Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GVPTYGAIILDETLENVLLVQGYLAKSGWGFPKGKVNKEEAPHDCAAREVFEETGFDIKDYICKDDYIELRINDQLARLY
IIPGIPKDTKFNPKTRREIRNIEWFSIEKLPCHRNDMTPKSKLGLAPNKFFMAIPFIRPLRDWLSRRFG

The query sequence (length=149) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5qoh:A 149 149 1.0000 1.0000 1.0000 5.05e-110 5qoi:A, 5qoj:A, 5qok:A, 5qom:A, 5qon:A, 5qoo:A, 5qop:A, 5qoq:A, 5qor:A, 5qos:A, 5qot:A, 5qou:A, 5qov:A, 5qow:A, 5qox:A, 5qoy:A, 5qoz:A, 5qp0:A, 5qp1:A, 5qp2:A, 5qp3:A, 5qp4:A, 5qp5:A, 5qp6:A, 5qp7:A, 5qp8:A, 5qp9:A, 5qpa:A, 5qpb:A
2 2qkm:B 266 146 0.4698 0.2632 0.4795 1.29e-45 5j3t:B, 5kq4:E, 5kq4:B, 5n2v:B, 5n2v:E, 2qkm:F
3 6y3z:A 243 147 0.3490 0.2140 0.3537 4.76e-24
4 6am0:A 260 139 0.3221 0.1846 0.3453 1.55e-23 6am0:E, 5lop:A
5 2b06:A 150 53 0.1544 0.1533 0.4340 1.62e-06
6 4mpo:B 148 109 0.2013 0.2027 0.2752 4.98e-06 4mpo:A, 4mpo:C, 4mpo:D, 4mpo:E, 4mpo:F, 4mpo:G, 4mpo:H
7 3i7v:A 134 64 0.1678 0.1866 0.3906 7.73e-05 3i7v:B
8 1su2:A 159 60 0.1611 0.1509 0.4000 2.11e-04 1su2:B, 1sz3:A, 1sz3:B
9 4s2v:A 139 58 0.1141 0.1223 0.2931 0.002
10 6ypf:A 129 44 0.1275 0.1473 0.4318 0.002
11 6vcr:A 161 58 0.1141 0.1056 0.2931 0.003 6d1v:B, 4s2x:A, 4s2y:A, 7sp3:A, 6vck:B, 6vcl:B, 6vcm:B, 6vcn:A, 6vco:A, 6vcp:A, 6vcq:A
12 6nci:B 197 87 0.1879 0.1421 0.3218 0.010 6nch:B
13 3r03:A 131 132 0.2483 0.2824 0.2803 0.021
14 7auo:A 149 51 0.1275 0.1275 0.3725 0.024 7auq:A, 7aur:A, 7auu:A
15 7auk:A 168 51 0.1275 0.1131 0.3725 0.024 7aui:A, 7auj:A, 7aul:A, 7aum:A, 7aun:A, 7aup:A, 7aus:A
16 5gp0:I 139 61 0.1208 0.1295 0.2951 0.025 6dbz:A, 6dbz:B, 6fl4:A, 6fl4:B, 5gp0:E, 5gp0:F, 5gp0:A, 5wwd:A, 5wwd:B
17 5c7t:A 182 49 0.1208 0.0989 0.3673 0.026 5c7t:B, 5c8l:A, 5c8l:B
18 7nnj:B 133 49 0.1275 0.1429 0.3878 0.037
