Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GTENLYFQSMDTTSKLALILADADLPAALKAIALKVQNQERITFDEGVYLYENAELGYLGVLANYIREQKHGDNTYFNRN
FHIEPTNVCVYDCKFCSYSRLIGWEMSVDGMMEVLKKYDHEPVTEVHITGGVVPKQNLEFYSDFFRRAKAHRPELHIKAL
TPVEYYYIFKKAKLSHYDGMKYMQEAGLDSMPGGGAEIFHPEVREKIAHDKCNAEQWLDIHEQAHKLGMKTNATMLYGHI
EQFWHRVDHMERLRRQQDKTGGFQAFIPLKFRNQHNQMDHVPEVSVIEDLRNYAIARIYMDNFDHIKAYWAMISRQTAQL
SLNFGVDDIDGTLDDTTKIYSMPAMSTRDLVDLIKQVKRKPIERDTLYNVVTDYSQVTF

The query sequence (length=379) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6xig:B 383 384 0.9974 0.9869 0.9844 0.0 6xi9:A, 6xi9:B, 6xig:A
2 6mp4:E 137 34 0.0449 0.1241 0.5000 0.28 6drg:A, 7fy8:A, 7fy8:B, 7fy8:C, 7fy8:D, 7fy8:E, 7fy8:F, 7fy8:G, 7fy8:H, 7g00:A, 7g00:B, 7g00:C, 7g00:D, 7g00:E, 7g00:F, 7g00:G, 7g00:H, 7g00:I, 7g00:J, 7g00:K, 7g00:L, 7g00:M, 7g00:N, 7g00:O, 7g00:P, 2lkk:A, 6mp4:A, 6mp4:H, 3stk:A, 3stm:X
3 4hyf:A 227 22 0.0396 0.0661 0.6818 0.47 5aeh:A, 5aeh:B, 5aku:A, 5aku:B, 5akw:A, 5akw:B, 5al1:A, 5al1:B, 5al2:A, 5al2:B, 5al3:A, 5al3:B, 5al4:A, 5al4:B, 5al5:A, 5al5:B, 4avu:A, 4avu:B, 4avw:A, 4avw:B, 8b6m:A, 4bfp:A, 4bfp:B, 4bj9:A, 4bj9:B, 4bjb:A, 4bjc:A, 4bs4:A, 4bs4:B, 4bu3:A, 4bu3:B, 4bu5:A, 4bu5:B, 4bu6:A, 4bu6:B, 4bu7:A, 4bu7:C, 4bu8:A, 4bu8:C, 4bu9:A, 4bu9:B, 4bua:A, 4bua:C, 4bud:A, 4bud:C, 4bue:A, 4bue:B, 4buf:A, 4buf:B, 4bui:A, 4bui:C, 4bus:A, 4bus:B, 4but:A, 4but:B, 4buu:A, 4buu:B, 4buv:A, 4buv:C, 4buw:A, 4buw:B, 4bux:A, 4bux:C, 4buy:A, 4buy:B, 5c5p:B, 5c5q:B, 5c5r:B, 5dcz:A, 5fpf:A, 5fpf:B, 5fpg:A, 5fpg:B, 4hyf:B, 4hyf:C, 4iue:A, 4j1z:A, 4j1z:B, 4j21:A, 4j22:A, 4j22:B, 4j3l:A, 4j3m:A, 4j3m:B, 3kr7:A, 3kr8:A, 3kr8:C, 4m7b:A, 4m7b:C, 3mhj:A, 3mhj:B, 3mhk:A, 5nob:A, 5nut:A, 5nut:B, 5nwg:A, 7o6x:BBB, 7ojo:AAA, 7ojo:BBB, 5ows:A, 5ows:B, 5owt:A, 5owt:B, 3p0n:A, 3p0n:C, 3p0p:A, 3p0p:C, 3p0q:A, 3p0q:C, 4pml:A, 4pml:B, 4pml:C, 4pml:D, 4pnl:A, 4pnl:B, 4pnl:C, 4pnl:D, 4pnm:A, 4pnm:B, 4pnm:C, 4pnm:D, 4pnn:A, 4pnn:B, 4pnn:C, 