Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSSISNLSMQTHAARMRTFMYWPSSVPVQPEQLASAGFYYVGRNDDVKCFCCDGGLRCWESGDDPWVEHAKWFPRCEFLI
RMKGQEFVDEIQGRY

The query sequence (length=95) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kmn:A 103 95 0.9789 0.9029 0.9789 2.88e-69 7trl:A
2 3t6p:A 330 88 0.9158 0.2636 0.9886 1.96e-68 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
3 2uvl:B 95 91 0.7684 0.7684 0.8022 1.13e-55 2uvl:A
4 2i3h:B 95 84 0.4632 0.4632 0.5238 1.82e-31 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
5 3f7g:B 101 84 0.4632 0.4356 0.5238 3.39e-31 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
6 1f9x:A 117 87 0.4632 0.3761 0.5057 2.01e-26 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
7 1xb0:F 103 87 0.4421 0.4078 0.4828 5.01e-26 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
8 1jd5:A 105 83 0.4000 0.3619 0.4578 6.37e-26 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
9 8fvu:A 1361 85 0.4211 0.0294 0.4706 2.00e-23 2vm5:A
10 8fvu:A 1361 69 0.3263 0.0228 0.4493 4.91e-16 2vm5:A
11 8fvu:A 1361 75 0.2526 0.0176 0.3200 1.24e-09 2vm5:A
12 5yud:A 1238 74 0.4000 0.0307 0.5135 5.07e-23
13 5yud:A 1238 74 0.2842 0.0218 0.3649 8.05e-10
14 7rav:A 773 74 0.4000 0.0492 0.5135 1.92e-22
15 7rav:A 773 60 0.2947 0.0362 0.4667 3.48e-14
16 7rav:A 773 74 0.2842 0.0349 0.3649 1.61e-09
17 1c9q:A 117 75 0.3579 0.2906 0.4533 3.33e-21 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
18 3m0d:D 75 65 0.3474 0.4400 0.5077 2.78e-19 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
19 3m1d:A 78 65 0.3368 0.4103 0.4923 1.00e-18 3m1d:B
20 7qgj:A 79 78 0.3684 0.4430 0.4487 4.25e-18 7qgj:B
21 8atu:A 2837 84 0.3368 0.0113 0.3810 4.67e-14 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
22 8auw:A 2900 84 0.3368 0.0110 0.3810 4.67e-14
23 2pop:D 80 65 0.2842 0.3375 0.4154 4.78e-14 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
24 3sip:F 108 73 0.2842 0.2500 0.3699 2.10e-11 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
25 1m4m:A 112 77 0.3053 0.2589 0.3766 3.72e-08
26 3ued:C 139 70 0.2842 0.1942 0.3857 4.98e-07 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
27 7vhv:A 485 55 0.1789 0.0351 0.3091 0.15 7vhv:D, 7vhv:C, 7vhv:B
28 7e4s:A 279 48 0.1579 0.0538 0.3125 0.23 7e4s:B, 7e4s:C, 7e4s:D, 7e4s:E, 7e4s:F, 7ye3:A, 7ye3:B, 7ye3:C, 7ye3:D, 7ye3:E, 7ye3:F, 7yrs:A, 7yrs:B, 7yrs:C, 7yrs:D, 7yrs:E, 7yrs:F
29 8unx:A 244 20 0.1263 0.0492 0.6000 0.81 7f1o:A, 7f1z:A, 7f23:A, 7f24:A, 5g53:C, 8gfv:A, 8gfw:A, 8gfx:A, 8gfy:A, 8gfz:A, 8gg0:A, 8gg1:A, 8gg2:A, 8gg3:A, 8gg4:A, 8gg5:A, 8gg6:A, 8gg7:A, 8gg8:A, 8gw8:A, 8jr9:A, 8unl:A, 8unm:A, 8unn:A, 8uno:A, 8unp:A, 8unq:A, 8unr:A, 8uns:A, 8unt:A, 8unu:A, 8unv:A, 8unw:A, 8uny:A, 8unz:A, 8uo0:A, 7vui:A, 7vuj:A
30 8xql:A 240 20 0.1263 0.0500 0.6000 1.00
31 8uo4:A 292 20 0.1263 0.0411 0.6000 1.2 8uo2:A
32 6eg8:I 372 20 0.1263 0.0323 0.6000 1.3 6au6:A, 1azs:C, 1azt:A, 1azt:B, 7bph:A, 8buz:B, 8bv5:B, 3c14:C, 3c15:C, 3c16:C, 1cjk:C, 1cjt:C, 1cju:C, 1cjv:C, 1cs4:C, 1cul:C, 7e5e:A, 7e5e:B, 7e5e:C, 7e5e:D, 6eg8:J, 6eg8:K, 6eg8:L, 3g82:C, 8gge:A, 8ggf:A, 2gvd:C, 2gvz:C, 3maa:C, 7pde:B, 7pdf:B, 6r3q:B, 6r4o:B, 6r4p:B, 1tl7:C, 1u0h:C, 8uo3:A
33 8uo1:A 334 20 0.1263 0.0359 0.6000 1.4 8gga:A
34 6klr:A 297 62 0.1895 0.0606 0.2903 2.6
35 6hiv:DT 239 26 0.1053 0.0418 0.3846 2.6 6hiw:DT, 6hiz:DT, 7pua:DT, 7pub:DT
36 7yi2:A 506 15 0.0842 0.0158 0.5333 3.3 7yi5:A
37 8hxx:K 549 15 0.0842 0.0146 0.5333 3.3 8hxy:K, 8hy0:K, 8jho:K, 8kd3:B, 8kd4:B, 8kd5:B, 8kd6:B, 8tof:A
38 8ihn:K 598 15 0.0842 0.0134 0.5333 3.3 8iht:K
39 6dt1:A 464 27 0.1158 0.0237 0.4074 6.2 6dt1:E
40 8pzv:B 369 25 0.1053 0.0271 0.4000 7.0 8pzu:B, 4xga:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218