19 2fvv:A 135 45 0.1275 0.1407 0.4222 0.042 8g9c:A, 8g9d:A, 6pck:A, 6pcl:A, 2q9p:A, 8t98:A, 8t99:A, 8tf9:A, 8tfa:A, 7tn4:A, 6wo7:A, 6wo8:A, 6wo9:A, 6woa:A, 6wob:A, 6woc:A, 6wod:A, 6woe:A, 6wof:A, 6wog:A, 6woh:A, 6woi:A
20 5gg6:B 295 28 0.0940 0.0475 0.5000 0.048 5gg6:A, 5gg7:A, 5gg7:B, 5gg8:A, 5gg9:A, 5gga:A, 5ggb:A, 5ggc:A, 5ggc:B, 5ggd:A, 5ggd:B, 6m65:A, 6m69:A, 6m6y:A, 6m72:A, 5xd1:A, 5xd2:A, 5xd3:A, 5xd4:A, 5xd5:B, 5xd5:A
21 5mzg:A 155 85 0.1544 0.1484 0.2706 0.048 6ehh:A, 6ehh:B, 6ehh:C, 6ehh:D, 5mze:A, 5mze:B, 5mze:C, 5mze:D, 5mzg:B
22 6ywe:6 273 57 0.1342 0.0733 0.3509 0.049 6yws:6, 6ywv:6, 6ywx:6, 6ywy:6
23 5zrk:A 129 86 0.1611 0.1860 0.2791 0.051 5zrg:A, 5zrh:A, 5zri:A, 5zrk:B, 5zrl:A, 5zrl:B, 5zro:A, 5zro:B
24 3ffu:A 133 91 0.1879 0.2105 0.3077 0.052 3ef5:A, 3ef5:B, 3ffu:B
25 4zbp:C 262 57 0.1342 0.0763 0.3509 0.056
26 1jkn:A 165 40 0.0940 0.0848 0.3500 0.10
27 4nfw:F 153 102 0.1812 0.1765 0.2647 0.11 4nfw:A, 4nfw:B, 4nfw:C, 4nfw:D, 4nfw:E, 4nfw:G, 4nfw:H, 4nfw:J, 4nfw:K, 3shd:A, 3shd:B, 3shd:C, 3shd:D, 3shd:E, 3shd:F, 3shd:G, 3shd:H, 3shd:I, 3shd:J, 3shd:K, 3shd:L
28 7dnu:A 247 27 0.0940 0.0567 0.5185 0.15
29 1vc8:A 126 83 0.1409 0.1667 0.2530 0.19 1vc8:B, 1vc9:A, 1vc9:B
30 1mqw:A 200 108 0.1745 0.1300 0.2407 0.23 1mk1:A, 1mqe:A, 1mr2:A
31 3hhj:B 131 31 0.0872 0.0992 0.4194 0.23 3hhj:A
32 2yvm:A 182 50 0.1208 0.0989 0.3600 0.28 2yvo:A, 2yvp:A
33 7syc:A 122 48 0.1141 0.1393 0.3542 0.39
34 1vhz:A 186 31 0.0872 0.0699 0.4194 0.60 1vhz:B
35 4jzt:A 158 33 0.1007 0.0949 0.4545 0.61 4jzu:A, 4jzv:A, 4jzv:B
36 1amu:A 509 59 0.1409 0.0413 0.3559 0.71 1amu:B
37 5otn:A 156 86 0.1477 0.1410 0.2558 0.93 5hzx:A, 5hzx:B
