Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GYTLWNDQIVKDEEVKIDKEDRGYQFGDGVYEVVKVYNGEMFTVNEHIDRLYASAEKIRITIPYTKDKFHQLLHELVEKN
ELNTGHIYFQVTRGTSPRAHQFPENTVKPVIIGYTKENPRPLENLEKGVKATFVEDIRWLRCDIKSLNLLGAVLAKQEAH
EKGCYEAILHRNNTVTEGSSSNVFGIKDGILYTHPANNMIAKGITRDVVIACANEINMPVKEIPFTTHEALKMDELFVTS
TTSEITPVIEIDGKLIRDGKVGEWTRKLQKQFETKIPKPL

The query sequence (length=280) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1a0g:B 282 280 1.0000 0.9929 1.0000 0.0 1a0g:A, 1daa:A, 1daa:B, 2daa:A, 2daa:B, 2dab:A, 2dab:B, 3daa:A, 3daa:B, 4daa:A, 4daa:B, 5daa:A, 5daa:B, 1g2w:A, 1g2w:B, 3lqs:A, 3lqs:B
2 5mr0:D 290 277 0.4143 0.4000 0.4188 2.54e-58 5mr0:A, 5mr0:B, 5mr0:C, 5mr0:E, 5mr0:F
3 5e25:A 290 277 0.3857 0.3724 0.3899 1.12e-52 5cm0:A, 5cm0:B, 5cm0:C, 5e25:B, 5e25:C
4 1i1l:A 304 285 0.2857 0.2632 0.2807 6.36e-33 1a3g:A, 1a3g:B, 1a3g:C, 1i1k:A, 1i1k:B, 1i1k:C, 1i1l:B, 1i1l:C, 1i1m:A, 1i1m:B, 1i1m:C, 1iyd:A, 1iyd:B, 1iyd:C, 1iye:A, 1iye:B, 1iye:C
5 7p3t:B 299 268 0.2857 0.2676 0.2985 8.09e-33 7p3t:A, 7p3t:C, 7p3t:D, 7p3t:E, 7p3t:F
6 6thq:B 301 285 0.3071 0.2857 0.3018 8.57e-31 5ce8:A, 5ce8:B, 5ce8:C, 6thq:A, 6thq:C
7 7z79:B 306 278 0.2893 0.2647 0.2914 1.61e-30 7z79:A, 7z79:C, 7z79:D, 7z79:E, 7z79:F
8 7dbe:B 332 283 0.2929 0.2470 0.2898 4.17e-29 7dbe:A, 7dbe:C, 7dbe:D, 7wud:B, 7wud:A, 7wud:C, 7wud:D
9 6snl:D 320 269 0.2786 0.2437 0.2900 1.64e-28 6snl:A, 6snl:B, 6snl:C, 6snl:E, 6snl:F
10 3wwh:A 329 273 0.2857 0.2432 0.2930 1.90e-28 5fr9:A, 5fr9:B, 5fr9:C, 5fr9:D, 5fr9:E, 5fr9:F, 5fr9:G, 5fr9:H, 5fr9:I, 5fr9:J, 5fr9:K, 5fr9:L, 3wwi:A, 3wwi:B, 3wwi:C, 3wwi:D, 3wwi:E, 3wwi:F, 3wwi:G, 3wwi:H, 3wwi:I, 3wwi:J, 3wwi:K, 3wwi:L, 3wwj:A, 3wwj:B, 3wwj:C, 3wwj:D, 3wwj:E, 3wwj:F, 3wwj:G, 3wwj:H, 3wwj:I, 3wwj:J, 3wwj:K, 3wwj:L
11 4ce5:A 325 282 0.2714 0.2338 0.2695 6.17e-28 4ce5:B, 8x1f:A, 8x1f:B, 7xg5:A, 7xg5:B, 8xiy:A, 8xiy:B
12 6xwb:A 319 275 0.2786 0.2445 0.2836 5.59e-27 6xwb:B
