Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GTLNLPAAAPLSIASGRLNQTILETGSQFGGVARWGQESHEFGMRRLAGTALDGAMRDWFTNECESLGCKVKVDKIGNMF
AVYPGKNGGKPTATGSHLDTQPEAGKYDGILGVLAGLEVLRTFKDNNYVPNYDVCVVVWFNEEGARFARSCTGSSVWSHD
LSLEEAYGLMSVGEDKPESVYDSLKNIGYIGDTPASYKENEIDAHFELHIEQGPILEDENKAIGIVTGVQAYNWQKVTVH
GVGAHAGTTPWRLRKDALLMSSKMIVAASEIAQRHNGLFTCGIIDAKPYSVNIIPGEVSFTLDFRHPSDDVLATMLKEAA
AEFDRLIKINDGGALSYESETLQVSPAVNFHEVCIECVSRSAFAQFKKDQVRQIWSGAGHDSCQTAPHVPTSMIFIPSKD
GLSHNYYEYSSPEEIENGFKVLLQAIINYDNYRVIRGH

The query sequence (length=438) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1r3n:A 438 438 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1r3n:B, 1r3n:C, 1r3n:D, 1r3n:E, 1r3n:F, 1r3n:G, 1r3n:H, 1r43:A, 1r43:B, 2v8d:A, 2v8d:B, 2v8g:A, 2v8g:B, 2v8g:C, 2v8g:D, 2v8h:A, 2v8h:B, 2v8h:C, 2v8h:D, 2v8v:A, 2v8v:B, 2v8v:C, 2v8v:D, 2vl1:A, 2vl1:B, 2vl1:C, 2vl1:D
2 4wjb:A 409 389 0.3721 0.3985 0.4190 4.31e-86 4wjb:B, 4wjb:C, 4wjb:D
3 5i4m:A 414 389 0.3767 0.3986 0.4242 1.43e-84 5i4m:B, 5thw:A, 5thw:B, 5thw:C, 5thw:D
4 5tp4:B 409 391 0.3562 0.3814 0.3990 2.22e-78 5tp4:A
5 8c46:A 409 389 0.3470 0.3716 0.3907 2.96e-73 8c46:B
6 8apz:A 412 388 0.3356 0.3568 0.3789 1.95e-68 8apz:B, 8aq0:A, 8aq0:B
7 3n5f:A 406 393 0.3059 0.3300 0.3410 1.03e-54 3n5f:B
8 4pxb:A 423 393 0.2877 0.2979 0.3206 9.33e-44 4pxb:B, 4pxc:A, 4pxc:B, 4pxe:A, 4pxe:B
9 4pxd:A 411 388 0.2580 0.2749 0.2912 5.20e-43 4pxd:B, 1z2l:A, 1z2l:B
10 6c0d:A 404 367 0.2374 0.2574 0.2834 8.72e-31
11 3ddj:A 279 39 0.0365 0.0573 0.4103 0.093
12 7nyd:E 484 109 0.0571 0.0517 0.2294 0.40 7nyc:E
13 1sp8:D 393 91 0.0548 0.0611 0.2637 0.78 1sp8:A, 1sp8:B, 1sp8:C, 7x7l:A, 7x7l:B, 7x7l:C, 7x7l:D
14 1amp:A 291 50 0.0388 0.0584 0.3400 0.86 2anp:A, 3b35:A, 3b3c:A, 3b3s:A, 3b3t:A, 3b3v:A, 3b3w:A, 3b7i:A, 1cp6:A, 2dea:A, 3fh4:A, 1ft7:A, 1igb:A, 2iq6:A, 1lok:A, 2nyq:A, 2prq:A, 1rtq:A, 1txr:A, 3vh9:A, 1xry:A
15 1p77:A 265 121 0.0753 0.1245 0.2727 0.96
16 8dgd:A 167 155 0.0845 0.2216 0.2387 1.4
17 2fts:A 419 41 0.0320 0.0334 0.3415 2.0 5err:A, 5ers:A, 5ert:A, 5eru:A, 5erv:A, 6fgc:A, 6fgd:A, 6hsn:A, 6hso:A, 4pd1:A, 1t3e:B, 4tk1:A, 4tk1:B, 4tk2:B, 4tk2:A, 4tk3:B, 4tk3:A, 4tk4:B, 4tk4:A, 4u90:A, 4u91:A
18 7t1q:A 377 60 0.0479 0.0557 0.3500 2.6 8f8o:A, 8f8o:B, 7t1q:B
19 8hi5:A 647 66 0.0388 0.0263 0.2576 3.0
20 7xql:A 444 79 0.0525 0.0518 0.2911 3.1
21 1biy:A 689 51 0.0365 0.0232 0.3137 3.5 2alu:A, 2ays:A, 2b65:A, 1blf:A, 1ce2:A, 3cfl:A, 3ci8:A, 3crb:A, 5cry:A, 5cry:B, 4dig:A, 2doj:A, 2dp8:A, 2dqv:A, 2ds9:A, 2dsf:A, 2dvc:A, 2dwa:A, 2dwh:A, 2dwi:A, 2dwj:A, 2dxr:A, 2dxy:A, 4dxu:A, 2dyx:A, 2e0s:A, 2e1s:A, 3e9x:A, 7enu:A, 7enu:B, 7equ:A, 7equ:B, 7ev0:A, 7ev0:P, 7evq:A, 7evq:B, 2fa7:A, 7fdw:A, 7fdw:B, 4fim:A, 4fjp:A, 4for:A, 4g2z:A, 4g77:A, 4g8h:A, 2g93:A, 4grk:A, 2h4i:A, 5hbc:A, 5hbc:B, 2hca:A, 3iaz:A, 3ib0:A, 3ib1:A, 3ib2:A, 1jw1:A, 3k0v:A, 3kj7:A, 3mjn:A, 4n6p:A, 4ned:A, 1nkx:A, 2nuv:A, 2nwj:A, 2o1l:A, 2o51:A, 3o97:A, 2ocu:A, 2p1s:A, 2px1:A, 2q8j:A, 2qje:A, 2r71:A, 2r9j:A, 3rgy:A, 1sdx:A, 3sdf:A, 3taj:A, 3tod:A, 3ttr:A, 3tus:A, 3u72:A, 3u8q:A, 3ugw:A, 3uk4:A, 3usd:A, 3v5a:A, 3vdf:A, 2zmb:A
22 5xbt:A 271 41 0.0342 0.0554 0.3659 3.6 5xbi:A, 5xbi:B, 5xbt:B, 5xql:A
23 1blx:A 305 67 0.0479 0.0689 0.3134 6.6 2euf:B, 2f2c:B, 1xo2:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218