38 3bm4:A 197 53 0.1275 0.0964 0.3585 1.5 3ac9:A, 3ac9:B, 3aca:A, 3aca:B, 3bm4:B, 2dsc:A, 2dsc:B, 2dsd:A, 2dsd:B, 6gru:A, 6gru:B, 6gru:C, 6gru:D, 3l85:A, 3l85:B, 5nqr:A, 5nqr:B, 5nwh:A, 5nwh:B, 8ptt:A, 8ptt:B, 8ptt:C, 8ptt:D, 5qj4:A, 5qj4:B, 5qj4:C, 5qj4:D, 5qj5:A, 5qj5:B, 5qj5:C, 5qj5:D, 5qj6:A, 5qj6:B, 5qj6:C, 5qj6:D, 5qj7:A, 5qj7:B, 5qj7:C, 5qj7:D, 5qj8:A, 5qj8:B, 5qj8:C, 5qj9:A, 5qj9:B, 5qj9:C, 5qj9:D, 5qja:A, 5qja:B, 5qja:C, 5qja:D, 5qjb:A, 5qjb:B, 5qjb:C, 5qjb:D, 5qjc:A, 5qjc:B, 5qjc:C, 5qjc:D, 5qjd:A, 5qjd:B, 5qjd:C, 5qjd:D, 5qje:A, 5qje:B, 5qje:C, 5qje:D, 5qjf:A, 5qjf:B, 5qjf:C, 5qjf:D, 5qjg:A, 5qjg:B, 5qjg:C, 5qjg:D, 5qjh:A, 5qjh:B, 5qjh:C, 5qji:A, 5qji:B, 5qji:C, 5qji:D, 5qjj:A, 5qjj:B, 5qjj:C, 5qjj:D, 5qjk:A, 5qjk:B, 5qjk:C, 5qjk:D, 5qjl:A, 5qjl:B, 5qjl:C, 5qjl:D, 5qjm:A, 5qjm:B, 5qjm:C, 5qjm:D, 5qjn:A, 5qjn:B, 5qjn:C, 5qjo:A, 5qjo:B, 5qjo:C, 5qjo:D, 5qjp:A, 5qjp:B, 5qjp:C, 5qjp:D, 5qjq:A, 5qjq:B, 5qjq:C, 5qjq:D, 5qjr:A, 5qjr:B, 5qjr:C, 5qjr:D, 5qjs:A, 5qjs:B, 5qjs:C, 5qjs:D, 5qjt:A, 5qjt:B, 5qjt:C, 5qjt:D, 5qju:A, 5qju:B, 5qju:C, 5qju:D, 5qjv:A, 5qjv:B, 5qjv:C, 5qjv:D, 5qjw:A, 5qjw:B, 5qjw:C, 5qjw:D, 5qjx:A, 5qjx:B, 5qjx:C, 5qjx:D, 5qjy:A, 5qjy:B, 5qjy:C, 5qjy:D, 5qjz:A, 5qjz:B, 5qjz:C, 5qjz:D, 5qk0:A, 5qk0:B, 5qk0:C, 5qk0:D, 5qk1:A, 5qk1:B, 5qk1:C, 5qk1:D, 5qk2:A, 5qk2:B, 5qk2:C, 5qk2:D, 5qk3:A, 5qk3:B, 5qk3:C, 5qk3:D, 5qk4:A, 5qk4:B, 5qk4:C, 5qk4:D, 5qk5:A, 5qk5:B, 5qk5:C, 5qk5:D, 5qk6:A, 5qk6:B, 5qk6:C, 5qk6:D, 5qk7:A, 5qk7:B, 5qk7:C, 5qk7:D, 5qk8:A, 5qk8:B, 5qk8:C, 5qk8:D, 5qk9:A, 5qk9:B, 5qk9:C, 5qk9:D, 5qka:A, 5qka:B, 5qka:C, 5qka:D, 5qkb:A, 5qkb:B, 5qkb:C, 5qkb:D, 5qtl:A, 5qtl:B, 5qtl:C, 5qtl:D, 5qtm:A, 5qtm:B, 5qtm:C, 5qtm:D, 5qtn:A, 5qtn:B, 5qtn:C, 5qtn:D, 5qto:A, 5qto:B, 5qto:C, 5qto:D, 5qtp:A, 5qtp:B, 5qtp:C, 5qtp:D, 5qtq:A, 5qtq:B, 5qtq:C, 5qtq:D, 5qtr:A, 5qtr:B, 5qtr:C, 5qtr:D, 5qts:A, 5qts:B, 5qts:C, 5qts:D, 8rdz:A, 8rdz:C, 8rdz:B, 8rdz:D, 8riy:AAA, 8riy:BBB
39 2r5w:B 345 46 0.0940 0.0406 0.3043 1.7 2qjt:B, 2qjt:A, 2r5w:A
40 3cnl:A 233 37 0.0940 0.0601 0.3784 2.3 3cnn:A, 3cno:A