13 2ej0:B 305 284 0.2786 0.2557 0.2746 6.49e-27 2eiy:A, 2eiy:B, 2eiy:C, 2ej0:A, 2ej0:C, 2ej0:D, 2ej0:E, 2ej0:F, 2ej2:A, 2ej2:B, 2ej2:C, 2ej2:D, 2ej2:E, 2ej2:F, 2ej3:A, 2ej3:B, 2ej3:C, 1wrv:A, 1wrv:B, 1wrv:C
14 4chi:A 320 277 0.2750 0.2406 0.2780 2.09e-26 4chi:B, 4uug:A, 4uug:B
15 4whx:A 306 282 0.2929 0.2680 0.2908 4.34e-26 4whx:C, 4whx:D, 4whx:E
16 6fte:B 321 285 0.2821 0.2461 0.2772 7.81e-26
17 4cmd:A 322 278 0.2821 0.2453 0.2842 2.27e-25 4cmd:B, 4cmf:A
18 8ivp:B 322 285 0.2821 0.2453 0.2772 3.35e-24 8ivp:A, 8ivp:C, 8ivp:D
19 6xu3:C 322 270 0.2571 0.2236 0.2667 1.50e-23 6xu3:A, 6xu3:B, 6xu3:D
20 8onj:A 277 265 0.2679 0.2708 0.2830 3.42e-22 8ahr:A, 8ahr:B, 8aie:A, 8aie:B, 8ayj:A, 8ayj:B, 8ayk:A, 8ayk:B, 8onj:B, 8onl:A, 8onl:B, 8onm:A, 8onm:B, 8onn:A, 8onn:B, 8onn:C, 8onn:D
21 2y4r:A 270 267 0.2643 0.2741 0.2772 2.64e-18 2y4r:B
22 7nea:A 309 285 0.2964 0.2686 0.2912 2.69e-18 6gkr:A, 6gkr:B, 6gkr:C, 7neb:A, 6q8e:A
23 3csw:C 275 276 0.2679 0.2727 0.2717 3.50e-18 3csw:A
24 6h65:C 308 292 0.2679 0.2435 0.2568 1.61e-17 6h65:A, 6h65:B, 6h65:D, 6h65:E, 6h65:F
25 8ahu:A 283 278 0.2536 0.2509 0.2554 1.51e-16 7p7x:A, 8raf:A, 8rai:A, 8yrt:A, 8yru:A, 8yrv:A
26 9j0u:A 286 264 0.2607 0.2552 0.2765 1.45e-13 9j0v:A
27 1i2k:A 269 245 0.2143 0.2230 0.2449 1.74e-13 1et0:A, 1i2l:A
28 8pnw:A 278 277 0.2357 0.2374 0.2383 3.23e-12 8pnx:A, 8pny:A
29 6q1r:B 284 222 0.1857 0.1831 0.2342 1.19e-05 6q1r:A, 6q1r:C, 6q1r:D, 6q1s:A, 6q1s:B, 6q1s:C, 6q1s:D
30 5k3w:A 298 247 0.2000 0.1879 0.2267 2.38e-05 5k3w:B
31 4ds4:D 561 90 0.0857 0.0428 0.2667 0.55 4ds5:D, 4dse:A, 4dsf:A, 4ez6:A, 4f8r:D, 3px0:A, 3px4:A
