Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GVTKTTTQQGTGPSPQVGQTVVIEYTGFLKDTSKPDNKGAQFDSSVGRGDFETAIGVQRVIKGWDEGVVSMKVGEKATLD
ITADYGYGARGFPGAIPPNSDLIFDVYLKGIK

The query sequence (length=112) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8z38:B 113 112 1.0000 0.9912 1.0000 1.29e-77 8z38:A
2 5b8i:C 119 114 0.5357 0.5042 0.5263 1.66e-35
3 7u0s:A 124 114 0.5893 0.5323 0.5789 1.17e-32 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
4 5hua:A 113 95 0.4643 0.4602 0.5474 8.72e-27 1yat:A
5 8xi9:A 201 110 0.4732 0.2637 0.4818 3.05e-26 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
6 6tz8:C 111 110 0.4911 0.4955 0.5000 4.42e-25 6tz8:F
7 6vrx:A 108 110 0.4821 0.5000 0.4909 6.43e-25 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
8 1c9h:A 107 114 0.4643 0.4860 0.4561 1.88e-24 5hkg:A
9 8p3c:B 126 101 0.4464 0.3968 0.4950 2.72e-22
10 6mke:A 117 110 0.4107 0.3932 0.4182 1.54e-20 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
11 4giv:A 192 101 0.4375 0.2552 0.4851 1.59e-20 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
12 4lax:A 237 110 0.4107 0.1941 0.4182 2.20e-20 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
13 4lax:A 237 115 0.2589 0.1224 0.2522 6.85e-04 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
14 7f2j:A 117 91 0.3750 0.3590 0.4615 2.94e-19 7f2j:B, 6j2m:A
15 3pa7:A 124 112 0.3929 0.3548 0.3929 2.04e-16 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
16 4nnr:A 102 96 0.3482 0.3824 0.4062 5.97e-16 4nnr:B
17 5d75:A 120 116 0.3750 0.3500 0.3621 7.30e-16 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
18 5hw8:B 122 107 0.3750 0.3443 0.3925 1.99e-14 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
19 4qt3:A 125 112 0.3839 0.3440 0.3839 3.93e-14 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
20 1q6i:A 210 112 0.3929 0.2095 0.3929 5.65e-13 1q6i:B
21 5njx:A 413 114 0.3750 0.1017 0.3684 6.44e-13 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
22 5njx:A 413 120 0.3304 0.0896 0.3083 2.23e-04 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
23 8bk4:A 163 99 0.3571 0.2454 0.4040 3.48e-12 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
24 4msp:A 189 98 0.3036 0.1799 0.3469 1.57e-10 4msp:B
25 8bjd:A 208 112 0.3393 0.1827 0.3393 1.15e-09 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
26 5mgx:G 266 50 0.1786 0.0752 0.4000 2.42e-04 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
27 1qz2:A 285 115 0.2589 0.1018 0.2522 3.37e-04 1qz2:B
28 7d80:5 432 46 0.1518 0.0394 0.3696 0.015 7d6z:h, 1w2b:5
29 4odq:A 106 65 0.1518 0.1604 0.2615 0.33 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
30 5a5b:R 400 36 0.1161 0.0325 0.3611 1.2 4cr2:R, 4cr3:R, 4cr4:R, 6j2c:R, 6j2n:R, 6j2q:R, 6j2x:R, 6j30:R, 5wvi:R, 5wvk:R
31 5mjs:E 434 39 0.1161 0.0300 0.3333 8.8 5mjs:F, 5mjs:G, 5mjs:H, 6s8m:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218