41 4o2i:A 260 36 0.0872 0.0500 0.3611 4.1 4o2i:B, 4q3j:A
42 1ppx:A 129 48 0.1074 0.1240 0.3333 4.1 3a6t:A, 3a6u:A, 3a6v:A, 3a6v:B, 1pun:A, 1puq:A, 1pus:A, 1tum:A, 7ww5:A, 7ww6:A, 7ww7:A, 7ww8:A, 7ww9:A, 7wwa:A, 7x9h:A, 7x9i:A, 7x9j:A, 7x9k:A, 7x9l:A, 7x9n:A, 7x9o:A
43 7lr6:A 424 33 0.0671 0.0236 0.3030 4.3 7lr6:B, 7lr6:C, 7lr6:D
44 6aa3:A 162 91 0.1611 0.1481 0.2637 6.2 8a07:A, 8a07:B, 8a0s:A, 8a0t:A, 8a0t:B, 8a34:A, 8a34:B, 8a3a:A, 6aa4:A, 6aa5:A, 5ans:A, 5ant:A, 5ant:B, 5ant:C, 5anu:A, 5anv:A, 5anw:A, 4c9w:A, 4c9x:A, 6eq2:A, 6eq3:A, 6eq4:A, 6eq5:A, 6eq6:A, 6eq7:A, 6f1x:A, 6f1x:B, 6f20:A, 6f20:B, 6f22:A, 6f22:B, 6f23:A, 6f23:B, 5fsi:A, 5fsk:A, 5fsl:A, 5fsm:A, 5fsn:A, 5fso:A, 5ghi:A, 5ghi:B, 5ghj:A, 5ghj:B, 5ghm:A, 5ghm:B, 5ghn:A, 5ghn:B, 5gho:B, 5ghq:A, 5ghq:B, 6gle:A, 6glg:A, 6glh:A, 6gli:A, 6glj:A, 6gll:A, 6gll:B, 6glm:A, 6gln:A, 6glp:A, 6glp:B, 6glq:A, 6glq:B, 6glr:A, 6glr:B, 6gls:A, 6gls:B, 6glu:A, 6glv:A, 8i18:A, 8i18:B, 8i19:A, 8i19:B, 8i1a:A, 8i1a:B, 8i1d:A, 8i1d:B, 8i1e:A, 8i1e:B, 8i1f:A, 8i1f:B, 8i1g:A, 8i1i:A, 8i1i:B, 8i1j:A, 8i1j:B, 8i8s:A, 8i8s:B, 8i8t:A, 8i8t:B, 6ijy:A, 6ijy:B, 6ili:A, 6ili:B, 6imz:A, 6jvg:A, 6jvg:B, 6jvh:A, 6jvh:B, 6jvi:A, 6jvi:B, 6jvj:A, 6jvj:B, 6jvk:A, 6jvl:A, 6jvm:A, 6jvn:A, 6jvn:B, 6jvo:A, 6jvo:B, 6jvp:A, 6jvp:B, 6jvq:A, 6jvq:B, 6jvr:A, 6jvs:A, 6jvt:A, 6jvt:B, 7n03:A, 4n1t:A, 4n1u:A, 4n1u:B, 7n13:A, 7n13:B, 5ngr:A, 5ngr:B, 5ngs:A, 5ngs:B, 5ngt:A, 5nhy:A, 5nhy:B, 5otm:A, 5otm:B, 6qvo:A, 6qvo:B, 6qvo:C, 6qvo:D, 6us2:A, 6us3:A, 6us4:A, 3whw:A, 3whw:B, 5ws7:A, 5ws7:B, 3zr0:A, 3zr0:B
45 1v8m:A 159 107 0.1611 0.1509 0.2243 7.7 1v8l:A, 1v8r:A, 1v8s:A, 1v8t:A, 1v8v:A, 1v8y:A, 3x0k:A, 3x0l:A, 3x0m:A, 3x0n:A, 3x0o:A, 3x0p:A, 3x0q:A, 3x0r:A
46 1k26:A 150 29 0.0738 0.0733 0.3793 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218