32 4dqq:D 584 90 0.0857 0.0411 0.2667 0.57 4b9l:A, 4b9m:A, 4b9n:A, 4b9s:A, 4b9t:A, 4b9u:A, 4b9v:A, 2bdp:A, 3bdp:A, 4bdp:A, 4dqi:A, 4dqi:D, 4dqp:A, 4dqp:D, 4dqq:A, 4dqr:A, 4dqr:D, 4dqs:A, 4ds4:A, 4ds5:A, 4dse:D, 4dsf:D, 4dsi:A, 4dsj:A, 4dsj:B, 4dsk:A, 4dsl:A, 6dsu:A, 6dsv:A, 6dsw:A, 6dsx:A, 6dsy:A, 4dwi:A, 4e0d:A, 3eyz:A, 3ez5:A, 3ez5:D, 4ez6:D, 4ez9:A, 4ez9:D, 4f2r:A, 4f2r:D, 4f2s:A, 4f2s:D, 4f3o:A, 4f3o:D, 4f4k:A, 4f4k:D, 4f8r:A, 2hhq:A, 2hhs:A, 2hht:A, 2hhu:A, 2hhv:A, 2hhw:D, 2hhw:A, 2hhx:A, 3hp6:A, 3hp6:D, 3hpo:A, 3ht3:A, 3ht3:D, 2hvh:A, 2hvh:D, 2hvi:A, 2hvi:D, 2hw3:A, 7k5o:A, 7k5p:A, 7k5q:A, 7k5r:A, 7k5s:A, 7k5t:A, 7k5u:A, 1l3s:A, 1l3t:A, 1l3u:A, 1l3v:A, 1l5u:A, 1lv5:A, 1lv5:B, 6mu4:A, 6mu5:A, 1njw:A, 1njx:A, 1njy:A, 1njz:A, 1nk0:A, 1nk4:A, 1nk5:A, 1nk6:A, 1nk7:A, 1nk8:A, 1nk9:A, 1nkb:A, 1nkc:A, 1nke:A, 4o0i:A, 6p5c:A, 3pv8:A, 3pv8:D, 3px0:D, 3px4:D, 3px6:A, 3px6:D, 8scg:A, 8scg:D, 8sci:A, 8sci:D, 8scj:A, 8scj:D, 8sck:A, 8sck:D, 8scl:A, 8scl:D, 8scm:A, 8scm:D, 8scn:A, 8scn:D, 8sco:A, 8sco:D, 8scp:A, 8scp:D, 8scq:A, 8scq:D, 8scr:A, 8scr:D, 8scs:A, 8scs:D, 8sct:A, 8sct:D, 8scu:A, 8scu:D, 3tan:A, 3tap:A, 3taq:A, 3tar:A, 3thv:A, 3thv:D, 3ti0:A, 3ti0:D, 1u45:A, 1u47:A, 1u48:A, 1u49:A, 1u4b:A, 1ua0:A, 1ua1:A, 6ueu:A, 6ueu:D, 4uqg:A, 6ur2:A, 6ur4:A, 6ur9:A, 6ur9:D, 6us5:A, 6us5:D, 1xc9:A, 2xo7:A, 2xy5:A, 2xy6:A, 2xy7:A, 2y1i:A, 2y1j:A, 4yfu:A, 4yfu:D
33 8jb1:A 468 202 0.1750 0.1047 0.2426 1.4 8jb1:B
34 3bow:A 680 126 0.1286 0.0529 0.2857 1.6 3df0:A, 1mdw:A, 1mdw:B
35 8roa:A 339 71 0.0786 0.0649 0.3099 2.4
36 8roa:C 364 71 0.0786 0.0604 0.3099 2.7 8p0a:A, 8pq5:A, 8rob:A, 8roe:A, 8rof:A, 8rog:A
37 7w1m:A 399 71 0.0786 0.0551 0.3099 3.2 6wge:A
38 4jz7:A 285 46 0.0571 0.0561 0.3478 3.4 4jz7:B
39 6jif:B 334 104 0.1036 0.0868 0.2788 3.5 6jif:A
40 6wg3:A 561 71 0.0786 0.0392 0.3099 3.6 6wg6:A, 6wg6:C
41 1bw9:A 350 65 0.0607 0.0486 0.2615 5.6 1bw9:B, 1bxg:A, 1bxg:B, 1c1d:A, 1c1d:B, 1c1x:A, 1c1x:B
42 2nqa:B 318 91 0.0821 0.0723 0.2527 6.1 2nqa:A
43 8oo0:Se 44 26 0.0464 0.2955 0.5000 9.9 7olc:Se, 7old:Se, 7z3n:Se, 7z3o:Se

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218