4pnn:D, 4pnq:A, 4pnq:B, 4pnq:C, 4pnr:A, 4pnr:B, 4pnr:C, 4pnr:D, 4pns:A, 4pns:B, 4pns:C, 4pnt:A, 4pnt:B, 4pnt:C, 7pox:BBB, 7r3z:A, 6tg4:AAA, 4tju:A, 4tju:B, 4tju:C, 4tjw:A, 4tjw:B, 4tjw:C, 4tjy:A, 4tjy:B, 4tjy:C, 4tk0:A, 4tk0:B, 4tk0:C, 4tk5:A, 4tk5:B, 4tk5:C, 4tk5:D, 4tkf:A, 4tkf:B, 4tkf:C, 4tkg:A, 4tkg:B, 4tkg:C, 4tkg:D, 4tki:A, 4tki:B, 4tki:C, 4tki:D, 6tkm:AAA, 6tkm:BBB, 6tkn:AAA, 6tkn:BBB, 6tkp:AAA, 6tkq:AAA, 6tkr:AAA, 6tkr:BBB, 6tks:AAA, 6tks:BBB, 3u9h:A, 3u9h:B, 3u9y:A, 3ua9:A, 3ua9:B, 4ufu:A, 4ufu:B, 4ufy:A, 4ufy:B, 4uhg:A, 4uhg:B, 4uvl:A, 4uvl:C, 4uvn:A, 4uvn:B, 4uvo:A, 4uvo:B, 4uvs:A, 4uvs:C, 4uvt:A, 4uvt:C, 4uvu:A, 4uvu:B, 4uvv:A, 4uvv:B, 4uvw:A, 4uvw:B, 4uvx:A, 4uvx:B, 4uvy:A, 4uvy:B, 4uvz:A, 4uvz:C, 4ux4:A, 4ux4:B, 3w51:A, 3w51:B, 4w5i:A, 4w5i:B
4 4wcx:A 454 86 0.0686 0.0573 0.3023 1.0 4wcx:C
5 6efn:A 383 60 0.0422 0.0418 0.2667 1.6
6 4rtb:A 429 75 0.0449 0.0396 0.2267 2.6
7 5jm8:A 556 128 0.0923 0.0629 0.2734 4.1 5jm8:B, 5jm8:C, 5jm8:D, 5jm8:E, 5jm8:F, 5jm8:G, 5jm8:H
8 1jky:A 748 56 0.0422 0.0214 0.2857 6.9 5d1s:A, 5d1t:A, 5d1u:A, 4dv8:A, 1j7n:B, 4pkq:A, 4pkr:A, 4pks:A, 4pkt:A, 4pku:A, 4pkv:A, 1pwp:A, 1pwp:B, 1pwq:A, 1pwq:B, 1pwu:A, 1pwu:B, 1pwv:A, 1pwv:B, 1pww:B, 4wf6:A, 4xm6:A, 4xm7:A, 4xm8:A, 1yqy:A, 1zxv:B
9 7x0b:B 301 58 0.0422 0.0532 0.2759 7.0 7wzv:A, 7wzv:B, 7wzx:A, 7x0b:A
10 6vw8:C 152 119 0.0712 0.1776 0.2269 7.3 6vw7:A, 6vw7:C, 6vw8:A
11 1zxv:A 728 56 0.0422 0.0220 0.2857 7.5 1j7n:A, 4pkw:A, 1pww:A
12 2btp:A 248 50 0.0501 0.0766 0.3800 8.5 6bcr:A, 6bcr:B, 6bcr:E, 6bcr:F, 6bcy:A, 6bcy:B, 6bcy:E, 6bcy:F, 6bd1:A, 6bd1:B, 6bd1:E, 6bd1:F, 6bd2:A, 6bd2:B, 6bqt:A, 6bqt:B, 6bqt:D, 6bqt:E, 6bqt:G, 6bqt:H, 6bqt:J, 6bqt:K, 2btp:B, 6kzg:A, 6kzg:B, 6kzh:A, 6kzh:B
13 4ebu:A 306 30 0.0422 0.0523 0.5333 9.0 4eum:A, 4eum:B
14 6qh4:C 138 116 0.0871 0.2391 0.2845 9.3 6qh4:A, 6qh4:B, 6qh4:D, 3rmu:A, 3rmu:B, 3rmu:C, 3rmu:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218