Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GTYRKRFNEKARSGHMAKLKELKRIRNKQFTRSKVSRLKKKRLDKFIEHQLKREERKTIIGKLQDYKVEVSRSDEIQKAR
IQLPVFGEEHKIMEAIHHNDVVIICGETGSGKTTQVPQFLYEAGFGAEDSPDYPGMVGITQPRRVAAVSMAERVANELGD
HGHKVGYQIRFDSTAKEDTKVKFMTDGVLLREMMHDFKLTKYSSIIIDEAHERNINTDILIGMLSRCVRLRAKLHKENPI
EHKKLKLIIMSATLRVSDFSENKTLFPIAPPVLQVDARQFPVSIHFNRRTAFNYTDEAFRKTCKIHQKLPPGAILVFLTG
QQEITHMVKRLRKEFPFKKNANDPLYVLPLYSLLPTKEQMRVFQKPPQGSRLCIVATNVAETSLTIPGVRYVVDSGRSKE
RKYNESNGVQSFEVGWVSKASANQRSGRAGRTGPGHCYRLYSSAVFEHDFEQFSKPEILRMPVESIVLQMKSMAIHNIIN
FPFPTPPDRVALSKAIQLLQYLGALDNKEMITEDGKKMSLFPLSPRFSKMLLVSDEKACLPYIVAIVSALSVGDPFINEF
ELGGMDPELKKELRSKFYKSRSQFSKLDKFSDVFRLLSVVSAMDYVPKEQKEIFMKKNFLRGKLMEEIVKLRKQLMYIIK
SNTSKENIAVVIRNEDLKSDIPSVIQIKLLKQMICAGFVDHVAVRAIPYIPVLATRTPNIEDCFVYIHPTSILNNLGEMP
PKYMLYYSLHLGGNNKTRMNTLCDIASTPLANIARKGLLLTYSKPLTGQGLKTVNLSPTERYCYVVPRFGSKIGWDLNPI
AVHQKKQKGQWTVIKFITRKGFQTITGEE

The query sequence (length=829) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6zqg:JD 829 829 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 7aju:JD 811 850 0.9337 0.9544 0.9106 0.0 6zqd:JD, 6zqe:JD, 6zqf:JD
3 6h57:A 795 801 0.9083 0.9472 0.9401 0.0
4 7d63:RZ 839 505 0.5742 0.5673 0.9426 0.0 7d4i:RZ, 7d5t:RZ, 7mqj:A
5 7d63:RZ 839 276 0.3293 0.3254 0.9891 0.0 7d4i:RZ, 7d5t:RZ, 7mqj:A
6 7mqa:NS 914 687 0.3993 0.3621 0.4818 0.0 6o16:A, 6o16:B
7 8cnt:A 620 676 0.3064 0.4097 0.3757 9.02e-131
8 6i3p:C 630 657 0.2955 0.3889 0.3729 6.09e-128 6i3p:A, 6i3p:B, 6i3p:D, 6qic:A, 6qic:B, 6qic:C, 6qic:D
9 8i0s:X 786 767 0.3185 0.3359 0.3442 1.31e-124 8i0t:X, 8i0u:X, 8i0v:X
10 8c6j:V 934 670 0.2907 0.2580 0.3597 5.26e-124 6hys:A, 6hys:B, 6hys:C, 6hys:D, 6hyt:A, 6hyt:B, 6hyt:C, 6hyt:D, 6hyu:A
11 7qtt:N 792 698 0.3004 0.3144 0.3567 2.12e-123 8ch6:N
12 6bk8:P 653 567 0.2630 0.3338 0.3845 1.32e-118 6exn:V, 5mq0:V
13 8ro1:DX 682 696 0.2992 0.3636 0.3563 1.77e-116
14 5d0u:A 705 695 0.2979 0.3504 0.3554 2.98e-116 5lta:A, 5ltj:A, 5ltk:A, 6qid:A, 6qie:A
15 6rm8:A 655 659 0.2835 0.3588 0.3566 3.46e-116 6fa5:A, 6faa:A, 6fac:A, 6rm9:A, 6rma:A, 6rmb:A, 6rmc:A, 6rmc:B, 6zm2:A
16 7b9v:Q 624 664 0.2967 0.3942 0.3705 9.62e-114
17 6sh6:A 681 693 0.2871 0.3495 0.3434 1.32e-111 8ejm:A, 8ro2:DX, 5xdr:A
18 3kx2:B 755 492 0.2485 0.2728 0.4187 3.24e-111 5i8q:A, 5i8q:B, 5jpt:A, 5jpt:B, 3kx2:A, 2xau:A, 2xau:B, 5y88:W
19 7dcp:x 670 483 0.2485 0.3075 0.4265 7.66e-111 7dco:x, 7dd3:x
20 5gm6:Y 598 483 0.2449 0.3395 0.4203 1.04e-107
21 6hyu:C 585 657 0.2762 0.3915 0.3486 2.82e-105
22 8po7:A 594 488 0.2280 0.3182 0.3873 6.78e-98
23 6zww:C 749 486 0.2256 0.2497 0.3848 1.35e-93 8po7:B, 8po8:A, 8po8:B, 6zww:A, 6zww:E, 6zww:G
24 5vhe:A 871 762 0.2762 0.2629 0.3005 6.50e-81 6up3:A, 6up4:A, 5vhc:D, 5vhd:D
