42e-81
11 4m1e:B 273 258 0.4448 0.4579 0.4845 6.03e-79 4m1e:A, 4m1e:F, 4m1e:E, 4m1e:C, 4m1e:D
12 4nsn:A 273 276 0.4448 0.4579 0.4529 5.57e-72 4ns1:A, 4ns1:B, 4ns1:C, 4ns1:D, 4nsn:B, 4nsn:C
13 8swq:B 278 273 0.4057 0.4101 0.4176 1.94e-70 8swp:B, 8swq:E, 8swr:B, 8sws:B
14 3lba:A 260 231 0.3986 0.4308 0.4848 5.33e-67
15 3odg:A 273 259 0.3986 0.4103 0.4324 8.28e-67
16 1yqq:A 273 259 0.4057 0.4176 0.4402 3.85e-64 1yqq:B, 1yqq:C, 1yqu:A, 1yqu:B, 1yqu:C, 1yr3:A, 1yr3:B, 1yr3:C, 1yr3:D, 1yr3:E, 1yr3:F
17 4uc0:A 247 223 0.3488 0.3968 0.4395 8.14e-49
18 7zsq:C 268 262 0.3630 0.3806 0.3893 2.69e-45 8c25:A, 8c25:B, 1g2o:A, 1g2o:B, 1g2o:C, 1i80:A, 1i80:B, 1i80:C, 3iom:A, 3iom:B, 3ix2:A, 3ix2:B, 3ix2:C, 1n3i:A, 1n3i:B, 1n3i:C, 3scz:A, 3scz:B, 7zsq:A, 7zsq:B, 7zsr:A, 7zsr:B, 7zsr:C
19 1c3x:A 266 259 0.3310 0.3496 0.3591 1.11e-35 1c3x:B, 1c3x:C, 1qe5:A, 1qe5:B, 1qe5:C
20 5tc5:A 286 224 0.2206 0.2168 0.2768 5.38e-16 1cb0:A, 1cg6:A, 6dyz:A, 6dz0:A, 6dz2:A, 6dz2:B, 6dz2:C, 6dz3:A, 6dz3:B, 6dz3:C, 5eub:A, 1k27:A, 3ozc:A, 3ozd:A, 3ozd:B, 1sd1:A, 1sd2:A, 5tc5:B, 5tc5:C, 5tc6:A, 5tc7:A, 5tc8:A
21 3t94:A 270 269 0.2313 0.2407 0.2416 1.95e-12 2a8y:A, 2a8y:B, 2a8y:C, 2a8y:D, 2a8y:E, 2a8y:F, 2a8y:G, 2a8y:H, 2a8y:I, 2a8y:J, 2a8y:K, 2a8y:L, 3t94:B, 3t94:C, 3t94:D, 3t94:E, 3t94:F
22 3ozb:A 241 241 0.2206 0.2573 0.2573 1.35e-10 3ozb:B, 3ozb:C, 3ozb:D, 3ozb:E, 3ozb:F
23 9jd2:A 273 255 0.2206 0.2271 0.2431 3.44e-10 9jhv:A, 1wta:A
24 5f7j:B 291 198 0.1922 0.1856 0.2727 1.70e-09 5f76:A, 5f76:B, 5f76:C, 5f77:A, 5f77:B, 5f77:C, 5f7j:A, 5f7j:D, 5f7j:E, 5f7o:A, 5f7o:B, 5f7x:A, 5f7x:B, 5f7x:C, 5fak:A, 5fak:B, 5fak:D, 5fak:E, 4l5a:A, 4l5a:C, 4l5a:B, 4l5a:D, 4l5a:E, 4l5a:F, 4l5c:A, 4l5c:B, 4l5c:C, 4l5c:D, 4l5c:E, 4l5c:F, 4l6i:A, 4l6i:B, 4l6i:D, 4l6i:E
25 4glj:A 287 239 0.2100 0.2056 0.2469 1.86e-06
26 4xcb:A 260 78 0.0925 0.1000 0.3333 0.54 4xca:A, 4xca:B, 4xca:C, 4xca:D, 4xcb:B, 4xcb:C, 4xcb:D, 4zpi:A, 4zpi:B, 4zpi:C, 4zpi:D
27 7bxq:A 399 58 0.0641 0.0451 0.3103 1.4 7bxq:B, 7bxr:A, 7bxr:B, 7bxs:A, 7bxs:B
28 6z8h:A 351 65 0.0712 0.0570 0.3077 1.7 6z8g:B, 6z8g:A, 6z8h:B
29 8djq:B 390 43 0.0498 0.0359 0.3256 1.8 8dj6:A, 8dj6:B, 8dj6:C, 8dj6:D, 8djq:A, 8djq:C, 8djq:D, 8dk9:A, 8dk9:B, 8dk9:C, 8dk9:D
30 3qpb:C 254 139 0.1068 0.1181 0.2158 1.9 3qpb:A, 3qpb:B, 3qpb:D, 3qpb:E, 3qpb:F, 3qpb:G, 3qpb:H, 3qpb:I, 3qpb:J, 3qpb:K, 3qpb:L, 3qpb:M, 3qpb:N, 3qpb:O, 3qpb:P, 3qpb:Q, 3qpb:R
31 4r2w:D 251 37 0.0427 0.0478 0.3243 2.4 7q2w:FFF, 4r2w:A, 4r2w:B, 4r2w:C, 4r2w:E, 4r2w:F, 4r2x:C, 4r2x:D, 4r2x:E, 4r2x:F, 4r2x:A, 4r2x:B, 4yjk:D, 4yjk:F, 4yjk:A
32 7dco:L 435 143 0.1139 0.0736 0.2238 2.4
33 3jsk:A 292 89 0.0925 0.0890 0.2921 2.9 3jsk:B, 3jsk:C, 3jsk:D, 3jsk:E, 3jsk:F, 3jsk:G, 3jsk:H, 3jsk:I, 3jsk:J, 3jsk:K, 3jsk:L, 3jsk:M, 3jsk:N, 3jsk:O, 3jsk:P
34 6ayo:A 229 25 0.0356 0.0437 0.4000 4.2 6ayo:B, 6ayq:A, 6ayq:B, 6ayr:A, 6ayr:B, 6ayr:C, 6ayr:D, 6ays:A, 6ays:B, 6ays:C, 6ays:G, 6ays:D, 6ays:H, 6ays:E, 6ays:F, 6ayt:A, 6ayt:B, 6ayt:C, 6ayt:D
35 4ac9:C 471 29 0.0498 0.0297 0.4828 4.5 4ac9:A, 4ac9:B, 4aca:B, 4aca:C, 4acb:A, 4acb:B, 4acb:C
36 1xag:A 353 32 0.0463 0.0368 0.4062 4.8 1xah:A, 1xah:B, 1xai:A, 1xai:B, 1xaj:A, 1xaj:B, 1xal:A, 1xal:B
37 8r6y:A 1991 76 0.0783 0.0110 0.2895 7.5 8as7:A, 8r6w:A, 6xya:B
38 8asd:A 1826 76 0.0783 0.0120 0.2895 7.7
39 7alp:U 1935 76 0.0783 0.0114 0.2895 7.9
40 8asb:A 1715 76 0.0783 0.0128 0.2895 8.1 8as6:A, 8asg:A, 8r6u:A
41 6rjm:B 456 74 0.0676 0.0417 0.2568 9.3 6rjm:A, 6rjo:A, 6rjo:B, 6rk2:A, 6rk2:B
42 2bej:A 245 25 0.0391 0.0449 0.4400 10.0 2bek:A, 2bek:B, 2bek:C, 2bek:D

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218