25 8szq:A 861 572 0.2340 0.2253 0.3392 2.99e-73 3llm:A, 3llm:B, 8szp:A, 8szp:B, 8szr:A, 8szs:A
26 8pjb:A 962 520 0.2039 0.1757 0.3250 1.50e-64 8b9g:A, 8b9k:A, 8pjj:A
27 5aor:A 1009 535 0.2039 0.1675 0.3159 2.13e-62 5aor:B, 8b9i:A, 8b9j:A
28 6heg:A 783 452 0.1689 0.1788 0.3097 4.55e-49
29 5n9d:B 866 448 0.1677 0.1605 0.3103 7.72e-46 5n8r:A, 5n8r:B, 5n8s:A, 5n8s:B, 5n8u:A, 5n8u:B, 5n8z:A, 5n8z:B, 5n90:A, 5n90:B, 5n94:A, 5n94:B, 5n96:A, 5n96:B, 5n98:A, 5n98:B, 5n9a:A, 5n9a:B, 5n9d:A, 5n9e:A, 5n9e:B, 5n9f:A, 5n9f:B
30 5n9d:B 866 229 0.0965 0.0924 0.3493 4.94e-29 5n8r:A, 5n8r:B, 5n8s:A, 5n8s:B, 5n8u:A, 5n8u:B, 5n8z:A, 5n8z:B, 5n90:A, 5n90:B, 5n94:A, 5n94:B, 5n96:A, 5n96:B, 5n98:A, 5n98:B, 5n9a:A, 5n9a:B, 5n9d:A, 5n9e:A, 5n9e:B, 5n9f:A, 5n9f:B
31 6l5n:A 377 128 0.0434 0.0955 0.2812 0.021 6l5m:A, 6l5m:B, 6l5m:C, 6l5m:D, 6l5m:E, 6l5n:B, 6l5o:A
32 8as8:A 597 124 0.0434 0.0603 0.2903 0.14 8as8:B, 8bfn:A, 8bfn:B, 8bfn:F, 8bfn:G
33 8q72:A 750 124 0.0434 0.0480 0.2903 0.18 8q72:B, 8q72:F, 8q72:G
34 5elx:A 391 361 0.0941 0.1995 0.2161 0.29 3peu:A, 3pev:A, 3pew:A, 3pey:A, 3rrm:A, 3rrn:A
35 2vso:A 366 200 0.0446 0.1011 0.1850 1.5 1fuk:A, 2vso:B, 2vsx:A, 2vsx:B
36 6a6d:A 163 139 0.0410 0.2086 0.2446 2.0 6a75:A, 6a7d:A, 8i8p:A, 6j3m:A, 6jnh:A, 6jog:A, 6kkw:A, 5yh7:A, 5yrr:A, 5zzc:A
37 8buu:9 573 136 0.0434 0.0628 0.2647 2.1
38 3c7k:C 311 83 0.0302 0.0804 0.3012 2.4 3c7k:A
39 8wbx:B 467 39 0.0181 0.0321 0.3846 3.7
40 8smc:C 1084 33 0.0157 0.0120 0.3939 4.4
41 8arp:C 445 121 0.0338 0.0629 0.2314 5.1 8arp:A, 8arp:B, 8arp:D, 8arp:E, 8arp:F
42 6ui4:A 692 123 0.0386 0.0462 0.2602 5.2
43 7v4r:A 437 330 0.0881 0.1670 0.2212 5.4
44 3efv:A 459 45 0.0193 0.0349 0.3556 5.4 3efv:B, 3efv:C, 3efv:D
45 6oqo:A 269 93 0.0314 0.0967 0.2796 5.7 4aua:A, 4ez5:A, 8i0m:A, 5l2i:A, 5l2s:A, 5l2t:A, 3nup:A, 3nux:A, 6oql:A, 4tth:B
46 4aio:A 883 93 0.0302 0.0283 0.2688 6.3 4cvw:A, 4cvw:B, 4j3s:A, 4j3t:A, 4j3u:A, 4j3u:B, 4j3v:A, 4j3w:A, 4j3x:A, 2y4s:A, 2y5e:A
47 3wqb:A 597 179 0.0410 0.0570 0.1899 7.8 3hjr:A
48 4m7t:A 246 172 0.0446 0.1504 0.2151 8.2
49 5jrz:A 443 109 0.0422 0.0790 0.3211 9.7 6adx:A, 6ady:A, 7g9k:A, 7g9l:A, 7g9m:A, 7g9o:A, 7g9p:A, 7g9q:A, 7g9r:A, 7g9s:A, 7g9t:A, 7g9u:A, 7g9v:A, 7g9w:A, 7g9x:A, 7g9y:A, 7ga0:A, 7ga1:A, 7ga2:A, 7ga3:A, 7ga5:A, 7ga6:A, 7ga7:A, 5gjb:A, 5gjc:A, 5k8i:A, 5k8l:A, 5k8t:A, 5k8u:A, 5mfx:A, 5rhg:A, 5rhi:A, 5rhj:A, 5rhk:A, 5rhl:A, 5rhm:A, 5rho:A, 5rhp:A, 5rhq:A, 5rhr:A, 5rhs:A, 5rht:A, 5rhu:A, 5rhv:A, 5rhw:A, 5rhx:A, 6rwz:A, 6s0j:A, 8um3:A, 7v2z:A, 8v7r:A, 8v7u:A, 5y4z:A, 5y6m:A, 5y6n:A
50 6bge:A 323 19 0.0133 0.0341 0.5789 9.8 6bge:B, 1g6o:A, 1g6o:B, 1nly:A, 1nly:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218